欧洲政治形势的变化也牵连到了美国，英法战争的爆发让美国处在了两难的境地，最终这场外交博弈以美国的中立态度而结束。同时华盛顿也宣布不再谋求连任第三任期的美国总统，这位后来的继任者树立了一个典范，之后的美国总统除了特殊时期的富兰克林·罗斯福，每个总统最多只能担任两届。
随着宪法的完善和政治制度的成熟，新的模式开始在政府内部显现出来。两党制的竞选总统模式逐渐成为主流，不过由此也引发了新的问题，因为对手的确定让各自能够轻松找到打压的理由，有时甚至会为了竞争而不择手段，联邦党人便为此制定了一系列的摧残人权的法令，从而引发了新的危机。
饱受争议的条约
1793年，英美两国在贸易和边界问题上出现了重大分歧。此时英法两国处于交战之中，作为中立国的美国需要给海上力量较弱的法国输送货物。美国运输的货物关系到法属西印度群岛的生死存亡，然而在5月份，英国为了封锁法国的军事供给，命令海军扣留所有开往法国的中立国船只，其中包括美国的300艘商船。
年底，美国公使又接到了英国政府的通知，表示英国将无限期占据在美国西北部的据点，并声称他们拒绝撤走是按照没英美1783年巴黎和约中承诺的那样，因为美国至今还没有按照和约要求赔偿托利党人战争损失。
1794年，加拿大总督多尔切斯特勋爵鼓动那些与美国政府敌对的印第安部落，希望他们能够向英国国王请求援助。边界问题和劫夺商船问题关联在一起迅速激化了英美两国之间的矛盾，战争一触即发。
就在战争即将爆发之时，英国出于美国能提供的外交支持及巨额债款的考虑，撤销了枢密院关于扣留船只的命令，做出了一个和解的姿态。时任美国总统的华盛顿明白这个年轻的国家没有做好战争的准备，也为了保全俄亥俄流域的安宁，他决定派出一名公使前往英国进行和谈。不过这个人选并非那么容易就选出来，华盛顿希望所派之人能够坚定不移地为美国的权利进行辩护，并且真诚地播下和平的种子。
后来华盛顿将这一重要使命托付给了具有丰富谈判经验的大法官约翰·杰伊。
令约翰·杰伊没有想到的是，这次谈判非但没有提高他在美国政府中的地位，反而引发了一场民众的抗议风暴。的确，杰伊面临的都是些棘手的问题，如：要求美国撤出西北部边界的据点；在独立战争中遗留的对英国的债务；美国与加拿大的边界划分及捕鱼权；美国海上自由贸易的权利等。
11月19日，杰伊在伦敦签下了令美国人颇感耻辱的软弱条约。关于债务问题，条约中规定美国需以英镑付还对英国人欠下的一切合法私人借款，总计约60万英镑。就西北部据点问题，英国愿意在1796年6月1日前撤出据点。至于扣留的美国商船，英国政府愿付出130万英镑赔偿，并要求美国保证不歧视英国的贸易或没收英国臣民的财产。
然而，英国只允许美国船只到英属的东印度群岛，对进入英属西印度群岛贸易则有严苛的限制条件，比如：只准许美国载重70吨以下的船只在西印度群岛进行贸易，且不得进行棉花、可可、食糖等商品的贸易。除此以外，英国还将美加的边界争端推由混合委员会来处理。
虽然华盛顿对杰伊所作出的这些妥协让步感到了不满，但是他知道这已经是最大限度的让步，美国不可能在追求到粳稻的方案，所以华盛顿只能按照签署的条约形式。如果否决这些条约，那么美国将面对的可能会是灾难性的战争。
不过出于对控制民众情绪的考虑，华盛顿决定将这些前述的条约保密三个月，作为一个缓冲期，这样做既可以避免出现难以控制的后果，也有利于参议院批准这些条约。
1795年3月，《杰伊条约》各项条款在费城各报纸上已经披露，立即引起了来自诸方的抗议，其中包括杰斐逊和美国各地的共和党人，以及美国的民众。共和党人坚信杰伊已成为出卖国家利益的叛徒，对英国做出了令人可耻的投降。
他们相信英国企图通过该条约垄断美国的商业、银行以及公共债务。因为该条约中只字未提美国所要求的自由船舶可自由运载货物的条件，以及中立国到敌方港口或在敌方港口之间进行非违禁物品的贸易权利。不仅如此，美国反倒同意英国从美国船上截获敌方货物。而就英国在独立战争期间强征的美国海员和黑人的赔偿问题，该条约中也未涉及。
为表示对《杰伊条约》的不满与愤怒，美国的下层民众用激进的方式进行抗议，甚至将矛头直指美国政府。人们将杰伊的模拟像焚烧并送上断头台，不再称呼他为“杰伊先生”，而是喊他“大卖国贼”。共和党的报纸也将矛头对准了华盛顿，弗吉尼亚的共和党议员约翰·伦道夫甚至在起立祝酒时说：“该死的乔治·华盛顿。”
1795年6月25日，参议院以刚好三分之二多数票非常勉强地批准了杰伊条约。在这之后，共和党人为阻止该条约，想利用在众议院的优势截留执行这一条约的资金。因为在美国的宪法中明确规定了总统和参议院具有谈判和批准条约的责任，众议院有拨款的权力。
经过数月的激辩，联邦党人借助富裕阶层的支持及华盛顿的威望，终于以三票的微弱优势胜出，通过了该条约。同年10月，也就是对英合约签订后的第十三年，英国从最后一个边疆据点密执利基诺撤出。
对于《杰伊条约》，汉密尔顿及多数联邦党人认为这是不具备与英国抗衡实力的政府所作出的必要的牺牲。由于当时关税是美国政府税收收入的主要部分，而且美国90%的进口都受制于英国，所以不论付出什么代价，都要保持英美之间的和平关系。
《杰伊条约》的签订缓和了美英关系，保全了美国和平稳定，维护了西部领土主权完整，并为美国向西扩张奠定了基础。但与此同时，杰伊条约也加剧了联邦党和共和党之间的党派分歧，参议院内就《杰伊条约》展开的斗争，标志着政党制的具体化。
华盛顿功成身退
正当国内外的形势趋于缓和的时候，乔治·华盛顿决定不再进行第三次总统竞选，他对挽留他的美国人民如是说：“我脚下的土地尚未成为真正踏实的土地，我现在所做出的行为有可能成为以后历届总统的先例。”他向美国人民解释，“如果你们再选我做总统，那么美国就没有真正的民主制度了。”华盛顿并没有贪恋权力，在世界的其他地方还在以国王、世袭酋长、独裁暴君统治的国家，北美洲的华盛顿已经将机会留给了后来人，他为美国的民主实验树立了一个非常好的典范。
1796年9月17日，华盛顿向同胞们发表了最后一次讲话《告别词》。《告别词》中近三分之二的内容涉及了当时的国内形势以及党派争斗的问题，他呼吁全国各阶层人士应该联合起来，反对各种分裂的倾向，尤其是地区主义，还提出了后来被人称为“孤立主义”的外交思想。这篇讲话的核心是他对根植于美国人心中强烈和富有激情的党派精神及外国的“永久性”联盟的警告。
他的忠告概括来说是以下四点：一、反对地区主义的危险；二、反对党派争斗；三、保持宗教和道德，因其作为“人类幸福之重要支柱”，并促进建立“普及知识的机构”；四、与其他国家保持中立关系。
针对地区主义和派系斗争，他对美国人民如是说道：“对于美国来说，当前最重要的事情是正确地估量民族的团结对于集体和个人幸福所带来的巨大价值。你们应该抱有诚挚、坚定、矢志不渝的面对民族团结这个概念；在思想和言谈中都要把它挡做保证社会稳定和繁荣的保护神，并且十分小心谨慎地维护它。”针对国家的外交，华盛顿认为：“如果我们卷入了欧洲的战火，过关结果是好是坏，不管是与他们结成同盟还是发生敌对冲突，所有的结果都是不明智的。”
华盛顿正式卸任是在1797年3月4日，那一天，新当选的总统亚当斯宣誓就职。这天下午，亚当斯邀请政府成员、各国使节和政界名流在总统府为华盛顿举行告别宴会。华盛顿为自己斟满酒，向在场的人举杯说道：“这是我最后一次以公仆的身份为大家的健康举杯。我真心诚意地为大家的健康干杯，祝大家幸福！”次日，华盛顿最后一次出现在国会大厦，闻讯赶来的人们聚集在国会大厦周围和礼堂中为华盛顿送行。华盛顿走进大厅，挥舞礼貌向人们致意。
后来在1799年，美国举行总统选举，声望每况愈下的联邦党人面对党内激烈的分歧，希望华盛顿能够出来把控局面，竞选总统。但是华盛顿却说：“如果我再一次出来竞选，那么这将是一次可耻的行为，虽然这是大多数人希望的，并且在同胞的信任下，我有可能再一次当选，但我认为另一位比我更优秀更出色的人会因此而失去这个职位……如果我竞选，我将面对恶毒攻击和诽谤，会在我的名字前面加上各种罪名，而且还会被人诬陷为对权力拥有野心。”
华盛顿卸任后回到了弗农山庄安度晚年。1799年12月5日，他在家乡病逝。华盛顿的一生是传奇的：从默默无闻的土地测量员到军官，再到领导美国人民打败英国殖民者的大陆军总司令，最后成为两届的合众国总统。
在共和国初创的艰难岁月中，他确立了宪法的权威，树立了高效和富有威望的政府；带领美国经济走向独立；收回了在邦联时期被外国侵占的国土，维护了国家主权及和平；并在政治和法律等方面树立了典范，其崇高的个人品质亦使其成为美国人民的楷模。
开启两党竞选模式
华盛顿宣布退休的举动促成了美国当时一个不成文的规定，那就是总统最多只能担任两届，这是民主化避免独裁专制的表现。而政治体制方面，与多数西方国家奉行多党制的政党制度不同，美国奉行的是两党制。美国两党制的形成过程既是不同利益集团之间相互斗争的过程，也是美国政治制度日益完善与民主化的过程。