公元656年正月，高宗下诏立太子弘为太子。于志宁做太子太师，中书令崔敦礼为太子少师，许敬宗、韩瑗、来济为太子宾客，李义府兼太子左庶子。从这些朝臣的任命上我们就可以看出武皇后的势力了。韩瑗、来济是老臣，为了显示不任人唯亲，还是要给个职位的，其他的基本上是武则天一边的人。立太子，必定会废掉、安置原来的太子，原太子李忠被封为梁王，就相当于梁洲的刺史，没有什么实权。李忠离京时，原来与李忠交好的官员都不敢前去相送，只有右庶子李安仁哭着为他送行。武后知道后，在百官面前赞美李安仁的美德，还请高宗提拔这样的人。武皇后做这些并不完全出于收买人心的需要，她确实深受太宗影响，有政治家的气量和胸怀。高宗很是佩服武皇后，认为自己得到这样的皇后是福气，武皇后在朝中的名气也渐渐高了起来，她在李治心中的地位更加稳固了。就在这一年的十一月武后又生下了一个儿子，名字叫李显，被封为周王。安排好自己的家族成员后，武皇后盯上了关陇旧臣长孙无忌。长孙无忌在朝中的势力是相当庞大的，宰相韩瑗、中书令来济虽然表面上看已经被她给安抚了，但实际上还与长孙无忌保持着密切的联系。长孙无忌一向与褚遂良同仇敌忾，褚遂良的强烈反对，长孙一定是背后的支持者，长孙无忌不除，她的地位还有可能会动摇。所以武后把目标锁定在了长孙无忌身上。
当然，长孙无忌也没闲着，自册封大典以后，他就开始策划抑制武后势力的膨胀。一场权力之争即将拉开帷幕。
这里面老臣韩瑗、来济很关键，因为他们是两方争夺的主要对象。这两个人都手握重权，哪一方赢得了这两个人就等于赢得了在朝中的大部分席位。长孙无忌在一番探问之后，发现两位老臣还是向着自己这一方的，于是，长孙请他们两位将贬到地方上去的褚遂良召回京城。这样就可以加固关陇旧臣在朝中的地位。两个人也是关陇的老将了，于是听从了长孙的建议，向高宗进谏请求将褚遂良召回朝廷。有这两位老臣当前锋后面的关陇世家就一拥而起，纷纷向皇上奏请。李治依赖武后惯了，不能做主，于是问武后。武后一听这还了得？这不是对准我来的么？我这边安插自己的人，你那边提升自己的人，这样下去，我的人哪还有地方站啊！武后也因此意识到自己的敌人还是很顽固的。长孙一派又拿出妲己、褒姒一类的人物讽谏高宗，高宗哪爱听这个，说武皇后是红颜祸水，不就是在说我是商纣、周幽么？岂有此理！于是高宗不理睬韩、来的请求，韩瑗急了，就拿辞官来威胁高宗。高宗心想又来了，你辞官我也不怕。长孙实在没有办法了，只好从其他地方找突破口。
不管什么人都是有缺点的，只要肯努力找，总会找到的。下臣也罢，皇帝也罢，皇后也罢，没有没破绽的人。只许你皇帝、皇后找下臣的破绽，难道就不许我们下臣找你们的破绽？这一注意倒不要紧，还真没费什么劲就找到了。
在这个关键时刻掉链子的首先是李义府，李义府做了一件不太光彩的事儿。这事儿就成了长孙一方攻击武氏一方的把柄。到底李义府做了什么不光彩的事呢？
原来，洛阳有一个案子捅到了大理寺。这个案子的主人公有点特殊，叫做淳于氏，淳于氏生得很美，身边的风流韵事总是不间断。没想到就是这些风流事给她惹了麻烦，她的奸情被拿到大理寺去审了。李义府听说这个女人很讨人喜欢，便去看，这一看就看出祸来了。李义府被淳于氏的美貌吸引，怎么也迈不开步了。他串通大理寺丞毕正义徇情枉法，把淳于氏给释放了。接着就把淳于氏接到府中，想把她纳为妾。长孙无忌在大理寺也是有党羽的，大理寺卿段宝玄就是其中一位。段宝玄对李义府所作之事很清楚，便写了诏书给皇上，李义府害怕事情败露就逼毕正义自杀了。因为死无对证，李义府纳小妾的事儿又未成事实，所以也就放下了。
虽然法律上无法给李义府定罪，但是，事实是存在的。于是，关陇集团以李义府为借口一口咬定武后包庇李义府。御史王义方上奏继续审理这个案件，奏折中说：“李义府在皇上的眼皮底下，擅自杀死六品的寺丞。都说毕正义是自杀，实际是受李义府威胁而死的，这是他杀人灭口的做法。现在生杀予夺的大权都不从皇上您那里出了，我们怎么能任由这种风气助长呢？请皇上您斟酌啊！”但由于武皇后的力保，李治始终没有给李义府治罪，这件事被折腾了几个来回，最后竟然到了李义府和王义方到朝廷上对质的地步。王义方痛斥李义府的罪行，李义府也不示弱，两个派系之间就展开了争斗。武皇后见到两派相争，便谏言高宗责问王义方，王义方被贬为叶州司户，李义府升为中书令，兼任检校御史大夫。
对李义府的品行，高宗和武后多少有些了解，这件案子中李义府是理亏的。李义府不降反升，使得武后在朝中的口碑进一步受到影响。这样，武后的口碑继续变差，但是她的威慑力却增强了，官员们说话、做事对武后颇为忌惮。
然而，更让后宫和朝中大臣不寒而栗的是接下来发生的事。这件事武后做得干净、决绝，足可以震慑后宫，也是这件事让武后与李治两夫妻的感情出现了裂痕，为以后武后与李治争权埋下了伏笔。
事情是这样的，这一天，高宗闲来无事，由侍卫陪同着到御花园散步。李治是个念旧的人，对自己曾经宠爱的萧淑妃和自己对不住的王皇后多少有些挂念。散步只是个幌子，真实目的是想看看她们。这是可以理解的，一个男人对曾经与自己有深切交往的女人，偶尔会惦记是人之常情。张爱玲说得很好：也许每一个男子全都有过这样两个女人，至少两个。娶了红玫瑰，久而久之，红的变了墙上的一抹蚊子血，白的还是“窗前明月光”；娶了白玫瑰，白的便是衣服上的一粒饭粘子，红的却是心口上的一颗朱砂痣。所以啊，王皇后与萧淑妃以及武后，也是李治的白玫瑰或红玫瑰。虽然都被娶了，但是不在身边了，反而会沉淀出好来。李治一想起她们的好，就想跑过来看看。武后毕竟是皇后了，他把荣耀与爱都分给了她，剩下一点儿怜悯就想给他曾经爱过或对不起的人。李治并不想把她们怎么样，只是想看望她们一下，知道她们还好会让自己安心些。
来到后花园，由侍者指引着来到一所院落前，院子还算整洁，只是与之前两人的宫殿相比寒酸得很，有些像下人住的地方。有人曾描绘过王皇后和萧淑妃被贬为庶人的住地，说什么是个只有留有送食物的小洞的石屋，王皇后与萧淑妃多么多么凄凉。这样的情形不大可能出现，皇后与萧淑妃只是庶人，不是一般的囚徒，不会和囚徒享有一样的待遇。另外，为了彰显自己的贤德，武后不会对王皇后和萧淑妃太过苛刻。武后是个聪明人，她在后宫的地位还没有完全站稳，对王皇后和萧淑妃太刻薄会引起朝廷非议，也会让李治产生反感。所以，就算是做表面文章，王皇后与萧淑妃所住的地方也不会让人惨不忍睹，只不过与之前的奢华相比，肯定会显得寒酸许多。
李治见到王皇后与萧淑妃这般落魄不免有些伤感，走进院落问王皇后和萧淑妃是否安好。王氏和萧氏见李治来看她们，顿时声泪俱下。王皇后说：“臣妾是戴罪之身，能得到皇上探望是我的荣耀啊！”萧淑妃在一旁请求道：“皇上如果能念及我们昔日的情分，就让我们重见天日吧！请皇上赐这个院落为回心院吧！”李治安慰她们说：“朕会想办法，你们不必忧心。”
李治当然要征求武后的意见，但武后一听就翻脸了。这是怎么说的，就因为她们可怜你便想她们过得好？她们杀我孩子的时候怎么没可怜我那五个月大的小公主？她们诅咒、陷害我们的时候，怎么没想到可怜可怜我们？这事儿一点都没商量。结果李治无功而返。
李治这么一折腾倒把武后给惊醒了。李治这样心慈手软的个性，如果留着她们，总有一天，会让她们把李治给迷惑了，到时再来个二进宫，我的麻烦可就大了。我自己就是一个鲜活的例子，不能再让这样的事情发生。武后下定决心要将这两个人除掉，以绝后患。
武后的凶残与暴戾在这时候尽显无遗，她先是派人把二人拖出，各打一百仗，接着又将她们的手脚砍掉，最后把她们杀死。就在这件事上李治对武后有了新的认识，他开始质疑武后的性情和为人，对武后逐渐产生了反感。
朝中旧臣当然不会放过这个机会，他们对武后的行为提出了强烈抗议。但是抗议也是没有用的，还是像李勣那句话说的，这是皇家的家务事，没你们大臣什么事儿，哪儿凉快，哪儿呆着去吧。其他大臣不敢说话，但是心里腹诽的不少。旧臣们不能正面抨击这件事，就编造了一些谣言来诋毁武后。武后认为洛阳的地理位置和环境都比长安更适合做都城，所以将洛阳定为东都，旧臣们攻击武后说，她是因为怕王皇后、萧淑妃变成厉鬼来找她报仇。这也确实给武则天带来了很大的困扰，武后做了亏心事，心里也是不安的。但是想到自己也曾被王皇后和萧淑妃攻击，不是她们死，就是自己亡，心里也就平静下来了。连自己孩子都能杀的人，还有什么事不敢干的呢？
武后明白这是旧臣造的谣，她怎么可能任由这些人放肆下去呢？于是武后指使许敬宗和李义府参奏韩瑗、来济和褚遂良暗中谋反。高宗对这一事件是有所怀疑的，加上之前武后对待后宫王、萧的做法，李治就更加怀疑了。但是，虽然证据不足，表面的证据还是存在的，况且因为自己立武后以及武后排除异己的行动引起他们不满，进而起反叛之心也是有可能的。所以，高宗还是把韩瑗赶到了海南岛做刺史，来济也被赶到浙江台州做刺史。褚遂良更倒霉，被赶到爱州，就是今天的越南清化去做刺史了。从对几个人的发落上来看，高宗还是留有余地的。谋反可不是一般的事情，是要被杀头的大罪，而这里高宗只是把他们贬为刺史，可见，高宗虽然软弱，但是并不糊涂，他是对武后存有戒心的。此时的武后也是老江湖了，对李治的态度变化不可能没有察觉。于是，她自己也留起了心眼儿。夫妻两个一旦产生隔膜，就要花费很大的精力来修复。如果没有修复，那么夫妻关系只会越闹越糟，更何况是皇帝与皇后的关系！皇帝后宫多的是女人，皇后不如意，就找其他女人消遣。李治在政治上依赖武后，但在房事上还是相对自由的，结果李治与武后的裂痕更在无形中拉大了。
通过上边的行动，基本上关陇旧臣的主力被瓦解了。既然破了旧，就要立新。在韩瑗等人被贬的同时，许敬宗被提升为侍中，兼任户部尚书，户部尚书杜正伦兼任中书令，李义府因为与杜正伦不合，两人互相扯皮、指控，双双被赶出朝廷，一个发配横州，一个发配普州做刺史去了。这下关陇旧臣就只剩下长孙无忌在朝廷中鹤立鸡群，但武后还是不放心，想将长孙无忌也一起铲除了。但是，长孙无忌不是一般的人，他不只是皇亲国戚、关陇核心、枝繁叶茂这么简单，他还是李治当太子的支持者和顾命大臣。也就是说李治能做上皇帝，并且把皇帝的位子坐稳了，是与长孙无忌分不开的，李治对这位舅舅一直心怀感恩。即使有些事情做得过分些，也不会与他太过计较，关陇集团在朝中把持朝政的局面李治是知道的，李治也希望这个集团瓦解，但是不希望自己的舅舅被贬。但武后可不能放过长孙无忌，对于她当皇后，长孙从根本上就是不赞成的，她要培植自己的势力，长孙是最大的障碍，不除去他，难以让武后安心。我们的国舅即将走上末路了。
公元659年四月，李治和武后在东都洛阳处理朝政，洛阳人李奉节控告太子洗马韦季方、监察御吏李巢结党营私，高宗让许敬宗和辛茂审理这个案子。谁知审着审着韦季方竟然自杀了。这下许敬宗可找到了借口，什么借口呢？原来韦季方是长孙无忌的门生，许敬宗就说韦季方是受了长孙无忌的指使，想要谋反，事情败露后就畏罪自杀了。高宗吃了一惊，大为怀疑，一个劲地说，有人陷害长孙舅舅。许敬宗反反复复列举长孙无忌的反常之处，请高宗不要犹豫，并且危言耸听地说，再迟疑，长孙无忌准备好了，大唐的社稷就不保了。高宗就有些动摇了，毕竟长孙无忌是有些傲慢的，自武氏封后以来，他始终不上朝，还与人商量着将贬到地方上的老臣召回，这确实有些说不过去。想到这些高宗不免想到了谋反的事儿，忽然就伤起心来。一边流泪一边说：“我家门不幸，亲戚们老是存有疑心，前些时候，高阳公主和房遗爱谋反，现在舅舅也反了，我还有什么脸见人呐！”他不知道，真正的家门不幸是因为他立了武后。
许敬宗看出了高宗思想的动摇，便顺坡下驴说：“房遗爱可是个乳臭未干的毛头小子，高阳公主也是个妇人，他们能成什么大气候？但是长孙无忌不同啊，他是同先帝一起征战的老臣，声望极高，权力极大。他做宰相三十年，天下有谁不知道他呢？他要是想谋反，皇上您怎么阻挡啊？多亏了宗庙有灵，皇天痛恨恶人，从一个小案件里牵扯出一个巨大的阴谋来，这是天下的大幸啊！如若不然，他举手一呼，乌合云集，那可就成了宗庙社稷的大祸了！我曾听说过去隋炀帝信任宇文化及父子，结成了儿女亲家，委以重任。宇文述死后，他的儿子宇文化及就在江都反了，杀死不响应的大臣，我的家就是在那时被毁的。后来连大臣苏威、裴矩等也不得不屈服。大隋江山是亡于旦夕之间啊！请皇上赶紧决定吧！”高宗被他这么一说给说蒙了。心里头不愿意相信，但是又害怕长孙真的谋反，只得叮嘱许敬宗仔细查清楚。
许敬宗奏报说：“韦季方曾承认与长孙无忌谋反。问他原因，他说：‘韩瑗、来济、褚遂良的外放使长孙无忌日日担心自己的地位不保，于是找我商议谋反的事。’臣已查明供词，符合实情。请皇上下旨逮捕长孙无忌。”高宗痛哭流涕地说：“就算舅舅果真如此，我也不忍心杀他呀！天下人会怎么看朕，后世人又怎么评价我呢？”许敬宗又说：“薄昭是汉文帝的舅舅，文帝做皇上薄昭功不可没。后来薄昭杀了人，文帝让百官穿上素服，哭着杀了他，至今人们还在称赞文王的圣明。而长孙无忌不念两朝对他的大恩，竟然想谋朝篡位，他的罪可比薄昭大多了。幸好这样的阴谋暴露了，逆贼自然而然地服刑，皇上您还顾虑什么呢？长孙无忌是王莽、司马懿一样的奸人啊！皇上您再迟疑恐怕会发生变故，到时候后悔都来不及了。”
高宗一听是这么个道理，觉得亲自审问实在无法面对帮自己这么多的亲舅舅。于是审都没审就削了他的太尉职，封邑也收回了，只留下个扬州都督的官职，接着又外放到黔州做官。李治对这个舅舅没有赶尽杀绝，怕他饿着，给了他一品官的俸禄。