在第二卷中，他强调归纳法的科学意义，认为必须用观察和实验方法，最大限度地收集材料（完全归纳），提出了著名的“三表说”（具有表、缺乏表、程度表或比较表）。分析实验数据，排除一切非本质的因素，最终得出实验的真实结果，为人们把握自然提供本质的认识。他教导科学实验者，既不要做只会收集材料的蚂蚁，也不要做只从自身吐丝结网的蜘蛛，而要做既采集又加工的蜜蜂。
他以对热的讨论为例，详细地讨论了收集、整理经验事实的过程，并从中得出一套原理方法。他说我们应该把收集到的事实安排成三个表，第一表是“本质和具有表”，收集一些肯定的实例，如具有“热”的性质的实例，像日光、火焰等；第二表是“差异表”或“接近中的缺乏表”，如一些与热的实例相似、但不具有热的实例，如月光等；第三表是“程度表”或“比较表”。他认为，在这三个表的基础上，通过积极的理性的工作，我们就可以得出关于“热”的性质的一般原理，即“热”是通过磨擦产生的。培根认为获得知识的方法是他称之为《新工具》的归纳法，通过三个步骤来实现：
1.广泛收集事实，作为归纳的基础；
2.把收集的材料通过例证列表，整理感性材料；
3.进行归纳，把一切无关的、非本质的东西除掉，留下肯定的、本质的东西。
他认为归纳的一个基本原则就是不能跳跃地而是逐步地从感性上升到理性，因此他反对那种从经验材料一下子飞到最普遍公理的认识方法。
培根所创立的实验科学思维方法，为近、现代实验工作者提供了崭新的思维模式。直到今天，“由实验室中对实验数据的对比分析形成结论——通过实验方式和设备功能的逐步放大——最终再按实验放大结果投入工厂生产，使之转化为巨大生产效率”的方式和模块，仍然在现代工业生产中起着核心和支配的作用。西方近代哲学一开始就特别重视人的理性认识能力以及认识的对象自然界，在这一点上，英国的经验论哲学和欧洲大陆的理性论哲学是一致的。为了开辟人类认识自然的道路，这两派哲学还都很重视方法论的研究。培根的哲学方法论思想比较突出地反映了西方近代哲学的精神，对西方近代哲学的发展产生了比较大的影响。
知识就是力量。
一个自身无德的人见别人有德必怀嫉妒。
没有友谊，则世上不过是一片荒野。
最能保人心神健康的预防药，就是朋友的忠言规谏。
思想中的疑心就好像鸟中的蝙蝠一样，永远是在黄昏中飞的。疑心使君王倾向专制，丈夫倾向嫉妒，智者倾向寡断和忧郁。
狡猾就是一种阴险邪恶的聪明。一个狡猾人与一个聪明人之间，确有一种很大的差异，这差异不但是在诚实上，而且是在才能上的。
顺境的美德是节制；逆境的美德是坚忍。这后一种是较为伟大的一种德性。
读书在于造成完全的人格。
人的知识和人的力量这两件东西是结合为一体的；工作的失败都起于对因果关系的无知。
人在身体强壮的青少年时所培养成的不良嗜欲，将来到了晚年是要合并结算总帐的。
灰心生失望，失望生动摇，动摇生失败。
真理是时间的女儿而不是权威的女儿。
思想智慧
弗兰西斯·培根作为一个科学哲学家，所做出的贡献是不可忽视的。他是以新唯物主义哲学指导科学发展的主要代表人物，是最早认识到科学的历史意义以及它在人类生活中的重要地位的人。
弗兰西斯·培根是个唯物主义的哲学家。在科学事业上他没有从事某一项具体的研究，但用他自己的话讲，他要做一个科学上的哥伦布。他在1605年出版的《学术的进展》一书中，主要阐述了这种观点。在这一观点的主导下，培根从哲学原理出发，深入地研究和论述了科学的方法问题。首先他明确指出，科学的目标是用新发现和新发明来改善人类的生活。这是他的哲学的突出特点之一。为此他提出了著名的口号“知识就是力量”。
弗兰西斯·培根的哲学思想是唯物主义的。他反对经院哲学和唯心主义。他极力批判经院哲学，主张打破“偶像”，铲除各种偏见和幻想。他主张双重真理说，强调发展自然科学在人类生活中占有重要的地位。他认为自然是物质的，物质是多种多样的、能动的，人类掌握知识是为了认识自然和征服自然。他认为，一切知识来源于感觉，感觉是可靠的。培根的哲学思想与其社会思想是密不可分的。他是资产阶级上升时期的代表，主张发展生产，渴望探索自然，要求发展科学。他认为是经院哲学阻碍了当代科学的发展。因此他极力批判经院哲学和神学权威。他还进一步揭露了人类认识产生谬误的根源，提出了著名的“四假相说”。他说这是在人心普遍发生的一种病理状态，而非在某情况下产生的迷惑与疑难。第一种是“种族的假相”，这是由于人的天性而引起的认识错误；第二种是“洞穴的假相”，是个人由于性格、爱好、教育、环境而产生的认识中片面性的错误；第三种是“市场的假相”，即由于人们交往时语言概念的不确定产生的思维混乱。第四种是“剧场的假相”这是指由于盲目迷信权威和传统而造成的错误认识。培根指出，经院哲学家就是利用四种假相来抹煞真理，制造谬误，从而给予了经院哲学沉重的打击。但是培根的“假相说”渗透了培根哲学的经验主义倾向，未能对理智的本性与唯心主义的虚妄加以严格区别。
培根认为当时的学术传统是贫乏的，原因在于学术与经验失去接触。他主张科学理论与科学技术相辅相成。他主张打破“偶像”，铲除各种偏见和幻想，他提出“真理是时间的女儿而不是权威的女儿”，对经院哲学进行了有力的攻击。
培根的科学方法是以实验定性和归纳为主的。其思想进步一面，反映了英国资产阶级在上升时期对发展科学的要求。但他的学说中也充满了神学的不彻底性，如认为有“理性灵魂”的存在等。他不同意在科学方法上使用数学和演绎法，他的这些观点对机械唯物论有很大影响。培根的科学方法观以实验定性和归纳为主。他继承和发展了古代关于物质是万物本源的思想，认为世界是由物质构成的，物质具有运动的特性，运动是物质的属性。培根从唯物论立场出发，指出科学的任务在于认识自然界及其规律。但受时代的局限，他的世界观还具有朴素唯物论和形而上学的特点。
培根不仅是一位著名的哲学家，还是一位杰出的散文作家。在他的一生中，虽然有繁杂的事务分心，可他在写作上从来没有懈怠过，他一生写下了不少光辉的著作，其中最著名的传世之作是1624年出版的《论说文集》。《论说文集》文笔优美、语言凝练、寓意深刻。在这本书中的他从各种角度论述了他对人与社会、人与自己、人与自然的关系的许多独到而精辟的见解，使许许多多人从这本书中获得熏陶指导。如：
“一个自身无德的人见别人有德必怀嫉妒。”
“没有友谊，则世上不过是一片荒野。”
“最能保人心神健康的预防药，就是朋友的忠言规谏。”
“思想中的疑心就好像鸟中的蝙蝠一样，永远是在黄昏中飞的。疑心使君王倾向专制，丈夫倾向嫉妒，智者倾向寡断和忧郁。”
“狡猾就是一种阴险邪恶的聪明。一个狡猾人与一个聪明人之间，确有一种很大的差异，这差异不但是在诚实上，而且是在才能上的。”
“顺境的美德是节制；逆境的美德是坚忍。这后一种是较为伟大的一种德性。”
培根还认为读书有三种功用，即怡情、博彩和长才。
培根在求知法上也有自己独特的见解，他认为：“有的知识只要浅尝即可。有的知识只要粗知即可，只有少数专门知识需要深入钻研、仔细揣摩。所以，有的书只读其中的一部分即可，有的书知其中梗概即可，而对于少数好书，则要精读、细读、反复地读。”培根这一段对读书方法的论述可以说是他在知识的海洋的游泳术。他的这一段话，用几个字来概括，就是“尝”、“吞”、“嚼”。所谓“尝”，就是选读，择其要者，浅尝辄止，不通读全书；所谓“吞”，就是狼吞虎咽，泛泛浏览，知其梗概，了解其主要内容和要点，就可以了；所谓“嚼”，就是慢嚼细咽，反复精读，不仅要知其然，还要知其所以然，并吸收其精华，为我所用。培根的这套求知方法也是古往今来人们从事科学研究和读书求学的经验总结。
弗兰西斯·培根是英国文艺复兴时期最重要的哲学家、散文家。他在文艺复兴时期的巨人中被尊称为哲学史和科学史上划时代的人物。马克思称他是“英国唯物主义和整个现代实验科学的真正始祖。”近代哲学史上首先提出经验论原则的哲学家。他重视感觉经验和归纳逻辑在认识过程中的作用，开创了以经验为手段，研究感性自然的经验哲学的新时代，是近代归纳法的创始人，又是给科学研究程序进行逻辑组织化的先驱，所以尽管他的哲学有许多地方欠圆满，他仍旧占有永久不倒的重要地位。对近代科学的建立起了积极的推动作用，对人类哲学史、科学史都做出了重大的历史贡献。为此，罗素尊称培根为“给科学研究程序进行逻辑组织化的先驱”。
他不但在文学、哲学上多有建树，在自然科学领域里，也取得了重大成就。培根是一位经历了诸多磨难的贵族子弟，复杂多变的生活经历丰富了他的阅历，随之而来的，是他的思想成熟，言论深邃，富含哲理。
就智力方面说，培根是伟大的；就道德方面说，他是很弱的。他的人格是多方面的，他的天才不限于一隅。他是法学家、政客、科学家、哲学家、历史家、又是散文作家。对于这样繁复的性格与才能要下一个总评是很难的。同时他对于神学和教会中的情形也是一个很有兴趣的探讨者。他也曾写过这样一句语意双关的话——“对隐藏的诗人要厚道些”，这句话是“培根派”所特别注重的。这句话使我们疑心到他大概对于作诗也颇有尝试，其诗作或不限于两篇宫剧。简单说，培根是拿整个的学术为他的领域的。总之，弗兰西斯·培根作为哲学家，是近代实验科学的创始人、文学家。
培根死后，人们为怀念他，为他修建了一座纪念碑，亨利·沃登爵士为他题写了墓志铭：圣奥尔本斯子爵如用更煊赫的头衔应称之为“科学之光”、“法律之舌”。
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培根第一次见到伊丽莎白女王时，仅有5岁半。一天，女王在培根家的橡树下偶然遇到做算术题的小培根。女王风趣地逗他：“我的小掌玺大臣，你几岁了？”培根回答：“我吗？比陛下的幸福王朝小两岁！”小培根从容回答完毕，然后埋头做自己的算术题。女王顿时十分惊讶，随后弯下腰，仔细地端详这个孩子。老培根见到这个场景，急忙揪住小培根的耳朵，勒令孩子给女王下跪请罪，并斥责儿子：对待女王怎敢如此大胆无礼？
女王急忙喝住了老培根，面对前呼后拥的随从大声说道：“倘若今后大不列颠王朝的孩子皆能像这个小孩子一样有才气、有头脑，英国何愁不强？”