两国由政治谈到贸易，这里面又分为两大类：政府间贸易和民间贸易。民间贸易方面，因为全面放开的条件还不成熟，朱由检提出，大明需要指定几个港口，葡萄牙商船只能在这几个港口与中国商人做生意，否则视为走私。当然为了让葡萄牙人得到实惠，遵照两人之前的约定，十年之内，无论是出口还是进口，对葡萄牙人完全免税，这样也就没有走私的必要了。
按理说，这个条件已经够优厚的了，但是若昂仍不满足。对于葡萄牙人来说，他们就是以远洋贸易起家的，殖民地遍布亚洲、非洲和南美，当然掌握着不少值得推销的商品。比如产自葡萄牙本土的橄榄油、葡萄酒、工艺品，印度的地毯、挂毯、彩绘花瓶，香料群岛的胡椒、肉豆蔻、桂皮，莫桑比克的腰果仁，安哥拉的紫檀木，佛得角的龙虾，以及新大陆的各种作物。
但是在与中国人做贸易的过程中，葡萄牙人痛苦地发现，中国地大物博，几乎各种商品都不缺乏，实在没有的东西也不稀罕，葡萄牙人的货物在中国销路很差，有时甚至根本卖不出去。而中国出产的瓷器、茶叶、生丝等商品，欧洲需求极大，却是只此一家别无分号，价格也很昂贵，因而葡萄牙在对中国的贸易中连年保持巨额逆差。
所以若昂要求，民间贸易造成的逆差，必须从政府间贸易中得到补偿。
朱由检对其他商品都不太感兴趣，惟独对玉米、马铃薯、红薯等高产作物情有独钟。虽然他已经在泾阳小范围地试种了一部分，但数量太少，而且种子都是从台湾带过去的。台湾是热带地区，而这些作物都适合在温带生长，因此品种不佳，收成一般。如果能直接从新大陆进口原种，朱由检当然求之不得。因此对若昂的请求，他也没太多想便一口答应，表示可以由官府出面大量引进这些作物。
但若昂不愧是个谈判高手，看出朱由检的意图后，马上狡猾地提出：葡萄牙需要所有商品都在中国打开市场，而不是其中的一两种。而且出于运输和成本等方面的考虑，抵达中国的商船也不可能只携带新大陆的货物，大明要买就得把整船的货物全买下来，并且价格没有商量的余地，葡萄牙人要多少钱就是多少钱。换句话说，他对老百姓卖不出去的货，朱由检全得兜着。
朱由检一听差点没把鼻子气歪了，心想这不就是搭配销售么？除了粮食作物之外，其他商品基本上都是奢侈品，价格不菲不说，用处也不是很大，等于白花不少冤枉钱。有心拒绝，但若昂的态度却十分强硬，一步也不肯退让。
朱由检不禁有些埋怨自己谈判经验不足，让葡萄牙人摸清了自己的底牌。好在朱存棋机敏地插言道：“这一点我们可以同意，甚至也可以不讨价还价。但是贵国提供的商品必须是质量优良的，要接受我们的检验，然后才能下船。”
若昂对本国的商品质量还是蛮有信心的，当即满口答应。朱由检心里还在想，这些东西质量再好，用不着也白搭呀。正在犹豫之际，却见朱存棋对自己使了个眼色。朱由检当即明白，她肯定伏有不吃亏的妙计，只是现在还不能说。再一想和两国合作的大局比起来，就算在贸易上真吃了亏也值得，便点头答应了这一条。
当然朱由检也不能让葡萄牙白沾便宜，他提出在政府贸易中，大明指定的商品必须占据一定的比例。具体来说，就是良种马、大炮和战舰，这三样才是朱由检真正需要的。
经过一番艰苦的讨价还价，若昂终于答应：尽快向大明出口一千匹纯种安达卢西亚马，五十门大口径加农炮、二百门舰载加农炮和四艘战列舰。当然，价格也极其昂贵：白银五百万两！
朱由检当然知道若昂是在狮子大开口。比如战列舰，就是在澳门的船厂生产的，工匠大部分都是中国人，葡萄牙不过是出了图纸和技术。在历史上，清政府从德国订购的“定远”舰，那可是七千吨级的铁甲舰，价格也不过一百四十万两白银。现在的战列舰都是木制的，连一千吨也不到，怎么会值那么多银子？！红夷大炮的成本也根本没那么高，如果按照这个价格，葡萄牙人的利润至少在三百五十万两以上。
可是思虑再三，朱由检还是咬牙同意了若昂的条件。如果单从价格上来看，这笔买卖无疑被葡萄牙人狠狠地宰了一刀，可是没办法，谁让大明现有的技术，造不出大炮和战舰来呢？现在必须先解决“从无到有”的问题，就是挨宰再狠，这银子也得出！
接下来双方又讨论了军事合作。现在葡萄牙的日子也不好过，一方面若昂需要尽快打回本土，另一方面，荷兰趁着西班牙陷入欧洲内战，抢占了葡萄牙在南美的殖民地巴西，让若昂大为光火。
但葡萄牙小国寡民，若昂现在能掌握的就是几个海外殖民地和几支舰队，总兵力还不到两万人，同时对付西班牙和荷兰这两个强国，显然力不从心。因此若昂提出，希望大明派兵直接参与对西班牙和荷兰的作战。
对此朱由检欣然同意，但也表示，由于大明水师实力太差，不可能像葡萄牙海军一样远洋作战，只能对台湾的西班牙和荷兰人发动攻击。
若昂一想只要大明参战，多多少少也能分散西班牙和荷兰的精力，因此也就同意了。为了促朱由检尽快出兵，他还破天荒地“慷慨”了一次，将此次北上的四艘战列舰中的一艘，以一年五万两的价格租借给大明。
至此，两国的谈判已接近尾声。若昂还想商议两国势力范围的划分，却被朱由检敷衍过去，心中暗想：你以为大明会和你们这些西方列强一样，走国强必霸的路线么。中国不会称霸，也绝不允许任何国家称霸！
最后，一切内容谈妥，双方立即起草条约，以中、葡、拉丁三种文字书写，双方各留一份。全部搞定时，已经到了深夜。若昂心满意足地打着呵欠，正要请朱由检与自己共同签字生效，朱由检却有些为难地笑道：“国王阁下，朕还有一个小小的请求。”