雍正元年（1723），哲卜尊丹巴到京师拜谒康熙的灵堂，不久却染病而死。雍正帝命允前往送其灵盒、印册赐奠等。允不肯离京，先说无力准备马匹行李，及至出发到张家口外又不肯再走。雍正知道允禩和允关系很好，命对其议处。允禩说，可将不行谏劝他继续前进的长史官责罚，雍正没有同意。当允禩请求把允的郡王革去时，雍正帝即断然将他革去世爵，调回京师，永远监禁，查抄家产。杀鸡给猴看，以为不听皇帝命令者戒。
雍正用软硬兼施的手段对付允禩一伙，把他们分散各地，使他们无法联络，动辄得咎。雍正还对他们采取分化瓦解、有拉有打、各个击破的策略，在即位之后不久就取得成功。雍正以允禩等诸兄弟“任意妄行”等等为名，对他们不断的加以整治，削弱他们的力量，打击他们。但雍正帝对其他参与过争夺皇位的兄弟开始时是根据情况区别对待，有拉有打。但在平定青海罗卜藏丹津叛乱、地位进一步巩固以后，则发生了显著的变化，主要表现在对允禩的态度上。雍正二年（1724）四月初七谕诸王大臣说，自康熙四十七年（1708）以来，他的无知兄弟们就结党妄行，惹康熙帝生气。他即位之后，不计允禩等的“从前诸恶，惟念骨肉兄弟”之情，但他不知痛改前非，“不以事君事兄为重，怀私心，由此观之，其大志至今未已也！”他还命大臣对允禩据实揭发，不许隐讳，展开了凌厉的攻势。五月，因苏努、勒什享父子党庇允禟、允禩，“扰乱国家之心毫无悛改”，革去苏努贝勒，撤回公中佐领，与诸子发往右卫居住。七月，雍正帝公布《御制朋党论》，开始了他进一步惩治朋党势力的第二阶段。
其间有年羹尧、隆科多问题插进来，延缓了雍正帝大刀阔斧整治政敌的进程。但雍正帝还不时指斥他们，间或处理其中的个别人。待到收拾了年羹尧，调出了隆科多，雍正四年（1726）正月，雍正帝发出了上谕，大力整饬允禩党人。他历数允禩的罪状：“廉亲王允禩狂逆已极，朕若再为隐忍，有实不可以仰对圣祖仁皇帝在天之灵者……当时允禩希冀非望，欲沽忠孝之名，欺人耳目，而其奸险不法，事事伤圣祖仁皇帝慈怀，以致忿怒郁结，无时舒畅……朕闻之不胜惊怪。是年二阿哥有事时，圣祖仁皇帝命朕同允禩在京办理事务，凡有启奏，皆蒙御批，奏折交与允禩收贮。后向允禩问及，允禩云：前在要（遥）亭时，皇考怒我，恐有不测，比时寄信回家，将一应笔札烧毁，此御批奏折藏在佛柜内，遂一并焚之矣”。
雍正帝揭露允禩为谋取储位和皇位已经是一个“不忠不孝、大奸大恶之人”，解决的办法只有惩治允禩，逐出宗室，削除宗籍。他的同党允禟、苏努等也受到同样的处分。允禩妻乌雅氏革去福晋，休回母家，严加看守。允禟编造似西洋字的十九字头与家人通信，此时被发觉，抄检了他的家。
雍正四年（1726）二月，将允禩降为民王，交所属旗内稽查，不得依宗室诸王例保留所属佐领人员，随之圈禁。贝子鲁宾当允褪在西北军前时，代允禩与之联系，以后也被揭发并被圈禁。
雍正四年（1726）三月，允禩改称“阿其那”，其子弘旺也不配作宗室子弟，改名“菩萨保”，允禟改称“塞思黑”。“阿其那”、“塞思黑”在满语中是猪、狗的意思。之后，雍正帝又加快了对允禩党人的处理步伐。五月，雍正帝向内外臣工、八旗人等颁布允禩、允褪、允禟等罪状。允禟被视为可厌可恨的人，他被都统楚宗从西大通押至保定，直隶总督李绂奉命将之圈禁。李绂将衙门附近三间小房，四面砌墙，置允禟入内，封闭前门，设转桶传进饮食，外派官兵看守。时值酷暑，闷热难忍，允禟带着铁锁、手梏几度晕死过去。八月，李绂奏报允禟病死。雍正帝说他是服冥诛，罪有应得。显然，允禟是被害死的。
雍正帝治死允禩、允禟等人，是因为他们在先朝结党谋夺储位，今朝仍然固结不散，变本加厉地企图制造新君的失误而获大戗在宫廷斗争中，雍正帝处置了许多宗室王公，削弱了他们的势力，迫使他们围绕皇帝的意志从事政治活动。
乾隆惩治学士尹牡图
乾隆五十五年（1790）十一月十九日下了一道上谕，斥责内阁学士尹牡图所奏之非。在短短的三个月里，乾隆又多次下诏历数尹奏是“希荣卑鄙，饰词谎奏”，强调盛世太平。尹奏到底是关于什么的？乾隆为何会如此的气愤不平？是是非非，让人难以理解。
在中国封建社会的历史长河中，乾隆也算是一个奋发有为的政治强人。乾隆帝即位之初，承袭前期诸帝余绪，亦能乾纲独断，文治武功，开疆领土，均有可观，出现了所谓的“康乾盛世”。但到了乾隆末期，封建社会所固有的各种矛盾，经过长期的潜伏与发展，这时已不可避免地大大激化起来，成了封建社会的不治之症。然而，追根求源，导致清王朝中衰的根源在于以“十全”功业著称的乾隆帝。乾隆帝晚年宠信和珅，以致上上下下官吏贪黩成风，从此吏治腐败就成为疯狂侵噬大清帝国肌体的毒瘤和不治之症，直接导致了大清帝国由极盛走向衰败。
乾隆皇帝乾隆五十五年（1790）内阁学士尹牡图按职责上疏言事，指出近来规定总督、巡抚等大员可以罚银数万以充公用而代其罪是不妥的制度，因为督抚如能自请罚银而免于处罚，则清廉者亦不得不希望属员资助，“日后遇有属员亏空营私重案，不容不曲为庇护”。因此，此一制度“罚项虽严，不惟无以动其愧惧之心，且潜生其玩勿之念”。
尹牡图奏中所指督抚派令属员交银，以及属员藉此胁持上司之事早已层出不穷，因而从制度上加以预防是很有必要的。即使所说欠妥，作为内阁学士也是合理合法的。几千年来臣工进奏，被采纳或有真见的也没有几份，大多都是“报闻”而已，本不值得大惊小怪，弄得满朝震动，沸沸扬扬。但乾隆阅过此上疏之后当即就大为不满，下谕指责尹牡图是“贪渎营私自蹈重罪”之官，处以罢斥，改用京员，是“名为严之，实以宽之”。他认为尹牡图这样说，可能已经知道实有弊情，命其指明违法之督抚、属员的姓名，查实治罪。
尹牡图是个书生，性情秉直，不知其奏已经触犯了晚年皇帝贪图享乐的要害，反而实话实说，他经过直隶、山东、河南、湖广、江浙、广西等省体察到商民对官吏多没有好评。然而，他所指责的范围太广，涉及之人很多，地方官员都是贪污之员，各省的吏治都是废弛，全盘否定。事实上他的矛头对准的是整个官僚集团。全国各省的府县官员，不是赃银上万两的，就是徇情、党庇的劣臣，这成千上万的官员组成的官僚集团岂不是腐败透顶，都该予以清出？照此追下去，当今皇帝也免不了责任。年老又好大喜功的乾隆帝素以爱民如子自诩，自封“盛世”的万岁又怎能不生气？
因此，局势必然朝着不利于尹的方向迅速发展。尽管尹牡图所说确是实情，切中了要害，但晚年的乾隆已变得老态龙钟，刚愎自用。他大发雷霆，屡降明旨，严厉指责尹的上谕以及尹本人。乾隆在看见尹牡图奏稿的当日即下专谕说自己勤政爱民，惩治贪官“从不稍存宽假”，还辩解称“若如尹牡图所奏，则大小臣工等皆虚词阿谀……而朕五十余年以来，竟系被人蒙蔽，于外间情形全无所知”。令尹牡图将何省亏空等一一指实复奏，否则就是“自蹈欺罔之咎”。
尹牡图面临指责，怎能一下子说得清楚。他不能公然指斥皇帝，只能“虚誉朕勤政爱民”，又“不能指实一人一事”。乾隆帝已把他置于对立位置，命户部侍郎庆成带尹牡图去各省查仓库，看有没有亏空。乾隆在朝廷上如此发怒斥责尹牡图，下面早已风传，做好了挪补的准备，加上庆成所至省府先“游宴数日，乃发仓库校核”，所以走遍了山西、直隶、山东、江南等省，“盘查仓库，俱无亏短”。这一下，尹牡图大败亏输，乾隆帝大骂尹牡图“不但无君，而且无亲，人伦尽丧……尹牡图着革职，交与庆成押带来京，交刑部治罪”。
封建社会的官员，本是在依附皇帝的前提下为民为君着想，尹牡图一看皇帝变了脸，又是这么个盘查方法，只能“全改前言，自认为愚谬妄谈”了。大学士九卿等大吏一看，哪里肯放过，“照挟诈欺公妄生异议律，拟将尹立即斩决”。
其实，乾隆帝心里也明白，所以又拉回来说：“尹牡图摭拾虚词，妄行渎奏，原难从宽；其造作无稽、污蔑良民，其咎更无可逭。然朕不妨以谤为规，著加恩免治其罪。以内阁侍读用，仍带革职留任，八年无过，方准开复”。
乾隆帝对尹牡图之据实直谏，加以如此无理指责，并几乎加以处死，实为大谬，纯系以权势压人横不讲理。这种作法，当然阻塞了言路，危害了吏治，贪污欺骗之风盛行。乾隆的做法充分反映出自诩明君的他已无先年励精图治、知错改过、转败为胜、化挫折为成功的英君气魄，变成了盲目自大，耳塞目花，文过饰非的昏庸皇帝。他对尹牡图的做法是错误的，与实际情况不符，甚至是完全颠倒了。其自称“无事无时不以爱民为念”，其实纵贪即害民；说各省仓库“均属充盈”，其实却是亏缺甚多；自诩已达“盛世”、“海宇清宁，地方无事”，实则却是“民不聊生”、“大乱”即起；将贪污盛行“政以贿成”的污浊局面美化为“吏治肃清”；他自夸大权独揽并无大臣揽权营私，不料此时却是和珅贪贿专权、乱政误国。可见，乾隆帝是陶醉在英明天子太平盛世的美梦之中，其贪财好货、庇护奸佞、文过拒谏已使“盛世”逐渐转向衰落了。
孙嘉淦奏稿案
乾隆十五年（1738），清王朝发生了一件奇特的大案，一份署名工部尚书孙嘉淦的奏稿在全国上下广为暗中流传，奏稿大肆攻击乾隆的统治和品德。直至乾隆十六年（1739），才由云贵总督硕色密折上报乾隆皇帝，乾隆立即在全国范围内严厉追查。然而，始作俑者一直以来是个未解之谜。
乾隆皇帝放弃“宽严并济”的统治政策，以及借皇后去世之机，对违制剃头的官员严加惩治，在广大官员中引起强烈不满。在此期间，他的四出巡游和对金川战争的处理，也给全国官吏、士民带来了极大的骚扰。因而，乾隆十五年（1738）以后，一份托名工部尚书孙嘉淦所作的奏疏稿在社会上得到广泛流传。
该奏稿指斥乾隆皇帝失德，罗列了“五不解，十大过”，对乾隆皇帝和他实行的政策进行了尖锐的抨击。就现存其中部分内容来看，一是抨击他杀死张广泗，“以张广泗为有功”，二是批评他巡幸无度。在专制统治日益酷烈的情况下，这份伪奏稿竟将抨击的矛头直接指向乾隆皇帝，显然是一起极为严重的政治事件。奏稿措词之尖锐、传播范围之广泛都大大超出了乾隆自己的想像。因而，这一事件的发生也使乾隆感到风声鹤唳、草木皆兵，甚为孤立，并对当时形势作出了完全错误的估计。他开始感到，不但在各级官吏中有一支和自己对立的势力，而且由于长期以来固有的满汉民族矛盾，这支势力还有着极其深刻的历史背景和社会基础。
为了进一步巩固清朝政权，加强专制统治，乾隆除动用全国力量追查伪稿作者，寻找时机对各级官员中的异己势力进行严厉打击外，还以清查“悖逆”著作为借口，在全国范围内掀起了制造文字狱案的高潮。因此，这份伪奏稿的出现在最高统治集团内部引起了强烈震动，在国家政治生活中也激起了极大的波澜，顷刻之间，寒流吹遍了中国大地。
乾隆十六年（1739）六月，这份伪奏稿首先在贵州被当地官员发现。不久，即由云贵总督硕色以秘密奏折的方式报告乾隆皇帝。乾隆看过之后，认为这份伪奏稿“假托廷臣名目，胆肆讪谤，甚至捏造朱批，显系大逆恶徒逞其狂悖，不法已极”。当即严令步兵统领舒赫德及直隶、山东、山西、河南、湖北、湖南、贵州等省督抚“密加缉访，勿令党羽得有漏网”。这样，在他的严旨督催下，在全国开展了追查伪奏稿作者的活动。
随着全国上下追查活动的展开，和乾隆皇帝原来的设想相反，这份伪奏稿的传播范围、牵连人数和破案难度都大大超过了以往各案。就其传播范围而言，不独内地十七省，而且远在云贵的边远土司竟然也有流传。就传抄人员而言，既有各级官吏、举员生监、乡绅、商贾和僧人，也有八旗子弟。缉获之传抄人员，案发之初三个月，仅四川一省便已达二百八十余人，更不用说全国了。在审讯过程中，或者辗转诬攀，或者将已故之人拿来搪塞，兼之以各级官吏为营私而扩大案情，民间因挟仇而互相诬陷，不但大大加重了案情的复杂程度，使得从事追查的各级官吏处于十分被动的局面，同时也给民间带来了极大的骚扰。为此，御史书成、在籍侍郎钱陈群先后上疏，要求停止查办伪稿，释放株连民众。这使乾隆帝十分恼火并对之大加严斥：“伊（书成）系满洲世仆，似此丧心病狂之言，如诅咒彼父祖者，乃视为漠然，财所系于败坏满洲尊君亲上之风为尤甚。既已延及数省，迟至经年，断无骤然中止之理”。为了加速追查活动，他一方面严厉斥责各级官吏无能和“虚文塞责”，并分别对侦缉不力的官员严加处分；另一方面，又以此案能否侦破已关乎“大清国体统颜面”相激励，要求各级官吏将主要精力用于伪稿的追查活动。尽管如此，经过一年多的清查，缉捕人数达千人以上，因查办不力而被降级、革职拿办的督抚大员有十几名，乾隆皇帝为此案所发上谕，见诸实录的就有三万言之多。为一份伪稿，几乎将全国上下搞了个人仰马翻，而伪稿作者却仍然是“茫如入海泥沙，了无头绪”。乾隆皇帝本人也进退失据，处于极为尴尬的境地。
为了给自己寻找下台的台阶，乾隆十七年（1740）十二月，乾隆帝授意军机大臣将传抄伪稿的一个地方低级官吏——江西长淮千总卢鲁生定为炮制伪稿的主犯，重治其罪。次年二月，将之押赴市曹凌迟处死。在此同时，宣谕中外：伪稿主犯已经缉获，所有传抄各犯俱加恩宽免。对于传抄伪稿的官员，则照例治罪。除此之外，审理不力的官员，如江西巡抚耶昌、按察使丁廷让等俱革职拿问，交刑部治罪。两江总督尹继善、闽浙总督喀尔吉善则因失察而交刑部严议。至此，这场轰动全国的伪孙嘉淦奏稿案，才算告一段落，草草收场。