关于这段历史，中国对日本咬牙切齿，实在是冤枉了一些。这些真假倭寇的活动时间是元末至明万历年间。
历史上记载得很清楚。明史《日本传》里面说“大抵真倭十之三”，意思是真正的日本海盗大概只占三成；而在朝鲜正史里面《世宗实录》里记载“然其间倭人不过一二而本国民假著倭服成党作乱”，意思是日本人不过只占倭寇的十分之一二，本国民穿着日本服假扮日本人结党作乱才是真。可见所谓的倭寇，八成以上不是真正的日本人，而是朝鲜人或中国人等冒名或混杂其间作乱。又有《太宗实录》又写“或时，假倭为寇”。纪录寇边的倭寇，其组成实以韩国人为主。
对“倭寇”素有研究的明朝唐枢在给招降王直的官员胡宗宪的信中指出：
一、海禁只能禁止中国百姓“中国与夷，各擅生产，故贸易难绝。利之所在，人必趋之……下海之禁，止以自治吾民，恐其远出以生衅端”；二、“嘉靖六七年后，守臣奉公严禁，商道不通，商人失其生理，于是转而为寇。嘉靖二十年后，海禁愈严，贼夥愈盛。许栋、李光头辈然后声势蔓延，祸与岁积。今日之事，造端命意，实系于此”；三、所谓倭寇，其实是中国百姓——“使有力者既已从商而无异心，则琐琐之辈自能各安本业，而无效尤，以为适从。故各年寇情历历可指：壬子（嘉靖三十一年）之寇，海商之为寇也；癸丑（嘉靖三十二年）之寇，各业益之而为寇也；甲寅（嘉靖三十三年）之寇，沙上黠夫、云间（松江）之良户复益而为寇也：乙卯（嘉靖二十四年）之寇，则重有异方之集矣”。
唐枢作为亲历者对“倭寇”的分析洞若观火，道出了事实的真相。
在唐枢之后的谢杰（约1545年-1605年，字汉甫，长乐县江田人，明朝万历年间人。万历二年进士，授职行人）在《虔台倭纂》一书中对“倭寇”的分析，也指出：“倭夷之蠢蠢者，自昔鄙之曰奴，其为中国患，皆潮人、漳人、宁绍人主之也”；“寇与商同是人，市通则寇转为商，市禁则商转为寇”；导致倭患的原因，“由海商之事观之，若病于海禁之过严”。
明成祖晚年，由于陆上北方威胁消除，郑和几次下西洋，海上活动增加，船只来往不断，海盗们有了可以工作的对象，海盗业也就随之兴起。几次骚扰之后，明朝遂实行海禁政策，只开放勘合贸易（官方贸易）；但后来到了嘉靖二年爆发了宁波之乱，加上稍早时，葡萄牙人入侵发生了屯门海战与西草湾之战，此后沿海治安多次陷入危机。明朝遂宣布中断一切贸易，颁布禁海令，有著名的说法是“片板不得入海”。明朝企图通过这种方式来减轻倭寇的威胁，海上贸易遂被取缔。
但是以海为生的很多人则失去了生计。由于日本商业的发展，大小藩侯的奢侈欲望愈益增长，对中国大陆各种物资和货币的需求更加强烈；巨大的利益促使一批批冒险家冲破阻碍，到海上从事贸易。而与海盗的日益猖獗不同的是，明朝一天天再走下坡路。到了明世宗时情况更加不妙。明世宗朱厚熜迷信道教，不问政事。严嵩专权，贪贿公行，致吏治腐败，文恬武嬉，沿海士兵大量逃亡，战船锐减，海防设施久遭破坏，为倭寇活动猖獗提供了可乘之机。
到了嘉靖期间倭寇之乱已经到了一发不可收拾的地步，倭寇攻城略地、烧杀抢掠最严重的地方就是从杭州湾到珠江口这一弧形地带，即浙江南部、福建、广东东部这一带，有名有姓的20个倭寇首领也多是这些地方的人。
在这些私商中，最有名的一个当属王直。王直曾上书朝廷请求开海禁，被拒绝后，把基地设在日本的平户藩，以反对明朝海禁政策的南方中国人为基础，与日本人、葡萄牙人、荷兰人等合作进行走私，并且组织武装，用来保护自己的商船，对付其他的海盗。胡宗宪与戚继光曾参与讨伐倭寇和王直的军事行动。
嘉靖以后是倭寇活动加剧的时期。其原因主要有四个方面：
一、战争造成日本各阶层人士的大量破产和失业，遂多流为寇盗；
二、由于日本商业的发展，大小藩侯的奢侈欲望愈益增长，对中国大陆各种物资和货币的需求更加强烈；
三、日本室町幕府已名存实亡，无力控制全国政局，诸侯各自为政，尤其是南方封建主，将掠夺中国大陆视为利薮；
四、明朝侨居日本的倭寇首领王直、徐海、毛烈、陈东、叶明（叶麻）、邓文俊、林碧川、沈南山等及其跟随者。他们伙同倭寇，在日本封建主支持下，袭用倭人服饰旗号，乘坐挂有八幡大菩萨旗帜之八幡船，侵扰中国东南沿海地区，掠夺大量财物。
总的来说，15世纪半至16世纪，倭寇的活动舞台为中国沿岸、东南亚，成员以中国人及朝鲜人为主，被称为“假倭”。史书所见的最后倭寇，在1624年7月侵犯福建沿海。
“推其祸始，乃由闽、浙沿海奸民与倭为市；而闽浙大姓没其利，阴为主持，牵连以成俗。当时抚臣朱纨欲绝祸本，严海禁；大家不利，连为蜚语中之，而纨惊死矣。纨死而海禁益弛，于是宋素卿、王直、陈东、徐海、曾一本、许恩之流争挟倭为难。自淮扬以南至广海万余里，无地不被其残灭，而闽祸始惨矣”。
这段话的大概意思是说倭寇的祸首在于浙江福建一带的沿海居民为了跟日本人做生意而突破海禁。当时的一位大臣朱纨想通过更加严酷的海禁政策来杜绝这一祸患，然而朱纨突然病死，于是海禁渐渐松弛，王直、许恩之流就愈加嚣张起来。
嘉靖二年六月，日本封建主大内氏使臣宗设、谦导，与细川氏使臣瑞佐、宋素卿，因争夺对明贸易，在中国土地上相互厮杀。宗设杀瑞佐，又以追逐宋素卿为名，大掠宁波、绍兴一带。杀掳明朝指挥刘锦、袁琎等，夺船出海而去，此即震动朝野的“争贡之役”。此后，明朝政府要求日方惩办宗设及倡首数人，放回被掳中国官民，缴还旧有勘合，遵守两国所订之约，如此方许换给新勘合，继续贸易。日方没有答复这些要求，致使双方贸易实际中断。于是倭寇走私贸易猖獗，并伺机多方掳掠。
嘉靖十九年（1540年），徽商许一（松）、许二（楠）、许三（栋）、许四（梓）在浙江沿海进行走私贸易。
二十一年，倭寇由瑞安入寇台州，攻杭州，侵掠浙江沿海。
《日本一鉴》的“海市条”指出，嘉靖二十二年即1543年，许氏兄弟与葡萄牙商人在浙江沿海的双屿港贸易。
二十三年，许栋、王直等导引倭寇，聚于宁波境内，潜与豪民为市，肆行劫掠。倭寇在山东、南直隶、浙江、福建、广东沿海大肆烧杀掳劫，江浙一带民众被杀者数达十万人，严重破坏了社会生产力的发展，威胁东南沿海人民生命财产的安全，激起中国朝野上下各阶级、各阶层人民的愤怒反抗。福建巡抚在谭纶、戚继光、总兵俞大猷等领导下，东南沿海军民浴血奋战，抗击倭寇。
嘉靖二十七年，浙江巡抚朱纨率军袭击双屿港。
嘉靖三十二年，俞大猷率精兵夜袭普陀山倭寇老营，重创倭寇，又在王江泾歼灭倭寇两千人。
嘉靖四十年，戚继光率戚家军等在台州九战九捷，痛歼入寇台州之敌。此后，戚、俞联合，基本肃清福建、浙江倭寇。嘉靖四十四年，戚继光与俞大猷二军配合，击灭盘踞在广东、南澳的倭寇。至此，东南沿海的倭寇最后荡平。
关于戚继光，有一些知识需要了解一下。“封侯非我意，但愿海波平。”这句话是戚继光将军说的（《止止堂集》）。戚继光字元敬，号南....塘，晚号孟诸，山东蓬莱人，在17岁时子袭父职，任登州卫指挥佥事，他是明代的抗倭名将，也因抗倭成为民族英雄，名垂青史。
中国海盗解密
上面也提到，中国也有海盗，明朝时期的倭寇就有很多是中国人所为。中国沿海区域包括渤海、黄海、东海的东北亚还有围绕着南海、马六甲海峡及印度洋的东南亚、南亚、西亚。用中国人的话来说，就是“北洋”和“南洋”。东北亚和东南亚曾经是中国人最为活跃的地区，这个地区也就是太平洋西边一系列群岛围成的岛弧或岛链。这些岛弧围成的黄海、东海、南海，对中国人而言就像是中国的地中海和中国湖。
然而，漫长的历史，漫长的海岸线，以及也曾有极度辉煌的造船技术和航海工具（比如指南针的发明），这一切竟然在千百年来只成就了那么几个海盗，而且还只是在中国沿海活动，从未有远海记录，这跟西方就形成了强烈的对比。这一切都是有深厚的文化原因的。历史上，无论是政治的、经济的、战争的诸多事情，最终都会经历时光的洗礼，归结到文化层面上来。
重农抑商的政策和根深蒂固的儒家传统对于海上贸易和劫掠行为有很大的抑制作用。旧中国传统上一直认为土里刨食才是根本，其他的都是歪门邪道。在他们看来，经商不能算作一门职业，其实从儒商这个词的褒义就可以看出来。儒商有几个？对这个大加褒赞实际上就是对其他商人的贬低。至于海上劫掠，那就更是为人不齿了，从明朝私商王直在其家乡的名声就可以看出来。中国人最注重在家乡的声名。最近从为王直树碑被砸一事可以看出来其家乡的人虽不知真相，但是模模糊糊中都认为他一个匪徒类的人物，是一个汉奸。这也是为什么很多中国海盗最后都接受封建王朝的招安，企图给自己一个正名的原因。
然而，还是出了几个所谓的海盗不是？中国封建时期，守着便利的海上贸易线而无任何作为，对外垄断“贡市”，禁止商民出海活动。比如，明清王朝厉行海禁，严禁商民出洋贸易，下海出洋者被视为奸徒、海盗，这些政策反而逼迫为海上贸易丰厚利润所吸引的人铤而走险，走上与朝廷对抗的道路。
因此纵观中国历史，许多所谓海盗，并非残忍好杀之海盗匪类，可以肯定他们是海上英雄豪杰之士。所谓“道不行，乘槎浮于海；人之患，束带立于朝”，既是中国海盗独有的政治信仰，也是他们的人生宣言。
中国历史上第一个海盗孙恩最初是为叔父报仇而起事。从他的一系列活动就可以看出来，他杀了很多所谓的仇家，因此他的行为很大程度上是为了泄愤，与西方海盗为利益驱使有很大不同。
元末的方国珍，他是因为元朝横征暴敛，吏政残酷为了保全自己而逃到海上的。
明朝的王直，他因为不满明王朝海禁政策而出海，又为解除明朝海禁政策而死。
到了郑芝龙那里，也跟明王朝的海禁政策有关。
为何沦为“海盗”？也是有客观原因的。张保仔对自己入海为盗有一段非常精彩的述说：“今蚁等生逢盛世，本乃良民。或因结交不慎，而陷入迷途；或因俯养无资，而充投逆旅；或因贸易而被掳江湖；或因负罪而潜身泽国。其始不过三五成群，其后遂至盈千上万。加以年荒岁歉，民不聊生。于是日积月累，愈出愈奇。非劫夺无以谋生，不抗师无以保命……”
再者，据史料记载，“张保仔之性，不喜劫其乡人。是以往来香港、澳门各处，专劫欧人商船，夺其军火。”专门劫掠欧洲船只，是因为当时的欧洲人在中国亚洲一带劫掠中国人和亚洲人，侵犯中国领土。
从张保仔的“立法三章”就可以看见这帮“海盗”的性质。其法一曰，私上岸者，初犯割耳，再犯死刑；二曰，所得八成归公，二成作奖，擅取公物，死刑；三曰奸淫妇女者死刑。
这所有的一切都说明，中国的海盗远不是我们理解的西方海盗。西方如德雷克和霍金斯以及黑胡子等等基本上都是在巨大利益的驱动下做海盗的，而且他们烧杀抢掠，贩卖奴隶，无恶不作，实在不能与中国海盗相提并论。
在中国有记载的海盗里，真正能与西方的海盗们性质一样的大概只有一个陈祖义。
然而不管怎么说，依据海盗的定义，有海上劫掠行为或从海上劫掠陆地的都属于海盗。因此，我们还是称他们为海盗吧。
中国海盗的出身呈现出一种明显的地域性。他们基本上都集中在广东、福建、浙江一带。在地图上，这一片地区如果被标示出来就是一个新月形状。
这个地区的河流有一个共同的特点：就是自成体系，独流入海。这其中福建最为典型，福建的河流——闽江、晋江、九龙溪等都是独流入海。这里的河流虽然短，但是水量大，闽江虽然流域面积只有黄河的十二分之一，但多年平均流量比黄河还多。
河流的流向指示着精神和文明的走向。也许正是这独流入海、自成体系的河流让这个区域的人得以锤炼出一种区别于中原农耕文明的海洋精神。
像黄河、长江之类的河流，水势平缓，他们的流域大多都是在内陆。这样的大河只能形成自成体系的内向型的“大河文明”，也就是农耕文明，因为他们只能把人的目光引向身边的河谷地带。而流向大洋的河流，则很大程度上会把人引向海洋，海洋的波澜壮阔自然而然地引发出一种海洋精神。这一点，只需要看看海盗辈出的几个国家如希腊、西班牙、英国、荷兰、法国等国家的地图就可以看出来。而大河流经的地方，如埃及、中国都安安分分地种着自己的一亩三分地。