明代，是我国藏族地区和中央政府、祖国内地的政治联系、经济交往和文化交流全面快速发展的时期。明王朝上承元代中央政府对藏族地区的直接统辖，下启清代中央政府对藏族地区的一系列行政管辖体制，对藏族地区的社会进程产生过深远影响。明朝主要是通过军政兼摄的都司卫所对藏区进行管理，包括设置乌斯藏、朵甘行都指挥使司及各宣慰司、招讨司、长官司，扶植佛教，册封各级僧人，确立朝贡制度和差发赋役，开展茶马贸易等，确保藏区在行政管理上与明朝中央对整个边疆的管理体制相统一，同时又带有明显的藏区地方特点。
【第一节】明朝治理藏区的行政设置
一、明初对整个藏区统辖权的确立
1368年春，朱元璋在南京称帝，建立明朝。明朝建立之初，明廷就将甘、青、川藏族地区和西藏的统辖问题提上重要议事日程，采取一面和平招抚，一面武力征讨的两手措施，努力使自己的统治向藏区扩展。洪武二年（1369年），明朝首次派遣官员“持诏谕吐蕃”，宣示中央政权更替，大明皇帝成为“天下主”，要求藏区各级僧俗首领归顺新朝。诏谕说：“昔我帝王之治中国，以至德要道民用和睦推及四夷，莫不安靖……比岁以来，胡君失政，四方云扰，群雄纷争，生灵涂炭，朕乃令将率师悉平海内，君民推戴为天下主，国号大明，建元洪武。式我前王之道，用唐黎庶。惟尔吐番邦居西土，今中国一统，恐尚未闻，故兹诏示，使者至吐番（即吐蕃。明代文献称西藏为吐蕃、土蕃、西番等，名称不一）。”
与此同时，明发动大规模的军事征伐行动向西北挺进。洪武三年（1370年）六月，明军攻克河州。河州是西北藏区的重要门户，是元朝吐蕃等处宣慰使司都元帅府府治所在地。明军攻克河州后，当地蒙藏官员和藏族上层慑于军事压力，很快响应“诏谕”，纷纷归附明朝。1370年7月，元朝吐蕃等处宣慰使何锁南普上缴元朝所授的金银牌印而归降明朝。何锁南普此举，有力推动了整个藏区各地的政治宗教势力归附明朝的进程。洪武四年（1371年），明朝设河州卫，下辖积石州千户、贵德州千户，分别管理今青海省循化地区和贵德、尖扎、同仁等地。洪武六年（1373年），设西宁卫，下辖西宁、碾伯、镇海、北川、南川、古鄯等6所千户。1371年，明军进入四川，元朝在阶州、文州、茂州、威州、松潘等地的蒙藏官员相继归降明朝。与此同时，明王朝对乌思藏地区则着力招抚。一面启用降明的元朝陕西行省员外郎许允德持谕由吐蕃十八族及大石门、铁域等地入朵甘、乌思藏进行诏谕活动；一面派僧人克新和通事舍人巩哥索南，分两批先后“往西域诏谕吐番”。
在西藏，明王朝根据实际情况，采取比较主动的政治措施，首先在洪武五年（1372年）按元朝封授的“灌顶国师”旧号，派专使进藏重新册封西藏帕竹政教势力的代表人物释迦坚赞，并赐玉印。表明明王朝上承元制，对帕竹政权在西藏的统治予以认可。洪武六年（1373年），帕竹政权遣使到南京朝贡，据《明太祖实录》载，洪武六年正月，“乌思藏帕木竹巴灌顶国师章阳沙加监藏遣酋长锁南藏卜以佛像、佛书、舍利来贡”。
这是西藏地方势力对明王朝的敕封做出的积极政治反映。1372年到1373年，明王朝主动首封释迦坚赞和帕竹朝贡使者，标志着明朝和帕竹地方政权建立了中央和地方的传统统属关系。
帕木竹巴（简称帕竹）是帕竹噶举派的创始人，法名多吉杰波。他在世时，政治上并无很大影响。13世纪初，出身豪门朗氏家族的僧人扎巴迥乃成为帕竹教派主寺丹萨梯寺的座主。从此，朗氏家族便握有帕竹教权和当地的政务大权。1268年，元朝在乌思藏建立万户级行政机构，帕竹便成为十三万户之一。扎巴仁钦任丹萨梯寺座主后，经元廷允准，亲自兼任万户长，称作喇本。第二任喇本绛曲坚赞因采取轻徭薄赋，优先发展生产的政策，深得辖区民众拥戴。就在帕竹势力稳定发展之时，萨迦政权内部分裂，日渐衰落。帕竹乘势逐渐兼并了雅桑、蔡巴、止贡等万户，于1351年打败了萨迦本钦，接管了西藏地方政权。绛曲坚赞自任第司，从此开始了帕竹政权对西藏的统治。元顺帝时，封绛曲坚赞为“大司徒”，并颁发印信，令其子孙世袭。1364年绛曲坚赞逝世，其侄释迦坚赞继任帕竹第司，元顺帝赐“灌顶国师”。4年后，元朝被明朝取代，释迦坚赞主动与明王朝中央建立了直接的政治联系，归附明朝。
二、明朝在藏区设官封授、任命官员、设置行政和军事机构
明朝首封帕竹释迦坚赞后，元朝在藏区委任的地方官吏相继接受明朝的招抚，纷纷得到明王朝的敕封，归附明朝统辖。洪武六年（1373年）初，萨迦本钦喃迦巴藏卜遣使进京朝贡。同年，喃迦巴藏卜亲自赴南京觐见明太祖。虽然此时萨迦派已失去对西藏地方的实际控制能力，但元代授封的“帝师”影响还广泛存在。喃迦巴藏卜以帝师身份入朝归附入贡，明太祖十分重视，除对喃迦巴藏卜予以重赏外，还封其为“炽盛佛宝国师”，并赐给玉印。
喃迦巴藏卜在京朝贡期间，按旧制帝师的职责向明朝中央举荐了乌思藏、朵甘两地元代所封的旧官吏60人，包括国公、司徒、宣慰司、招讨司、元帅府、万户、千户等。明朝中央接受喃加巴藏卜的举荐，明太祖下诏一一封官授职，使这些人各得其所。受封后，喃迦巴藏卜奉命同一起受封的河州藏族官员深入藏区进行招抚，乌思藏、朵甘各地的僧俗首领相继归附明朝，上缴元朝敕印，受领明朝敕印，承认明朝统治。
洪武七年（1374年）八月，噶玛噶举派黑帽系四世活佛乳必多吉及元朝帝师八思巴之后公哥坚藏巴藏卜遣使入朝请封。明太祖敕封乳必多吉为“灌顶国师”，公哥坚藏巴藏卜为“大国师”。此时，噶玛噶举派在甘肃、青海、康区、西藏的影响日益增大，势力也得到快速扩张。数年后，乳必多吉奏请明朝中央对16名元代旧官员分别封授宣慰使、招讨使等职。洪武八年（1375年），经喃迦巴藏卜奏请明廷，明朝中央政府又封元朝在乌思藏、朵甘两地的旧官员56人。至此，乌思藏、朵甘两地的132名故元官员得到明朝中央的授封。表明明王朝在广大藏区以和平方式确立了自己的统治。
明朝在藏区最早设立的军卫是河州卫。继河州卫之后，在朵甘和乌思藏分别设置军卫。朵甘卫辖地大致包括西藏东部昌都一带，四川阿坝和甘孜，青海玉树、果洛等地区。乌思藏卫设于洪武六年（1373年）二月，下设宣慰司二处、元帅府一处、招讨司四处、万户府十三处、千户所四处。明王朝将元代藏区的地方行政建制宣慰使司都元帅府改设为卫，卫一级官员名称叫指挥使、指挥同知、指挥佥事。万户制则是沿用元制，万户长官为正四品，领赐铜印。
洪武七年（1374年），明王朝在河州设西安行都指挥使司，下辖河州、朵甘、乌思藏3个卫。后将朵甘、乌思藏两卫升格为行都指挥使司，但仍由西安行都指挥使司兼管。明太祖就此颁诏宣告藏区推行行都指挥使司行政建制，任命索南兀即尔为朵甘行都指挥同知，管招兀即尔为乌思藏行都指挥同知。诏书称：“兹命立西安行都指挥使司于河州，其朵甘、乌思藏亦升为行都指挥使司，颁授银印、仍赐各官衣物。”
洪武十年（1377年），明朝中央撤销西安行都指挥使司，乌思藏、朵甘两行都指挥使司改由朝廷直接管辖。乌思藏行都指挥使司辖前藏和后藏。朵甘行都指挥使司的辖区包括今甘肃、青海藏区和四川阿坝、甘孜及西藏昌都一带。后来在朵甘行都指挥使司辖区，增设了朵甘宣慰司、招讨司和万户府、千户府等，在乌思藏地区也相继增设了一些行都司。先是在羊卓万户地区设俺不罗卫，洪武十八年（1385年）升格为行都指挥使司。永乐十一年（1413年）和永乐十四年（1416年），分别在内邬宗设牛儿宗寨行都指挥使司，在仁蚌宗设领司奔行都指挥使司。至此，明王朝在甘、青、川、藏藏区共设了朵甘、乌思藏、俺不罗、牛儿宗寨、领司奔5个行都指挥使司，并在西藏阿里地区设置了俄力思军民元帅府，使整个藏区被正式纳入了明王朝的统一管辖体制。
【第二节】实施多封众建政策
明王朝建立后，对藏区宗教首领和地方豪酋实行招抚羁縻政策，凡归附者，均予以相应的授封。多封众建，尚用僧徒，********，因俗而治。一方面，推行如前所述的行都武卫制度，行使对藏区的地方行政管理。另一方面，大量册封地方宗教首领为王、法王、大国师、国师、禅师等，维持各教派已有的权势地位，以此分别管理所属区域的内部事务。这一政策的实施，对安抚人心，稳定藏区，巩固边疆，维护统治发挥了十分重要的作用。
一、推行“僧官制度”，敕封藏区各大教派首领
明初，藏区政教格局已形成四大教派并存的局面。帕木竹巴已成为西藏最大的********势力；萨迦派和止贡派政治上虽然听命于帕竹，但教派势力在西藏和四川、青海、甘肃藏区的影响非常深远；噶玛噶举派在前藏地区和康区、青海的玉树等地影响较大；格鲁派正在蓬勃兴起，宗喀巴倡导的宗教改革正在推进。
据《明太宗实录》记载，永乐四年（1406年）三月，明廷“遣使赍诏封乌思藏帕木竹巴吉剌思巴监藏巴里藏卜为灌顶国师阐化王，赐螭纽玉印、诰命，仍赐白金五百两、绮衣三袭，锦绮五十匹，彩绢百匹，茶二百斤”。
吉剌思巴监藏巴里藏卜是明代对札巴坚赞的译名。札巴坚赞被封为灌顶国师阐化王，意味着宗教封号与世俗爵位合而为一。札巴坚赞受封的灌顶国师阐化王系世袭封号，每代帕竹政权首领即位后，都向朝廷贡请袭封，直至明朝灭亡。
同年，永乐帝“遣使命灵藏著思巴尔监藏为灵藏灌顶国师”，“命馆觉宗巴翰即南哥巴藏为馆觉灌顶国师”。
永乐五年（1407年），加封灵藏灌顶国师为赞善王，加封馆觉灌顶国师为护教王，同时都赐金印。
永乐十一年（1413年），永乐帝遣使进西藏册封止贡噶举派首领必力工瓦僧为阐教王。元朝分封十三万户时，因所处之地农牧兼举，地方富庶，止贡派已发展成为一个很有实力的万户，后因多次与萨迦派发生纷争而使其实力受挫。14世纪中叶，止贡又与帕竹发生对抗，被帕竹打败，实力进一步削弱。明王朝建立后，止贡派多次遣使朝贡。洪武十八年（1385年），明朝恢复必力工瓦万户府，止贡派势力遂得以逐渐恢复，永乐帝封止贡噶举派首领为阐教王，说明明朝实行********的政策不同于元朝独尊一派的政策，而是尊崇各派。这对稳定宗教，稳定地区，进而稳定政局起到了积极作用。
永乐十一年（1413年），永乐帝封南渴烈思巴为辅教王。南渴烈思巴是萨迦4个喇让中都却喇让的僧人，系八思巴第五代侄孙。南渴烈思巴被封为辅教王，对本已日益衰落的萨迦派势力是个有力的支持。
为了加强对藏区的统辖，明朝中央政府设置僧司，主官称正、副印，下设左右善世、阐教、讲经、觉义等。地方各府设僧纲司，州设僧正司，县设僧会司，专门掌管宗教事宜。要求“俱选精通经典，戒行端洁者为之”。
运用制度机制推行“因其俗尚，用僧徒化导”的怀柔政策。
三大法王中，得以首封的是噶玛噶举派黑帽系五世活佛却贝桑波，为“大宝法王”。噶玛噶举教派是藏传佛教的一个重要派别，13世纪中叶，其实力已接近萨迦派。因元朝独尊萨迦，噶玛噶举派的发展受到一定限制。噶玛噶举派虽有实力，但没能形成一地一域的地方政权，而是以活佛转世的方式传承发展成为比较庞大的寺院势力。其领袖人物经常游历各地，收徒传法，不断增强势力，增加影响。明朝建立以后，早在洪武八年（1375年），明太祖就特赐噶玛噶举派黑帽系四世活佛乳必多吉以诏书，命各地方官员对噶玛噶举派主寺楚布寺给予保护。永乐帝继位不久，便派遣司礼监少监侯显和僧人智光赴西藏召请却贝桑波活佛。却贝桑波接诏即行，率领几十名僧徒，同侯显等人一同入朝觐见。永乐五年（1407年）初，却贝桑波一行抵达南京。朝廷在灵谷寺内特地“建造了营盘式住地，以利藏人居住习俗，使却贝桑波住地如同在他的西藏住地孜拉冈一样”。
永乐帝还多次赏赐给却贝桑波大量的金银、法器、茶叶、绸缎等，并赐他一套仪仗，称他为“尚师”。同年三月，却贝桑波奉命在灵谷寺大修法事，祈祷明太祖朱元璋夫妇。法事毕，永乐帝即“封尚师哈立麻为万行具足十方最胜圆觉妙智慧善普应佑国演教如来大宝法王西天大善自在佛领天下释教，赐印、诰及金、银、钞、彩币、织金珠袈裟、金银器皿、鞍马”。
次年，却贝桑波辞归返藏，朝廷派侯显护送。从此，却贝桑波便称“得银协巴”（即“如来大宝法王”中“如来”的藏译）。
永乐八年（1410年）九月，明朝中央遣宦官关僧奉诏赴西藏，召请萨迦派领袖昆泽西巴。昆泽西巴就是贡噶扎西，系元代帝师衮噶坚赞之孙，届时已年届花甲。
当时他不顾年迈，应召赴京。永乐十一年（1413年）三月抵达南京，晋谒永乐皇帝，受到隆重接待。同年六月，永乐皇帝“命尚师昆泽西巴为万行圆融妙法最胜真如慧智弘慈广济护国宣教正觉大乘法王西天上善金刚普应大光明佛领天下释教。赐诰、印并袈裟、幡幢、鞍马、伞盖、法器等物”。
次年初，昆泽西巴辞别西归，朝廷赐仪仗、鞍马、金银、器皿、法器等，并赐藏文版《甘珠尔》等，命朝中官员护送。
永乐十二年（1414年），格鲁派创始人宗喀巴应永乐皇帝召请，派弟子释迦也失进京朝觐。次年（永乐十三年）五月，永乐皇帝封释迦也失为“妙觉圆通慧慈普应辅国显教灌顶弘善西天佛子大国师，赐之诰命”。
宣德九年（1434年）七月，明宣宗封释迦也失为“万行妙明真如上胜清净般若弘照普应辅国显教至善大慈法王西天正觉如来自在大圆通佛”。
（关于格鲁派与明王朝的关系，后文将专题叙述）
除册封法王外，明王朝对藏区进京晋谒或遣使入贡的大小教派僧人，均按其势力大小、宗教造诣深浅、影响如何等实际情况给予册封。以河湟地区为例：永乐十年（1412年），封班丹藏卜为“灌顶净觉弘济大国师”；永乐十六年（1418年），封西宁等地进京朝觐的禅师端岳藏卜为“弘智净觉国师”；封马儿藏为“广济妙净国师”；封思我失星吉为“普济净慈国师”，并皆赐印、诰。
明宣宗时，封宛卜格刺思监藏为“净慈普应大国师”；封仑奔宛卜查失儿监藏为“弘慈广智大国师”；封吒思巴领占为“普觉净修大国师”；封达巴尔坚参为“妙慈通慧大国师”，皆列四品，赐诰命、银印。