藏传佛教中除了宁玛、噶举、格鲁等大教派外，还有一些规模较小的教派。这些小教派在藏传佛教史上具有一定的影响，这些教派中也出过不少古今闻名的佛教大师。其中有些教派，一直传承到当代，仍保持着自身教法的特色。一些教派虽然消失了，但其教法为其他教派继承而得以延续。
一、觉囊派
觉囊派的历史十分悠久，起源于藏传佛教后弘期的开始阶段，即公元十一世纪。域摩·弥觉多杰，生活于公元十一世纪，他是觉囊派的始祖，他创立了”中观他空见”，即认为世间一切事物都具有永恒不变的真实体性，是绝对存在的，只是人们由于认识上的错误，以本体为空，故事物的性空只能是”他空”，而不是”自空”。要认识这种事物本体的真实性，必须修学时轮金刚密法，通过长期的修炼，才能破除错误的认识。他将中观他空见与时轮金刚的修炼方法给合起来，创立了他空见理论和修炼体系，为觉囊派的形成奠定了基础。
作为一个教派，觉囊派形成于弥觉多杰的五传弟子衮邦·突结尊追（1243—1313年）时期，他曾在萨迦等寺院学习，后获得卓译师所传时轮密法灌顶、注释续、时轮六支瑜伽的修炼法门等，并经实修而获得成就。《觉囊派教法史》中讲他运气时，力大无比，甚至十人合力也不能按住他的一只手，而同屋之人，有的不堪其冷，有的不堪其热，整个屋室随其所运之气而颤动。①后受邀赴拉孜东北处的觉摩囊修行地，在这里扩建觉囊寺，这一教派因此而得名觉囊。他在寺院里主要讲授时轮密法，将一直口耳相传的收摄、禅定、运气、持气、随念、三摩地等时轮金刚的六支加行修炼方法首先用文字记录下来，取名《续部要义本释》，使六支加行在藏传佛教中得以传播，并成为觉囊派主要的密宗修炼法门。
觉囊派的兴盛是在笃补巴·喜饶坚赞（1290—1361）时期，他出生于西藏阿里笃补地方的班仓家族。十一岁出家。十六岁时拜在阿里传教的萨迦派高僧吉敦·加央扎巴为师，系统学习了《现观庄严论》、《入菩萨行论》等显宗经文和多种密法。二十二岁受比丘戒。三十岁时他前往觉囊寺，向当时的座主克尊·永丹嘉措全面学习了时轮密法，并如法修持，获得证悟。三十五岁时，他升任觉囊派座主，直至七十岁去世，共主持寺务达三十五年。任职期间，日夜勤劳，讲法、著述不止，将觉囊派的他空见理论进一步系统化，建立了他空见理论体系。为此著有《山法了义海论》、《山法海论科判》、《第四结集》等佛学著作，广引《华严经》等佛教大乘经论，阐发他空见教义，使他空见理论趋于完善，首次有了以经论为依据的解说，不啻是此派理论的真正创始人。《山法了义海论》等为觉囊派僧人必修的著作，觉囊寺以讲授他空见和时轮密法而名噪一时。笃补巴弟子众多，使觉囊派教法得到弘传。各派人物纷纷赴觉囊寺拜觉囊派高僧为师学习，如宗喀巴曾师从笃补巴的弟子乔列南杰学习时轮金刚密法，从聂琬巴·贡噶贝学习《现观庄严论》。觉囊派在笃补巴师徒时期经过一段兴旺后，至公元十五世纪初叶，由于缺乏有力的地方势力的支持，本派无大的影响人物出现，加之”他空见”遭到其他教派的非议，觉囊派渐趋消沉。
公元十六世纪末叶，觉囊派出现了一位著名的佛教大师——多罗那它（1575—1635），使觉囊派又一度中兴。多罗那它出生于前藏地区，四岁时被认定为觉囊派座主贡噶卓却的再次转世，迎人觉囊寺坐床。八岁时举行出家仪式，起名贡噶宁布扎西坚赞。他先后拜师系统学习了觉囊派的他空见理论、时轮密法，萨迦祖师的著作及道果法，噶举派的大手印法，噶当派的经论等，以及梵文、语言文学等藏传佛教文化知识，其学问渊博而精深，是当时西藏佛教界公认的著名学者。二十一岁时，他根据梦中的提示，给自己起名”多罗那它”（梵语，意译为”解脱怙主”），自此多罗那它成为他最通用的名字。1599年，多罗那它担任觉囊寺座主。多罗那它声望日著，与后藏的藏巴汗政权之间关系密切，多罗那它曾言他与藏巴汗之间是同心同德，获得了藏巴汗政权的支持，给觉囊寺划拨了庄园、属民，使觉囊派寺院经济势力大增。1615年，在藏巴汗政权的支持下，多罗那它在觉囊寺附近主持兴建了达丹丹曲林寺，修建了二十多座殿堂，僧舍百余间。并请来尼泊尔工匠，制作了许多精美的佛像，其中无量光佛金像约一层楼高，凡所建像、塔无不造型庄严，工艺精湛。还耗金千余两，用金汁抄写了全部的《甘珠尔》和《丹珠尔》。寺院建成后，僧人剧增，最盛时达二千五百人，成为整个觉囊派的主寺。
多罗那它著作宏富，共有三百八十一种论著，包括经论注释、密法修炼法门、历史、人物传、寺院志、语言学等多种，其中《印度佛教史》受到学界的重视，是研究印度佛教史的重要参考资料。
多罗那它时期觉囊派有振兴的气象，但多罗那它去世后，觉囊派兴盛的局面未能维持多久。原因是西藏的政局发生了变化，藏巴汗政权被格鲁派取而代之，觉囊派失去了一个强有力的靠山，再加之格鲁派极不赞成觉囊派的他空见。十七世纪五十年代以后，五世****喇嘛将觉囊派的主寺达丹丹曲林寺改为格鲁派寺院，易名”噶丹彭措林寺”。从此起，觉囊派在西藏逐渐衰落，直至失传，但觉囊派在其他藏区仍有保存。阿坝藏族自治州境内，自公元十四世纪觉囊派传人后，一直传承不绝，该地现有二十六座觉囊派寺院，最著名的寺院有却尔基寺、藏哇寺等，并有活佛转世系统。
二、希解派
希解的字面意思是能寂、止息，指依般若教法能寂灭一切烦恼及其根源，从生死轮回中获得解脱。
希解派源于印度的密宗大师帕旦巴桑杰（？一1117年），他是南印度人。从确吉坚赞的《帕丹巴桑杰传》看，他的行传如同莲花生大师充满了奇迹和神通故事。十五岁时，他在大众部出家为僧。他先后拜过的上师难以计数，有些上师是他在修炼时或在梦中感受到的，与他不是同一时代的人。帕丹巴桑杰通达佛教哲学，领悟佛教的空观，能以平等观看待世间万有，明见自己的心性，断除一切疑惑；又能言善辩，记忆非凡而获不忘陀罗尼成就，被人美称为”虚空无际称”。后人评价他的见悟时，言深邃似大海不见底，广阔如天空无边际。帕丹巴桑杰也精通密宗的气脉理论和密宗无上瑜伽部的修习法，为此曾赴各地苦修，在印度的八大尸林、二十四圣地、空行居处等处修行若干年。经过长年修习，据《帕丹巴桑杰传》中讲他获得了八大普通成就。在邬仗那尸林时，得空行母传授四灌顶，获得双运大手印殊胜成就。
帕丹巴桑杰居无定处，云游各地，随缘教化众生，以演示神通来制伏异教。他前后数次来西藏（有的说五次，有的说三次），但他不喜张扬，不结交权贵，因此名声不显，久不为人知。他的传记中许多史实不明，恐与他的这种个人风格有关。在西藏他同样以神通助人，使盲人重见天日，聋人恢复听力。他也遇到了不少中意的弟子，传授各种教法。如给玛久兰卓传”能断六散法秘诀”、”能寂畔法的直授”、”信号法”、”幻法”、”三面金刚亥母法”、”上师瑜伽”、”迁识法”、”幻身和梦、中阴的教导”等，向玛·却吉喜饶授”大手印耳传法”，向索琼·格敦拜授”彻见的秘诀”，向岗·益西坚赞授相顺般若法的秘诀，以及向其他弟子传授”息杰九灯类”、”无字般若法”、”身印的秘诀”、”心语放松的秘诀”、”胜乐独勇法”、”俱生合和”、”时轮法”、”喜金刚秘诀”、”亥母秘修法”、”胜乐身续”等。帕丹巴桑杰因材施教，亦见他所学之广。
公元1097年左右，帕丹巴桑杰在定日修建了一座寺院，称为朗可寺，他在这里住了二十一年。传说他还去过五台山等地。帕丹巴师徒常会聚一起，他以唱道歌的形式向弟子们宣示奥义，弟子们也以道歌来表达他们内心的证悟和喜悦，他们感受着静修的快乐。《帕丹桑杰传》中也记述有他在定日时的众多神奇故事，如箭不能伤、火不能烧、渡河如平地等等。他平日过着俭朴的生活，不接受财物或其他的享用品，甚至身上也不着任何衣服，赤身裸体，在弟子们的再三请求下，才穿了一件用羊毛随意编织的衣服。据说他同米拉日巴大师会过面，二人心意相通，互相称颂。
帕丹巴桑杰是位真正的修行大师，他对西藏的部分修行人提出批评，说在印度获得成就者的面目大家并不熟悉，在藏地没有获得成就者却谎称获得成就而到处宣扬。又说某些人不专心于法，而热衷于追求世间的名誉和利益，从真正的意义讲很难说他们是修行者，这些人真可悲，如果佛陀见了会做怎样的感想呢！他说为求得好名声而讲闻佛法者，忙于妻子、侄儿之事的”菩萨”，求取财物的”成就师”，他们此生图得安乐，但死后却是失败者。他告诫弟子们不要做如此的出家人、修道者，要名符其实，表里如一。他讲道：”万物如同云和雾，对此你不要抱有永恒的观念，名声如同回声，不要追求名声而应专修圣法，虽穿华丽的衣饰，但终究像彩虹一样消失，要着破旧的衣服而入于修持。”②
帕丹巴桑杰最后在定日去世，他的寿命是一个谜，《帕丹巴桑杰传》和其他藏文史书中，说他享年570岁。
希解派有前、中、后三个传承系统，是因帕丹巴在不同时期传授而形成的。
前传传授给克什米尔人孜纳勾化雅，他又传布让洛琼等人，但此一系未得广传。