在这次会议上，毛泽东还提出了减轻佃农田租百分之二十五的提案，得到大会通过，并写入《全国联合会之政纲》。他参加起草的《关于民团问题决议草案》《商民运动提案》，均为会议一致通过。《草案》写道：“旧有之民团、团防局或保卫团等组织，在事实上多属土豪劣绅及不法地主之武力。此等武力常为帝国主义、军阀及反动派所利用，破坏农民运动”，因此，大会决定，这些组织的团长或局长，“须由乡民开大会选举之，禁止劣绅包办。”“凡摧残农民之民团、团防局或保卫团，政府须解散并惩治之。”《提案》写道：“见各级党部之有商民部设立者，皆须设置商民委员会。”其职权是：“一、计划一切商民运动政策，交商民部执行；二、讨论商民部交议事件；三、提倡可以抵制帝国主义之新兴工业，并请政府特别保护及奖励之”等等。《提案》还对关于“打倒资本家之口号”进行了解释，指出：“我们应打倒者，是买办阶级及帝国主义之走狗的资本家，中小商人同是被压迫阶级，应受本党保护。”
会议最后一天，丁维汾提出联席会议的性质问题，企图否定联席会议各项决议。毛泽东当即发言驳斥：“联席会议的性质，于开会时谭主席已说得很清楚。今天丁同志忽然提出疑问，真是怪事！刚才徐谦同志、朱季恂同志说联席会议决议还是交第三次全国代表大会追认，那末，我们联席会议的决议究竟有无效力却是一个重大问题。”徐谦、朱季恂都是国民党中央执行委员，徐谦又是会议主席团成员、《全国联合会之政纲》起草人之一，对于联席会议性质也取怀疑态度，就不是小问题。所以，毛泽东强调指出：“本席以为联席会议的权能大过中央与否，是一个法律问题。联席会议既由中央召集，如有错误中央自应受第三次全国代表大会之处分。外国报纸说我们这联席会议是一个非常会议，来应付非常之事，说联席会议没有地位，何以中央召集这个会议！今天来修正第一次、第二次全国代表大会的决议案，实际上的权能已经超过全国代表大会之上。所有联席会议的决议我看是完全有效，而且是不能再有人来加以修正的。”
据会议五人主席团成员之一吴玉章回忆：毛泽东在这次会议上与国民党右派张静江、叶楚伧进行了斗争。
2、出任中共中央农民运动委员会书记
联席会议结束后，毛泽东接到中共中央通知，旋即离开广州，乘船赴上海，出任中共中央农民运动委员会书记。
中共中央政治局和国际代表联席会议拟定的《中国共产党关于农民政纲的草案》结尾所附说明有这么一段记载：“中央农民运动委员会，自去年扩大会议议决设立后，因种种困难原因，组织迄未完备。十一月中毛泽东来任中央农委书记后，始正式决定以阮、彭、易、陆、萧、CY七人合作共组成中央农委，以委员一人常驻局办事，另在汉口设办事处，就便指导湘、鄂、豫、赣、川农运工作。”所以，毛泽东后来回忆说：他“在上海指导共产党农民部的工作。”方志敏也曾在回忆录中写道：江西省农民协会召开第一次全省代表大会时，AB团想夺权，擅自圈定省农协委员。于是，“我电问中央农委——中央农委书记毛泽东同志，如何对付；得复电：须坚决反对，宁可使农协大会并不成功，不可屈服于圈定办法。”
1926年11月，毛泽东到达上海后，便立即起草《目前农运计划》。计划规定了大力发展农运的地方必须具备的条件，提出了“在目前状况之下，农运发展应取集中的原则。全国除粤省外，应集中在湘、鄂、赣、豫四省发展”。“次则陕西、四川、广西、福建、安徽、江西、浙江七省亦应以相当的力量去做。”并指出：“省城及其他重要城市之近郊农民，须特为组织‘近郊农民协会’。此等城市之国民党市党部或特别市党部，均须设立农民部指导近郊农运。”计划还决定“在武昌开办农民运动讲习所”。
为实现这一计划，毛泽东于11月下旬亲“赴长江一带视察农运情形”，联络江西、湖南、湖北三省国民党省党部，拟在武昌合办农讲所。林伯渠当时正随国民革命军第六军驻江西南昌。他在日记中记录：11月26日，“晚开会晤润之。归寓已十二时矣。”27日“早起润之来，同访润安谈事。旋至政委会，又到军部西餐。六时郭沫若召饮。”
毛泽东为中央农民运动讲习所编写的丛书之一《中国佃农生活举例》。12月初，毛泽东到达武汉，以中共中央农委书记身份参加了中共中央在汉口召开的特别会议。会议根据陈独秀的政治报告做出决议，错误地认为当前主要的危险是民众运动勃起并日益“左”倾，蒋介石因恐惧民众运动而日益向右，左右倾距离日远，会破裂联合战线而危及整个国民革命运动。根据这一错误形势分析，会议规定当时党的主要策略是：限制工农运动发展，反对“耕地农有”，以换取蒋介石由右向左，同时扶持汪精卫取得国民党中央、国民政府和民众运动的领导地位，用以制约蒋介石的军事势力。实际上就是不惜牺牲工农群众的根本利益去迁就蒋介石的反动要求。
陈独秀还在会议上斥责湖南工农运动“过火”、“幼稚”、“动摇北伐军心”、“妨碍统一战线”等等。陈独秀的意见得到共产国际代表吴庭康（维经斯基）、鲍罗廷的支持。据李维汉回忆：他当时以中央委员和湖南区委书记名义参加了这次会议，毛泽东“在会上主张土地革命，并支持湖南区委关于实行土地革命的建议。”但陈独秀说：“鲍罗廷说，‘中国没有土地问题’”，“搞土地革命，缺乏干部”，不能搞。毛泽东“讲了他不同意陈独秀的看法，但讨论没有展开下去”。
毛泽东对于陈独秀的右倾投降主义很不满意，打算实地考察湖南工农运动。是时，正值湖南全省第一次工农代表大会召开，电邀他回湘指导。电文说：“湖北省农民协会转毛润之先生鉴：敝会已于昨日开幕，现正讨论各案。先生对于农运富有经验，盼即回湘，指导一切，无任感祷！敬祝旅祺！”
12月17日，毛泽东偕杨开慧等回到了长沙。
毛泽东主持中共中央农民运动委员会期间，主持了武昌中央农民运动讲习所的工作，筹备了全国农民协会，领导了全国农民运动。至中共五大时，全国已有农协会员逾千万。“五大”后，毛泽东离开了农委，由谭平山兼任农委书记。
3、考察湖南农民运动
1926年冬，湖南农运在北伐胜利进军的形势推动下，有如暴风骤雨，席卷全省，进入了革命时期。据这年11月统计，全省5县中，有55县建立了农协组织，农会会员计1367727人。凡有农协的地方，农民已对土豪劣绅、不法地主进行减租、减息、清算、罚款等斗争，从政治、经济、文化等方面打击了封建势力，动摇了帝国主义、封建军阀的基础。
为深入农民革命，制定斗争策略，湖南省农民协会与湖南省总工会于12月1日至28日召开第一次工人农民代表大会，并于大会开幕后电请毛泽东回湘指导工作。
毛泽东由武汉回到长沙后，湖南全省第一次工农代表大会于20日联合举行盛大欢迎会。
工农代表大会期间，代表们提了很多问题，由省农协委员长易礼容整理，请毛泽东解答。毛泽东侃侃而谈，代表们听得津津有味，解决了心中的疑团，鼓舞了斗争的勇气。大会通过了40个决议案，肯定农民以暴力打击土豪劣绅是“革命斗争中所必取的手段”，指出当时中心任务是“根本铲除土豪劣绅的封建政权，建立农民政权”。毛泽东曾参加大会“议案起草委员会”，共同“商量起草各种决议案”，认为“此次决议各案大体还算切实”。
12月28日，湖南全省第一次工农代表大会举行闭幕典礼，毛泽东出席会议，并作了关于革命联合战线问题的讲演。他指出：“反革命方面已有国际、全国和全省的联合战线组织，革命方面也应该联合起来抵抗他们。”他严厉驳斥“惰农运动”之类对农民的诬蔑和“帝国主义没有打倒以前，我们内部不要闹事”的反动论调。他说：“过去军阀政府时代只准地主向农民作加租加息的斗争，现在农民向地主要求减点租、减点息就是‘闹事’了吗？”他指出：“这种只准地主向农民作斗争，不准农民向地主作斗争的人，就是站在帝国主义、反革命一方面，就是破坏革命的人。”毛泽东还特别提醒代表们注意：“现时湖南虽然由‘国民政府’所统治，但是实际上还是‘国民政府’与赵恒惕共同的统治，因为赵恒惕虽然不在湖南了，然而赵的余孽——土豪劣绅、贪官污吏在湖南还有很大的势力。”此番话语使代表们进一步认识了向军阀、土豪劣绅作斗争的艰巨性。
工农代表大会后，中共湖南区委将代表中的共产党员留下，办了一个短期训练班，邀请毛泽东“做了三次关于农民问题及调查方法的报告”。毛泽东鼓励共产党员多作社会调查，运用马克思主义观点，解决农民运动中的实际问题。
为了回答党内外对农民运动的怀疑和指责，毛泽东以国民党中央候补执行委员身份视察湖南农民运动。
1927年1月4日至2月5日，毛泽东在戴述人等人陪同下，身着蓝布长衫，脚穿布鞋，手拿雨伞，考察了湘潭、湘乡、衡山、醴陵、长沙五县的农民运动。
毛泽东考察湖南农民运动，历时32天，行程700公里。他每到一处，都认真听取共产党地方委员会，国民党县、区党部、工会，农协、妇女、青年、商会等群众团体的汇报，邀集有代表性的农民及农运同志开调查会，还找懂得“三教九流”的下层人士、县衙门的小职员、开明绅士等交谈。
毛泽东考察各地，针对农民的要求和农运中的问题作了许多重要指示，概括起来主要有：
一、鼓励农民解放思想，自己解放自己。他在韶山特别区第三、四乡农协欢迎会上说：民国十四年开展农运以前，人家说我们八字不好，现在农运搞得轰轰烈烈，只几个月光景，我们忽然走运，大家坟山都贯气，这个巧得很！如果不要农会，只要关圣帝君、观音大士，能打倒土豪劣绅吗？现在你们想减租，有什么法子呢！信神呀，还是相信农民协会呢！只有靠农会，靠团结，靠斗争。
1927年，毛泽东在武汉。右图是他从湖南回武汉后写的考察报告。二、赞扬农民运动“好得很”，交待农民的革命行动。他以农运“好得很”的事实，驳斥农运“糟得很”的议论。以“贫农乃革命先锋”的事实，批判“痞子运动”“惰农运动”的谰言。以从来没有什么联合战线的事实，驳斥农协破坏了联合战线的责难。他在衡山白果座谈时，表扬岳北人民像孙大圣钻进铁扇公主肚里一样，敢于在军阀赵恒惕的胞衣盘里闹革命，并且鼓励岳北农运干部要把南岳衡山的革命烽火引燃其他各“岳”，让革命风暴席卷全国。中共衡山地方执行委员会汇报农会会员成份，贫农占90％，他听了高兴地说：“没有贫农，便没有革命。”这个贫农领导是非常之需要。湘乡、衡山的县知事打击贫农、关押基层农协干部是错误的。指出农运必须经过组织时期、革命时期、建设乡村联合战线时期。无论何地，必须经过革命时期，始能达到建立乡村联合战线时期。
三、农民必须推翻地主武装，建立农民武装，推倒封建地主阶级的都团，建立乡村联合战线的自治机关，即委员制的农民、小资产阶级联合战线的乡村民主政权。毛泽东考察期间，湘中地区农民与土豪劣绅的斗争非常激烈。土豪劣绅组织“保产党”、“富绅联合会”等，煽动团防惨杀农民。湘乡县一个土豪劣绅逃到长沙，说什么“乡里农民协会办得一团糟，我们那里的喜四伢子是一个一字不识的黑脚杆，翻开脚板皮有牛屎臭，也当了区农协委员长，晓得搞么子，非把这些人杀掉不可。”有些土豪则伪装开明，企图躲过风险，等待时机。醴陵南二区三星里乡有大土豪易萃轩，原是“乡里王”，农会起来后，他见农协干部就低头作揖，给乡农会送了“革故鼎新”的金匾，并把儿子送到何键的部队里。毛泽东听到这些情况后，反复教育干部，无论是气焰嚣张，公开对抗，还是伪装降服、表面老实的，作为一个阶级，他们不会甘心失败。他们的后面还有帝国主义、军阀。农民要坐稳江山，就要建立农民武装，建立乡村自治机关。他在湘乡县考察时，指示县农协迅速夺取团防局武装，建立农民自卫军常备队，你们没有军事人才，我就请省里派一个来，帮你们培养。不久，省农协果真派了一位黄埔军校的学生到湘乡，帮助培训农民自卫军。
四、农民问题实质是土地问题，减租、减息、阻禁、平粜，都是农民要求土地的表现。毛泽东指出，当前阻止谷米出境的，是占人口绝大多数的贫农。孙中山的“耕者有其田”不是宣传的问题，而是要立即实行的问题了。当前要引导农民极力作好政治斗争，集中精力破坏地主阶级的政治权力，并随即开展经济斗争，减租、减息、减押，直到没收地主阶级的土地分配给贫苦农民。
五、要大力发展中国共产党的组织，扩大国共合作的统一战线。毛泽东认为湖南农民的革命情绪，尤其是贫农“简直很迫切的要进行别一个革命”，而“我们党在许多地方都是表示不与群众的革命情绪相称，快更不消说”。他每到一地，都接见了共产党和国民党组织的负责人，建议他们大力发展党的组织，扩大统一战线。他指出，湖南在六个月内共产党员由现在六千人应发展到二万人，凡有农民协会会员二万人以上的县均须建立共产党的地方组织。要在农民中，尤其在贫农中大力发展国民党员。湖南现有国民党员八万，其中农民党员仅一万四千多，与农运发展很不相称，农村中的各种冲突，都必须用国民党的招牌去解决，万不可马上用共产党的旗号。这样做，有益于巩固农村统一战线。
毛泽东考察后，中共湖南区委制定了在农民中发展党组织的计划，发出了关于如何实现乡村民主政权的通告和对湖南农民运动的宣言。国民党湖南省党部、湖南省农民协会也先后发出训令贯彻毛泽东的指示，纠正农运中的错误。毛泽东的考察，推动湖南农民运动前进到了建立农民自卫军，夺取县、区政权，农民自动分配土地的新阶段。
1927年4月，出版了《湖南农民运动考察报告》单行本——《湖南农民革命》，瞿秋白为该书写了序言。随后，著名的《湖南农民运动考察报告》很快写成了，有2万多字。“报告”叙述了湖南农民所做的14件大事，认为都是革命的行动和完成中心革命的措施。说农民革命“攻击的形势，简直是急风暴雨，顺之者存，违之者灭。其结果，把几千年封建地主的特权，打得个落花流水”。“孙中山先生致力国民革命凡40年，所要做而没有做到的事，农民在几个月内做到了。这是40年乃至几千年未曾成就过的奇勋。这是好得很”。报告还提出要“推翻地主武装，建立农民武装”。