由于前列腺增生患者大多为老年，其身体常伴有某些重要器官的疾病，如高血压、心脏病、糖尿病、肾功能不全等，所以，在对这些病人进行手术治疗时风险较大。其风险主要来自于麻醉和手术本身。通常，我们选择在连续硬膜外麻醉下手术，这一麻醉方法对血压有影响，因此对严重的高血压、心脏病病人风险更大，偶尔会发生麻醉意外，引起呼吸、心跳骤停。手术的风险主要还有出血和尿道损伤。前列腺血运丰富，在腺体上有前列腺膀胱动脉和前列腺静脉丛分布，加之前列腺增生患者长期排尿不畅，膀胱内感染，使得膀胱壁和前列腺表面充血水肿明显等等，所有这些因素均可使出血成为手术的主要风险。除此之外，增生的前列腺腺体压迫尿道而引起排尿不畅，在切除增生的腺体时（开放或电切），不免有损伤尿道的可能。一般来说，尿道粘膜能自身修复，但如果损伤尿道外括约肌或留置尿管时间较长，其后将引起尿失禁或尿道狭窄。经尿道电切亦有一定的风险，该风险大小的差别主要在于手术者对电切技术的掌握程度上，它除了有引起出血、尿道损伤可能外，还有引起膀胱、前列腺穿孔及低钠血症等意外。
毫无疑问，前列腺增生在进行手术时，仍存在一定的风险，但随着医疗水平的不断提高，医疗器械的不断改进，手术的风险将会越来越小，而病人的健康保障将越来越大。