《藏内善后章程二十九条》全面贯彻了清朝中央对西藏地方的统治权，是清朝中央政府统辖西藏百余年经验教训的总结，有着鲜明的西藏地方特点，标志着清朝对西藏地方的施政发展到了比较完备的阶段。其主要内容有：
1．详细规定了驻藏大臣的地位和职权。明确规定驻藏大臣办理西藏事务，地位与****、****平等。****、****和各地黄教大呼图克图的转世，由驻藏大臣监督履行“金瓶掣签”程序，并报请中央政府批准。地方政府的噶伦、代本及其以下僧俗官员，均须秉承驻藏大臣指令行事。噶伦、代本一律由驻藏大臣会同****喇嘛拣选人员，奏请朝廷任命，其以下文武官员及各大寺院堪布喇嘛，凡有缺出，均由驻藏大臣会同****喇嘛挑选补放，并发给满、汉、藏3种文字的印照，享受清朝统一的品级和俸禄。如噶伦为三品，代本为四品。噶伦、代本以下僧俗官员的升黜赏罚统由驻藏大臣全权主持。西藏各地的官府、贵族和寺院所属的封地、人口户籍，一律填表登记造册，送交驻藏大臣和****喇嘛处各一份，以资稽查。
2．规定西藏建立常备兵制度。军队定额3000名，拉萨、日喀则各驻军名，江孜、定日驻军各500名。每500兵委一代本，共设代本6名，前藏代本由驻拉萨游击统辖，日喀则、江孜、定日等地的代本由日喀则都司统辖。西藏地方所有兵员均按年度供给粮饷，粮饷由噶厦政府交驻藏大臣分春秋两季发放。代本以下军官由驻藏大臣和****喇嘛选任并发给执照。改变以前征调兵丁不发粮饷武器、由各兵丁自备的做法。每名兵丁每年发粮食2石5斗。凡受征调的兵员，由****喇嘛发给减免差役的执照。驻藏大臣每年分春秋两季出巡前后藏各地和检阅军队。
3．规定对于打架、命案及偷盗等案件的处理，可以缘依旧规，但必须分清罪行大小轻重，秉公办理。犯罪人所罚款项，必须登记，呈交驻藏大臣衙门。对犯罪者的处罚，都须经过驻藏大臣审批。没收财产者，也应呈报驻藏大臣批准始能处理。
今后无论公私人员，如有诉讼事务，均依法公平处理。噶伦中如有依仗权势，无端侵占人民财产者，一经查出，除将噶伦职务革除及没收其财产，还将所侵占的财产全部退还本人。
4．规定外事权统属中央，统归驻藏大臣负责处理。毗邻各国写给****、****的书信，必须报经驻藏大臣查验，然后由驻藏大臣为主，同****喇嘛协商酌定回信。
噶伦等地方政府官员，禁止私自与国外通信。外国侨商旅藏和朝佛者入藏，必须持有驻藏大臣签发的路证。外商入藏贸易，须按规定的次数和期限，由指定的关卡往来，并要接受查验。对所有来往商人，都要进行登记造册，报驻藏大臣衙门备案。凡边界重大事件，必须按驻藏大臣指示处理。
5．规定西藏地方赋税和财政收支，统归驻藏大臣稽查总核，全藏差税的增减和各地储备粮的数目，也统由驻藏大臣核定安排。对藏内贸易，设置稽查机构，厘定税收标准，指定江孜、定日两地为对外贸易关卡，查验商旅，杜绝商货走私。对减免差赋进行清理，以减轻平民百姓负担。无论地方官员还是寺院首领，一律不得私派乌拉。乌拉牌票发放，派遣公差，必须持有驻藏大臣和****喇嘛同时盖印的牌票，并按票面所定数额派用。租赋应按时收取，不允许预征，遇兵祸或灾害，应减免钱粮，以纾民困。
6．规定设立专门机构，监督铸造银币。鉴于西藏地方不产铜，以纯银铸造章卡，不得掺假。章卡正面铸“乾隆宝藏”字样，边缘铸年号，背面铸藏文。每一章卡重1钱5分，6枚章卡换1两汉银。驻藏大臣派汉官会同噶伦对所造章卡进行检查。此前，尼泊尔和西藏都铸有假章卡，现规定一律以100枚换汉银1两，以后不得私自铸造。新铸造的章卡如有掺假者，一旦发现，所在由汉官及噶伦委派的孜本、孜仲等管理人员和工匠，一律依法严厉处分，并以所铸假币数目加倍罚款。
总之，《藏内善后章程二十九条》全面具体地贯彻了清朝中央对西藏地方的统治权，内容涉及西藏地方的政治体制、僧俗官制、吏治司法、边疆防御、驻军管理、涉外事务、财政税收、内外贸易、货币管制、宗教事务、社会治安等方方面面，对西藏地区稳定、社会安定、巩固边防等方面起到了积极的作用，标志着清朝政府对西藏的治理走上了系统化、法制化的轨道。此后，虽因全国和西藏的经济、政治、社会发展，这个章程的某些条款有一些修改变动，但它的主要原则和规定一直是西藏行政管理体制的基本规范，是中央政府和西藏地方关系延续的重要基础。
附：藏内善后章程二十九条
（一）关于寻找活佛及呼图克图的灵童问题。依照藏人例俗，确认灵童必问卜于四大护法，这样就难免发生弊端。大皇帝为求黄教得到兴隆，特赐一金瓶，今后遇到寻认灵童时，邀集四大护法，将灵童的名字及出生年月，用满、汉、藏三种文字写于牙签上，放进瓶内，选派真正有学问的活佛，祈祷七日，然后由各呼图克图和驻藏大臣在大昭寺释迦佛像前正式认定。假若找到的灵童仅只一名，亦须将一个有灵童名字的牙签，和一个没有名字的牙签，共同放进瓶内，假若抽出没有名字的牙签，就不能认定已寻得的儿童，而要另外寻找。****喇嘛和****额尔德尼像父子一样，认定他们的灵童时，亦须将他们的名字用满、汉、藏三种文字写在牙签上，同样进行。这些都是大皇帝为了黄教的兴隆和不使护法弄假作弊。这个金瓶常放在宗喀巴佛像前，需要保护净法，并进行供养。
（二）为求西藏永远安乐计，今后由邻近各国来西藏的旅客和商人，需要进行管理，如果他们安分守己，遵守地方例俗，可以准其照旧经营商业。但是所有来往商人，必须进行登记，造具名册呈报驻藏大臣衙门备案。准许尼泊尔商人每年来藏三次，克什米尔商人每年来藏一次，各该商人无论前往何地，须由该管主脑呈报驻藏大臣衙门，按照该商人所经过的路线签发路证，并在江孜和定日两地方新派官兵驻扎，各该商人经过时，须将路证拿出检验。如有外人要求到拉萨者，须向各边境宗本进行呈报，并由驻江孜和定日的汉官进行调查，将人数呈报驻藏大臣衙门批准。该外人到拉萨后，需要进行登记并受检查。派驻各地的汉官及文书等人员，如有贪污受贿等行为，一经发现即予严办。由不丹、哲孟雄前来拉萨办理朝佛等事的人员，也同样需要呈报。外人返回本国时，也由各地宗本加以管理并进行检查。
****喇嘛派往尼泊尔修建佛像或去朝塔的人员，由驻藏大臣签发路证，如逾期不能返回，由驻藏大臣另外行文给廓尔喀王。这样办理既可澄清边务，也对西藏有利。
（三）西藏章卡（市场所流通的一种硬币）历来掺假很多，今后政府应以纯粹汉银铸造，不得掺假。并依旧制，每一章卡重一钱五分，以纯银的六枚章卡换一两汉银。本来六章卡只等于九钱银子，所差一钱银子即算为铸造费用。章卡正面铸“乾隆宝藏”的字样，边缘铸年号，背面铸藏文。驻藏大臣派汉官会同噶伦对所铸造之章卡进行检查，以求质量纯真。以前尼泊尔铸有假章卡，藏政府也铸有假章卡，现规定其比价一律为汉银一两换一百枚，并决定以后不得再私自铸造。凡尼泊尔及西藏所铸造章卡之没有掺假者，一律以上述比价为标准，以后不得非议。所铸造新章卡如有掺杂锡、铁等假料而被发觉时，所在由汉官及噶伦委派之孜本、孜仲等管理人员以及工匠人等，一律依法应受严厉处分，并以所铸假币数目加倍罚款。
（四）以前前后藏都没有正规军队，用时临时征调，不仅缺乏作战能力，并且造扰人民，危害很大。这次呈请大皇帝批准，成立三千名正规军队：前后藏各驻一千名，江孜驻五百名，定日驻五百名，以上兵员由各主要地区征调，每五百名兵士委一代本管理。以前西藏只有五个代本职位，这次增加兵额，应以新增人数，增加代本名额。前藏代本即调原拉萨甲本充任，日喀则、江孜、定日各地代本，由日喀则督兵充任。所有征调的兵员，应填造两份名册，一份存驻藏大臣衙门，一份存噶厦。以后如果发生缺额，即以名册补充。以上兵员统为****喇嘛和****额尔德尼的警卫。
（五）关于军官的职位，按照这次的编制，代本以下设十二个如本，每一如本管二百五十名军队，如本以下设二十四个甲本，每一甲本管一百二十五名军队，甲本以下设五名定本，每一定本管二十五名军队。以上人员由驻藏大臣和****喇嘛挑选年轻有为者充任，并发给执照。代本出缺时，由如本中升补；如本出缺时，从甲本中升补，以下类推。贵族出身的军职人员，也要从定本、甲本逐级提升，不得任意升迁。按照旧例，平民只能升任定本，不能上升，今后应依照其学识技能及战功逐级升迁，不得歧视。如有违犯军纪的事情发生，即予严惩。
（六）以前征调兵丁，不发粮饷武器，系由各兵丁自备，一旦用完，即行潜逃。今后每年每人应发粮食二石五斗，总共为七千五百石。上述粮食仅靠前后藏的田赋收入不够支付，故以夏麻娃仲巴呼图克图的田产，以及丹增班觉尔之子目居索南班觉所捐献的五个庄园，总共收入青稞三千一百七十石，作为补充。如还不够支付，即将夏麻娃洛桑坚班的什物尽行变卖，以补不足，这样每年就可收入青稞七千五百石，用以发给各兵丁应发的粮饷。另外受征调的兵丁，由****喇嘛发给减免差役的执照，这样更可使各兵丁知道对他们的照顾，以增进他们的战斗情绪。各代本因为已经有了****喇嘛拨给他们的庄园，就无需另发薪饷。各如本每年应发三十六两银子、各甲本二十两、各定本十四两八钱，总共两千六百两银子，由藏政府交给驻藏大臣，分春秋两季发给。兵丁的粮饷也分春秋两季发给，由甲本和代本负责，不得短少。
（七）关于军队的装备。十分之五用火枪，十分之三用弓箭，十分之二用刀矛。
前后藏各寺院如有剩余武器，给价予以收买，其用费由前被没收的夏麻娃牧场收入的酥油价值五百五十两中开支。弓箭、火药由政府每年派人前往太昭及边巴制造。各兵丁还要经常操演。
（八）****喇嘛和****额尔德尼的收入及开支，以前不经过驻藏大臣审核。由于****喇嘛和****额尔德尼全部精力贯注于宗教，不加细察零星事务，完全由他的亲属及随员等负责管理，难免不发生中饱舞弊等事情，所以这次大皇帝特命驻藏大臣进行审核，每年在春秋两季各汇报一次，一有隐瞒舞弊等事情发生，应即加以惩罚。
（九）此次廓尔喀侵犯西藏，西藏许多村落夷为废墟，人民饱尝痛苦，因此对于所属人民应大发慈悲，予以保护。最近决定济咙、绒夏、聂拉木等三个地方免去两年的一切大小差徭，宗喀、定日、喀达、从堆等地方各免去一年的一切差徭。并免去前后藏所有人民铁猪年以前所欠的一切税收。政府僧俗官员、各宗的负责人等，所有欠交税收也都减免一半。以上各项措施符合大皇帝爱护西藏众生的意志，对于前后藏人民造益不浅。
（十）驻藏大臣、****喇嘛、****额尔德尼平等，共同协商处理政事，所有噶伦以下的首脑及办事人员以至活佛，皆是隶属关系，无论大小都得服从驻藏大臣。扎什伦布的一切事务，在****额尔德尼年幼时，由索本堪布负责处理，但为求得公平合理，应将一切特殊事务，事先呈报驻藏大臣，以便驻藏大臣出巡到该地时加以处理。
（十一）噶伦发生缺额需要补任时，从代本、孜本、强佐中考察各人的技能及工作成绩，由驻藏大臣和****喇嘛共同提出两个名单，呈报大皇帝选择任命。噶伦喇嘛之缺额，从大堪布中提名呈请委任。代本之缺额从如本中升迁，或从边界宗本中提出两个名单，呈请选择委任。孜本和强佐之缺额，由业仓巴、协邦（管理刑事者）、噶厦大秘书、孜仲喇嘛（僧官）中选任。业仓巴和协邦之缺额，由雪第巴、拉萨莫本、达本中选任。雪第巴、拉萨莫本、代本之缺额，由各地宗本及噶厦仲尼中委任。业仓巴和雪第巴之僧官缺额，从各大寺喇嘛中挑选委任。大秘书之缺额，由小秘书及噶厦仲尼（交际人员）中委任。大宗及边宗宗本之缺额，由小宗宗本中委任。小秘书之缺额，由武官甲本及其他适当人员中委任。各边宗及小宗宗本之缺额，由普通职员中委任。过去各宗之僧官宗本，都由****喇嘛的随从中委任，他们不能亲自到宗任职，而派人代理前往，这些代理人难免不发生贪污敲诈情事，因此今后所有代理人均由驻藏大臣选派，不能由孜仲喇嘛私自委派。噶厦的小秘书及仲尼，其职位虽小，但经常和噶伦一处工作，不谓不重要，所以须从俗官中挑选能力较强者充任之。最近改组造币厂，委任两个孜本和两个孜仲为管理人，如该人员发生缺额时，须由****喇嘛和驻藏大臣协商选任。所有以上人员，除噶伦和代本须呈请大皇帝任命外，其余人员可由驻藏大臣和****喇嘛委任，并发给满、汉、藏三种文字的执照。噶伦代本以下人员和各个宗本，今后均按上述规定逐级升迁，不得逾规乱为。
至于草官、卫士、糌粑管理人、帐篷管理人等，无关重要，可由****喇嘛自行派任。
扎什伦布的工作人员都是僧人，过去没有规定品级，多少也不一定。今后强佐出缺时，须由索本喇嘛（管饮食者）和森本喇嘛（管寝室者）中补任；索本出缺时，从孜仲中补任；森本出缺时，从仲尼（副官）中补任，不得随意升迁。扎什伦布辖区内村落较少，各边地亦无重要之宗俗奚，所有强佐、索本、森本及宗本等，须依前藏之制度，由****额尔德尼和驻藏大臣协商委委任。至于管理酥油、糌粑、柴火等零碎事务之无关重要人员，可依其技能之优劣，由****额尔德尼自行选任。关于“乌拉”等之派遣可依照旧例行之。
（十二）****喇嘛和****额尔德尼周围的随从官员，过去都是他们的亲属，如****喇嘛的叔父和****额尔德尼的父亲班丹团主，都是私人升任，又如****之胞兄洛桑格登主巴，依仗势力多行不法。今后应依西藏各阶层及扎什伦布僧俗人民之愿望，在****喇嘛和****额尔德尼在世时，其亲属人员不准参预政事。****、****圆寂后，如果还有亲属，可根据他们的技能给予适当的职务。
（十三）驻藏大臣每年分春秋两季出巡前后藏各地和检阅军队。各地汉官和宗本等，如有欺压和剥削人民情事，即可报告驻藏大臣予以查究。驻藏大臣出巡时，所用民间乌拉等，都得发给脚价，不得扰累番民，以示体恤。