北京大学学潮北京大学预科二、三年级学生在校内遍贴告白，反对《大学规程》中关于预科学生毕业应行入学考试方可升入本科的规定，并反对校长何孀时所发举行入学试验之布告。27日午后，学生复就考试问题向何提出质问，何竞恶言诟骂。学生愤极，迫其写悔过书并辞北大校长职。何佯允，学生始散。30日，教育部向何发出指令，查明为首之人，立即辞退。何于上午将学生八人通告斥退，并通知军警入校弹压。午后，预科学生200余人齐至教育部，要求面见总长董鸿讳进行申诉。董借口学生未举代表，拒不接见。学生遂露宿部中廊下，至31日午后始行返校。6月2日，袁世凯下令对滋事学生严切查办，毋稍宽假。6月6日，教育部再令北京大学校长将现时在校之预科学生解散。俟暑假开学后，除已斥退之八人外，其他学生仍准回校。北京大学校长何烯时在学生、社会舆论反对下，被迫向袁世凯请辞。6月17日，袁世凯批复不准。但预科学潮因学生被解散离校而平息。
5月29日进步党成立国会选举国民党领先，共和、民主、统一三党感到不合并，将难与国民党对垒。同时，袁世凯也对“健全之大党”的需要也更为迫切了。他意识到不赶紧组织一为已所用的大党，就不能有效控制国会。为此，他要求政见本属相同的共和、民主、统一三党以国事为重，速求合并成功，以扩大影响力。因此，3月中旬梁启超组党活动出人意外地获得大进步。三党合并后的新党拟举袁世凯为总理，黎元洪、梁启超分任协理，梁决定于3月19日入京，然后正式发表。但就在这时发生了宋教仁被刺事件，全国舆论集矢袁世凯，梁启超也备受责难。三党部分党员为避免为国民党之忌，又多不欲举袁世凯为总理。三党内部对合并后的组织形式与干部配置仍纷争不已，共和党主张总理制，由黎元洪任总理，梁启超任协理，汤化龙和孙武分任政务部长和党务部长，而民主党为提高汤化龙地位起见则仍主理事制，由黎任理事长，梁、汤、孙并列为理事。这样使刚有定议的三党合并计划重又搁浅。但是，随着由宋案而起的反袁世凯事态的扩大，袁世凯对三党“相倚之心”也更加急切。兼以正式国会即将开幕，三党在议院的多数并未形成。所以三党合并的步伐反较前加快了。4月2日，梁启超为“合党事”在袁世凯所派马队、宪兵、探访队的严密保护下赶往北京。经过各方反复磋商，决议于16日举行三党党员联谊会。届时，梁启超、孙武、汤化龙、王赓等要人皆到会演说，一致强调为取得议院多数，三党务必彼此容忍与牺牲“各方面之小意见小问题”，速求“合并成功”。经此次大会后，三党意见渐趋统一，于25日正式签订合组进步党的协议书。5月3日，三党本部联电各党交通处，报告各党本部审时度势，已决议合并，一旦筹备完成，即开成立大会，希各支分部先行接洽合并。15日，三党议员职员举行特别会，讨论党章及成立大会有关事宜。28日，选出新党本部职员。29日，举行三党全体在京党员大会，宣布进步党正式成立。
进步党选举黎元洪为理事长，梁启超、张謇、伍廷芳、孙武、那彦图、汤化龙、王赓、蒲殿俊、王印川等九人为理事。另由理事长、理事共同推举各地重要党员阿穆尔灵圭、张绍曾、冯国璋、周自齐、熊希龄、阎锡山、胡景伊、尹昌衡、蔡锷、朱瑞、庸继尧、陆荣廷、张镇芳、杨增新、张凤翔、程德全、陈国样、徐勤、庄蕴宽、汪大燮、陈昭常、齐耀琳、陈炯明等人为理事。其本部下设政务、党务二部，分别由林长民、丁世峄任部长。该党遵循梁启超制定、袁世凯批准的组织原则，以“旧立宪党”和“旧革命党”中的变节分子为中坚，同时也不拒绝“善趋风气随声附和者”入党。它的支分部遍布全国各省区，大多数相应由共和、民主、统一三党支分部改组而成，也有少数是本部特派员在各省区地方当局支持下建立的。鉴于国会大选时华侨“全败”的教训，它还专门派出特派员前往南洋群岛各华侨集中地发展组织，以争取海外华侨政治、经济上的支持。以上事实表明，进步党是在袁世凯直接操纵下成立的，它的成立标志着袁世凯与进步党人联盟关系的正式确立。进步党成立后，即宣布其党纲是：（一）取国家主义，建设强善政府；（二）尊人民公意，拥护法赋自由；（三）应世界大势，增进平和实利。这个党纲虽也笼统提出了“法赋自由”、“平和实利”等纲领，但最根本的是第一条。进步党所要建设的“强善政府”不过是袁世凯政府的代名词而已。因此，进步党极力为袁世凯一手制造的宋教仁血案辩护，主张“法律解决”。至于袁世凯违法签订的“善后借款合同”，因袁已允诺以部分回扣“作该党费用”，自然更为它所竭诚拥护。它还积极支持袁世凯发动镇压二次革命的战争，在国会中与国民党作对。
前清陕甘总督升允自库伦分别致函新疆都督杨增新及阿尔泰办事长官帕勒塔，胁迫二人背叛民国，投靠俄、库。其后于6月至9月间，复先后致函甘肃都督赵惟熙、宁夏护军使马福祥、旅京蒙古王公那彦图、博迪苏、蒙藏事务局总裁贡桑诺尔布、署热河都统姜桂题、甘肃陇东护军使张行志、兖州镇抚使张勋等人，请协同推翻民国，恢复亡清。
北京政府总税务司安格联与日公使伊集院代表中日两国签订《中日朝鲜南满往来运货减税试行办法》六款，其中规定：“凡应税货物装货车由东三省运往朝鲜新义州以东各地方，及由新义州以东各地方运入东三省者，均应分别完纳海关进出口税2/3”，即较前减税1／3。该办法自6月2日起施行。
5月30日进攻上海制造局事件本日，上海发生了进攻制造局事件。这次事件是由参加辛亥革命的一些会党领袖发动的。其中有：江苏都督府顾问、共进会副会长、铁血监视团团长张尧卿，广东绿林改进团领袖柳人环，上海工党成员、铁血监视团成员韩恢等人。他们又去联络上海籍的工党领袖徐企文，利用徐熟悉上海情形的有利条件，出头组织。在策动起事的过程中，他们假借黄兴、陈其美的名义，组织队伍。联络的对象主要是退伍军人，无业游民，和驻守上海制造局的下级官兵。对于他们的活动，早在5月初就有人向袁世凯报告，并由袁世凯转告江苏都督程德全。5月22日，袁又电嘱程德全拿办张尧卿。23日，黄兴、陈其美得悉张、柳等以他们的名义策动起事后，一方面阻止制造局军官参与其事，一方面派黄郛赴宁直接向程德全报告，并知会制造局督理陈幌戒备。程德全、陈幌等得到情报后，作了周密的布置，并派间谍打入起事者内部进行侦察。5月28日晚，陈其美得悉张尧卿等准备动手的消息后，即用电话通知陈幌戒备。29日凌晨1时，徐企文率领100多人，打着“中华民国国民军”的旗帜，盲目进攻制造局，当即遭到有准备的狙击，徐企文被制造局预派的间谍诱捕，起事者一哄而散。
袁世凯令将徐企文押赴北京审讯，企图指实为黄兴、陈其美发动。但徐企文始终没有捏词诬陷，以怨报怨。后于1913年9月8日被处死刑。柳人环于进攻制造局之役失败后，带了十多人跑到江西，企图依傍反袁最坚决的李烈钧，而且，当时何海鸣也在那里任秘书之职。6月3日，柳抵达南昌，径至都督府求见李烈钧，但李烈钧断然拒绝接见。李竟致电程德全，询问是否予以拘捕。得程要求将其拘捕的复电后，6月5日，李派军警逮捕柳人环、文仲达、卢汉生等13人（除上述三人外，其余不久释放），并拟解赴江苏，交程德全审理。何海鸣向李烈钧力争，但李烈钧不听。何见自相残杀，十分伤心，被迫离赣赴沪。后来，李烈钧下野后，柳人环被解赴北京，与徐企文同日处死。黄兴、陈其美、李烈钧等人，对这批激烈分子的态度，表明他们还没有起兵反袁的准备，想以此来缓和袁世凯的压力，以便保存革命党人的地盘和实力。
黎元洪会同各省都督等通电要求承认大借款副总统黎元洪领衔，会同除国民党四都督外所有其余17省都督、民政长和热河都统熊希龄共23人，致电国会，电文大意说，当此公私交困、内外俱穷之时，舍借款无良方，如推翻借款，就会远患近忧、外争内乱，于势难逃，政府土崩，国会星散，国民流离。电中还将借款之责，强加于临时参议院事先之同意，要反对借款的议员达变通权，念时局之艰难，加借款以承认，不要逞一时之快论，为万世之罪人。
财政部公布《善后借款合同经参议院通过情形纪实》，声称善后借款经民国元年12月27日参议院通过，当然发生效力。政府依法行事，不得谓为违法。
宋案搁浅由于宋教仁案要犯迟迟不能到庭，宋案的审判一拖再拖。5月30日，上海厅不得不在宋案要犯缺席的情况下开庭审判。但开庭后，原告代诉人高潮、金泯澜律师因宋案要犯赵、程、洪尚未到案，请求缓期开庭公判，他们强烈要求上海厅发出提票，强行拘传赵、程、洪到案。而被告律师杨景斌也反对开庭审判，他宣称，现任本庭法官未奉大总统、司法总长任命，不符合《临时约法》的规定，没有开庭的资格。由于原被告双方律师抗告，上海地审厅未经审案，即不得不宣告退庭。
5月31日汉阳兵工厂工人罢工汉阳兵工厂因该厂总理刘庆恩强以贬值纸币发放工资，举行罢工。早9时，工人2000余名由总代表梁世显率领，渡江前往都督府，面见黎元洪申述。黎拒不见。6月1日，刘庆恩竟指梁世显为徐企文同党，派兵将其解往都督府。黎元洪即将梁交军法课讯办。后并迭催“迅即正法”。4日，梁被害。10日，武汉各厂工人为梁世显被杀举行集会，又遭黎元洪派军警镇压，群情益愤。刘庆恩因工人坚持罢工，竟将熟练工人千余名一体开除以示威胁。但工人在各方支援下，仍不复工，致使该厂陷于瘫痪。黎元洪无计可施，被迫将刘庆恩免职，并允将工人工资以银元、纸币分成搭配。汉阳兵工厂工人斗争终于获得胜利。黎元洪于工潮息后，不久即将刘庆恩复职。
本月中国最近人口统计数字为442548128人。
6月
6月1日白朗军攻陷河南唐河县城本日，白朗军架梯入城，与驻军独立第五十九团激战，不久攻占县署，焚毁案卷，夺获大炮六门，机关枪两挺及许多枪械子弹，声势大振。后放弃城北上，连克数村镇，复经南召直攻鲁山。
6月2日袁世凯电令镇压学潮鉴于北京大学学潮，袁世凯深恐波及全国。本日，袁世凯发布通令：“……着教育部行知京师各学校校长并督饬各省教育司长，凡关于教育行政一以整齐严肃为主，学生有不守学规情事，应随时斥退以免害群而示惩儆。”
6月3日袁世凯批准赵秉钧续假15日。
北京留法俭学会所办留法预备学校，第三班学生40余名预备期满，本日早8时离京赴法俭学。
6月4日袁世凯批准山西民政长赵渊辞职，任命陈钰为山西民政长。同日，袁世凯令湖北第一师师长黎本唐调京另候任用，任石星川署该师师长。
粤汉铁路湖南段收归国有，交通部派人前往湖南清理账目，接受员工。
6月9日袁世凯下令******烈钧都督职袁世凯在作好了政治、军事准备以后，指责李烈钧纵容军队反对汪民政长赴任，调动军队逼临九江，实属“不称厥职”，“有孚众望”，悍然下令罢免了李的江西都督职务，“即日交卸来京，听候酌用”。同日，袁世凯任命黎元洪兼署领江西都督事，任命贺国昌护理江西民政长，任命欧阳武为江西护军使兼充第一师师长，节制所有江西陆军各营。任命陈廷训为江西要塞司令，节制所有九江、湖口一带江防各营队，直隶陆军部。欧阳和陈都是李烈钧的重要部将，袁世凯利用他们来稳住江西，作为控制江西的过渡。企图用政治手段来瓦解革命党人。李烈钧（1882~1946），原名烈训，字协和，别号侠黄，江西武宁县人，1902年入江西武备学堂学习，1904年被选送日本学习陆军，1907年经张继等人介绍加入同盟会。1908年回国后在赣、滇任职。武昌起义后，他回到九江被推为江西都督府总参谋长。后率舰队西上援鄂，任苏、皖、粤、鄂、赣五省联军总司令。后出任江西都督。
6月10日私立大学可附设专门部教育部布告，准许私立大学附设专门部，但其学科、科目、年限及种种办法，仍须按照专门学校规程办理，以免分歧。教育部同日并布告，改变私立学校和私立大学设立、变更、废止之办法，由各校代表直接呈报教育总长，改为先呈各省教育司长核办，再转报教育部，以定准驳。
外交总长陆征祥与美国加尼吉平和社签订借款20万美元合同，以“退还”之庚子赔款为担保，用于支付留美学费。
6月12日沪杭甬铁路收归国有，交通部派员前往办理清算、接管事务。
6月13日袁世凯任命尹昌衡为川边经略使，任命胡景伊为四川都督。同日，袁世凯令准吉林都督兼署民政长陈昭常辞职，任张锡銮署吉林都督，齐耀琳为吉林民政长，孟恩远为吉林护军使，节制所有吉林军队。
6月14日袁世凯任命陈贻范、胡汉民为西藏宣抚使，任陈炯明为广东都督，任陈昭常为广东民政长，未到任前由陈炯明兼署。
6月15日进步党开会议论党主张梁启超担任主席并发表演说，提出总统推袁，内阁改组，先定宪法，后举总统主张；又谓宋案纯为法律问题，借款最为关键，则为监督用途。表决结果，多数赞成，即作为该党主张。
癸丑同志会成立该会由陈家鼎发起，本日宣告成立，选举刘公为正会长，张我华、王湘为副会长，胡祖舜、陈家鼎、胡鄂公、马小进、高旭等分别为总务、政务、交际、文事、评议各部正长。据当时记者黄远庸说，该会纯因陈家鼎与吴景濂争议长不合而起。它宣布的宗旨是力矫两党（指国民党、进步党）之弊，而以主张正义，发挥真实民意为指归。虽不敢直命为第三党，而天道后起者胜，一旦时势到来，夫亦未遑多让。对于当时政局之争，它认为本无所谓南北问题，自奸人从中播弄，南疑北帝制复生，北疑南割据独立，大局岌岌，势将破裂……此类非常举动，有逾宪政常轨之外，无论孰胜孰败，皆足破坏民国本体，宁不若恪守政争范围，以维持共和为维持国家统一之道。其用语和腔调与当时的进步党几乎没有什么两样，它在政治上对袁世凯有利而无害。
6月16日国务总理兼内务总长赵秉钧呈请袁世凯因病请免官，袁世凯批令再给假半月，安心调治，所请免官之处仍毋庸议。同日外交总长陆征祥因病请假10日，袁世凯批令：现在外交重要，正资倚任，一俟病愈，应即视事，毋庸拘定假期。
内务部编制各省区域沿革一览表，开始在《政府公报》上刊布。该表按省、道编制，并有各县之新旧名称对照说明。