时成吉思汗正在帖蔑延客额儿（又作帖麦该川，今贝尔湖和克鲁伦河河口处）之地围猎。当他得报后，立即召集“忽里勒台”与众将商讨对策，群臣中多以方春马瘦，宜待秋高马肥为由，不同意出兵，唯其两弟主张及早发兵攻打乃蛮。斡赤斤言：“事所当为，断之在早，何可以马瘦为辞。”别里古台亦言：
“乃蛮欲夺我弧矢，是小我也，我辈义当同死。彼恃其国大而言夸，苟乘其不备而攻之，功当可成也。”成吉思汗悦，决定起兵迎战。出征前，他把军马集于合勒合河旁的建忒该山，下令进行整顿。其一，将全部兵马按千户、百户、十户的军制统一编组，委派了千夫长，百夫长和什夫长等各级那颜；其二，设立扯儿必官，任命其亲信那可儿六人为扯儿必；其三，成立护卫军，设八十宿卫，七十散班；从千户、百户那颜和白身人的子弟内拣选有技能身材好者做护卫；又命阿儿孩合撒儿选拔一千名勇士，组成先锋队，并由其统领，“如厮杀则教在前，平时则做护卫”。军队的重新编组和护卫军的建立，使成吉思汗的军队成为一支纪律严格、战斗力强和高度集中的武装力量，这不仅加强了汗权，而且使追随他的那可儿们得到了大小官职，从而激励他们更勇猛地去战斗。
军马整顿完毕，1204年四月十六日，成吉思汗祭旗纛，以者别、忽必来为先锋，麾师逆怯禄连河西进，至萨里川与乃蛮军相遇。成吉思汗依照朵歹扯儿必的计策，夜令人各烧火五处为疑兵。太阳汗原以为成吉思汗兵少马瘦，可以轻取，及得到前哨报告蒙古兵“如星般多”，“军马已塞满撒阿里客额儿（萨里川）地面”时，“孕妇更衣处，牛犊吃草处”都不曾到过的太阳汗，又惊疑畏惧，虽勉强自合池儿水起兵，顺塔米儿河渡过斡耳寒河（又作斡儿豁河，今鄂尔浑河），然而军心已乱，失去斗志。札木合等见成吉思汗军马整肃，又率部不战而走。这时成吉思汗军马已逼近，两军激战于纳忽山（在今鄂尔浑河东，土拉河西），成吉思汗的“四狗”者别、忽必来、者勒篾、速不台如狼入羊群般冲杀。乃蛮军大败，太阳汗负伤被俘，旋即死去。其子屈出律（又作古出鲁克）与脱黑脱阿等率残部逃奔歪禄汗。
太阳汗所属的乃蛮部众遂为成吉思汗所征服。是役太阳汗之母古儿别速被执，成吉思汗对她说：“你说达达（蒙古）歹气息，你却如何来？”遂纳了。乃蛮部掌印官塔塔统阿亦被俘，后效力于成吉思汗，创制了回鹘式蒙古文。
在克烈、乃蛮等部相继败亡之后，札木合辗转逃入倘鲁山（又作唐麓岭，今唐努山）中，被跟随他的五名那可儿执送成吉思汗，按惩处本部贵族的习惯，赐其不流血死。至此，成吉思汗完成了统一蒙古各部的大业。
1206年（宋开禧二年，金泰和六年），各部贵族在斡难河畔举行“忽里勒台”，成吉思汗被推举为全蒙古的大汗，建立了“也客·忙豁勒·兀鲁思”，即大蒙古国。
成吉思汗建国后，即发兵攻按台山（今阿尔泰山）北的乃蛮歪禄汗，战于莎合水（今科布多河上游索果克河），将其消灭。依附于歪禄汗的屈出律、脱黑脱阿等逃往也儿的石河及其支流不黑都儿麻河（今额尔齐斯河支流布赫塔尔马河） 一带。不久，斡亦剌部首领忽都合别乞向成吉思汗投降。于是，大蒙古国的疆域，东起今兴安岭，西至阿尔泰山，南抵阴山，北达贝加尔湖。
成吉思汗即位后，采取了一系列巩固统治的措施：实行领户分封制，将全蒙古部众分为九十五个千户，上置万户，下分百户、十户；扩建护卫军；制定成文法《大札撒》，设置“札鲁忽赤”（断事官）；确立行政制度以及创制蒙古文字等。
蒙古各部的统一和大蒙古国的建立，为蒙古民族的形成和元朝的建立奠定了基础。
名家回眸
成吉思汗是创造草原神话的英雄，统一蒙古各部落，解除了常年的战争给人民带来的灾难。元史专家韩儒林先生曾经对成吉思汗做出了这样的评价：自成吉思汗统一各部落之后，有不少非蒙古的人民也被吸收进去。于是蒙古顿时成为一个势力强大、人民众多的共同体的名称。我们不能说有了成吉思汗才有了蒙古族，但成吉思汗的统一事业对蒙古族的形成是一个很大的贡献，这一点是不能否认的。应该说，蒙古族在世界历史舞台上起重要作用，是从成吉思汗开始的。
成吉思汗与札撒令
1204年，乃蛮部的太阳汗联盟众残部落，组成联军，决定攻打蒙古。为了迎击太阳汗的联军，消灭草原地区的最后一个敌对势力，统一草原游牧部族，铁木真决定对乃蛮用兵。进攻乃蛮部前，铁木真将兵马集中在合勒合河旁，依草原民族的传统，以十进制的编制，对所统兵马进行了整编，进一步统一了号令和指挥。
他将所有的军队按十户、百户、千户统一编组，任命了十户、百户、千户那颜。这是铁木真打破以往军队“按古列延召集和区分”，由各贵族率领所属军队与他联合作战的方式，而将军队“转变为常备军的新组织”，纳入他个人统一指挥的办法和措施，从而使他得以掌握和调动所属的全部蒙古军队，这无疑将加强军队的战斗力。
他以统一编组后的军队投入对乃蛮的征服战争，大获全胜，最后完成了对草原游牧部落的统一，为大蒙古国的建立、蒙古民族的形成奠定了基础。这是蒙古国千户制的前身和雏形。
1206年，铁木真做了全蒙古的大汗，又在原有千户的基础上，把全部蒙古人彻底区分为千户，并任命了那颜——千户长，完成了蒙古社会的千户组建过程。
千户上设万户，下辖百户。各级那颜都是在统一蒙古诸部的战争和其他活动中起过重要作用和立有功劳的那可儿和草原贵族。他们各自享有大汗分给的一定数目的属民和游牧地（嫩秃黑），成为本封地的主人，这种权利是被登记入册并获得承认和保护的。千户组织既是蒙古国的基层行政单位，也是蒙古军队的一级编制。自百户长至万户长，职务都可世袭。按照大汗的命令，各万户、千户分别被纳入大汗或诸王的兀鲁思封国。如，成吉思汗让大功臣孛斡儿出做了大汗直属的右手万户，木华黎做了左手万户，纳牙阿（纳牙）做了中军万户。同时将忽难赐予术赤，他说：“这忽难，夜间做雄狼，白日里做黑老鸦。依着我行，不肯随歹人。……我子拙赤最长，教忽难领着格你格思，就于拙赤下做万户者。”“蒙古汗及诸王对那颜个人可以完全支配，即剥夺他们的分地或恩赐新的分地”，那颜们“无权任意离职，抛弃颁赐给他的分地或改事另外的宗主君”。某些万户长，有权自选千户长，但需报请成吉思汗同意。如中军万户纳牙阿，“他的军队全部是八邻部人。由于他是大异密，忠心地服从（成吉思汗），建有功勋，故成吉思汗让他统辖八邻部军队。他自行任命千夫长后，（向成吉思汗）报告”。
千户的组成，有多种方式。“一部分千户是由同族结合而成的。如成吉思汗的姻亲弘吉剌部的按陈驸马，亦乞列思部的孛秃驸马，汪古部的阿剌兀思惕吉忽里，都仍旧‘统其国族’，按照统一制度分组为若干千户，自任其亲族为千户那颜，但必须向成吉思汗申报批准。后来归附的斡亦剌部忽都合别乞统本部四千户，千户那颜自置。还有一些率部投归成吉思汗的氏族首领，如兀鲁部的术赤 台、忙兀部的畏答儿、巴阿邻部的豁儿赤、格尼格思部的忽难等”。他们或因有较强的实力，在成吉思汗的统一事业中一直支持他，建有功勋，因而与黄金家族结成姻亲关系；或因归附后忠心耿耿地为大汗效力，得到成吉思汗的特别恩惠，准予其继续管辖本部百姓，或收集本族散亡者重组并管理千户。与此情况类似的还有左手万户木华黎，“由于他是有威望的异密，建有功勋，成吉思汗将所有的札剌亦儿部军队交给了他。他将札剌亦儿部按千户划分后，报告了成吉思汗，札剌亦儿人总共三千”。
多数千户则是以不同部族的人民混合而成的。“在群雄争战之中，蒙古各部残存的氏族组织进一步瓦解了。原来人数众多的大部，如泰赤乌、蔑儿乞、塔塔儿、克烈、乃蛮等，在被成吉思汗征服后，其所属人民都被‘分与了众伴当’。