当时，南阳太守萧颖基、始兴内史萧季敞都被调任朝廷，萧谌想借他们二人的力量一起发动。萧鸾担心情况有变，告诉了萧坦之。
萧坦之告诉萧谌说：“废黜天子，在历史上这是天大的事情。最近听说曹道刚、朱隆之等人已经对我们有所怀疑，你如果明天还不行动，恐怕以后都没有机会了。我上有百岁老母，不能坐等灾祸降临。应该考虑长远。”萧谌很是惶恐，赶紧匆匆答应了。
七月二十日，萧鸾派萧谌先入宫，遇到曹道刚与中书舍人朱隆之，杀掉了他们。萧昭业的车后侍卫徐僧亮震怒，对众人大喊，说：“我们蒙受皇恩，今天应该以死相报！”也被萧谌杀掉。
萧鸾带兵从尚书府进入云龙门，在铠甲外面穿上朝服，由于紧张，刚进宫门，鞋子就掉了三次。徐孝嗣、王晏、陈显达、萧坦之、沈文季、王广之等人紧随其后。
萧昭业正在寿昌殿，听说有人叛乱，还暗中写信叫萧谌来，又派人把内殿的门窗全部关闭。稍后，萧谌率领士兵进入寿昌殿，萧昭业匆忙跑到徐姬屋里，用剑自杀，但没有成功。萧谌用布帛裹好他的脖子，用轿子把他抬出延德殿。
萧谌刚进殿时，侍卫均拿起弓箭盾牌准备抵抗，萧谌对他们说：“要杀的另有其人，不是皇上，你们不要乱动！”这些侍卫平时都归萧谌管理，对他的话都很相信。等到看见萧昭业出来，又准备反抗，萧昭业竟然没有出声。
萧谌走到延德殿西边的小道，杀掉了萧昭业，用轿子把尸体抬出宫，在徐龙驹的府第出殡，安葬规格一如帝王。徐姬和其他被萧昭业宠幸的殡妃全部被杀。
萧鸾想假传太后懿旨，徐孝嗣从袖子里拿出提前准备好的递给他，萧鸾非常高兴。二十一日，萧鸾传后懿旨追赠萧昭业为郁林王，贬何皇后为王妃，迎立新安王萧昭文为帝。
王晏居功被杀
南齐尚书令王晏在武帝时很得宠，明帝萧鸾谋划废黜萧昭业，王晏马上欣然赞同。萧昭业被废以后，萧鸾与王晏在东府宴饮，提及此事，王晏拍着手说：“您常说我胆怯，现在不这样认为了吧？”
萧鸾即位，王晏认为自己辅佐新朝有功，妄自菲薄武帝做过的事情。在朝臣里他的地位最高，做事独断专行，把自己的亲信安插在朝中重要职位上，经常与萧鸾在用人方面争执。萧鸾因为正值用人之际，必须依赖王晏，但内心十分不喜欢他。
萧鸾曾经整理武帝的诏令文书，找到萧赜写给王晏的300多张谈论国家政事的敕书，又找到王晏劝谏萧赜不要让自己负责铨选的奏章，对王晏的讨厌猜忌更逾从前。
始安王萧遥光曾劝萧鸾杀了王晏，萧鸾说：“王晏有功于我，而且并无过错。”
萧遥光说：“王晏对武帝都不忠心，更不会忠心于陛下了。”萧鸾没有说话。
萧鸾派遣心腹陈世范等人到大街小巷去收集关于王晏的传言。王晏为人轻率浅薄，毫无防备，想修建住宅，风水先生说会富贵临门。王晏与宾客说话的时候，喜欢屏退侍从。萧鸾得知后，怀疑王晏要谋反，就想杀掉他。
奉朝请鲜于文粲秘密上奏，说王晏要谋反。陈世范又上奏萧鸾，说：“王晏密谋趁南郊祭天之时，与武帝的主帅在道中起事。”正好有老虎闯进南郊祭坛，萧鸾愈发觉得恐惧。
郊祀前一天，萧鸾下令取消祭祀，派人通知王晏和徐孝嗣。徐孝嗣奉旨，王晏却说：“郊祀是大事，圣上必须亲自去。”萧鸾更加相信王晏要谋反了。
元字号垛长旗
齐建武四年（公元497年），正月二十八日，萧鸾在华林省召见王晏，杀掉了他，传诏说王晏等人阴谋造反，想奉立河东王萧铉为君主。
萧昭业被废黜之前，王晏的堂弟、御史中丞王思远对王晏说：“兄长蒙受武帝恩德，现在帮助别人谋反，那个人也许只是暂时利用兄长，兄长将来会无立足之地。如果现在能自刎而死，还可以保全门户与英名。”
王晏说：“我正在喝粥，没有时间谈论这事。”
萧鸾即位后，任王晏为骠骑将军。王晏把家人召集到一起，对王思远的哥哥王思微说：“隆昌末年，思远劝我自刎，如果听从了他的建议，我怎么会有今天呢？”
王思远马上回答说：“如果听从小弟的建议，现在还为时不晚。”
王思远知道萧鸾表面上对王晏很优厚，但内心并不完全信任他，就找了个机会对王晏说：“近来事情有些奇怪，兄长是否觉察？人们大多为别人谋划而忘了自己。”王晏没有说话。
王思远走后，王晏感叹道：“世上竟有劝人死的人。”
10天之后，王晏被杀。萧鸾听说了王思远对王晏的劝告，不但没有治他的罪，还升任他为侍中。
王晏的表弟阮孝绪也认为王晏一定会败亡，王晏几次到他家去，他都避而不见。曾经吃酱觉得味道很好，问了以后知道是从王晏家拿来的，阮孝绪马上把酱扔掉，吃到嘴里的也吐了出来。等到王晏被杀以后，人们都为他担心恐惧，他说：“我们只是亲戚不是同谋，没必要害怕。”后来果然没事。
王敬则谋反
南齐明帝的时候，大司马、会稽太守王敬则身为高帝、武帝两朝旧将，内心十分不平衡。明帝萧鸾虽然表面上对他恩宠有加，但心里却猜疑提防他，多次询问他的饮食起居状况。听说他年事已高，身体衰弱，又待在内地，才稍微放宽心。
萧鸾的病情几次加重，于是在东方安置兵力，暗中提防王敬则。谣言传遍朝廷内外，又将有大事发生了。
王敬则听说后，暗地里说：“东边现在只有我，只是想除掉我而已。我怎么会是那么容易就能除掉的？我到底不会接受他的毒酒。”
一天夜里，他与手下的官员玩赌博，对大家说：“我该怎么做？”无人敢先发言。防阁丁兴怀说：“您应该起事。”王敬则没有回答。
次日清晨，王敬则召见台传御史钟离祖愿、山阴令王询，把刀横着跪坐在席上，问祖愿、王询两人说：“如果发兵可以召集多少人？府库里还有多少钱财器物？”
王询说：“情急之下没有多少人可以召集起来。”祖愿说：“府库里没有多少钱财。”王敬则非常生气，打算把他们二人拉出去斩首。
悬灯
王公林劝谏说：“别的事都能反悔，唯独这件事不能反悔。您为什么不再三思虑一下呢？”
王敬则唾了王公林一脸口水，说：“我做的事情，与你小子无关！”于是举兵谋反，召集兵力，分配战服，两三天后就出发了。
前任中书令何胤，辞官隐居若邪山，王敬则想胁迫他任尚书令。长史王弄璋等人劝言说：“何大人清高隐居，一定不会顺从；那样的话只能杀了他。但是做大事先杀有名的贤士，一定失败。”王敬则只能作罢。
王敬则亲自率领甲兵1万人渡过钱塘江，张瓌派遣兵力3000在松江拦阻。这些士兵胆小如鼠，被王敬则的战鼓声吓得四下逃散，张瓌只好抛弃郡署，躲进民间。
王敬则以前朝旧将的身份起兵，百姓带着家当纷纷前来投奔，追随他的有十几万人。到达晋陵，南沙人范修化杀了县令公上延孙响应王敬则。经过武进高帝陵墓所在的陵口，王敬则触景生情，痛哭而过。
曲阿县令乌程人丘仲孚，在王敬则的前锋部队刚刚抵达时，就对手下的官吏百姓说：“敌人现在乘势而来，气势很盛，但只是乌合之众，坚持不了多久。现在如果把船舰收起来，挖开长冈水坝，把河水放掉，阻拦他们前进的道路。如果能阻挡他们几天，朝廷的军队就会到了，这样一定能取得成功。”王敬则的军队抵达后，因为河渠干涸，前进的道路受阻。
五月，萧鸾下诏命令前军司马左兴盛、后军将军崔恭祖、龙骧将军马军主胡松、辅国将军刘山阳在曲阿长冈修筑营垒。任右仆射沈文季为持节都督驻兵湖头，防守进京之路。
王敬则进攻刘山阳、左兴盛，朝廷的军队抵挡不住，准备撤退，但是没有办法突围，只能死战。胡松率领骑兵从背后进攻王敬则的军队，百姓手里没有武器，都惊慌失措，四下逃散。
王敬则的军队大败，王敬则连一匹能继续战斗的马都找不到，被崔恭祖刺中倒在地上，被左兴盛手下的军容袁文旷斩杀。初五，王敬则的首级被送到建康。
当时，萧鸾已经病入膏肓，王敬则突然在东边起兵，震惊朝廷。太子萧宝卷让人爬上屋顶，看见征虏亭失火，以为是王敬则到了，吓得赶紧想办法逃走。
王敬则听说后，非常高兴，说：“檀公三十六策，走为上策，估计你们父子也只有如此了。”所谓“檀公三十六策，走为上策”，在当时被用来讥讽檀道济躲避北魏军队。王敬则来势汹汹，声势浩大，但没过多久就失败了。
萧衍讨伐东昏侯
南齐东昏侯萧宝卷除掉江祏后，再无顾忌，于是更加放纵，更加荒淫残暴。太尉陈显达和平西将军崔慧景相继叛乱，都没有成功。
奈何木
萧宝卷怀疑雍州刺史萧衍居心不轨，他的侍卫郑植的弟弟郑绍叔担任萧衍的宁蛮长史，萧宝卷派郑植借口探望弟弟去刺杀萧衍。郑绍叔得知后，反而暗中报告了萧衍。
萧衍在郑绍叔家里设宴，以开玩笑的口吻对郑植说：“朝廷派你来杀我，恰逢今日宴饮，不要错失良机呀。”宾主哄堂大笑。
萧衍又带郑植把雍州的防御器械等认真看了一遍。郑植退下，对郑绍叔说：“雍州实力强大，不易图谋。”郑绍叔对他说：“哥哥回去后认真报告天子：如果要攻取雍州，我将誓死保卫城池！”郑绍叔送郑植到南岘，兄弟二人痛哭告别。
齐永元二年（公元500年）十月，萧宝卷因为嫉妒毒杀了萧衍的哥哥、尚书令萧懿，不但如此，而且还要捕杀他的各个弟弟。萧衍听说后，连夜召集手下吕僧珍、张弘策、长史王茂、功曹吉士瞻、别驾柳庆远等人到家里商议对策。
初九，萧衍把手下的臣僚召集起来，对他们说：“昏君暴虐无度，作恶多端，我们应当联手为民除害。”
当天，萧衍召集甲兵1万余人、战马1000余匹、船舰3000艘。萧衍又下令把檀溪中的竹子、木材装到战舰上，上面盖上茅草做掩饰，事情迅速准备妥当。将领们争夺船桨，吕僧珍把提前预备好的拿出来，每只船发两支，争夺才被制止住。
萧衍联合南康王萧宝融等起兵举事。第二年三月，萧宝融在江陵称帝，任命萧衍为左仆射，加授征东大将军、都督征讨诸军事，并授予黄钺可以代表皇帝。萧衍进兵，屡战屡胜，逼近京城建康。十月，萧衍命令各军攻打建康。萧宝卷下令烧毁城门内一切，把士人百姓赶入宫城，关闭宫门死守。萧衍让各军修筑长长的围城工事进行围困。
萧宝卷迷信钟山神蒋子文，萧衍大军袭来，萧宝卷尊蒋子文为灵帝，迎接他的神像入宫，令巫师祈祷求福。关闭宫城后，萧宝卷把一切军务统统委托给征虏将军王珍国，任命赶来守卫京城的兖州刺史张稷为王的副手。
当时，城中还有7万士兵，萧宝卷向来喜欢作战，与随身侍从在华光殿前演习战斗，假装受伤，让人用木板抬来抬去，以此来祈求吉祥。
萧宝卷还时常在宫殿里穿戴军服，用金银做成铠甲和头盔，用翡翠装饰，骑马出入。白天睡觉晚上起床，黑白颠倒。听到外面作战声响，就披上大红袍，登上景阳楼观望，以致差点被弓弩射中。交战之初，萧宝卷与左右心腹商量，认为陈显达一交战就会失败，崔慧景包围城池马上就逃走，于是认为萧衍的军队也是如此，因此命令太官只准备了100天的木柴。
等到大桁失败，百姓都惊慌失措。茹法珍等人害怕士兵和百姓外逃，就关闭城门，避免出兵交战。过了一段时间，萧衍布置好了长围，战壕深挖，栅栏坚固。城里再派兵出城交战，却接连失败。
萧宝卷异常吝惜钱财，不肯赏赐。茹法珍磕头请求，萧宝卷说：“敌人不只是为抓我一个人，凭什么要我赏赐？”后堂里储存有几百块木材，有人奏请拿去做防御工事，他却打算用以备修建宫殿使用。
萧宝卷又催促御府赶制300人使用的精锐兵器，打算等长围解除出去游玩之时，让卫士们用来驱逐百姓。至于金银雕镂的物品，萧宝卷也催着赶制，速度要较往常翻一倍。
大家都愤怒拖延，不肯为他出力。外面包围了好长时间，城里的人都希望能早点逃走，只是没有人敢第一个逃跑。茹法珍和梅虫儿劝说萧宝卷说：“大臣不用心，无法解除包围，应该把他们全都杀了。”
王珍国和张稷害怕有灾难。王珍国暗暗派遣心腹进献萧衍一块明镜，萧衍截断金子作为回答，两人都互相会意。
兖州中兵参军张齐是张稷的亲信，王珍国就通过张齐偷偷地和张稷谋划，准备联手除去萧宝卷。夜里，张齐把王珍国带到张稷那里，张齐亲自在旁边拿着蜡烛，王珍和张稷一起谋划，又把计划告诉了后阁舍人钱强。
十二月初六夜，钱强悄悄派人打开云龙门，王珍国和张稷率兵冲进去，御刀丰勇之做内应。萧宝卷在含德殿吹笙唱歌，听到士兵冲进来，赶紧从北门往外跑，想跑回后宫，但是宫门已经关闭。宦官黄泰平用刀把他砍伤在地，张齐斩下了他的首级。张稷召集群臣，派人把萧宝卷的首级送给萧衍，向萧衍投降。