追溯两党制形成的根源，要从18世纪末杰斐逊与汉密尔顿之间的争论说起。当时，杰斐逊和汉密尔顿分别是“共和党利益集团”和“联邦党利益集团”的政治领袖。
“共和党利益集团”主要代表农民、南方种植园主和下层人民的利益。他们主张州权而反对强化中央政府的权力；他们受约翰·泰勒的重农主义思想影响，厌恶商人和工业资产阶级；主张民主与自由，同情并支持法国大革命。
与之相对的“联邦党利益集团”的骨干力量多为社会的精英阶层，如富商、大地主、银行家、律师等，他们代表的是工业社会的资产阶级利益，主张强化中央政府的权力以维护国家秩序，并建立工商业社会和非共和党人所期盼的农业社会。而对于法国大革命，联邦党人则认为所谓的大革命不过是一群无宗教信仰、无政府的人发起的充满杀戮与暴行的骚动。
由于两党所代表的利益集团之间的差异性，导致在政策制定等方面两党存在巨大的意见分歧。以1795年3月发表的《杰伊条约》为例，共和党人纷纷抗议，反对签订该条约，他们认为杰伊出卖了美国利益，使美国沦为英国经济的附庸。共和党人的领袖杰斐逊认为，美国的真正敌人不是法国，而是攫取美国国家利益的英国。但是联邦党领袖汉密尔顿及多数联邦党人则坚持维护英美之间的和平关系，因为在当时，美国无论是在军事实力还是经济实力方面都不是英国的对手。最终，《杰伊条约》作为美国和平与繁荣所必须付出的代价获得批准。
由于两党存在政治立场的分歧，所以争夺政治话语权成为两党制形成与完善的推动力。而其中最重要的一个手段就是对总统宝座的争夺。
1789年美国联邦政府成立，由于此时两党都未正式成立，因而只存在“联邦派”和“反联邦派”两个派系之间的斗争。华盛顿政府成立以后，“联邦派”成为掌权派。没有政治实权优势的“反联邦派”为了不让“联邦派”继续得势，更加频繁和迫切地发出自己的声音。因此反联邦派的领导人杰斐逊和麦迪逊在1791年于费城创办了《国民公报》。《国民公报》对消除亲联邦派的《合众国公报》的影响，发展共和党都起到了重要作用。“反联邦派”在第二次届国会中开始以“共和党势力”闻名。
1792年的总统选举是共和势力开始凝聚的重要标志。为争夺副总统席位，纽约、宾夕法尼亚和弗吉尼亚的共和党人加紧了宣传活动，合众国众议院书记约翰·贝克利也积极领导共和势力的选举活动。尽管最后共和党派推选的候选人克林顿以55：77票不敌联邦党原副总统约翰·亚当斯，但是此时共和党的核心势力已经形成，并在1796年关于《杰伊条约》的争论中得以体现。1796年众议院为《杰伊条约》举行辩论会，共和党首次正式核心会议在此时举行，这一事件也标志着共和党正日益走向成熟。
1796年两党再次交锋，约翰·亚当斯和杰斐逊分别代表联邦党和共和党参加总统竞选。尽管最终约翰·亚当斯以微弱优势胜出，杰斐逊屈居副总统之位，但是共和党还是成为了真正意义上的在野党，拥有了一定的政治实权。此时两党党内的建设都较以前有了较大发展，主要体现在：两党都加强了对总统候选人的宣传力度，两党的派性在竞选中更加分明；其次，两党的党内结构和竞选机构都更加完善。除此之外，两党在各州建立的体系更加完整、严密，如共和党在一些州的县中都设立了自己党派的委员会。
“1800年革命”是两党制形成的一个重要历史节点。1800年，共和党领袖杰斐逊赢得总统大选，成为美国历史上的第三任总统。此后的28年，美国形成了共和党一党统治的政治格局，联邦党的势力遭到严重削弱。1824年，共和党分裂为“民主共和党”和“青年共和党”。1824年，“民主共和党”改名为“民主党”，“青年共和党”改名为“共和党”。同时，原来由部分联邦党人组成的“辉格党”融入了新成立的共和党，代表工商业资产阶级的利益。至此，美国的两党制得以正式形成。
在美国两党的草创时期中，早期的民主政治也得到了极大发展。杰斐逊执政时，他扩大了白人男子享有选举权的范围，修改了马里兰、南卡罗来纳等州的州宪，降低了选举权的财产限制，并在法律上第一次对奴隶制进行了限制——这一系列措施都推动了美国社会的民主化进程。
值得一提的是，由于美国的总统选举实行两级选举，获得各州多数票的党派即获得该州的全部席位，因而第三党在美国始终难成气候。这也正是美国为什么是两党制而非多党制的原因。
回顾美国两党制建立的历史，两党都对美国发展做出了各自的贡献。杰斐逊的民主思想成为美国民主思想中的精华，而汉密尔顿的思想则对美国整顿财政金融制度，树立中央政府的权威做出巨大贡献。美国两党不同的建国理念和治理方针之间的相互碰撞以及相互融合，相互补充共同推动美国民主政治和资本主义的未来发展，也为美国社会增添了许多活力。
XYZ事件引发的对法矛盾
作为两党竞争的先河，《杰伊条约》的签订虽然在短期内避免了英美两国战争的再次爆发，但却引起了法国连同美国内部亲法人士的强烈不满，法国政府甚至认为美国已经向英国妥协，英美结成了联盟，美法关系也因此开始极度恶化。
为了报复美国的突然“叛变”，法国采取了一系列的报复措施，疯狂地扣留和掠夺美国船只，给美国造成了巨大的商业损失。1796年，为了缓和同法国的关系，化解双方的矛盾，美国政府派出了由查尔斯·科茨沃斯·平克尼、埃尔布里奇·格里和约翰·马歇尔组建的使者团，前往巴黎，寻求化解双方矛盾的途径，恢复两国正常的外交关系。
1797年，三位使节到达巴黎后多次请求会见法国外交部长塔列朗，但结果都遭到无情的拒绝。后来在使节的努力周旋下，塔列朗终于提出：若美国政府能够支付巨额索赔，修复法国在战争中的损失，法国政府可以破例接见远道而来的使节。
面对法国人的傲慢态度和无理的索赔要求，马歇尔和平克尼愤然离去，他们指责法国的无耻行为，并声称即使要花掉数百万的防御费用，也绝不屈辱地花一分钱祈求和平。只有格里继续留在了巴黎，希望能够找到一个和平方案，避免两国战争。不过，留在法国的格里最后也被遣返回国。
谈判失败后，国内的主和派将责任推卸到了三位使节的身上，要求对代表团给予相应的处罚，为了以示公正，国会宣读了1798年4月的谈判文件，指出了法国的无礼蛮横和对美国的侮辱，但是文件中三个人的名字分别用了X、Y、Z来代替，因此这起事件也被称为“XYZ事件”。
XYZ事件的披露引发了美国人民的极度反感，国内反法呼声一浪高过一浪，美国认为法国的无耻索贿及对美国使节的蛮横无理，是对美国的挑衅和极端的侮辱，必须让法国为其行为付出代价。经过国会一致讨论，美国做好了战争准备，准备随时为了荣誉而战。
为了对抗法国的海军力量，并加强自身的海域领属权，美国不仅增加了海军军舰的数量，还成立了海军部，组建了一只庞大的海上部队。
1798年1月18日，法国颁布了一系列针对美国运输船只的命令，凡是载有英国及其他中立国货物的船只，法国都会予以没收。在1月31日，美国第二任总统亚当斯向美国内阁发出请战的要求，对法国进行一定限度的对抗，双方正式进入备战状态。在不断地冲突下，美法在海上发生了多次战斗。
美法两国之间准战争的形成是多方面因素合力的结果。从法国的角度看，《杰伊条约》起到了导火线的作用，法国将矛盾直接指向美国，认为美国背叛了他们之间的联盟。在对抗英国的战争中，美国开始宣布中立，这一举动，使法国政府非常不满。而从美国的角度来看，美国派出使团恳求和平谈判，同时给予法国在《杰伊条约》中享受与英国同样的权利，但是法国却无故扣押美国船只，给美国造成损失，国家的尊严也在XYZ谈判中受到侮辱。强烈的民族自豪感激发了美国人民无比的愤怒，这也为准战争的形成起到了一定的推动作用。
先前，法国军舰肆无忌惮地掠夺和扣押美国船只，甚至触碰到美国的海岸线。而在1789年7月7日，美国海军成功地捕获了一批装有法国大炮的私掠船，让法国为之一惊。
后来，随着海军力量的进一步加强，美国不仅夺回了部分被法国俘获的商船，还给了法国军舰队重创。在胜利的鼓舞下，美国海军士气高涨，连连大败法国。法国考虑到自身利益，退出了加勒比海，双方在较量的过程中，美国海军渐渐处于优势。
总的来说，美国在这场没有公开的战争中，损失相比法国来说要小得多，法国一方面要考虑英国的战略状况，另一方面不得不抽出部分兵力“报复”美国。从这一点来说，英国虽然没有与美国建立统一的战线，但却在战争的另一端牵制了法国，给了美国同欧洲和东方广阔的贸易空间，所以后来再失去了对美作战的可能性之后，法国政府开始重新考虑整个战局的部署。
其实美法两国都有意避免战争，恢复两国的和平，亚当斯顺应局势提出重新派遣新的使者团前往巴黎，为和平请命。经过多日谈判，美法代表在巴黎签订了和平条约，条款不仅就双方海上的贸易往来、战争中损失的赔偿情况，以及债务等其他问题达成了初步协议，而且提出结束战争，两国重归于好的要求。
1797年美法之间的准战争，对美国的政治和外交都产生了重要的影响，因其对手是昔日共同对抗英国的盟友法国，这差点使其陷入了孤立状况。但在后面的战争中，美国做出了让步，同法国停止对战的状态，恢复往来，这一举动不仅维护了美国尊严，还改善了同法国的外交关系，赢得了外界的一片赞赏，为以后同欧洲及东方的贸易扫清了部分障碍。
同时美国和法国的准战争也反应出了美国处理危机的能力，在华盛顿的领导下，美国政府能够清醒地看清局势，扫清内部障碍，摒弃个人情感，建立正确的方针，为以后美国的顺利发展树立了榜样。