从17世纪20年代开始，西方列强最先以传教形式染指西藏。鸦片战争以后，帝国主义列强入侵日甚一日，清廷日益腐败，各殖民主义者为自己在西藏的利益相互争夺，迫使西藏地方和清廷给他们以西藏的通商权，便成为帝国主义列强侵略西藏的第一个步骤。光绪十六年（1890年），西藏人民的第一次抗英斗争失败后，清廷派驻藏大臣升泰到印度，与印督兰士顿签订了《藏印条约》，将锡金供手让给了英帝国主义，为英帝国主义入侵西藏开了方便之门。光绪十九年（1893年）十月，清廷代表与英驻哲孟雄（锡金旧名）的行政长官签订了《藏印续约》，其中规定亚东为通商口岸，并规定进出口货物五年内全部免税。光绪三十年（1904年）9月，英帝国主义用武力强迫驻藏大臣有泰签订了《拉萨条约》，增开江孜、噶大克为商埠，允许英商在这里任意来往贸易。光绪三十二年（1906年）四月，中英在北京签订了《中英新订藏印条约》，此条约以《拉萨条约》为附件，实际上承认了亚东、江孜、噶大克为商埠。英帝国主义强迫清廷允许西藏三埠通商后，印度茶叶、卢比和英国呢绒、棉布、搪瓷器皿等大量流入西藏，西藏的白银、畜产品等源源不断地输往印度，从而大大削弱了祖国内地同西藏的经济联系，扰乱了西藏市场，严重破坏了西藏经济。这种名为贸易、实为侵略的行径，对行将覆亡的清廷来说，根本无力抵制和对抗。
二、西藏和内地的经济、文化交流
茶马互市制度，始于唐代，发展于宋代，兴盛于明代，衰落于清代。清初承袭明制，以茶马贸易为主的经济交流，是清王朝获取军马、“羁縻番族”、稳定藏区的要政之一。对清廷而言，“马政之善”，被认为至少有三大好处：一是“捐山泽之毛，收牡牝之种，不费重资而军实壮”；二是“羁縻番族，俾仰给于我而不能叛”；三是“遮隔强氛，遏其狂逞，作我外篱”。
在茶政方面，官茶“储边易马”；商茶“给引征课”；
贡茶“则上用也”。伴随清统一全国，战事日少和版图扩及内蒙古、天山等盛产马匹的地域，加之清廷在察哈尔、辽宁、商都、大凌河等处建立了马场，从顺治末年始，同藏区的茶马贸易便出现衰落征兆。陈国光先生认为，清代在藏区的茶马贸易，由盛至衰到停罢，大体上可分为3个时期：顺治元年到康熙七年（1644—1668年）为第一个时期。这个时期由于清朝统一全国的战争在激烈地进行，急需大量战马。清廷为及时获取足够战事所需的战马，对同藏区的茶马贸易非常重视，茶马贸易比较兴盛。康熙七年到雍正十三年（1668—1735年）为第二个时期。这个时期，清军平定中原以后，版图扩大到北及蒙古、西抵天山的广大地域。一方面因战事减少而减少了战马需求，另一方面多处建立牧场，以此补给军马所需。因之，清廷通过与藏区的茶马贸易而获取大量马匹的制度就随之发生变化，茶马贸易便不再继续成为清廷的要政了，从而导致茶马贸易日益衰落。乾隆元年到道光二年（1736—1822年）为第三个时期。这个时期是藏区茶马贸易由衰落到停罢，清廷裁汰茶马司、处理积滞陈茶的时期。1760年裁汰洮州司，1762年裁汰河州司，只留甘州、庄浪、西宁三司。关于军马和宫廷用马也不再与茶篦的供应挂钩。至此，相沿千年的茶马互市制度，由于清朝政治统治的相对稳定，国内地区间、民族间人为的经济壁垒消除而废弃。
清廷规定，与“西番”易马，“每茶一篦十斤”，“上马给茶篦十二，中马给九，下马给七”。顺治三年（1646年），西宁、洮州、甘州、河州、庄浪五茶马司当年发茶引130余道，中马1320余匹；顺治四年（1647年），上述5个茶马司发茶引228道，中马1204匹；到顺治九年（1652年），五司易马达到2370余匹。可见清初茶马贸易的恢复和兴盛。到了顺治末年，茶马贸易出现衰落势头。从康熙初年到雍正末年，茶马贸易已是时罢时兴。从乾隆元年（1736年）始，曾为清廷一项要政制度的茶马贸易，正式停罢。
清朝茶马贸易制的停罢，除了上面所述原因，内地与藏区民间经济交往增加、商业易茶发展、茶业市场扩大和茶叶商品化程度的不断提高，也是重要的原因。
清初，陕西、甘肃、云南、青海都以传统的茶马贸易形式进行，在四川，则以直接购买的方式进行。除了茶叶，从内地输入藏区的主要货物还有棉纱、布匹、丝绸、粮米、铁器、武器及大量的宗教用品等。从藏区输入内地的除了马匹，还有牛羊、畜产品、藏香、动物皮毛、中药材、麝香、鹿茸等。到了康熙年间，四川的茶叶产量大增，川边茶叶贸易直线上升，打箭炉、松潘逐渐成为这一带汉藏贸易的主要商品集散地。在青藏一线，始于唐代开元年间的赤岭互市，到了清代雍正年间，由每年二月、八月两季贸易改为四季贸易后，仍然不能满足以农产品、畜产品和手工业产品为主的汉、藏、蒙、土、回各民族人民的实际需要。清嘉庆后，发展到丹噶尔（亦称东科尔，今青海湟源县）贸易市场的鼎盛时期，每年贸易货值在20万银两以上，丹噶尔成为内地和青藏交汇处的主要贸易中心之一。
内地和藏区的贸易不断加强，汉藏贸易不断发展，不但增进了内地和藏区的了解沟通，促进了各民族之间的团结融合，也逐步形成了一批具有汉藏文化共同特点的城镇、集镇，成为汉藏民族团结友爱、共存共荣的桥梁和纽带。
除了茶马互市、货物贸易，清朝与藏区的贡赐关系也是一种不可忽视的经济交往。清朝把喇嘛分为西藏喇嘛、西番喇嘛、游牧喇嘛和驻京喇嘛等，其中西番喇嘛指青海、甘肃和四川昌都、乍丫、木里等地的喇嘛。除了驻京喇嘛，规定按年或分班遣使入贡。顺治、康熙两朝，西藏和整个藏区的朝贡频繁，尤其是****喇嘛和固始汗的贡使，有时一年两次入京朝贡，而且有的使团队伍庞大，浩浩荡荡。如顺治五年（1648年）西藏阐化王率1000多人朝觐入贡，顺治十年（1653年），五世****率3000余人进京谒见，这给清廷和沿途各地的接待、管理等带来诸多不便。后来，清廷谕定，****、****间年一次，甘肃岷州喇嘛三年一贡，庄浪卫、红山堡喇嘛五年一贡，青海瞿昙寺等九寺贡无定期，亦无常物。
就贡赐物种而言，****喇嘛、****额尔德尼的贡物主要有哈达、铜佛、舍利、珊瑚、琥珀等。庆典所贡主要是七珍八宝、八吉祥物、金字经、银塔、佛像等。贡使返藏时，清廷的赏赍十分丰厚，有黄金、白银、金银器皿、绸缎、哈达、布匹、佛衣、马匹等，同时对贡使本人也厚加赏赐。此外，每逢****喇嘛和****额尔德尼转世灵童坐床庆典或圆寂，朝廷都给予大量赏赍。这种延续两个半世纪多的贡赐关系，也是一种数量巨大，影响深广，政治意义、经济意义和文化意义兼而有之的特殊交流。
三、清廷注意促进汉藏文化交流
16世纪以来，藏传佛教在青海、内蒙古、甘肃、四川、新疆、云南等地广泛传播，藏族、蒙古族、土族、裕固族和藏汉民族杂居地区的部分汉族群众都信奉藏传佛教。清朝治理西藏而采取的“因其教而不易其俗”的政策措施，集中表现为推崇传统的藏传佛教文化，以达到“除逆抚顺，绥众兴教”，进而统辖西藏和整个藏区，维护国家统一。
早在明崇祯十二年（1639年），清军入关的前5年，皇太极就决定与西藏建立联系，派遣察汗喇嘛等人进藏，致书存问第司藏巴汗和****喇嘛等西藏上层政教要人。与此同时，五世****喇嘛和固始汗也派遣伊拉古克三呼图克图为首的使团赴盛京，受到皇太极极为隆重的接待。伊拉古克三呼图克图返藏时，皇太极亲自致书****喇嘛、****、噶玛法王、萨迦法王、达垅法王、固始汗等人，并附送厚礼。清入主中原，定都北京后，在战事频繁、百业待举的形势下，顺治帝又多次遣使谕请****喇嘛，1652年专门耗巨资修建了北京西黄寺作为****喇嘛来京驻锡之所。
年初，隆重接待了五世****喇嘛，并于同年五月，在****喇嘛返藏途中，遣礼部尚书觉罗郎球等赍送镌有满、汉、藏3种文字的金册、金印，册封****喇嘛为“西天大善自在佛所领天下释教普通瓦赤喇怛喇****喇嘛”。清廷的这一重要举措，不但正式确定了清朝中央与西藏地方的属领关系，而且积极促进了藏传佛教文化和藏族文化同内地的交流。自此之后，****遣使进京朝贡不绝，如同康熙帝所说，“六十余年并未有”，成为汉藏文化交流的一种重要形式。康熙五十二年（1713年），康熙帝“照封****喇嘛之例”，册封五世****为“****额尔德尼”，专门派官员奉旨在扎什伦布寺举行了隆重的册封仪式，颁赐金册、金印。中央政府册封****额尔德尼定制的形成，除了其政治、宗教意义，也有效推进了文化交流。雍、乾两朝起，设立驻京呼图克图，尊章嘉呼图克图为“国师”，经常召见土观等大活佛，积极推进藏传佛教高僧大德与汉地佛僧交流弘法。乾隆四十五年（1780年），六世****入觐祝寿，受到乾隆帝和清廷的隆重欢迎接待。为了接待六世****，年届古稀的乾隆帝专门在承德颁诏敕建了一座占地3．79万平方米的“须弥福寿之庙”，专供六世****安禅使用。“须弥福寿之庙”依山傍水，秀雅清丽，装饰精美，富丽堂皇，仅镀金一项耗金1．5429万两，是一座集汉藏建筑风格于一体的宏大建筑。同时，乾隆帝为同六世****用藏语交流，不顾年迈和国政繁忙，潜心向三世章嘉活佛学习藏语藏文，每与六世****见面，先用藏语互致问候。在承德举行的文艺表演会上，六世****随从中的12名舞童做了为时两天的藏族歌舞表演，还展演了西藏杂技、马术等，同中原戏剧、舞蹈同台演出，不失为一次多民族文化艺术的大交流。
五世****和六世****进京，随从逾千人，一路传教、说法、释经，传播藏传佛教文化和藏族文化，接受内地文化，购买内地物品。同时，清廷在经济上的赏赐次数多、数量大。五世****和六世****也有丰厚精美的贡物献于皇帝和王公大臣。正是在这种经济和政治的相互作用下，清廷逐步强化了对西藏地方的统治，也推进了西藏和内地两种文化的交汇融合。
清乾隆前期，清廷在西藏推行政教分离政策。自珠尔墨特那木扎勒事件后，特别是在平定尼泊尔入侵后，清廷根据西藏地方特点，确立了****喇嘛管理西藏政务的********体制，同时提高了驻藏大臣的地位权力，强化了中央对西藏的管理。
这在当时，对西藏的社会稳定、边疆巩固，起到了积极作用。其主要体现在1751年的《西藏善后章程十三条》和1793年的《藏内善后章程二十九条》之中，这两个重要的法制性“章程”，确立了西藏地方的主要政治、经济、军事、宗教、兵役、徭赋、贸易、货币等制度，对西藏同内地的经济、文化交流也起到了积极的促进作用。
从康熙帝开始，清廷就十分重视藏传佛教典籍的翻译刊印工作。康熙年间，专门组织力量编译印发了汉、藏文大藏经，并命章嘉活佛将《甘珠尔》译成蒙文。乾隆时又命章嘉活佛将《丹珠尔》译成蒙文。章嘉活佛还编辑了《五体清文鉴》藏、蒙文对照的佛学词汇《正字贤者之源》等有利于文化交流的著作。乾隆帝还命章嘉活佛将《甘珠尔》的部分藏文论疏译成了满文。
确立驻藏大臣制度以后，每任驻藏大臣都为交流汉藏文化、发展西藏文化采取了不少措施。如张荫棠在西藏推行新政，成立了盐茶、工商、学务、农务等局。种植茶树，收取盐税，培养技工，引进机械，兴办西藏地方工业；招募垦民，垦荒种地，兴修水利，培育良种；兴办教育、出版等事业。张荫棠还自己撰写了《训俗浅言》和《藏俗改良》，宣传儒学，改良西藏社会习俗。联豫继张荫棠推行新政，创立白话文报馆，出版藏文报，编译《圣谕广训》，并推广近代科学文化知识。张荫棠、联豫先后在西藏兴办各式学校22所，开设了译书局、施医馆等。
从1644年清中央政权建立以来，清廷扶持西藏文化的政策，在促进西藏社会进步、文化发展，促进西藏同汉族地区的经济、文化交流，增进全国各族人民同藏族人民的友好交往和联系，维护国家统一等方面发挥了积极的作用。当然，这些政策措施都是那段特定历史时期的产物，不会也不可能摆脱时代历史和阶级的局限。