9月直4日。朱执信奉孙中山命至南洋筹款反袁。是日，抵达新加坡，随后偕邓泽如去各埠筹款。至10月1日，返回新加坡，共筹款四万余元。
9月15日。中俄及外蒙古地方当局三方恰克图会议举行第一次会议。是日，北京政府代表在中俄蒙恰克图第一次会议上声明：此次会议性质乃确定中央与自治区之交际，而俄国为之居间，与外交会议不同，会议应以1913年11月5日《中俄声明文件》及声明另件为依据。
北京政府与英国萨穆尔公司签订汉口市政修建借款合同。合同规定中方借款总额1000万英镑，用以修建汉口马路、铁桥隧道、汉水与长江之间运河、电车轨道及其他设施。借款年息六厘，分45年还清，前10年还息不还本，次五年每年还本2％，最后30年，每年还本3％。借款以汉口商场及其收入为抵押，不足时由政府负责。
北京政府拨款赈济山东水灾。半月来，山东境内阴雨连绵，潍县、胶县、昌邑、平度、高密、即墨等县，河流满溢，民房倒塌，受灾区域东西300里，南北百余里。是日，北京政府财政部拨银三万元救灾。
9月17日。北京政府鼓励留学人员归国共匡大局。
日军侵占胶州火车站，将中国警察行驱逐。
9月19日。湖北发生虫灾。湖北江汉襄阳、荆南各属30余县旱、虫灾严重，仅汉川、沔水、随县、光化四县灾民即有60万人。是日，袁世凯令财政部拨银二万元赈灾。
范鸿仙被刺杀范鸿仙是革命党上海方面武装起事的主持人。近来，本准备攻取江南制造局，但风声走漏，是日袁世凯派上海侦缉队将范鸿仙刺杀。同时捕杀准备参加起事的北方军士200余人，武装起事受挫。******等筹银700元为其善后。
9月20日。孙中山在东京召集重要干部会议。是日，孙中山在东京召开制定中华革命党方略第一次讨论会。出席会议的有：孙中山、胡汉民、田桐、谢持、许崇智、杨庶堪、廖仲恺、居正、丁仁杰、戴传贤、王统一等。孙中山任主席，戴传贤为书记。此次会议讨论中华革命党革命方略，定青天白日满地红旗为中华民国国旗。
9月21日。外交部答复德使抗议。抗议书略谓：中国中立情形与他国不同，因在中国境内，有交战国建设炮台之地，攻击时，势必破坏中立，此种情形，实与日军攻旅顺时无异。且战后俄国损失甚巨，也并未索偿。今中国政府对于山东发生之事，早已申明在先，概不负责。
山东登陆日军驱逐龙口地方税局官员。10日，日军在龙口登陆后，借口该税局与日本军事不便，强令官员离埠。是日，江海关监督致电外交部，请向驻京日使提出抗议，并要求因战事而造成的税收损失由日军赔偿。
农商部是日批准日商大仓公司曾在江西余干、进贤两县购得的90千方里矿区开采。
9月22日。孙中山致电安南总督，营救在广州湾被捕党人。8月间，革命党人梁卫平等奉朱执信之命赴广州湾，以开设“广怡华商店”为掩护，建立活动策应机关。不久事泄，广东龙济光遂要求广州湾法租界警关闭该店，引渡党人。是日，法警将梁卫平、林直勉、薛岳等九人逮捕。孙中山闻讯，急电安南总督，称此等乃******，不得引渡。事后，梁卫平等人被押解河内监狱，经多方营救，于翌年9月获释。
日公使向中国政府提出将强占胶济路全线。日本外务省训令日置益公使立即向中国政府交涉，借口军事需要，日军将占领胶济路全线，并由日本经营管理。28日，日置益就此照会北京政府。29日，中国政府外交部指示驻日公使陆宗舆向日本政府提出抗议。
袁世凯以欧战爆发以来，南洋华工陆续被遣回国，是日令福建巡按使于该省暂存候拨项下提银三万元，作为赈恤闽省回国华工之用。
9月23日。程家柽在北京就义。程家柽字韵荪，安徽休宁人。早年留学东京。后见到孙中山，即献身革命，同盟会的成立，程家柽功劳不小。北京大学曾邀聘他做农科教授，党人都认为很危险，程家柽则不顾安危接任此职，而讲学之际，时常在言外涉及三民主义。清肃亲王善耆想藉程家柽通款孙中山，诈允效革命先驱。程家柽则伪相结交，作为革命的掩护。清帝逊位之际，程家柽曾旋返南京向孙中山陈述杨庶堪的野心。后来又至北京创办《国风日报》，言论激昂，风声贯满京津。袁世凯任总统后，程家柽不屑与袁氏为缘，决定以新闻事业牖导社会，曾著《民党主义》一文，阐发周详，津沪各报争相转载。1913年春，程随孙中山游山西。程家柽奉孙中山的讨袁命令，南下与黄兴商议，又衔命赴皖赣，与柏文蔚、李烈钧等谋划军事。部署完毕，程先期密返北都，遥为内应，不料义军骤挫于江西，革命党人纷纷亡命海外，而程家柽仍坚持留在首都，与袁氏周旋。袁世凯以武力压迫国民党，且逐渐萌发帝制阴谋，于是程家柽作《袁世凯黄粱梦》一文，登在《国风日报》，袁世凯更视其为眼中钉。1913年冬，程家杆复邀革命党同志2000余人，组织铁血团，散布北都，并联合军队数万人，冀一举而收内外火山之效。又拟派熊世贞赴日购买军火，并多方设计，打通袁氏的厨师，拟在袁氏的饮食中下毒。不料熊世贞在津被捕，计划泄露，程家柽也因此被捕，并以其他罪名判为极刑。
英军900人由天津出发，由准将巴奈队斯坦统率于山东崂山地区登陆，随后配合日军围攻青岛。
9月24日。袁世凯公布（中国红十字会条例）。该条例共11条，规定中国红十字会工作有二，即辅助陆海军战时卫生勤务与分隆赈灾施疗及其他救护事宜。中国红十字会没总会于北京，置会长一人，设分会于各省，均隶属于总会。
9月25日。袁世凯发布祭孔告令。告令称：中国数千年来立国根本在于道德，凡国家政治、家庭伦纪、社会风俗无一非先圣学说发皇流衍。所以国有治乱，运有隆污，而只有比孔子之道亘古常新，与天无极。告令还规定9月28日，中央与地方一律举行祀孔典礼。
9月26日。外交部抗议日军侵占潍县车站是日，日本军队400余人突然进驻山东潍县，占据车站，并拘捕小工10余名，戳伤号工一名，掳去德人四名。为此，中国政府外交部紧急照会日本驻京公使，提出严重抗议，指出：胶澳在东，潍县在西，非行军必经之路，前经声明潍县不在战区之内，已经日本政府同意，而日本自食诺言，背信弃义，蔑视中国友谊，有心破坏中立，要求日本立即撤退该军队，以重信睦。28日，日置益至外交部，恃强狡辩，声言：胶济铁路纯系德国政府财产，开战前后，德人运输军械、粮食，自由行动，中国政府不能禁阻，因此日兵按站占领，管理营业。
日军开始攻击德国驻胶州湾防区是日，日军进攻青岛外围德军第一线阵地。27日，迫近青岛。28日，日舰第二舰队攻击胶州湾，第四舰队占领崂山湾。
9月29日。德国公使哈豪森照会中国政府外交部，抗议日人进占潍县车站。
9月28日。全国举行规模盛大的祀孔运动。是日，在北京，袁世凯率各部总长及文武官员于早晨6时半抵达孔庙，即而着新式祭服（上衣为绣有四团花的十二章大礼服，下围褶紫缎裙，头戴平天冠），由侍从官朱启钤、周自齐及侍从武官荫昌引导下行三跪九叩礼。与此同时，各省将军、巡按使也都在省会文庙祭祀。
9月29日。南澳县奉准全归广东管瞎。南澳县孤悬海外，一向归闽粤两省分辖，只有任官及一切行政司法权，专属粤省。是日，奉袁世凯批令该县全归广东管辖。
黄兴抵达芝加哥，力阻袁世凯之代表向美借款。
9月30日。外交部抗议日军侵占胶济铁路。外交部就日军占据胶济县事照会日本驻京公使日置益，提出：“胶济铁路系华德商办，载在胶约第二端及胶济铁路章程第一款，足征不惟是商人产业，且系中国商人投资之产业。……夫交战国官产在中立国领土，其他交战国尚不能侵犯，况中德商办产业安得占据？自潍县至济南铁路由中国保护，尤经本部特别声明，亦经贵公使特别承认。日本军队阑人潍站，且有西进意，而贵公使声明将占全路，本政府不能不认为违反协商，侵犯中立，破坏公法”。
中俄蒙恰克图会议中方提出修正草案及议件之纲领是日，中方就外蒙问题提出修正草案及议件之纲领。修正草案，内容四款：（一）、外蒙古承认中俄声明文件及另件；（二）、外蒙古承认为中华民国领土内之自治区域，并不独立，也不自成国；（三）、外蒙古不能有帝号，及与帝号相类之名称，外蒙活佛称号，用哲布尊丹巴呼图克图汗，由大总统册封；（四）、外蒙古不得再用共戴年号，所有正式公文字据契约，均遵用中华民国年历。议件之纲领，主要涉及两方面：（一）、宗主权之关系：库仑活佛及其他呼图克图喇嘛王公等封号，仍由大总统册封，觐见及年班典礼仍照旧例；办事长官对于库伦自治行政衙门及各蒙旗立于上级地位；外蒙活佛王公等对，于中央政府及对于驻外蒙古地方官吏之公文程式均分别等级，查照内地各机关体制等等。
（二）、自治权之权限：外蒙自治事宜，他国不得参与；库伦自治行政衙门不得用政府名义及各部名称，主理各员均视为中国官吏，由外蒙古选派，呈请中央政府任命；所有订立国际条约之权，应完全归于中央政府，交涉事宜，应归中央政府，或中央政府所派官吏办理，外蒙古自治各衙门不得直接授受；外蒙古如有内乱，中央政府得派兵保护，外蒙古自备军队，中央政府可以调遣，外蒙古平时军事计划，及聘用外国人员佐理军务，须预先报告中央政府核准等等。
俄国驻库伦总领事与外蒙古地方代表签订“铁道条约”、“电线条约”，使俄国在外蒙古取得铁路建筑权，及由俄境依尔库次克省之孟达至乌里雅苏台电线架设权。
本月。东北革命党人讨袁失败。9月，邱丕振组成关外讨袁军总司令部，并发行借券，筹集军费，准备起事。借券写明：袁贼无道，本司令兴师问罪，伐暴救民，军需不足，不得不就地筹措，以充军用。讨袁军联络绿林军数百人，计划先攻下昌图，以南满为根据，然后占领营口、安东、铁岭。9月5日，邱丕振拟改攻通江口。但各路巡警闻风赴通江口要道，加之天降暴雨，各路讨袁军与绿林军不能按期会合。6日，讨袁军驻孙家站机关被破获，讨袁计划由此失败。9月8日，活动于奉天本溪的革命党人发动起义。革命党人占领县城，义军捣毁衙署，打开监狱，释放囚犯。省中闻知，派重兵驰剿。义军力量单薄，又无支援，最终被击败。
劳乃宣鼓吹复辟。本月，劳乃宣把所曰中华国共和宪法”，定国名为“中华国”，以共和纪年，并希望袁世凯连任总统十年，等宣统18岁时还政******，大清皇帝封袁世凯为王爵，世袭罔替，以报项城勋劳，并保项城之身家。据说袁世凯阅后，“一笑置之，不欲过事追究”。这一来，复辟的风声越来越紧，皇宫里上上下下都笑逐言开，大为活跃，以为很快就会“日月重光”。逃亡到日本的铁良也潜回北京暗中活动。京城内外谣言清室勾结日本浪人，密议在京起事。一时复辟之说街谈巷议，闹得满城风雨。
《中华教育界》社第一次征求全国各学校成绩品。截止到11月15日止，先后收到全国200余所初高等小学、中学、师范学校的国文、习字、图画成绩品计4000余件，评定后有1418人获奖。
久大精盐公司在天津塘沽创办。该公司由范旭东创办，为中国首家精盐业企业。初时，资本仅五万元，未及10年资本增至250万元，经理处及总店设在天津，支店遍及国内各大城市。