于成龙得知这一情况以后，很是震怒地道：“地方官平日不肯禁赌，养成盗党。及至事犯，把入伙的穷民拿来一例枭斩，于心忍乎？此种罪过，都在地方官身上，只是贪财迷窍，全不思想杀了这些穷人，到阴司底下哪个不嚷闹？终久一命要还一命，远在儿孙近在身。何如打起精神，严禁赌博，稽查贫乏，不知救了多少人的性命。禄位如何不峥嵘？子孙如何不昌大？功德无边，比要银子十分受用，十分放心……”
于成龙对缉盗官吏的升迁问题，也是十分在乎的。清朝对官吏的管理制度是很严厉的，如若不能定期完成对盗匪的抓捕工作，将会面临上级官员的弹劾，最后是要获得朝廷的处分的，处分的后果不是被罚俸，就是降级，甚至是革职和杀头。
于成龙也是从基层做起来的，深知抓捕工作的难度，曾也受过处分，于成龙考虑到这种情况，还斗胆给朝廷上了一封《请宽盗案处分以惜人才疏》，内容基本如下：
1.一府一县只有一位正堂官，他们每天受理的案件无数，这百姓当然不会管这么多，鸡毛蒜皮的事情都要告到衙门里面来，地方官员刚刚结了一件案子，另一件又接踵而来，根本没有喘息的机会。官员们处境也很难，希望朝廷能够体谅。
2.各州县官员，作为当地的父母官，他们有责任和义务维护百姓的利益。自己辖区发生了案情，地方官员往往比谁都要着急，他们也害怕朝廷对他们有所处分，如果朝廷一味的急催，官员们难免会狗急跳墙，胡乱找来一个替死鬼。如果只是一味的降职、调任，只是不能解决根本问题，官员们刚刚有所建树，对当地情况有所了解，又被调往外地，又开始一个新的环境，对官员的成长很不好，政绩也不能很好的体现出来。于成龙建议朝廷只对犯错的官员进行降职处分，但不外调，让他们在原来的位置上将功折罪。
3.朝廷选拔“卓异”是官吏大典，也是朝廷取贤纳良的理想途径。但朝廷还有一项规定，就是官员们有陈年旧案没有破获的，便没有资格竞选。这项规定一开，很有可能会埋没人才，没有破获的案件并不能说明官员无能，也不能说明他们办事不力，很有可能那件没有破获的案件根本就是个无头公案，是个悬案，官员们没有神通，无从查起也是可以理解的，总比个别官员好，为了滥竽充数，将良民屈打成招。于成龙建议朝廷，要根据案件的难度而定，总之，不可一概而论。
4.各衙门负责缉捕的同知、通判等副职，他们的辖地很多达十几二十个县，这些县的缉捕工作都是他们来做，这是直隶州、府。还有一些县级州县的县丞、同知，他们只需要负责一个县的缉捕工作，但是处罚的后果依然是一样，这样对直隶州、府的同知、通判不是很公平。于成龙认为，武官的处分条例，有专汛、兼辖、统辖的区别，以责任的大小决定处罚的轻重，同知、通判的处分，应该沿用武官条例，这样才算公平。
5.道台主要负责监督辖区的捕盗工作，没有完成任务的，按照朝廷有关条例，不仅要罚俸，还要“停其升转”。于成龙认为，这些官员不是京官外放，就是从基层提拔起来的干练之才。分管官员，通常也会失去上升的机会，而且他们中间不乏大量贤能官吏。于成龙建议朝廷，具体负责捕盗的官员，“停其升转”，让其限期破案，是他们不容推脱的。监督缉盗的道台，既然已经罚过俸禄了，就应该“免其停升”。于成龙的这些建议到了康熙皇帝手上，皇帝也和吏部官员进行了讨论，吏部认为于成龙这些都是在强词夺理，没有道理可言，决定驳回。
康熙传下口谕：“朕曾经到直隶一带巡视，发现山海关以西，永平以东，一面临海，一面临边，盗贼无处潜藏，抢劫的案子就比较少。而玉田、丰润、遵化、蓟州、霸州、保定一带，民居稠密，盗贼容易藏身，犯案的就多。现在处分条例定得太严格，恐怕官员和百姓都受牵累，就令九卿官员详细讨论，修改条例。”
于成龙这次上书，康熙皇帝只批准了其中几条：具体承办盗案的官员，超限不及二年者，免于离任；监督缉盗的道员，限满后只罚俸禄，免于停升。其它几条，最终没有得以批复。
四、君臣之交淡如水
于成龙上任直隶巡抚之初，请求面见康熙皇帝，以当面答谢皇恩，但是，被康熙皇帝拒绝了。自从于成龙做了直隶巡抚以后，就有资格直接给康熙皇帝上书了，君臣之间有了书面语言的沟通，两人对彼此也逐渐有所了解。在直隶赈灾过程中，于成龙曾多次向皇帝上奏，基本上都予以批准。其它方面的建议性的奏章，康熙皇帝却只是准奏了一小部分。
于成龙自从和康熙皇帝直接书信来往以后，已慢慢领略到一代圣君的英明之处。康熙皇帝也被于成龙的忠君爱民、廉洁奉公而深深折服。君臣之间，更多的只是公务上的交流，私人生活交流并不多，由于于成龙为官清廉，也没有给皇帝送过什么礼物，却彼此都非常的了解、信任，可谓君臣之交淡如水。
康熙二十年（1681）正月，于成龙接到朝廷工部的调令，挑选一万多名劳力迅速入京，到北京郊外的沙河，将已故孝诚仁皇后赫舍里氏、孝昭皇后钮钴禄氏的梓宫，迎到皇陵下葬。这项工作重大而轻松，但是稍有不慎，便会人头落地。这皇后毕竟是母仪天下的国母，她们的葬礼自然是以国礼对待。
这次入京为皇后办理后事，于成龙也顺带进宫觐见了康熙皇帝。这年的二月，于成龙终于能够入宫见驾，康熙皇帝知道于成龙年老力衰，所以安排的很周到，让于成龙也省了不少力。于成龙见到皇帝以后，行完君臣之礼，便给于成龙看座看茶，君臣二人是一见如故，也难怪，在奏章中两人已非常了解了。
康熙皇帝对于成龙印象最深的是，在黄州府任职期间，单枪匹马招抚刘君孚，这种奋不顾身、舍己为民的精神让康熙皇帝钦佩有加。
便以此事，向于成龙提问道：“朕得爱卿这般贤能，朕已无忧！据说当初在黄州时，爱卿单枪匹马招抚反贼，你是如何办到的？爱卿一介文弱，竟有如此才华，难能可贵！爱卿以一人之力胜过千军万马，足以羞煞那些饱受皇恩的官吏们！”
于成龙也应对自如，道：“微臣只是在宣扬皇上的威德，并没有其他本事！”
于成龙这话一出，康熙皇帝听了，心里自然是美滋滋的，如饮甘露一般。于成龙倒也很会给皇帝脸上贴金。
康熙皇帝接着又问道：“你手下还有哪些清官？”
于成龙道：“知县谢锡衮、同知何如玉比较清廉。”
康熙皇帝接着再问道：“上次你弹劾知县赵履谦，办事非常得当。”
于成龙道：“赵履谦过而不改，微臣万不得已才弹劾他。”
康熙皇帝嘱咐于成龙道：“为政之道，当知大体，小聪小察，不足为多。且人贵始终一节，尔其勉之。”
康熙皇帝的这段话，有恩威并用的意思。前面委婉的批评了于成龙，小聪小察是基层官员应该具备的。如今已是封疆大吏了，基层官员应有的特性，在封疆大吏身上是不足以表扬的。任何事情，需要从全局考虑，不应在乎细小的得失。后面这句话，很有继续重用于成龙的意思，不知道于成龙是否能够理解康熙皇帝的苦心。不过，后来从京城返回直隶以后，于成龙更是勤勉有加，都这把年纪了，他依然激情不减，都是为了百姓。
于成龙当天离开皇宫之前，康熙皇帝当着身边众臣的面道：“于成龙起家外吏，即以廉明著闻，洊陟巡抚，益励清操。凡在亲戚交游请托者，概行峻拒。所属人员并戚友，间有馈遗，一介不取。朕甚嘉之！知其家计凉薄，特赐内帑银一千两，朕亲乘良马一匹，以示鼓励。”
皇帝给于成龙的赏银是自己的私有财产，并非户部管理的国库银两，可见康熙皇帝对于成龙的恩宠程度。康熙二十年二月十二日，翰林院掌院学士库勒纳和一等侍卫对亲，奉旨赶到于成龙在京城临时居住地，将皇上赏赐的一千两内帑白银和鞍鞯齐全的御乘良马，正式颁赐给于成龙。二月十八日，大学士纳兰明珠和库勒纳、对亲等人，将康熙皇帝亲撰亲书的诗卷，颁赐给于成龙。
康熙皇帝为于成龙撰写的是一首五言诗，内容如下：
自昔崇廉治，勤思吏道澄。
郊圻王化始，销铭重臣膺。
政绩闻留牍，风期素饮冰。
勖哉贞晚节，褒命曰钦承。
在诗的前面还附有序言：
直隶巡抚于成龙秉性淳朴，廉介夙闻，朕心嘉赖。俾典节钺，保厘畿辅。唯能激浊扬清，始终如一。清洁之操，白首弥励。真国家之所重，人所不能也。兹来陛见，爰赐以诗，用示鼓励之义，且以风有位焉。
三月十四日，于成龙如期完成了迁葬皇后的任务。就连皇帝恩赐给他的一千两纹银，最后都捐给了直隶灾民。康熙二十年（1681）九月，皇帝深入到直隶省各地视察灾情，闲暇之余，还带着随从、亲信们四处打猎，皇帝打回来一大批猎物，并派人送至于成龙处，并同意于成龙带直隶百官来到皇帝的行宫见驾。
最后，于成龙将皇帝恩赐的猎物，分发给直隶文武官员，让他们都能沾上皇恩，以后便能更好的为国出力。分完御赐之物后，于成龙便率领直隶守道参议董秉忠、巡道佥事吴元莱、保定营参将张玉麒赶到康熙皇帝所在雄县行殿见驾。
于成龙等人向皇帝汇报完灾情以后，皇帝便宴请他们吃了一顿御宴。于成龙个人还得到了皇帝的一壶奶酒，是皇帝赏赐给他的。