慈禧太后大权独揽，开始了她对中国长达47年的统治。
顾命八大臣
咸丰十年（公元1860年），英法联军进逼北京，咸丰皇帝率领众嫔妃和大臣逃亡承德避暑山庄。恭亲王奕奉命为钦差“便宜行事全权大臣”留守北京，并与英、法等国议和，签订丧权辱国的《北京条约》。其间，奕不但得到外国的支持，而且在朝廷中结成自己的势力集团。公元1861年8月21日，咸丰皇帝病危，立6岁长子载淳为皇太子，任命怡亲王载垣、郑亲王端华、御前大臣景寿、户部尚书肃顺及军机大臣穆荫、匡源、杜翰、焦佑瀛为顾命大臣。次日，咸丰皇帝病死，肃顺等即以赞襄政务王大臣的名义总摄朝政。顾命八大臣为了不让奕分权，仅让他在北京办理一切事宜。
铲除党羽
载淳即位后，改年号为“祺祥”。其生母叶赫那拉氏被尊为皇太后，加“慈禧”徽号，皇后钮祜禄氏被尊为皇太后，加“慈安”徽号。慈禧太后是一个权力欲极强的女人，她与慈安太后密谋铲除肃顺等赞襄政务王大臣，她们秘密召见醇郡王奕譞，也就是慈禧的妹夫，密商罢斥肃顺等人，并与在京的奕联系。9月5日，奕奉太后旨意赶至热河，密谋政变。尔后指使御史董元醇出面奏请两太后“权听朝政”，除顾命八大臣之外，派亲王一二人（暗指奕、奕譞二人）参政。9月15日，朝廷会议讨论董元淳的奏折，八大臣当然不愿意让两宫太后垂帘听政，于是称皇帝不愿听命太后，驳回董元淳的奏折。
公元1861年10月26日，慈禧、慈安两太后偕幼帝载淳与载垣、端华等离承德回京。肃顺等护送咸丰皇帝灵柩随后出发。两宫太后抵京后，马上召见先行返京的奕，商议对策。11月2日，奕示意大学士贾桢、周祖培等再次奏请两太后“垂帘听政”，胜保也上奏附合，并请以近支亲王辅政。随即两宫太后下诏，历数载垣、端华、肃顺等罪状，称其与外不能尽心议和，使朝廷失信各国，皇帝避走热河。并命令载垣、端华、肃顺解任听勘，景寿、穆荫、匡源、杜翰、焦佑瀛退出军机处。当日，又下诏将肃顺等三人革职拿问。11月3日，两宫太后降旨任命奕为议政王，掌管军机处；桂良、沉兆霖、文祥、宝鐾并为军机大臣。7日，下诏废“祺祥”年号，以明年为“同治”元年。次日，再下诏命载垣、端华自尽，处斩肃顺；景寿、匡源、杜翰、焦佑瀛皆革职，穆荫革职后发往军台。随后，又清除了赞襄政务王大臣的党羽。11日，同治皇帝载淳正式即位。这就是近代史上有名的“辛酉政变”。
慈禧大权独揽
辛酉政变后，慈禧太后的统治地位尚未稳固，需要奕的继续支持，于是给予了奕许多破格的待遇加以笼络，如将他的长女留养宫中，晋封为固伦公主，赏他在紫禁城内乘用四人轿等等。奕既已总揽朝廷大权，便势倾朝野。他网罗文祥、宝整、曹毓英、李棠阶、董恂等人做为智囊和助手，暗中培植自己的势力。
随着奕权力的不断扩大，叔嫂之间在权力上的矛盾、斗争日渐显露出来。醇郡王奕譞因参加政变有功加亲王衔，授为都统、御前大臣、领侍卫内大臣。奕譞由于是慈禧太后的妹夫，不满意其兄奕大权在握。公元1863年他即奏称“亲贵不当专政”就是针对奕而发的。在这场新的权力斗争中，慈禧太后和奕譞合作对付奕，伺机而发。但这时朝廷正忙于镇压太平天国运动，他们之间的矛盾暂时没有公开化。
随着太平天国的失败，清朝的政局逐渐稳定下来，慈禧太后的统治地位也日趋巩固，于是就处心积虑地要削弱奕的权力。公元1865年4月，她以奕“目无君上”、“暗使离间”等罪名，下诏革除其一切差事。慈禧太后这一突然的重大政治举措，使许多王公大臣感到惊诧，纷纷上折请求收回成命。她见用权示威的目的已经达到，而且出于政治需要，也就采取先打后拉的手法，仍令奕管理总理衙门，接着又恢复了他的领班军机大臣的职务，但取消了议政王的称号。从此，慈禧太后大权独揽，开始了她对中国长达47年的统治。