吴钫奏称更改官制三大阻力。这三大阻力是：其一来自各部院大员，他们“或以资格升，或以勤劳见擢，位望既高，资生之计亦繁，而一切仰给于官，一经裁并，闲废必多，若无罪而罢斥，亦人情所难堪。”其二来自各部院司员，他们“积劳屡年，有以一等记名道府者，有以截取例用知府者，有积资望可驯王卿二者。计自通籍以后，至速亦需十数年之久，一旦弃已成之绩，舍其旧而新是谋，则向日之资格即归乌有，将来之升沉更不可知。”其三来自满洲人员，他们“国初定鼎，满员以从龙功多，五品以下京官额缺视汉员多至数倍。今议改官制，势难再分界限，则无数冗员将归裁汰，出身之路既绝，谋生之术俱穷”。他提出仿行日本元老院制安置旧日大员；对各部司员，仍于一两年内照旧办理；而对满员加以甄别，选择使用。
9月22日。御史王步瀛奏陈改革官制应兼采众议令百官各抒己见，奉旨俞允。
9月23日。东京中国留日女学生会成立。参加者70余人，公举黄华为会长，杨庄为书记。
9月24日。清廷出使英国大臣刘式训奏请变通简派人员办法。他提出出使事宜亟应变通办法，请今后出使大臣专就外务部侍郎丞参请简，并饬外务部招考中学毕业谙洋文者充外交生，专备使馆之用。各等参赞亦拟专遴外务部司员充任。本日，得旨，从之。
学部选派进士馆翰林馆学生赴日本入法政速成科。清朝进士馆为初登仕途人员补求实学之地，自科举停止，后起无人，学员日少，难以为继。学部特奏准将光绪三十年科进士在馆肄业者及未到馆的翰林中书，均派赴日本法政大学速成科学习。
学部颁定奖励制造教育用品新章。
9月25日。山东烟台华商反对西人设立工部局。联禀外务部、商部及北洋大臣、山东巡抚、东海关道等，请主持力争。
9月26日。许珏奏陈中国封建官僚阶层不适应仿行宪政。前出使意大利大臣、候选道许珏递呈陈言：“今日中国士大夫，如不洗心涤虑，澄叙官方，虽欲仿行外国宪政，亦无所施。”
9月27日。柯劭奏陈更改官制不能仓促。翰林院侍读柯劭指出立宪应先改官制，“值今日之时势，或添设以分繁剧之任，或裁汰以省虚糜之款，亦补偏救弊之要著”，“然欲一切更张，仅凭载泽等五人往返不及一年之调查，事太重大，期太仓促”。
9月28日。蔡金台、吴钫分奏厘定官制办法。御史蔡金台在奏折中说：“采择东西官制，取其权限分明，拟请先制，凡阁邢之权、脊抚之权、州县之权务皆予以限制。”御史吴钫奏称：“更定官制，其与官制相辅而行者，宜先厘定选用之法，首宜严定，升转之法，亟宜变革；内外俸给，亟宜平均；官场仪节，亟宜节省”。
清廷拟定整顿八旗办法。清廷拟定六条整顿八旗办法，饬令各旗认真遵办：（一）切实调查人丁户口之确数，按旗各编一册；（二）凡世职人员遇有应袭者，须察其实系学堂出身、领有卒业文凭方准承袭；（三）不论闲散食饷旗人，年在20岁以内者，核其资质，分别送入文武学堂或挑练陆军；（四）年在30岁以外，40岁以内者，送入警务学堂；（五）八旗老弱无能为者，给予垦地若干亩，自行播种，以便屯居；（六）八旗幼丁，凡九龄者，一律送入学堂，违者罪其家长。
9月29日。北京《中华报》被封禁。北京华商《中华报》向以发表革命新政见，痛诋亲贵大臣为清廷所忌。近来该报刊载北洋营务处有毒杀保皇党人的嫌疑，北洋大臣袁世凯遂电巡警部封禁报馆，逮捕编辑人员。驻京各国公使出面干预，清廷以“妄议朝政、捏造谣言，附和匪党，肆为论说”的罪名将该报干事彭诒孙、主笔杭慎修递解回籍禁锢。
中日会谈交还营口。外务部与日公使林权助会谈交还营口，日使允按约实行。
9月30日至10月24日。清廷一批重臣群起上奏反对更改官制。自9月2日清廷决定更改官制之后，清廷一批重要官吏、翰林院学士、御史、内阁学士等，纷纷上奏清廷，强烈反对更改官制。9月30日，户部尚书铁良反对改革官制，与直隶总督袁世凯发生冲突。翰林院侍读学士周克宽奏称“更改官制只各易新名，实不祖制，模拟外洋”，旧制“大小官员各有职守，权限分明，无事无专任之官，即无官无应办之事”，“改官制为行宪政，即官制不改，亦断无妨宪政之官，破坏宪政，何必多一纷更之迹，转致难为阻碍之防”。御史刘汝骥奏：“总理大臣不可轻设，以杜大权旁落”，表示对官制更改方案“忧愤填胸”。御史王步瀛奏：“户刑两部事繁，请勿轻拟裁员。”10月4日，御史杜本崇奏：“厘定官制事体重大，宜逐渐认真整顿，不宜全事更张，至隳纲经，而扰全局”，官制改革“头绪纷繁，非纸上空谈所能究其原委”，厘定官制大臣十数人，“惟有权力者主持其间，余则随同画诺”，只取决几个人的意见，恐“颠倒错乱”，“削趾以适履”。10月7日，御史王步瀛奏称：内阁总理“不过近支王公，或者不明无断，名实相违，似转不若现设军机三五臣工参酌办理之为得”；而其他如改订户部官制、酌定年限裁撤兼差、限期预算各部经费、筹议选举议员等项改革，“仍当谨守法度，戒纷更”。10月8日，御史赵炳麟奏称：“民智未开，下议院一时未能成立，则无以为行政之监督，一切大权皆受诸二三大臣之手”，成为大臣****政体；提出预备立宪基础的六条方法：“正纲纪”、“重法令”、“养廉耻”、“抑幸进”、“惩贪墨”、“设乡职”。10月9日，御史张瑞荫奏陈军机处关系君权不可裁并，称“若谓军机不胜其任，则大臣之不称职者不妨屏斥而军机处之制自不可废”；而内阁权重，“用人偶失，必出权臣”，军机处“其弊不过有庸臣，断不致有权臣”；“如必须事权内阁，则政务处可以归并，军机处自宜并存，以分其势”。内阁学士文海奏称“立宪有六大错”。欲去军机大臣，设大总理，是欲学日本之权在大将军；“所有厘定官制馆应请即行裁撤，并请饬下直隶总督袁世凯速回本任，以重职守”。10月11日，御史石长信奏陈，内阁“集重权于一人，幸公忠自矢，已不免专擅之嫌，倘私意偶蒙，恐流为僭窍之渐”；军机处允宜仍旧；“各官制若行更张，非数百万不可，今民力艰难，可否就各部院或改或并，斟酌损益，重申职守”。10月15日，内阁中书王宝田、户部笔帖式忠文、户部郎中李经野、兵部员外郎马毓桢等合奏，谓改革官制是“猖狂妄行”，“用夷变夏，乱国法而害人心”，“其后患固有不可量者”。设内阁是“阳以分军机之任，而实阴以夺朝廷之权”。10月16日，御史涂国盛奏请勿遽改官制，认为“忧患迫切，非由官制之不善”，“而实由官之办理不善”，“急于更名，似乎积弊可以顿除，孰知本实已经先拨”。10月20日，内阁学士麒德奏请徐图立宪不可轻改官制，称“不必尽取外国之名强为粘合”，“若事事袭其皮毛，不惟与现行新政裨益毫无，转将旧有之典章概从废弃，甚非计之得也”。10月24日，翰林院撰文李传云奏厘陈定官制不能过促，指出“以三四人之精力，数十日之期限，遽欲将中西官制异同得失，钩棘难理之事，一一研覆详审，虽有兼人之长者，恐亦不能自信，况秉笔者未必皆谙掌故，洞达中西之人乎”，“今若任竞变乱，则纲纪荡然，求如从前所谓腐败者亦不易矣”。
9月30日。上海印度巡捕同盟罢工。公共租界工部局所雇印度巡捕共有200余名。近来因为物价昂贵，所得工资人不敷出，要求增加工资，为租界当局所拒，遂联合罢工。先是老巡捕房与虹口、老闸巡捕房的印度巡捕拒绝出差，到中午，静安寺捕房的印度巡捕起而响应。随后，新闸、王家库、江山、杨浦等捕房的印度巡捕全部参加。工部局不为所动，反而决定：如印捕再行要求增加工资，即调团兵当差办公，不再雇用印度巡捕。印度巡捕只好于10月2日复工。
本月。国学振兴社成立。由章太炎在日本东京发起组织，事务所附设于《民报》社内。以“振起国学、发起国光”为宗旨，主要讲授诸子学、文史学、制度学、佛学、宋明理学、中国历史等。
孙中山在庇能设立同盟会分会，同盟会在南洋华侨中发展迅速。孙中山在吉隆坡组建同盟会分会后，又偕同志陈楚楠、林义顺等到庇能，设立同盟会庇能分会，最先加入者有关世荣、黄金庆等20余人，选举吴世荣为会长，黄金庆为副会长。翌年，该分会发刊《光华日报》，宣传革命，影响很大；又设槟城书报社，开展革命活动。不久，英属南洋各埠侨胞区慎刚等近30人纷纷加入同盟会。
同盟会会员李实谋在四川江油起义。事泄，率众退至剑州小燕山，旬日之间，发展5000人以上。铁良调巡防营围攻，李不幸牺牲。
10月
10月1日。御史赵启霖奏陈官制宜逐渐变更。先从京官整理，外官暂勿纷更。
新民府日本军政署撤销。
清外务部拒绝英、法、德、美等国公使请撤牛庄税关。
10月2日。学部奏定颁行《考验游学毕业生章程》。该《章程》由学部奏定颁行，共有五条，主要内容是：每年8月对留学归国毕业生实行考试；考试分两场进行，第一场就各毕业生文凭所注学科择要命题考试，第二场考试中文与外国文。其中第一场考试每科各命三题，做二题为完卷，第二场考试中、外文，各命一题，做一题为完卷；考卷由襄校分阅评比分数，再由学部大臣会同钦派大臣详细复核，分为最优等、优等、中等；列最优等者给予进士出身，优等及中等者给予举人出身，并在出身前加某学科字样，如习文科者称文科进士、文科举人，习法科者，称法科进土、法科举人；其他医科、理科、工科、商科、农科与此类似。
清廷请求英、荷两国禁止孙中山在南洋开展革命活动。云贵总督岑春煊致电外务部请代奏，孙中山在南洋一带售卖军务债票，有意煽乱，请饬屑严为拿办，并清电饬出使英、荷各国大臣照会该国外交部，设法禁止，加以解散。清廷接电后，于次日即由外务部出使英、荷两国大臣，要求该两国设法禁止、解散革命党人。
练兵处决定每年派学生百名入日本士官学堂。经议定本年暂先派送70名，以后每年派送100名，由各省练兵处考验合格，后派往日本。
云南学生上书揭发滇省学务军政腐败废弛。云南省城陆军、政法各学堂学生上书政务处，陈述滇省学务军政腐败废弛情形，请改良整顿，以救滇危。
10月3日。学部定京外官绅出洋游历章程。本日，学部拟定的该章程共13条，规定凡出洋游历官绅，需预先呈明出国考察宗旨，并由本衙门及各将军督抚考核后，始准出国。回国后，并得报告考察成绩。
10月4日。陕西奏准加盐价以筹措西潼铁路工款。陕西巡抚曹鸿勋奏请加盐价以为筹筑西安一潼关铁路工款，清廷允准。
《宪法白话报》在北京创刊。
10月5日。学部限制外国人在内地设立学堂。学部新定章程，凡外国人呈请在内地开办学堂者，一律不准立案。
10月7日。商部奏陈《奖给商勋章程》。商部奏折称：“近百年来，环球各国，艺术竞兴，新法新器，月异而岁不同。综其要端，举凡农业工艺机器制造等事，靡不进步甚速，收效甚巨。中国地大物博，聪明才力，不难杰出，乃通商垂数十年，虽经次第仿办，惟咸拘守成法，莫能改良标异，推陈出新。而每办一事，需用机器原料，须取给外洋，故进口洋货日增，而出口者仅恃生货。一经制造，贩运来华，遂获巨赢，坐使利源外溢。推原其故，岂皆办理之未力，殆亦提倡之未尽其道也。查欧美当二百年前，所有新法新器，绝少发明。自英国首定创新法制新器者，国家优予奖励之例，自是各国踵行，其奖励最优者，乃至赐爵。此例既颁，人人争自琢磨，讨求艺术，每年可出新器多至千数百种。论者谓欧美实业振兴，其本原皆在于是。现在臣部工艺局日渐扩充，劝工陈列所即须开办，亟宜因势利导，设法提倡。其有创制新法新器，以及仿各项工艺，确能挽回利权，足资民用者，自应分别酌予奖励……”。该章程共有八条。主要内容是：规定对能够发明制造者予以商勋奖励；凡是能制轮船、电机等新式机器者，奖给四至二品的顶戴，三等至一等的商勋；凡能将中国传统工艺翻新、精工制造者，奖给六至五品的顶戴，五等至四等的商勋；凡在技术上钻研有成就者或发明创造者，给予破格优奖。
江苏海州饥民暴动。江苏海州（今东海县）会党领导饥民数百人暴动，安东、阜宁、盐城县饥民响应。
10月8日。清廷禁止外国人在京开设商店。清外务部照会驻华各使，禁止外国人在京开设商店。
《民报》第八号出版。本期发表汪精卫《满洲立宪与国民革命》一文，指出“满洲之汲汲于立宪者，殆无非欲举中央集权之实，此义亦人所明喻矣”；“满洲之言立宪，犹人之戴面具，不可以久”。“是以言立宪者，无损于满洲政府大权之毫末”，“主权尚在满族之手，而所谓刊明****与立宪，皆残败汉人之具而已。我民族宜于根本处着手，以革命为收复主权之惟一方法，然后民族的、国民之目的，乃可以达耳”。
10月9日。孙中山自西贡抵日本。本日，孙中山自越南西贡抵日本。抵日后仍住横滨，不时到东京会晤同志。16日，孙中山致函同盟会新加坡分会副会长张永福，促其在新加坡速印《革命军》，并鼓吹革命。
10月10日。练兵处确定选派军官入京师法律学堂学习。北京法律学堂即将开办，拟设军法裁判学科，练兵处电咨各省督抚，选派通达文理之武弁来京，在二等一级以下三等一级以上者，每省二人，入京师法律学堂学习军律。
10月11日。巡警部颁布《报章应守规则》。本日，巡警部通令报界遵守。俟报律颁布以后，此规则即行废除。此《规则》共九条，内容为：（一）不得诋毁宫廷；（二）不得妄议朝政；（三）不得妨害治安；（四）不得败坏风俗；（五）凡关外交内政之件，如经该管衙门传谕报馆秘密者，该报馆不得揭载；（六）凡关涉词讼之案，于未定案以前，该报馆不得妄下断语，并不得有庇护犯人之语；（七）不得摘发人隐私，诽滂人之名誉；（八）记载有错误失实，经本人或有关系人申请更正者，即须速为更正；（九）除已开报馆之外，凡欲开设者，皆须来所呈报批准后，再行开设。
10月12日。胡思敬、张世培、赵炳麟分别上折攻击官制改革方案。吏部主事胡思敬在奏折中称，更改官制无非是考政大臣“采摭中外浮言”，“以作立宪基础”。认为“官制不可轻易改革”，如“鲁莽图功，祸可立至”，“举棋一误，大局全输，官乱于上，民变于下，海外党徒，长江会匪，东三省马贼环伺而起，外夷乘之，措手莫及”。指责编纂大臣“玩弄揣摩”、“危言耸动圣听”。御史张世培提出，即使西方国家也“从不轻弃旧章，惟其进取之心愈勇，斯其保守之心亦愈坚固”；“各署之中，尤不应裁者为吏部”；“若胥数百年成宪，悉取而弃之，恐裁趾适履，筑室道谋，而国是反无从定矣”。御史赵炳麟奏称，新编官制，流弊太多。所谓“内阁大臣辅弼君上代负责任”，“此语非常狂悖”；又限制各部院之权，“破坏祖制”，“至其实权所在，则尤有骇人听闻”；官制改革“政本所关，断非凭一二人之臆见，数十日之程限所能厘定”；强调，现在不能设内阁，“行政机关仍应暂归各部”，立法机关“宜遵祖制”，以“专衔言事之御史、讲官及四品以上京堂，分任立法之职务”，军机处“应暂仍旧制”。