骑在暴鲤龙身上的一辉一边向着红莲岛前进，一边在脑海中整理着从急冻鸟那里获得的信息……
传说在很久很久以前，世界上是没有小精灵的。那时的人类统治了一切，过度发达的机械文明使得世界上的资源越来越少，环境污染越来越严重。那个时代的人类残忍、贪婪、自私完全没有信誉可言。他们砍伐一片又一片森林，制造一座有一座钢铁城市。动物们不断地迁徙，以图避开人类寻找一块净土。但是人实在是太多了，遍布了整个世界，即使它们逃到了地底，也无济于事。一只又一只动物成了观赏品，或者宠物，一类又一类物种灭绝了。而过度污染的空气也使得人类越发的易怒、嗜杀等等。
终于有一天，人类的行为让大自然愤怒了。洪水爆发，淹没了城市。台风吹罚，毁灭了大楼。海啸肆虐，压榨着人类的生存空间，就像以前人类压榨动物们的生存空间一样。残存的动物都联合起来暴乱，成群的老鼠、蟑螂、蚊子等等顽强生活着的动物向所有的人类发动了袭击。它们悍不畏死，即使面对大炮、坦克也不会后退。它们无孔不入，即使是封闭的地下避难所也在老鼠们的牙齿下崩溃。人类杀戮着，每个人都拿起了武器；动物们也杀戮着，把所有的人类都当成了食物。世界上到处都在战斗，这是生存的战斗。战斗到最后，人类赢了，他们杀死了所有的动物。但是人类也可以说是输了，城市毁了，动物没了作物也没了。残存下来的人类过不了多久就会饿死，而且大量的死亡使得瘟疫开始泛滥，没有办法治疗，所以的一切都在战争中毁灭了。
这时候的人类后悔了，当权力失去了诱惑，当金钱没有了作用，人类心中的贪婪、自私渐渐淡化，他们为他们的所做所为所忏悔，所哭泣。全世界所以幸存下来的人都自发地在同一时间跪到了地上，向着满是乌云，灰蒙蒙的天空祈祷着、自责着、忏悔着……
这个时候，神出现了。人类的忏悔唤醒了沉睡的神。神是善良的，在神的眼中所有生命都是他的孩子，所以他原谅了人类；神也是公正的，人类的所作所为必须付出代价。在神无边的法力下，天上的乌云消失了，地上的尸体不见了，所以的大陆开始合并起来，成为了一块新的大陆。所以的人都飞了起来，大地上开始出现植物，黑色的海水慢慢变蓝，一个有一个动物出现了，它们是新生的。接着，制裁开始了。人类的文明都被毁灭，剩下来的人脑海中的所以关于机械的知识也消除了。并且神消灭了隐藏在人心中的贪婪、自私和残忍。不过神也知道这只是暂时的，科技总有一天会再现，所以神授予了一部分动物神秘的力量，那些动物开始变异，这才有了宠物小精灵。神还造出了拥有强大力量的小精灵，它们拥有人一般的智慧，这就是神兽，当时的人们称它们为神的使者。小精灵和神兽都是为了保护森林、动物和海洋，还有监督人类用的，做完这一切后神就消失了，又陷入了沉睡中……
人类获救了，但是他们的危机并没有解除。因为瘟疫发生了变异，使得人类的体制比之以前强了很多，但同时强大的体制意味着生育率的下降。而且以前的人类中女性的地位是十分低下的，只比宠物高一点。但是战争使得男女比例得到了平衡，而且所以的女性都联合了起来，拒绝男人。不过这时他们心中的黑暗面已经消失了，其中一对男女产生了传说中的爱情。最后经过协商后男性不得强迫女性（就是强X），只能双方自愿，否则将受到全人类的追杀，而且抛弃妻子的男性也会受到严重的惩罚。这就是没人敢犯强X罪的由来，不过后一条貌似随着时间消弭在了历史中。
之后的人类与动物和小精灵们和谐相处着，经过一代代的传递人们的性格也越来越善良、单纯。科技也慢慢发展起来了，不过人们都只是在空地上建筑，并没有破坏森林，而且科技的方向也改变了不少，因为有了小精灵所以几乎无污染，也只是使生活更方便，并没有往武器那边开发。渐渐地人和小精灵的关系越来越好，神兽中的首领圣灵**给了人类小精灵球的制作方法，好让人类可以更好地和小精灵生活。并且挑选其中最善良，心地最纯净的人组成了联盟，在大陆的几个地方开办了神奇宝贝联盟大赛，通过比赛、训练等等加强神奇宝贝和人类感情。这几个比赛都是庄严的比赛，任何在比赛上作弊的人都将都到最严厉的惩罚。而这个时代也是神奇宝贝和人类最和谐的时代，强大的小精灵和训练家比比皆是……
后来在漫长的历史中大陆分裂了开来，形成了现在的几块大陆。而随着时间的推移，部分人心中沉睡的恶魔开始觉醒，他们虐待神奇宝贝，把神奇宝贝当成奴隶。接着越来越多的人被影响，虽然他们不像那些人一样把神奇宝贝当成奴隶但也不像原来一样当做朋友、亲人。更多地当成了工具，自己成名的工具。但是神奇宝贝在漫长的历史中已经习惯了听人类的话，即使人类变得不喜爱他们也没有背叛主人的意思。当然，还是有很多人没有变的，他们仍旧喜爱小精灵，把它们当亲人、朋友，再加上联盟有着神兽的支持，任何心地不纯的人都进不了联盟，在联盟的管理下虽然关系不如以前，但小精灵和人类还是相安无事。至于那些虐待小精灵的人，则是联盟的重点打击对象，一经抓到，决不轻饶。
又经过了很多年，那些邪恶的人在联盟的打击下联合了起来，组成了一个个邪恶组织，和联盟对抗着。不过虽然那些训练家与小精灵的关系不如以前，但是大部分都是很厌恶这种组织的，因此他们过得并不好。于是邪恶势力开始往科技方面发展，各种武器相继被开发出来，越来越多的野生小精灵被捕获，虽然联盟倾尽全力打击，但收效甚微。后来联盟也开始研制针对性的科技，那些势力才有所收敛。但是他们已经收够了小精灵，开始往怎样增强小精灵力量方面研究，于是新一波的战斗开始了。而这也是现在世界上的情形。
傍晚，一辉终于到达了红莲岛。在一个偏僻的地方上岸并收回暴鲤龙后，一辉前往小精灵中心与小莲她们汇合。到达小精灵中心后从乔伊小姐她那得知她们都在后院。
“妙娃花，用飞叶快刀。”“胡地，精神光线。”一进后院，小莲与娜姿熟悉的声音就传到了一辉的耳中。院子中众女不是在练习就是在训练，看她们头上的汗水就知道已经训练很久了。一辉并没有进去，而是静静地看着，她们为什么这么刻苦训练一辉也猜得到几分。
“哟，没想到这里有这么多漂亮的小姐，怎么样，要不要跟我一起去看电影啊。”这个世界从来都不会缺少混蛋，特别是这么多美女聚在一起，苍蝇怎么会少得了。但是结果嘛——“妙娃花，阳光烈焰。”“砰！”这个傻X直接被轰飞了。跟着一辉这么久，众女的实力都是很强的。“啊，辉，你什么时候来的。”这个插曲也使得樱花她们发现了一辉。“来了有一会了，其实你们不用这样的。”“可是，我们不想再成为拖油瓶了。”‘说来说去，还是我的实力不行啊。’望着天边的夕阳，一辉心中感叹着……