一议锡封号官职，以臣服夷酋，照得北虏各部落，惟土蛮为小王子之裔，屯驻辽蓟东北，众十余万，其控弦带甲者，不满数万，虏种虽众，而兵未精强，故难独逞。俺答故兄吉囊并其弟老把都三人，原系土蛮臣属，分注宣大迤北云州青山河套内外、河西大小松山，连年抢虏番汉盔甲，器械既多，益以板升奸逆，教虏为兵，战阵攻击尤徤，兵号精强，但众势分据，未易卒合。故每次入犯，必纠会于数月之前，聚众至十余万，方敢深犯。否则各分边境，趁草驻牧，时遣精骑，朴抢窥农，此虏中之大势也。
……
一定贡额以均赏赉，夫夷虏之进贡各献马匹……一议贡期贡道以便防范……一议立互市，以利华夷……一议抚赏之费以求可继，照得各镇每年四时戒防既多……一议归降以杜启衅，照得朝廷悬招降之例，以开华人归正之门……一审经权以严边备。
虽今日天朝暂假爵职之名器，示以荣锡之恩，每岁暂借客饷十之一二，为抚赏酬贡之费，是一时羁縻之微权，而保固疆圉，生全边氓，将不可数计矣，释此不事，此为明见则拒虏甚易而灭虏实难虏将窥隙，而东西岁扰，我必随势而远近戒防，士马疲于奔命，财力匮于征输，是为不能达权，将并经常之守，不可继矣。
（王崇古《确议封贡事宜疏》）
他从自己多年来与俺答打交道的经验出发，仔细剖析各方形势，分析和谈将带来的种种利益，并进一步提出了明确可行的具体措施。王崇古可谓发挥了自己文官出身又兼任武将、熟知边务的巨大优势，这篇奏疏文辞极佳，写得条陈理析，头头是道，说理十分透彻。但是，当这份奏疏送至朝廷时，还是引起了满朝哗然，朝臣们议论纷纷，各抒己见。以御史饶仁侃、武尚贤、叶梦熊等人为首的主战派激烈反对接受把汉归附，而大学士高拱、张居正、张四维等人极力支持王崇古的和谈主张，兵部尚书郭乾则被吵得不知所措，议论了很长时间都定不下来。最后，主和派终于占了上风，在高拱、张居正的支持下，王崇古的意见被采纳了，穆宗颁下诏书，封把汉那吉为指挥使。得到了朝廷的支持，王崇古开始自己的部署，他针对俺答调兵临边索要把汉的情况，一面下令军队做好防御准备，一面派遣鲍崇德将明朝厚待把汉的情况转告了俺答：把汉那吉被授予了“指挥使”的官爵，鼓动他归顺的奶公则被封为正千户，其他各人也有封赏。当俺答派遣使者来了解虚实时，把汉那吉穿着明朝赐给的正三品的红袍金带，威风凛凛地会见了使者。这些彻底打消了俺答的疑虑，他立即把此前叛变投敌的赵全等人捆绑送回了大同，任明朝发落，同时还派遣使者表示感谢，发誓再也不会侵犯边境了。可见，作为具体处理此事的官员，王崇古可谓临危不乱，极有大将风范，他能根据实际情况选择最佳对策，并争取朝廷支持，妥善处理把汉归附事件，为明朝蒙汉关系的改善、议和做好了铺垫。
见把汉那吉受到厚待，俺答干脆进一步提出，要明朝封他为王，并开马市进行贸易。王崇古紧急向朝廷上奏疏，主张同意俺答的请求。这封奏疏为他招来了很多批评意见，虽然当时远在北疆，但从与高拱、张四维等人的信件往来中，王崇古自己也得知了朝臣们对这个问题的激烈反应。他从对蒙古形势的了解出发，极力坚持，再次上奏疏明确提出，应该答应俺答的请求，封他为王，这样才能利用他在蒙古各部落中的威望，限制其他各方势力的发展。王崇古分析了这次俺答请求“封乞通贡”与此前的种种不同之处，认为不应该以先帝时的情形来拒绝这次收服蒙古部落的大好机会。同时，他还不无担忧地指出了拒绝可能会带来的恶果：缺乏生活必需品的俺答，一旦得不到满意的回答，必然会加大军事进攻的力度，虽然王崇古的军队并不惧怕和敌人打仗，但流寇扰民、劫掠生事却难免给边民们带来巨大的损失。
王崇古在《确议封贡事宜疏》中还全面提出赐封、通贡、互市的主张，对比了这次俺答请封乞贡与嘉靖年间开马市的不同，驳斥了反对派“先帝禁开马市”的论调，肯定了封贡互市的必要性。他提出了对俺答等蒙古族各部首领封赐爵位、官职的具体办法：赐俺答以王的封号，颁给镀金印信，其余各部首领、俺答子孙等分别授予都督、指挥等职衔。此外，王崇古对蒙古族各部进贡的马匹也规定了数额，以便使蒙古各部族每年都能获得明朝的礼物，并强调只有数额公平合理，才能避免他们内部因不均而起纠纷。同时，他还明确规定蒙古进贡的时间为每年正月上旬，并对来使人数和所走的道路等细节问题都进行了周密的安排，以确保进贡的蒙古使者不至于对明朝形成威胁。
收到王崇古这份计划周密的奏疏之后，明穆宗下诏在兵部召集会议讨论此事，虽然朝臣们众说纷纭，各执己见，但由于王崇古的意见理由充足，对封贡的具体实施也有周详的考虑与安排，因此得到了朝廷的批准。隆庆五年（1571）三月，明穆宗作出了裁决，下诏封俺答为顺义王，对俺答的子弟、部属也分授官职，并允许蒙古各部族同明朝通贡互市。同年五月，俺答在得胜堡外晾马台（在今大同市北面）举行了盛大的受封庆典，他当众“对天叫誓”，表示“永不犯中国”。
§§§第4节认真实施，促成互市的成功
在把汉那吉归附之前，俺答也曾多次向明朝要求通贡互市，但都被拒绝了。王崇古在奏疏中分析情形道：“庶虏中得衣食之急用，斯可永绝盗心，而客商岁得虏货之利，将源源自至，防范既严而通夷之夙弊可革，交易既广，而不均之骚扰可免矣。”
这几句可谓点到了关键处，蒙古部落抢劫，主要目的在于衣食日用品，游牧经济的单一性、流动性，决定了他们迫切需要中原的铁器、布帛、烟草、茶叶以及其他手工业产品。正如西方汉学家所指出的那样，“这种经济上的要求仿佛是一个巨大的磁轴，有力地吸引着北方游牧民族。因此，北方民族共同的、重复发生的向心运动是由其本身经济要求所决定，同时又是由特定的地理环境所形成的客观规律运动”。
历朝历代，北方游牧民族与中原农耕民族的种种往来，多半是出于基本生活需求的动机；中原政权出于自身安定等政治考虑，往往对这些民族采取安抚措施。整个明朝前期，蒙古族都是依靠战争和零零星星的掠夺等方式来满足他们对农业物资的需求，和明朝长期处于敌对战争状态。而这一次，在处理了把汉归附事件之后，明朝终于确定了与蒙古部落互市的政策。王崇古自己出身商业世家，当然深知搞好边境贸易的重要性，他对互市的实施作了周密筹划与安排，不仅明确规定了交易日期大致每月一次，还由双方各自派出一定数目的军队，驻扎在贸易地点以及市场周围，以维持市场秩序，保护贸易的正常进行。除此之外，他还根据当时的市场行情规定了贸易的重要商品——马匹的价格，“臣当互市之初，开具宣谕榜例，要定虏中上等扇马一匹，拟价十二两，搭配段布官货一分，实值银八两余；中扇马一匹，定价十两，货实值银七两余；下扇马一匹，定价八两，货实值银六两余”。
王崇古制定了明确的政策来保护客商利益，鼓励商民参加贸易，因此互市才得以正常发展，他坚持“务使客商有利、夷价无亏”的原则，使汉族和蒙古商人双方都能从互市中获利。蒙古人需求的主要商品是粮食、布匹、绸缎、锅斧等生活必需品，而中原商人则从互市中购得货物，转而贩卖到内地，获取丰厚的利润。事实上，自从和谈互市之后，明朝从中获得了巨大的利益，从军费开支来说，仅宣大三镇，每年就可省下军费60万两，等于明朝年财政收入的1/5。不仅这样，王崇古还规定了互市的税收制度，从中收取税费，用来充当军饷，“凡夷马商货，各有税例。每年即以收获银充抚赏之用”。经过王崇古的周密筹划和悉心管理，明朝北方边境的蒙汉互市不断迅速发展。仅就宣府、大同、山西三处互市成交的马匹数量来看，隆庆五年（1571）互市之初仅7030匹，隆庆六年（1572）7845匹，万历元年（1573）为9103匹，到了万历二年（1574）就突飞猛进增到27000多匹，仅仅4年之中，马匹成交数量就增加了近3倍，足以见证整个蒙汉贸易在以飞快的速度发展着，既反映了实施互市符合边境人民的生活需要，也验证了王崇古的战略眼光和措施得当。
如果说接受把汉那吉归顺还算得上是王崇古和大同巡抚方逢时的共同功劳，但此后的俺答封赐和通贡互市，则主要是由王崇古一手具体策划和实施的，是在他的极力坚持下才达成的。方逢时自己也曾说过：“臣以忧归，王独任其事，请封议贡，约会定期，劳心苦志，克有成绩。”
王崇古的这一功绩，受到了广泛的赞扬，著名政治家、内阁大学士张居正就写信赞扬他说：“向者仆固谓：‘世必有非常之人，然后有非常之事；有非常之事，然后有非常之功。此所谓非常之事，非公孰能了之？’”
确实，作为明朝镇守北疆的官吏，王崇古在隆庆和议中作出了巨大的贡献，正所谓“非常之人，非常之功，非常之事”。隆庆和议的成功，俺答封贡互市的实现，从根本上改善了明朝蒙汉关系。《明史·王崇古传》载，“贡币之议崇古独成之”，历史将永远记住他的这一功绩。