9月12日至10月9日。孙中山在《中兴日报》接连著文批判保皇党谬论。本年秋天，孙中山以新加坡《中兴日报》为阵地，领导革命党人与《南洋总汇报》展开论战，并亲自用“南洋小学生”的笔名撰写三篇批判保皇党的文章，本日发表《论惧革命召瓜分者乃不识时务者也》一文。9月15日，发表《平实尚不肯认错》一文，驳斥了《总汇报》记者平实的种种谬论。10月9日，发表《平实开口便错》一文，驳斥记者平实《论革命不可强为主张》一文中的谬论。
9月15日。清廷允许在库伦地方设立蒙养学堂。
因日本兵不许当地朝鲜人悬挂龙旗，吉林边务帮办吴禄贞出巡和龙峪等地。
9月18日。清廷重申东沙群岛是中国领土。两广总督张人骏电请外务部通知英、日两国公使，声明东沙岛系中国领土。本月24日，端方亦电请外务合依据《中国江海险要图志》，宣布蒲拉他士岛为中国属岛。
华商控告汇丰银行胜诉。本日，香港华商控告汇丰银行不还地契一案，终得宣判，华商胜诉。四年前，香港一个由华人开办的宏丰公司，有七位董事。其中一位是香港汇丰银行的买办刘渭川。此人因亏欠汇丰汇票，便擅将另一董事刘学询的34张地契（估银60万元）抵押给汇丰银行。刘学询向汇丰索要，汇丰不给，刘学询便向香港有关当局控告。此案一拖四年，直到本日宣判，令汇丰银行将地契还给刘学询。
9月19日。江苏省绅民要求速设谘议局。本日在上海召开大会，决议呈请督抚催办谘议局。
西藏僧侣联名呈控驻藏大臣兼川滇边务大臣赵尔丰枉杀多命，毁寺掠财，清廷令成都将军马亮确查。
9月21日。清廷命荫昌、端方为秋操阅兵大臣。江南湖北陆军在安徽太湖地方秋操，清廷命陆军部右侍郎荫昌、两江总督端方为秋操阅兵大臣，察看操练情况。11月18日，清军在安徽太湖秋操。
9月22日。专使美国兼考察各国财政大臣唐绍仪奏陈订立商约要旨六端，请饬议施行，并速定币制。
9月23日。浙江第一批赴欧美留学生成行。由上海乘西伯利亚号轮赴美，其中官费生九名，自费生一名。
清廷命陆军部右侍郎荫昌充出使德国大臣。
9月24日。日本增兵吉林敦化县，意图压制韩民干涉政事。清东三省总督徐世昌致电外务部，延吉日本人有增兵设分遣所之势，应选定妥员，随带宪兵，分赴百草沟等地设派办所，严行抵制。
9月25日。法公使巴思德照会清外务部，送交所拟《中法滇越会防章程》，以防止中国革命党人在越南活动。30日，清外务部照复同意。
9月26日。陆军部奏定《陆军惩治逃亡章程》及《陆军惩治漏泄军事机密章程》。该二项章程是由陆军部拟定，本日经清廷批准施行。《陆军惩治逃亡章程》共11条，其主要内容为：（一）军人擅离职守或军队所在营地，过五日者以逃亡论处，处以监禁。如果把官给服装同时携去，处三年以上五年以下监禁。若将官给器械马匹同时携去，处十年以上二十年以下监禁，入营未满三月之新兵减一等惩处。（二）军人于戒严时擅离职守或军队所在营地过二日者以逃亡论处，处五年以上十年以下监禁，如将官给服装同时携去，处十年以上二十年以下监禁。若将官给军械马匹同时带走，处永远监禁。（三）军人于前敌攻守之时，擅离职守，以逃亡论，不论是否携去官给服装军械马匹，均处死刑。（四）军人三人以上共犯逃亡，首犯处永远监禁。其于戒严时共犯逃亡，首犯处死刑。于前敌攻守时共犯逃亡，不论首从，均处死刑。《陆军惩治漏泄军事机密章程》则规定；（一）明知为军事上秘密图书、文书等，未经派令经营而私自探知或擅行收集者，分别情节轻重，处以十年以下五年以上监禁。在戒严时，则处二十年以下十年以上监禁。在战时，则处永远监禁或死刑。（二）军事上属于秘密图书文书，偶然得知而擅自表示公众或泄告或交付于一人以上者，分别情形轻重，处以五年以下三年以上监禁，战时则处以二十年以下十年以上或永远之监禁。（三）将职任上所掌管或承办之军事秘密图书文书等或泄告或交付于一人以上者，分别情形轻重，处以二十年以下十年以上之监禁，其受人请托或受人贿赂，在戒严时及战时，则均处以死刑。所受贿赂追缴入官。（四）凡军事港湾要塞水旱雷敷设所在及制造军火船械各厂或其他各种防御建筑物件，未经该管长官批准，擅自测量、摹写、摄影或记录其情形者，分别情形轻重，予以惩罚。
清廷从礼部奏请，顾炎武、王夫之、黄宗羲从祀文庙。
9月27日。端方奏明于江南设立农工实业学堂。
考察宪政大臣于式枚奏考察德国宪法成立情形及普鲁士宪法解释译要。
清廷派贝勒毓朗、外务部右侍郎梁敦彦到厦门慰问美舰。
清廷命审讯人犯禁止刑讯，并严禁勒索。
9月28日。清廷允许于吉林省设立实业学堂及法政学堂。
农工商部奏陈设立统计处。编成第一农工商统计表册。表册起自光绪二十九年（1903年）七月，迄于光绪三十三年（1907年）十二月，分列纲目，填注全国实业概况。
10月
10月1日。江苏征议县十二圩盐民船户数千人，反对往湖南运盐，强迫商店停止营业。
10月2日。清廷派员急赈嫩江水灾。
10月3日。上海租界第二次关闭1／4烟馆。
10月4日。湖北绅民在贡院开会集议川汉铁路由湖北人自办有关事宜。
度支部奏报鸦片进口、土产暨行销数目清单。
10月5日。《安徽白话报》旬刊在上海创刊。该刊虽名为白话报，实则文白并用，木刻线装，干支纪年。由李铎、李燮枢、范鸿仙、陈仲衡发起，王钟麟、胡季仁、胡适等编撰。以开通风气，唤醒同胞，联络感情为宗旨，内容设演说、要闻、科学、新戏、小说、闲谈、唱歌等栏目，号召爱国救亡，提倡兴学堂、设讲演会、办白话报，以图社会之改良。并大量刊安徽地方新闻。同年11月，报馆失火停刊，共出六期。1909年8月再行复刊，改名为《新安徽白话报》，并改由铅印，又发行六期，于同年10月停刊。
清廷谕定统一币制。此前，出使美国专使兼充考察财政大臣唐绍仪曾于7月27日奏请清廷以一两定为银币本位，早日宣布，以利与各国商订加税之约。8月4日，清廷饬会议政务处等从速妥议币制。本日，清廷谕令画一币制，令铸一两、五钱、一钱、五分四种银币。其谕云：“会议政务处王大臣奕等会同资政院总裁溥伦等遵议划一币制一折，
币制为财政大纲，各国以金币为主，以银铜各圆为辅，规制精密，流通便利，但须累年经营，始克完备。自应将银币整齐画一，然后稳慎筹措，徐图进步，将来行用金币，可望妥实无弊。兹据该王大臣奏称，中国两钱分厘，习用已久，实难废改。从前财政处奏定银币重量，亦以两计。著即定为大银币一枚，计重库平一两，又多铸库平五钱重之银币，以便行用；并附铸减成之库平一钱暨五分小银圆，以资补助，其两种银币，按九八足银铸造，两种小银圆，按八八足银铸造。此项金币，除与外国订有约文照旧核算外，京外大小各衙门库款收发，悉归一律，永不准再有补平补色倾火耗平余各名目，所有地方官及经收官吏办公经费饭银并管解川资，著各省督抚体察该省情形，详拟办法，咨明度支部汇核厘定，应增应减，均须明白宣示，永绝胥吏影射侵渔之积弊。至各省市面，银钱分歧，成色糅杂，奸商市侩藉以折扣盘剥，久为商民行旅之害，并著度支部详定章程，严申禁令，计期分年，务将通国银币统归画一，不得稍有参差。银币尚未铸充足以前，各省旧有大小银圆，准其与各种生银暂时照旧在市面行用，至旧日上库宝银，亦暂准照旧兑交，按年搭解银币，即将宝银按年递减，统由度支部随时酌量情形，妥拟办理，将此通谕知之。”
10月6日。湖广总督陈夔龙上书朝廷，请求筹给法政学堂各员津贴。
10月8日。中美在华盛顿签订《公断条约）。中美两国曾于1899年7月29日在海牙立约，约内第19款声明，日后再订条款，俾将两国以为可以调处之事件悉付公断。为此，美国特派外部大臣路特与清廷特派钦差大臣伍廷芳，会同议定条款。该条约中规定两国遇有争端，“关于法律意义或条约解释，为外交法不能议结者，应付西历一千八百九十九年七月二十九号公约设立之海牙常川公断院判结，惟须无碍彼此国脉所系之利权、或自主权、或名誉，又不干涉第三国利权者，方可照办。”“凡遇此种争端，于未付公断院之先，两国应订特约，详列所争执事由、公断员之权限及公断院之招集与分次理处之期限。此种特约在美国一面应由大伯理玺天德得有上议院协赞、允诺，乃行订立。”1909年2月10日，清廷从外务部奏，批准《中美公断条约》。
邮传部与英国汇丰、法国汇理银行订立《振兴实业借款合同》。为赎回京汉铁路，本日，邮传部在北京与英国汇丰、法国汇理银行订立该合同。合同规定借款500万英镑，“以八成为预备补足还铁路借款，以二成为自办工艺实业之用”；“还本以三十年为期，前十五年利息五厘，后十五年利息四厘五毫，折扣九四”。同一天，邮传部奏准举办公债银元1000万元，赎回京汉铁路。
10月10日。奉天商人罢市。反对征收房捐。
广东博罗县商人罢市。反对军队骚扰。
孙中山为新旧股东权利问题复函邓泽如。
10月11日。孙中山致函嘱南洋林义顺速集资兴办中兴石山公司，安置河口革命军。河口起义失败后，600多名起义者先后被印度支那法国殖民当局遣送到新加坡，如何安置他们成为一个严重问题。孙中山在函中说，计划于蔡厝港开辟中兴石山，组织他们从事生产。10月13日，孙中山就中兴石山盖厂房问题致函张永福。
清廷下令解散吉林自治会。
专使美国大臣唐绍仪抵东京。12日，唐绍仪会晤日本外务大臣小村寿太郎及首相桂太郎，谈中日邦交问题。18日，唐绍仪同小村谈延吉问题及新法、吉长等铁路问题。11月8日，唐绍仪自日本启程赴美国。
10月12日。日本宪兵在延吉枪杀中国巡警、宪兵。日本宪兵大尉平田美次郎等37人，在吉林省延吉茂功社修造分遣所房屋，不听地方当局阻止，竟向巡警、宪兵开枪，击毙巡警二名，伤及多人。16日，外务部就此事致电专使唐绍仪会同出使日本大臣胡惟德向日本外务省严词诘问，并由双方派员会同前往闹事地方查明核办。20日，清外务部就此事向日方提出五项要求。
中日在东京签订《中日电约》。条约中规定：中、日两国于关东省某处安设水线一条，通至烟台。日本在烟台设立的邮局可由该水线收发烟台本境与日本电局来往之日本官电及烟台本境之日本商电。日本当付给中国本线费若干，其数目双方议定。“所有在满洲日本电线所发之报，日本允每年付给中国政府日洋三千元，以作贴回之费。”
10月14日。****喇嘛入京陛见。近年英国不断侵略西藏，西藏局势十分复杂。西藏地区原本********，由清廷所封两位政教领袖进行统治，一为****，一为****。1904年，英国人乘日俄战争，俄国人无暇顾及之机，入侵拉萨，十二世****喇嘛离藏北逃。最初逃到库伦，清廷恐其投俄，令西宁办事大臣迎其到西宁。不料此间发生****与西宁喇嘛“斗法”之事。理藩院安排他移床山西五台山，已有三年。此前，****为保住自己的地位提出进京觐见，正欲起程，又听说驻藏大臣兼川滇边务大臣赵尔丰在西藏枉杀多命、毁寺掠财，遂观望不前。7月19日，清廷命山西巡抚传谕准允****喇嘛来京陛见，并由该巡抚遴派文武大员沿途护送，妥为照料。8月20日，清廷再命山西巡抚宝会商直隶总督妥为照料即将来北京的****。9月24日，军机大臣奉旨，派御前大臣博迪苏前往保定迎接****喇嘛。9月28日，****抵京。****喇嘛抵京后，在其所安座的黄寺，王公亲贵皆来致礼，每一出行，前呼后拥，轰动九城。10月2日，清廷下令派达寿、张荫棠负责随时照料****喇嘛。本日，****喇嘛于仁寿殿觐见光绪皇帝。****跪拜，光绪皇帝起立还礼，并赐座。****喇嘛提出整顿藏事的六项要求：颁布礼教法规；宣布印藏界址于保和会；由拉萨起渐次开采各矿；增设各项学堂；妥订保藏政策；重订传教约章等。20日，英国驻华公使朱尔典会晤****喇嘛。31日，清廷以驻藏大臣兼川滇边务大臣赵尔丰连电称西藏地方****，情形危急，一面电命妥为布置，一面命理藩部转商****，请其速电藏僧等解散乱党。11月3门，清廷加封十二世****喇嘛为“诚顺赞化西天大善自在佛”，命其即回西藏。12月21日，****喇嘛离北京回藏。
10月15日。清廷批准派遣学生出洋学习应用工艺。此前，御史俾寿向清政府提出派遣学生出洋学习应用工艺学科的建议。本日，学部将此建议上奏清廷。学部在奏折中指出，国民生计莫要于农工商实业，兴办实业学堂有百利而无一弊，最宜注重。惟此种专门之学皆以普通学科为始基，非先于普通之算学、理化、博物、图书等已具根底者，不能得门而入。近来各省派往东西洋之游学生为数不少，但以未经中学堂毕业，故普通学不完备而出洋，出洋后避难就易，不习普通学科而请习法政，致习实业之人才鲜有其人。御史俾寿所奏工艺为富强之要图，选派学生分送东西洋，使各专一艺。洵为扼要之论。故学部建议拟如所请，自本年为始，嗣后京师及各中学堂以上毕业生择其普通完备、外国语能直接听讲者，酌送出洋学习实业，并令此后凡官费出洋学生，概并学习农工格致各项专科，不得改习他科。以前自费出洋之学生，非入高等以上学堂学习农工格致三科者，不得改给官费，其习实业已经给官费之学生，也不准中途改习他科。清廷从之。
学部奏报湖南高等学堂预科毕业给奖。
10月16日。孙中山致函檀香山同志筹集起义经费。告以不久将再次发动起义，需要军饷10万元，请在一两个月内筹足此数。
端方奏陈军政大纲，恳请择要施行。
10月18日。湖北士绅因湖广总督陈夔龙奉命将谘议局改为筹办处而集会质问。
邮传部决定于明年冬天添设无线电报。