事实上，阿里巴巴在创新方面一直做得很好。阿里巴巴的模式就是自己首创的，在国外并没有可以借鉴的。淘宝之所以能够击败eBay，来自于它对中国市场的了解，而不是去照搬国外的模式；来自于马云一直坚持一点，即如何为客户提供更好的服务。阿里巴巴B2B公司CEO卫哲谈到创新时这样说道：“阿里巴巴创新全部来自于客户，我们不做客户不喜欢的创新，我们的创新在于解决客户的问题。包括马总，所有的高管，无论工作多忙，我们都会去走访客户。”
从信息流到物流再到现金流，阿里巴巴靠着马云及其团队的智慧，一步步打通了阻碍飞腾的任督二脉，开始向着更高的天空飞翔。与银行合作，推出面向中小企业主和个体户的小额贷款，破解融资难坚冰。这次史无前例的创新，其影响是深远的，意义是重大的。它让中国网民认识到，网络信用一样可以转化为银行信用，任何人的信用都是个人在社会中的立身之本。这是阿里对社会最大的贡献。
如果要评出2007年中国互联网最具价值的项目，非阿里妈妈莫属。她上线仅100天就一下子成长为中国最大的网络广告交易平台，运营成绩超过多年老牌联盟。人们从它身上终于了解到马云为什么这样受人尊敬。这个曾经号称“智慧与长相成反比”的男人，数年精心布局成就今日一番大业。一路走来，披荆斩棘，风浪无数，终究是凤凰涅磐，脱胎换骨。
其独特模式被美国十大著名院校的商学院研究，而且还被列入哈佛大学商学院MBA的教学案例。
【业界看台——创业公司要有创新模式】
被人们视为“异端”、“另类”的“汽车疯子”李书福，曾经说过这样的话：“别人没做，我们更应该做。即使无力回天，也可留下一个时间上的思考。世界上任何一个能够做大、做强、做好的企业不可能用别人的品牌。我不反对‘挪威的森林’，但更好的是，我们要在自己的土地上长出雄伟粗壮的白桦林！”在已经习惯了“进口”甚至直接“拷贝”欧美模式的中国，说出这样的话是需要极大的勇气与魄力的。
探索马云的成功模式，总能从无数个“偶然”中寻找到一些“必然”的痕迹：他没有“海归”的耀眼光环，却不乏海外文化的滋养，英文也不比“假洋鬼子”差；他从小成长于“草根”阶层中，对中国的国情有着深刻的理解，就连创业的大本营都定在了他土生土长的浙江——这个中国最庞大的民营企业集中营，在这里他的“土鳖”智慧可以得到充分施展。其实，马云并不比别人更懂“鼠标”，而是更理解“水泥”，更理解中国的用人之道。尽管他的商业模式在美国、欧洲都找不到现成的榜样，却实实在在生长在中国这块古老的土地上。
他认为：在商业做法上盲目模仿大公司，这是不少创业者都容易犯的一个错误。不少出身大公司的人，会在自己创业的时候，不自觉地按照大公司的做法建立一些规范制度，等等。必要的规范当然是有益的，但大公司为了稳妥，一般都比较慢，大公司为这个“慢”付得起代价，但这对小公司来说将是一个灾难。新创业的公司就像是只兔子，却以为自己是个大象，用大象的心态做事，在狼面前慢慢踱步，最后就会被狼吃掉。创业，就意味着你要有创造性的做事方式。
创业公司不仅不要盲目模仿大公司的做事方法，也切忌抄袭其商业模式。那些知名企业在成名之前是什么样的你知道吗？他们是怎么积聚自己的能量，才有了今天的成就？简单模仿它的现实，可能是南辕北辙，这样的公司不是简单模仿就能获得同样成功的。
马云的创新模式得益于他对中国中小企业的了解，马云创业团队自身的成长经验。
我们是异军突起后，就成为在全世界B2B领域里（我们可能现在确实是）的第一位，无论访问量、客户数量都是第一位的，原因很简单，美国都是为大企业服务的，在我想来要为大企业服务是很难的，第一，等到他搞清楚怎么做的时候，他往往会自己做，他会把你甩了；第二，美国的电子商务都是为大企业省钱，我觉得中国要为中小企业服务，因为中国中小企业很多，因为中小企业最需要帮助，就像你可以造别墅，但客户群是有限的，但当你造很多公寓的时候，就有很多人愿意住，所以我是造公寓，为中小企业服务的，中小企业你不能去想办法帮他省钱，因为他的钱已经省到了骨头上面了……为中小企业服务的思路是帮助他们赚钱，让他们通过我们的网络发财……
马云对中小企业进行了详细的调查，他发现，中小企业商人头脑精明、生命力强，相当务实，“他们才不管你什么战略不战略，能让他赚更多钱的东西他就会用”。
如果把企业也分成富人穷人，那么互联网就是穷人的世界。因为大企业有自己专门的信息渠道，有巨额广告费，小企业什么都没有，他们才是最需要互联网的人。而马云就是要领导穷人起来“闹革命”。
【相关链接——电子商务的创新模式】
在全球化形势下，挑战与机遇并存。就机遇而言，市场上商机无限，但商机已然不可重复。所以，一个创业者也不能过分迷信所谓“成功模式”、“成熟模式”而去“克隆”它们。我们必须从国情出发，从自身所处的环境出发，眼观六路，耳听八方，不断地思考、提炼、筛选。这是一个探索的过程，需要置之死地而后生的勇气，但唯有如此才能真正摸索出一套属于自己的模式，实现那个“凤凰涅槃”的美丽神话。
当几乎全世界都为因特网在商业上的成功应用而喝彩的时候，当无数企业纷纷购置设备和软件将企业与因特网联结起来的时候，当许多高技术企业投入大量资金建立网站大做广告（所谓的“烧钱”）的时候，当大多数企业盲目照搬西方成功企业的模式而血本无归的时候，则不能不引起许多从业者和研究人员的关注和反思：比如，采用怎样的电子商务模式和策略才能不断取得成功？如何在基本的电子商务模式的基础上创新，创造适合企业自己特殊情况的新型商务模式？
创新是电子商务与生俱来的本质，在网络经济环境下电子商务转型对很多企业来说是以前从未遇到的新挑战，几乎没有现成经验可供借鉴，也没有固定统一的转型模式，需要企业用创造性的思维来实施电子商务。电子商务模式的演化过程实质上是根据企业资源的占有情况，动态地改变企业的经营策略。网络泡沫从反面说明电子商务模式创新的重要性。企业的电子商务模式，总体上是沿着创新、模仿和适应道路不断前行，其中进行创新的企业是少数，更多的企业还是处在模仿和适应的阶段。真正能赢利的少数公司具有下列特点：能给顾客带来更多价值，具有鲜明特色的商务模式以及随需应变的执行力。
国内大多数的企业开展电子商务基本是从国外的成功模式中选择，进行本土化改造和适应发展起来的。这样的企业电子商务模式因为暂时没有国内同行的竞争，在初期发展阶段也比较迅速。但从长远来看，竞争压力可能会加剧。国外竞争力量的介入会使竞争格局有大的变化，如eBay易趣、携程、阿里巴巴，等等。值得注意的是为避免和先行者的优势抗衡，在电子商务模式的若干要素上可以突出自己的特色，如目标顾客的选择、价值链的定位、营销策略及产品的差异化等。此外，同行业竞争压力也会衍生出一些新的模式，有些电子商务模式本身或许是竞争的产物。一个市场只有拥有数家实力相当的竞争者才能逐步成熟。
传统商务和电子商务各有优势，结合两者的优势也可能催生新的有竞争力的商务模式。尤其在国内，电子商务在诸多方面还存在着瓶颈，纯粹的网络企业暂时很难体现电子商务的优势，那么“鼠标+水泥”的方式可能就很有生命力，如Sohu的电子商城在北京地区，其物流和支付的问题就是和中国邮政合作解决的。传统的一些行业，如保险，也会因银行、信托基金公司、虚拟保险公司和在线经济等新竞争者的出现改变运营模式，使其价值链会有一定的调整，与代理商和顾客的关系也会有变化。