在明十三陵中，有三座陵墓规制比较大：一是长陵，二是永陵，三是神宗皇帝朱翊钧的定陵。定陵位于大峪山东麓，是朱翊钧及其两位皇后的合葬陵，建筑规模取法其祖父明世宗的永陵，规模稍次，建于1584年至1590年，占地面积18万平方米。明楼檐下石榜刻有“定陵”二字，四角及台阶都用巨石拼砌而成。明楼内石碑上刻有“大明”和“神宗显皇帝之陵”。明楼的正后部是陵墓的主体——地宫。
定陵地宫是目前十三陵中唯一被开发的地下宫殿，是中华人民共和国成立后第一座有计划发掘的帝王陵墓。定陵地下宫殿在地下27米处，规模宏大，由五座石室组成。地上陵宫由宝城、明楼、祾恩殿（重檐7间）、祾恩门（5间）、左右廊庑（各7间）及外罗?内外的宰牲亭、神厨、神库、碑亭组成，占地约18万平方米。地宫共出土各类文物3000多件，其中有四件国宝：金冠、凤冠、夜明珠和明三彩。
定陵的地宫全部用石砌成，多为青石，面积为1195平方米。内无梁架，为石拱券，相当高大。地宫中有7座4吨重的汉白玉石门，设计巧妙，开闭灵活。地宫中又分为正殿、配殿、前殿，和地上建筑完全一样。中殿原陈列着祭器，三个汉白玉石座前各有一套黄色琉璃五供和一个青花大瓷缸，缸中原来盛满长明灯灯油，供点长明灯用。后殿的棺床上停放着朱翊钧和两个皇后的棺木，棺旁放着装满陪葬品的26个红漆木箱?
万历四十八年（1620年）七月二十一，朱翊钧病逝，十月葬于定陵。300多年以后，他的坟墓被发掘。1958年，在夏鼐的指挥下，神宗的梓宫（棺椁）被开启。在厚厚的龙袍下面，掩藏着神宗的尸骨。尸骨复原后的结论是：“万历帝生前体形上部为驼背。从骨骼测量，头顶至左脚长1.64米。”1966年8月24日下午，“地主阶级的总头目”神宗的尸骨被砸烂、焚烧。这位曾经统治中国48年的驼背皇帝，终于化作一缕青烟远去。定陵三百余年后遭掘，还有一说，就是风水不好，当年择地建陵之初，就发现了不吉之兆，预示以后要出大祸。
明神宗朱翊钧10?登基继承大位。糊涂昏庸，好酗酒，每餐必饮，每饮必醉，醉酒后还经常杀人。在位之初，任用张居正等大臣辅政，采用了张居正的改革办法，使经济有所发展。然而张居正死后，万历竟然30年不理朝政，并且广搜民脂民膏，派宦官到处搜掠珠宝，以勘矿、开矿为名广搜民财，导致民愤纷起，怨声载道。史书上说：“明之亡，亡于神宗。”
整个明代，从朱元璋开始就特别讲究风水，他的子孙当然也就发扬光大了这一“传统美德”。明神宗也是一位极其相信风水的天子，万历十一年（1583年）正月，只有21岁的朱翊钧借去天寿山春祭之机，动起了择选万年吉?的念头。只是定陵在选址上，在当时看来就不是最好的地方，甚至引发了极大的争议，但最终还是选择了如今这块地方。这本身就是一个令人费解之谜。
闰二月，神宗亲赴天寿山，又到东山口游览了圣迹亭，不久回到京城。神宗回京后，对钦天监提供的几处吉地不甚满意，八月，又令定国公徐文壁、大学士申时行、司礼监太监张宏同礼工二部官员再赴天寿山各处审视。视毕，徐、申二人认为，原择各处吉地，石门沟山坐南朝北，方向不宜，且堂局狭窄，“似难取用”。形龙山主峰高耸，叠嶂层峦，上峦圆润秀丽，水绕山脉动如蛇游，错落有致，形如出水莲?，案似龙楼凤阁，内外明堂开亮，左右辅弼森严。且龙虎重重包裹，水口曲曲关阑，诸山皆拱，众水来朝，诚为至尊至贵之地。大峪山主势尊严，重重起伏，水星行龙，金星站穴，左右四辅，拱顾周旋，六秀朝宗，明堂端正，砂水有情。此二处“尽善尽美，毫无可议”。其余诸处位次参差，砂水倾倒，委不堪用。因此建议：用形龙山，陵园方向取乙山辛向，略偏卯酉二分；用大峪山，取辛山乙向，略偏戌辰一分。大臣的意见只能供皇帝参考。神宗于九月初九借秋祭之机，亲赴陵域审视了形龙山、大峪山两个地方，初步选定营陵地点为大峪山，但他还要请示母后最后?夺。万历十二年九月，神宗奉两宫圣母之命，率后、妃秋祭山陵，陵祭事毕，来到九龙池、神仙洞、清凉洞等处游览。最后，神宗与两宫圣母登望大峪山，决定就在该地建陵。当时的大峪山还叫小峪山，神宗命改称为大峪山，与父陵后山同名。
虽然大峪山被明神宗认为是“万年吉壤”，但在动工过程中却出现了不祥的预兆。定陵自1584年开工，每天直接进入现场施工的军民夫役和瓦木石匠达两三万人。经过一年的紧张施工，陵园工程已相当有进展。但此时，风水师定下的将来置放棺椁的地方却出现了意外，挖出一块大石头，宝床下无土，这严重犯了风水大?。有大臣提出重新择定陵寝的地址，但让人意外的是，当时一心事佛、十分迷信的朱翊钧一反常态，称祖宗山陵既然位于天寿山，后代子孙皆当归葬于此山。并下诏，劝大臣不要再争论了，寿宫吉地就是大峪山。虽说如此，朱翊钧曾带人悄悄看过几处地方，仍不是很理想，于是彻底死了易地建寿宫的念头。但在六年的建陵过程中，官场和民间关于定陵风水不吉利的议论一直没有停息过。
史载，万历二十三年，定陵已建成五年了，当年开国功臣、风水大师刘伯温的十一世孙刘世廷，仍上疏奏称：“大峪山寿宫龙穴非真。”要知道朱元璋的孝陵就是刘伯温给选?址，刘世廷的风水理论应该是祖传之术。
明神宗为什么选择这样一处在当时许多人看来不吉利的地方建陵？按照明神宗自己的说法是：祖宗山陵既卜于天寿山，圣子神孙，千秋万岁，皆当归葬此山。这种说法似乎是出于无奈之举，因为昌平地区作为皇家陵区是明朝第三个皇帝永乐皇帝圈定的。但事实上，明朝自从明英宗的“土木堡之变”后，就一直受到外患的威胁，一直是采取守势。长城以北的蒙古人不时地进犯明朝边塞，就是当时的京师北京也不例外，在明世宗时两次受到战争威胁，甚至不时有大臣提出迁都。在明中叶后，昌平还不时受到水患的侵袭，?至发生了浸泡皇陵的现象。为什么明神宗还在这风雨飘摇的时候选择这里？有人猜测说，明神宗顽固地坚持在这个大臣认为不好的地方建陵，是故意和群臣作对。神宗早期，正是张居正当政十年，国力有所增长，矛盾有所缓和，外患相对来说也还不太严重。张居正当政时对神宗管教比较严格，神宗也将张居正当做偶像。明神宗亲政后，发现张居正也有贪财受贿之举，心中崇高的偶像幻灭，按现在心理学来看，就产生了严重的逆反心理和报复心理，于是全面否定张居正的政策。这时被张居正所压制的小人就纷纷落井下石。但明神宗本身并不是傻子，而是一个极端聪明?人，他看穿了这班大臣居心叵测，觉得所有的大臣都是表面正经，实际是一心谋私，没有真正的爱国之人，也就是没有对自己尽忠之人。极端的失望导致神宗走向极端，后30年，神宗基本上不上朝理事，就是这种极端失望心理的发泄。正是因为如此，在最初选址的时候，神宗可能是出于无奈，在其后神宗也觉得不适合，但是大臣提出的反对意见越多，他却越是要坚持，这就是那种对大臣极端仇视的心理在作怪。但无论怎样，在出现“重大”不吉利的现象后神宗仍选择在大峪山建陵就成为了历史之谜。
定陵在以后的岁月中的确是屡经磨难。由于朱翊钧搜刮了?量民脂民膏，定陵多次遭到盗墓贼的“光顾”，不仅如此，定陵还屡遭火焚。明崇祯十七年（1644年），李自成农民正义军攻入昌平，地上木构建筑大部分被焚毁。同年清兵入关，陵园再遭破坏。清乾隆五十至五十二年（1785～1787年）修葺时，祾恩门、祾恩殿被缩小规制重建，但民国年间再次被焚。陵园建筑中只有宝城、明楼、重门和陵垣始终未遭严重破坏。
如果按万历一朝对定陵风水的争议来看，这块地方的确没有选好，神宗给自己的子孙和大明帝国“带来”的是一系列的灭顶之灾。当政48年的神宗一脚踏进坟墓，他的子孙就一个比一个命短。他的儿?明光宗朱常洛即位才28天，就因“红丸案”死得不明不白；孙子明熹宗又是一个变态狂，只会做木匠，大小事都交给败国卖家的魏忠贤，熹宗年纪轻轻最后坠水吓死；末代的崇祯皇帝苦苦支撑了十几年，大明帝国就土崩瓦解了，这时距神宗葬入定陵不过才24年。