5月6日袁世凯开会决定对日本要求再作重大让步自2日以来，连日接到驻日公使陆宗舆电报，称日本接连召开内阁会议、元老大臣会议、御前会议，讨论向中国发出最后通牒。今日陆宗舆又发来两份电报，报告日本御前会议议决明日向中国下达最后通牒，限9日午后6点答复。袁世凯召开紧急外交会议，决定再作让步。会后，发电训令驻日公使陆宗舆先设法与日本外务大臣接洽，同时又派外交次长曹汝霖赴日本公使馆，通报“中国政府为维持中日亲善与东亚和平起见，对于日本国政府所提要求，经过最慎重考虑后”，作出的重大让步。由于袁世凯不能确切地掌握日本最后要挟的全部条件，因而作出的让步竟远比日本最后通牒中的要求还大得多，尤其以在危害最烈的第五号上的让步为甚。袁政府的新方案为：“关于第五号，其中关于铁路问题可以同意日本最终修正案中的第二案，顾问、兵器及传教等事，可声明在日后以日本最终案为基础另行磋商，至于设立学校、医院等事，可将已经协商之各点作为会议记录存案。”当曹汝霖正与日置益会谈时，北京外交部突接陆宗舆来电，报告日本政府已决定将第五号要求撤回，外交部急忙用电话告知曹汝霖，但此时曹已对日置益通报了中方的新方案。曹汝霖临时机变，又对日置益解释说刚才所言，“纯系个人私见”。但曹汝霖提出的新方案，仍大大出乎日置益的预料之外。他甚至没有立即执行日本外务大臣发给他的“最后通牒仍须提出，望即采取步骤，毋庸踌躇”的训令，而是紧急致电加藤外务大臣说：“曹汝霖带来让步方案，至少在第五号上与……我方关于第五号之修正案相较，似对我方远为有利。基此，本职认为我方最后通牒文告中有关第五号（福建部分除外）部分，至少应按曹氏今日言明之程度加以修改。”并称他之所以“今日并未将我方最后通牒之全文手交曹氏”，也正是“基原此因”。但由于最后通牒“业经朝廷会议议决”，而且加藤已将最后通牒通知中国驻日公使馆及英、美、俄、法四国驻日使节，“至此已难再行修改”，再加上曹汝霖辩称新方案仅是“个人私见”，日方也难以过于重视，因此，加藤只得批示日置益：“希按前此电训所示，提出最后通牒，即望坚决执行。”次日，日置益遵命向中国发出了震惊世界的最后通牒。
美国向英、法、俄提议，共同干涉中日交涉，遭三国拒绝。同日，美国国务卿白里安致函日本首相大隈重信及中华民国大总统袁世凯，希望双方和平解决两国交涉。8日，日本驻美大使珍田请美国政府勿共同干涉日中交涉。
5月7日日本向中国递交关于“二十一条”要求的最后通牒。下午3时，日本公使日置益奉日本政府训令，将最后通牒一件，附释七条，送交中国外交部，宣称除第五号各条允许以后另行协商外，限袁世凯政府48小时内对日本4月26日的最后修正案作出满意答复。这个著名的最后通牒最后部分全文如下：“帝国政府因鉴于中国政府如此之态度，虽深异几再无继续协商之余地，然终眷眷于维持极东平和之帝国，务冀圆满了结此交涉，以避时局之纷纠，于无可忍之中，更酌量邻邦政府之情意，将帝国政府前次提出之修正案中之第五号各项，除关于福建省互换公文一事业经两国政府代表协定外，其他五项，可承认与此次交涉脱离，日后另行协商。因此中国政府亦应谅帝国政府之谊，将其他各项，即第一号第二号第三号第四号之各项，及第五号中国关于福建省公文互换之件，照4月26日提出之修正案所记载者，不加以何等之更改，速行应诺。帝国政府兹再重行劝告，对于此劝告，期望中国政府至五月九日午后六时为止，为满足之答复。如到期不收到满足之答复，则帝国政府将执认为必要之手段，合并声明。”
俄国驻华公使要中国立即无条件接受日本的最后通牒。是夜，外交部派员前往俄国驻华公使馆就“二十一条”要求寻求支持，俄国公使库朋斯齐竟然说：他最恳切地劝告中国，立即表示同意无条件接受日本的最后通牒，以免日本人借口不满意中国的答复而着手采取强制手段及嗣后扩大其要求范围。
中英签署合办福中公司合同。华商中原公司与英商福公司，本日在北京签订《合办福中公司合同》，双方议定各出资50万元成立福中公司，专销两公司生产的煤炭。24日，袁世凯任命张镇芳为福中总公司督办。次月1日，福中总公司在河南修武、焦作召开成立大会。
5月8日北京商务总会致电各省商会，指出：“日本利用欧洲战事，乘我新造国家，提出吞并朝鲜同一之条件，逼我承认，5月7日竟以武力为最后之要求，四十八钟内，倘不承认，立即进兵。”号召四万万中国人，自本年5月7日始，立此大誓，永存此志，勿忘国耻。”
英国公使朱尔典劝告中国接受日本最后通牒。获悉日本已向中国提出最后通牒找陆征祥谈话，请他负责向袁世凯及中央各部总长力争，不要强硬对待日本的最后通牒，并说：目前中国的情形极为危险，由于各国正陷入欧洲战争，无暇东顾，为眼前考虑，只有忍辱负重，接受要求，不宜作武力打算。在当天召开的各政界领袖会议上，陆宗舆遵照朱尔典的请求将他的意见转告袁世凯及与会的各政界要人。朱尔典的意见对袁世凯最终接受日本最后通牒产生了一定的影响。同一天，美国公使芮恩施也劝告袁世凯政府“应该避免与日本发生正面磨擦”。这是英美出卖中国、绥靖日本的具体表现，也是袁世凯“以夷制夷”外交策略的又一次重大失败。
袁世凯开会决定接受日本最后通牒。上午与下午，袁世凯在总统府两次召集各政界领袖会议，讨论日本的最后通牒。副总统黎元洪、国务卿徐世昌、政事堂左右丞杨士琦、钱能训、各部部长、各院院长、参政院议长、参政、外交次长府院秘书长等出席会议。陆征祥向与会各要人报告了他刚刚与英国公使朱尔典会晤的情况，与会者大都迎合袁世凯的旨意，认为只有接受日本要求一途，惟有陆军总长段祺瑞主张动员军队对日示以强硬。袁世凯说：我国国力未充，目前尚难以兵戎相见，决定忍辱接受日本通牒。会上，袁世凯发表了一篇声泪俱下的演说，说为权衡利害而至不得已接受日本通牒之要求，是何等痛心！何等耻辱！无敌国外患者国恒亡。经此大难以后，大家务必认此次接受日本要求为奇耻大辱，本卧薪尝胆之精神，做奋发有为之事业，举凡军事、政治、外交、财政力求刷新，预定计划，定年限，下决心，群策群力，期达目的，则朱使（按：指英国驻华公使朱尔典）所谓埋头十年与日本抬头相见，或可尚有希望。若事过境迁，因循忘耻，则不特今日之屈服奇耻无报复之时，恐十年以后，中国之危险更甚于今日，亡国之痛，即在目前。我负国民付托之重，决不为亡国之民。但国之兴，诸君与有责，国之亡，诸君亦与有责也。据参加会议的税务处督办梁士诒后来说：袁总统悲愤陈词，衣沾涕泪。与会者或怨愤填胸，或神情惨沮。
5月9日袁世凯政府接受日本最后通牒。下午1时，外交总长陆征祥、次长曹汝霖奉命前往日本驻华公使馆递交中国接受通牒。的复文。复文共255字，全文如下：“本月七日下午三点钟，中国政府准日本公使面递日本政府最后通牒一件，附交解释七条。该通牒末称，期望中国政府至五月九日午后六时为满足之答复，如到期不收到满足之答复，则日本政府将执认为必要之手段，合并声明等语。中国政府为维持东亚和平起见，对日本国政府四月二十六日提出之修正案，除第五号中五项容日后协商外，其第一号、第二号、第三号、第四号之各项，及第五号中关于福建问题以公文互换之件，照四月二十六日提出之修正案所记载者，并照日本政府所交最后通牒附加七款之解释，即行应诺。以冀中、日所有悬案，就此解决，俾两国亲善益加巩固。即请日本公使定期惠临外交部，修正文字，从速签字，为荷。”
上海召开国民大会反对日本最后通牒国民对日同志会、中华国民请愿会、外交后援会、女子救国储金会四团体，四五万人在上海法租界内召开国民大会，反对日本提出最后通牒，大会决定致电袁世凯：誓死反对接受日本帝国主义灭亡中国的“二十一条”，“恳政府，本国民之决心背城一战，民等愿毁家捐躯后援政府”。全国各地出现抵制日货高潮。
全国教育联合会规定各学校以每年5月9日为“国耻纪念日”。
5月10日日中两国政府为“二十一条”交涉和平解决互致“睦谊”。日本外相加藤高明致电北京政府外交部，表示中日两国亲善之谊。并派日置益公使前往外交部，申明答谢。同日，外交总长陆征祥复电加藤外相，表示谢意，称：“本日，准日置公使面交贵大臣恳挚之电，至为铭感。此次交涉，赖贵大臣尽力，得以圆满解决，俾两国邦交保存亲善，洵为两国前途之幸。本总长盼望此后彼此睦意益加巩固，兹特专电，表明本总长切实希望感谢之意。”同日，加藤对中国驻日公使陆宗舆表示，中日两国交涉得以和平解决，至为可庆可贺，“交涉时双方虽有误解，既由政府解决，后自易图亲睦之方。”但他同时又对日本之所以采取最后通牒方式作了辩解，称：“惟以个人事后评论言，一因交还青岛，日本视为极大好意，希望中政府或有道谢，乃竟有要求赔偿之答案。二则陆总长初一日答复有最后决答之言，日本再四思维，已无交涉方法，不得已乃行国际间重大手段，实中政府告有最后之言。”
袁世凯为接受日本最后通牒，密谕各级官吏。为了掩饰接受通牒的卖国行径，防范继之而起的抗议风潮，袁世凯向各级文武官吏发布密谕，内称：“予以保全国家为责任，对外则力持定见，始终不移；对内则抚辑人民，勿令自扰，将及四月，持之益坚，彼逐以最后通牒迫我承认。然卒将最烈四端，或全行消灭，或脱离此案，其他较重之损失，亦因再三讨论，得以减免，而统计已经损失权利颇多！疾首痛心，愤惭交集。往者已矣，来日方长。日本既有极大政略，谋取定已久，此后但本进行，断无中止。兼弱攻昧，古有明训，我岂可以弱昧自居，甘为亡韩之续？处此竞争世界，公理强权，势相对峙，人有强权之可逞，我无公理之可言，长此终古，何以为国？……京外各官，当规劝僚屑，申做人民，忍辱负重，求其在己，切勿亡逞意气，空言谩骂，非徒无益，反自招损。务各善体此意，努力为之。”
袁世凯任命陈宦为四川巡按使。
5月11日英日两国对中日交涉结果互称“满意”。英国驻日本大使格林访晤日本外相加藤高明，称：英国政府对日中“二十一条”交涉圆满解决，表示满意。13日，日本驻英国大使井上代表日本政府对英国在日中交涉中给予日本的支持深表“谢意”。
北京总商会发起救国储金。该会在中央公署举行大会，到会者二三十万人，储金100万元，并宣传抵制日货。5月23日开第二次大会，到会30余万人，储金近80万元，并宣传爱国自强，提倡国货。