独孤伽罗成为皇后后，仍然保持着许多美德，变得更加朴素了。那时，在北方，有一支游牧民族：突厥。突厥频繁攻入中原，大肆侵袭和骚扰；突厥也和汉人在边境做生意，用牛羊、毛皮交换汉人的丝绸、茶叶和食盐等物品。
一天，突厥人找到一颗夜明珠，色泽透亮，洁白光润。突厥人要价八百万钱。边境的幽州总管阴寿知道后，想起独孤皇后没有什么金银首饰，觉得她佩带明珠，一定显得更加富贵。
阴寿建议独孤皇后买下它。没有想到，她却说："珍珠不是我想要的，人只要德高望重，不论长得怎样，都能够得到别人的尊敬。目前，突厥多次入侵，将士征战、守卫劳苦功高，拿出八百万钱来犒劳将士们，能够鼓舞士气，对国家有好处。"
阴寿听了她的话，大声叫好。大臣们知道此事后，称赞皇后贤惠，生活简朴。隋文帝更加敬重她了。
隋文帝在她的劝谏下，重视节俭。宫中的肉食很少，后宫都穿粗布衣裳。一次，隋文帝病了，需要一两胡粉来入药，但宫女们却找不到。独孤伽罗认为胡粉可有可无，用了是巨大的浪费，因此宫中没有胡粉。
有个大臣上表奏请独孤皇后，按照《周礼》给文武百官的妻子赐封号。独孤伽罗经常阅读史书，很注意吸取经验。她拒绝了，在朝上说："妇人参政这会给国家带来祸患，我这皇后，不能开这先例，不想成为千古罪人。"众大臣没有人反对。
杨坚称帝后，政务繁杂无章，独孤伽罗经常忙到深夜，遇上问题时，两人在一起商讨。隋文帝临朝听政时，独孤伽罗在后殿等。她派宦官站在隋文帝身旁，随时向她传递大臣们递交的奏章内容和皇上回复的批文，若发现隋文帝的决议有不妥当的地方，她就劝谏皇上，所提的意见很有见解。
她维护了隋文帝的尊严，又有效地参与政事。隋文帝退朝时，二人同车回宫，恩恩爱爱，十分亲热，为大臣们所称道。
独孤伽罗非常聪明，与隋文帝经常谈论国家大事，在看法上与隋文帝差不多，有时还高出很多。后来，大臣们秘称二人为宫中"二圣"。可见，她参与了许多国政的决断。
公元598年的一天，有个大臣犯了罪。隋文帝一怒之下，不顾大理寺少卿赵绰的苦劝，下令用棍棒打那个大臣。可怜他无法承受，很快被打死了。
就这样，文帝执法严酷的事秘密地流传开来。不久，大理寺掌故来旷，与赵绰有些矛盾。来旷想陷害赵绰，向隋文帝告发他随意赦免囚犯。
隋文帝派人调查后，发现情况不实。隋文帝下令：把来旷捆起来，推出去斩首。他最恨恶意中伤的奸人。不料，赵绰竟替来旷喊冤，认为不应该把他斩了。隋文帝勃然大怒，说什么也听不进去。袖子一甩，回宫去了。
独孤伽罗仍像往常一样，坐在后殿阁中等候。看到隋文帝后，赶忙起身迎接，同车而坐，问究竟发生了什么事。当她问清楚以后，委婉地指出赵绰的话有道理，劝隋文帝息怒，静下心来想一想，千万不能乱用酷刑。
正在这时，太监传报，赵绰有要事马上向皇上禀奏。此时，隋文帝的怒气消了一大半，宣赵绰见驾，赵绰谢罪道："臣有死罪三条：第一条，臣是大理少卿，但无法约束好大理掌故，才使来旷犯了法律；第二条，囚犯不应该处死，而臣没有以死劝谏；第三条，臣今天没有他事，却假托有重要的事情求见。"
独孤伽罗听后叹道："真是忠臣呀！"隋文帝大喜，怒气顿时全消了，认为赵绰的话很有道理。他下令赦免来旷，发放岭南，并马上赏赵绰两杯美酒，赵绰当场饮尽，隋文帝一高兴，把金杯也赏给他。
隋文帝称帝后，隋文帝命老臣杨素去歧州督造仁寿宫。杨素推举宇文恺、封德彝为土木监，隋文帝准奏。宇文恺、封德彝极会奉承，做事过于卖力，仁寿宫建造得很快。由于宇文恺、封德彝二人严酷、凶残成性，累死、病死的民工不计其数。宇文恺、封德彝竟把所有尸体推填沟谷，在上边覆上土石。就这样，用了短短两年的时间，一座规模雄伟的仁寿宫，在一万多民工的尸体上建成了。
隋文帝知道后，忙派尚书仆射高颖去调查。高颖明察暗访，不久便回宫。他说："仁寿宫建造得过于奢华，耗资巨大，竟死了一万多人。"
勤俭爱民的隋文帝气得背过气去。杨素急得似热锅上的蚂蚁，恐惧万分，派人秘密地上奏独孤伽罗，"历来帝王都建有离宫别馆。现今天下太平，只建一座宫殿，应该不算奢侈。"求皇后向隋文帝说情。
独孤伽罗见杨素是开国功臣，再说国家的确"仓库盈积"，到处都是一片繁荣的景象。她决定教训宇文恺、封德彝一下算了。不久，隋文帝到仁寿宫巡察，见规模如此宏伟，远远超过了最初的设想，立即召来杨素："我命你督造仁寿宫，以为你老成持重，能体谅朕的苦心。你却造得如此奢侈，该当何罪？"说完，隋文帝进入便殿休息。
杨素愣在那里，不敢离开。正在这时，皇后驾到。他立即迎上去，一同去见隋文帝。皇后对隋文帝说："杨公知我夫妇年老，无以欢乐，不惜冒着被治罪的危险，耗巨资修造宫殿，装饰得华丽。可谓忠孝矣！"杨素连忙下跪，拜谢。隋文帝赐他一百万缗，绢三千匹。
独孤皇后的表亲、大都督崔长仁为非作歹。在一个月内，竟逼死了7个貌美的姑娘。群臣纷纷上报，要求将崔长仁斩首。隋文帝有意偏袒，独孤皇后说："这事关乎律法的尊严，怎能顾念私情？应严惩。"崔长仁被处死。
不久，独孤皇后同父异母的弟弟独孤陀，官拜延州刺史，他有个婢女，善驱鬼。独孤陀多次乞求皇后，求她在隋文帝那里美言几句，当个朝中大臣。独孤皇后见他实在无才，就劝他做好刺史。他对独孤皇后怀恨在心。崔长仁被处死后，他对她更加痛恨。他指使婢女驱鬼陷害她。
一天，独孤皇后与杨素的妻子关氏病倒了。太医说是猫鬼疾。隋文帝认为是独孤陀的婢女捣的鬼，派人前去问罪。经过审讯，独孤陀和婢女都招供了。隋文帝下诏命独孤陀自尽。
独孤皇后替他向隋文帝求情，对隋文帝说："他若是乱政害民，妾不会求情。他只是跟我过不去，而被处死，为妾实在痛心。望皇上赦免他。"独孤皇后三天不吃不喝，隋文帝只好饶过独孤陀。独孤陀愧疚难当，竟从此振作起来，发愤吏治，政绩卓著。
独孤皇后温柔贤淑，但在隋文帝宠幸宫女这件事上却冷酷无情。早在他们的洞房花烛夜，独孤伽罗曾逼杨坚许下三个愿，其中一个就是，无论前途如何，他都不准喜爱别的女人。
建了仁寿宫后，天下太平，国富民安。隋文帝在豪华的宫殿里舒适久了，变得懒惰起来。由于独孤皇后的约束太严，他向来甚为忌惮，只能眼睁睁地欣赏宫女、妃子，而不敢亲近。
独孤皇后嫉恨宠妾忘妻，觉得这样做有失德望。她一旦发现哪位官员的妾怀孕了，就告诫那位官员，以便维护统治阶级的道德风气。高颖曾是独孤信的心腹，德高望重，是朝中重臣。他曾经说独孤皇后是"一妇人"，她觉得十分委屈，便对他怀恨在心。
不久，高颖的夫人逝世。独孤皇后对隋文帝说："高大人失去了老妻的关怀，日子很难过，为什么不帮他续娶呢？"隋文帝召见高颖，就娶妻一事与他讨论。高颖谢恩道："臣已年老，退朝后只会诵佛经，不再热心于男女之事。"隋文帝见了，只好放弃了，劝他多保重身体。
几个月后，高颖的爱妾生了个男孩。隋文帝竟去道喜，独孤皇后又想起高颖以"一妇人"数落自己，生气地说："陛下好心好意，要为他续娶妻子，但高颖竟当面欺骗陛下。本来可以名正言顺的事情，他却喜欢偷偷摸摸的。高颖真是不像话！"隋文帝听了哈哈大笑，从此有疏远高颖了。