林彪接到中共中央这一电报指示后，持怀疑态度。因为，自从他挂帅东北军事工作以来，被杜聿明这个黄埔同学整得好苦，杜聿明所部一个劲地压着东北人民自治军打，根本没有丝毫停战的态势。刚收到毛泽东关于“建立巩固的东北根据地”的指示才几天，正准备将部队分散布置到各地开展建立根据地的工作，怎么又变了？又要集中打大仗了？已经“分散”、“集中”、“分散”一个循环了，还要再“集中”吗？林彪对此不太放心，故于1月5日致电中共中央，询问情况。他的电报是这样说的：3号电悉。国内和平是否完全可靠？如完全可靠，则我在东北部队目前应集中力量作最后一战。如不可靠则仍分散建立根据地，准备应付敌明年之进攻。盼复。
中共中央收到林彪5日电后，即于6日复电林彪指出：国内和平有望。保卫热河的战斗是带有决定性的，目前阶段中并可能是最后一战，决战方面是由程萧部队担任，你在义县、阜新方面是钳制作用，但须由你们作有力之钳制。
中共中央的复电明白地告诉林彪，东北部队还要再“集中”起来，要准备大打。于是林彪又开始集中部队。1月10日，林彪向中共中央汇报准备情况。报告说：此间作战部队决定明天开始出动，向阜新、新立屯一带前进，消灭留在该地之敌一个师。而后再以义州为目标向敌进攻，协同杨得志消灭向热河前进之敌。
就在林彪集结人马准备大战的时刻，延安和重庆都宣布了停战协议。毛泽东发布命令指出：“全中国人民在战胜日本侵略者之后，为建立国内和平局面所作之努力，今已获得重要之结果。中国和平民主新阶段，即将从此开始。”毛泽东和中共中央的态度是严肃的。为此，1月12日，刘少奇以中央名义向林彪、黄克诚连续下达三道命令，指出：“你们对顽军进攻务必于1月13日24时以前停止，否则违法。”
对于这一突如其来的变化，林彪难以接受。眼下已出现战机，国民党军现已开始分散占领城市，每占一城就必须分散一部分兵力，自治军也开始集中兵力准备打一仗。突然停战，有利的是国民党，而不利于我自治军部队。
1月14日，林彪毫不客气地向中共中央提出了数条疑问，电文说，我驻军地区与城市，他是否有权进驻？如有权进驻，则我后方即难设立……倘顽军开入后，实行高度分散，以合法地位控制政权，限制群众运动，则我既不能在军事上打他，又无合法地位进行群众工作。
……如我无政权、财权，则部队衣食、供给如何解决？……如我无一定的整块立足地区，无实行民主、民生的政策权，无发动组织群众之权，则顽军一旦翻脸，我岂不无立足地区？
林彪以上疑问，问题看得很准，疑虑也很实在，是关系到整个东北乃至全中国生死攸关的重要问题。
15日，林彪请示中共中央，提出：以现在敌之分散情况，我们如配合热河部队采取各个击破方法，消灭杜聿明全部，夺取锦州有充分把握。望中央速考虑，是否能让我们开始攻击。我意最好利用国民党对东北问题拒绝谈判以前，我们开始攻击。
同日，中共中央复电林彪还是不让再打。电报指出：国民党在各方面已遵令停战，15日只有个别地方有战斗。你们现在决不要攻击，部队在现地停止待命。但对方来攻时，则坚决消灭之。
中共中央信守13日停战时间，国民党军在13日以前却一天也没停止过对东北的进攻。
1月7日，国民党第52军第25师向营口发起攻击。时值天下大雪，自治军吴克华部打退了对方6次冲锋，坚守了正面防线，但却让由辽河迂回过来的敌军包抄了一下，损失了部分兵力，最后不得不放弃营口，撤回了海城。52军第25师占领营口后，仅留1个营驻守，其大部拟铁运沈阳，参加“接收”。吴克华部侦获此情报后，决心夺回营口。经苦战于停战令生效前2小时的14日凌晨2时，收复了营口。
东北人民自治军虽然在营口占了点“小便宜”，但在承德方向却吃了亏。国民党第13军于1946年1月5日占领朝阳，9日占领叶柏寿，10日侵占凌源。当国共双方协定停战令于13日生效时，蒋介石即密令杜聿明督率所部星夜攻击前进，务必于13日前拿下平泉等城。于是，杜聿明指挥13军和52军第195师继续西进，击退了李运昌的冀东第12、第14旅的防御，于13日拿下平泉。当李运昌指挥部队进行反攻时，由于停战令生效，李运昌只好命令部队退出战斗。
1月13日前后的国共和战问题使得东北形势进一步复杂化。为此，14日彭真致电中共中央说：现停战令下，全国能和平对我甚为有利。但国民党仍不承认我在东北之任何地位，并且仍可能向东北进兵。蒋军不向我进攻时我又不能向蒋军进攻，此种情况对我争取控制东北则甚为不利……现华北、华中停战，敌又控制交通线，可自由将关内兵力运来。东北境内敌机动方便，而我甚困难。
而林彪则对停战协定表示出明显的怀疑。他于15日给中共中央发了一个电报。明确指出，依照中央13日18时电看来，此次和平协定的实质，实为蒋之一重大阴谋。这一阴谋是对我党力量采取避实就虚，各个击破的方针。从目前所知条件看来，则我此次和平的前途较之继续战争的前途更坏。我入东北的部队目前完全处于无根据地的状态，与我军脱离中央苏区后到陕北以前的状况大体相同。如敌调整全国兵力，向我到处进攻，则对我甚为不利。如我在这方面停战，而让敌自由攻击东北，则对我党的后果是很不利的，华北之暂安局面也决不会长久。因此我们对现在所谓和平的实际收获，须清醒的考虑之……
关于东北问题，中共中央此时所采取的是“争取和，准备打”的方针。但“争取和”放在了第一位。一方面同国民党通过谈判谋求政治和平解决东北纷争，另一方面积极做好应付内战的准备。
为此，1946年2月15日，中共中央指示东北局：国民党现仍拒绝与我谈判东北问题，不承认我在东北之任何地位，他对东北我军仍未放弃武力解决方针，因此国民党军进入东北后，要向我们进攻是不可避免的。请东北局立即布置一切，在顽军进入东北向我进攻时坚决击破其进攻。必须使我在东北能击败顽军之进攻，使其武力解决东北问题之计划失败，他们才会承认我在东北之地位并和我们谈判问题。
1月16日，中央军委复电彭真、林彪，对停战问题作了解释。电文指出：我们在月初及以前时期，能给杜以沉重打击，推动全国停战，保障和平，提高我在东北及国内国外地位是有利的。而在停战命令公布以后情况起了变化，杜聿明部又未继续进攻承德，我如主动向杜部进攻，将受到国内外舆论的严重责备。蒋顽发动内战的责任将推在我们肩上，人民是不容易了解的，这于我是不利的。因此目前可能取得局部的军事胜利（你们来电所说杜部分散），也只有暂时放弃不向杜部进攻，以服从目前全局的政治形势……东北的武装冲突前途是难以避免的，但必须坚持自卫原则，才能有理；利用时间训练军队，准备战场，在顽军进攻时给予歼灭打击才能有利。经常注意掌握有理有利这两个原则，才能立于不败地位。营口盘山胜利后，应巩固这一胜利，准备将来继续争取胜利的各种条件。
林彪是军事干部，他以高度的政治敏锐性和军事指挥员特有的戒备心理洞察局势，为了使东北人民自治军保持应有的警惕性，于1月15日向东北人民自治军各部队接连下达了两道命令。
第一个命令是15日7时下达的。命令各兵团首长，时局尚在动荡中，各部须严整战备，只有战争才能争取和平！
第二个命令是15日10时发出的。命令指出，各兵团首长并报东北局、中央：对于和平问题，切勿向下级指战员散布和平空气，以免解除精神武器，涣散军心民心。故只应鼓励为和平而战，为停止敌之进攻而战。
林彪以上两令，在当时和平迷雾浓重缭绕的形势下，对于稳定各级指挥员的思想，保持我军各部队战斗力，具有重要意义。