书院对于考课的规定也很严格，规定官课一次不到者罚扣半月膏火，堂课一次不到者扣五钱膏火。乡试应试时犯规者，扣半月膏火。诗中平仄错讹者，每一字罚银三钱。若有雷同抄袭枪替者，则要逐出书院，永不准其应试。若学生品行不端，荒废学业，亦要逐出书院。
兰山书院的考课及考核组织严密，奖惩分明。考课分官课、堂课两种，每月进行三次考课，官课一次，堂课两次。官课由省城官员出题、考试、阅卷、发奖银，堂课由院长出题、阅卷，书院发奖银。学生的考试成绩分为甲、乙、丙三个等级，当时称作“正课”、“副课”、“外课”，以等次分别给予不同数额的膏火银。经考试甄别分等以后，正课连续列劣等三次者，降为副课，副课连列劣等三次者，降为外课；外课连列三次优等者，升为副课，副课连列三次优等者，升为正课，以此来奖优罚劣，这对促使学生勤于学业具有积极促进作用。兰山书院自创建至清末期间，聘请了不少名人学者主持管理，其中影响较大的有乾隆年间在职的盛元珍、牛运震、张位、吴镇、秦维岳，以及嘉庆时的张澍、咸丰时的吴可读等。该书院曾为甘肃培养出一批举人、进士。其中有一些先后担任山长的饱学之士，均有著述青城书院及匾额问世，如牛运震的《空山堂集》，吴镇的《松花奄集》，张澍的《二酉堂丛书》、《养素堂诗文集》、《五凉旧闻》、《凉州府志备考》等，张国常的《重修皋兰县志》等。这些著述均有较深的学术价值和丰富翔实的地方史料价值。
除兰山书院外，求古书院、五泉书院、皋兰书院也是兰州地区的知名书院。
求古书院原为清光绪前全省武科校内场及学院科考、岁考的处所，即兰州贡院。光绪九年（1883年），陕甘总督谭钟麟始改名为“求古书院”。当时，书院除讲授经、史、词、章外，为适应时代之需，加授算术课程。至清宣统年间，改名存古学堂，1912年，又改办“实业待行社”，其后，丰黎义仓、乐善书局、和通印刷馆、大经织布庄等社会团体均在此开设。
五泉书院建于嘉庆二十四年（1819年），由甘肃布政使屠之申、皋兰致仕翰林秦维岳等人创立，旧址在城关区贤后街东端，是为兰州府立书院，招收生员限于兰州府所属二州、四县。五泉书院为坐北朝南并列三组建筑，依次为牌坊、仪门、照壁、大门、讲堂、退省斋、明道楼、东西厢房，东西两侧为四合院，西院上房山长居住，东院上房兼院居住。著名山长有卢政、马世焘、刘尔炘等。光绪年间曾改为兰州府中学。民国初年为兰山道属驻地，后改为五泉图书馆。皋兰书院创建于道光二十二年（1842年），旧址在今城关区曹家厅，是为皋兰县立。书院坐北朝南，按中轴线由南到北依次为牌坊、照壁、大门、仪门、讲堂、书房，两侧为东斋院、东斋房，西斋院、西斋房。据书院的制度规定，院长必须为举人以上学士，方可延聘。光绪末年，皋兰书院改建为皋兰小学堂。
此外，清道光十一年（1831年），皋兰县青城乡开办了青城书院，创甘肃乡办书院的先例，至清末，兰州地区共建书院10所。
书院教育在我国教育发展历史上的重要作用是无可置疑的，它是中国封建社会中“为读书人讲道论德之所”，长时期内都是国家赖以培养人才的重要场所。但是自鸦片战争之后，书院教育终将无法摆脱衰败的命运，其中的缘由大致有三方面：
第一个方面，是由于书院的教育体制与时代发展的趋势不相一致。鸦片战争前后，资本主义列强的入侵及其“船坚炮利”的严重威胁与“西学东渐”的客观形势，促使了近代维新思想的产生。尤其是“师夷制夷”的口号更成为文化教育界促人深省的最强音。同时，经学学术领域里主张经世致用、革新变法的学说越来越广泛地激荡着封建社会的正统文化。19世纪60年代后，随着洋务运动的兴起，洋务派官员举办洋务，创办各种新式学堂，鼓吹“中体西用”，从一个侧面反映了时代运行的必然趋势。在上述形势下，传统的书院教育无法适应时代演进的需求。当时，无论私办、公办，或规模大小，均以纲常名教、祖宗之法为本，尤其至明清时期，书院教育变成了科举考试的附庸，不仅堵塞了近代自然科学进入书院教育的通道，而且禁止评论时政，成了禁锢人们思想和阻止社会发展的桎梏。因此，书院教育的衰落是历史演进的必然结果。
第二个方面，是清政府的日益腐化，更加速了书院制度的衰落过程。明代以前，书院以私立为原则，清朝以后则以官立为主。但清朝统治的腐败不断扩散到包括书院在内的各个领域。尤其是咸丰、同治时期，由于各种惨重的封建剥削压榨，以及强征苛派之苦，诸多生员学士被迫辍学，致使部分书院名存实亡，有的则因经费得不到保障而自行关闭废弃。至于内部规章制度之混乱和士气学风之败坏，则更是清朝统治政权腐朽性所导致的必然结果。
第三个方面，是书院教育本身存在着日益明显的弊端。晚清的书院教育基本都是只有大小之别，而无递升之制。学院仅以膏火多寡分别学业优劣，而且均以攻读“四书”、“五经”代圣人立言、善作八股文试帖诗而成名，考取功名，所培养的人才仅备封建朝廷之官员及佐吏，并无应时应世之需求，从而反映出书院教育育才方式陈旧的弊端。还有，缺乏统一的体制规范，以及教风士气的日渐败坏，成为书院教育日趋废靡的另一弊端。书院士子的优劣均以有无膏火为准则，其年龄大小无任何限制，有九岁已进学者，也有年逾六十而仍肄业书院者。在晚清世风日下的形势下，治学之制渐趋败坏。出现山长不复讲学，只顾贪图私利；为学者志趣卑陋，常常悠闲滋事。书院的岁需膏银、堂课小课奖银和掌院储金及其他经费，全由当地官府定夺，并无规章可循，因而肄业生员往往利用各种规纪风范的废弛，侥幸取得膏银，在考试中挟卷嬉游，舞弊百出，或随意抄袭，紊乱学规，致使书院教育大雅扫地，这表明膏火制度已变为书院教育的一大弊端。以上各种弊端的日益严重，必然导致各地书院的衰败情况。
清政府在内忧外患、国势日衰的困境中，为改变封建教育的颓废局面，曾多次下发通谕，令各省督抚“严饬地方官兴复书院”、“增设义学”，并“通饬教官务当敬教劝学”。虽然在国势衰败的形势下，一般官员对清廷谕令视若具文，但也有部分官员积极呼吁，力图振兴。其中陕甘总督左宗棠即遵循清廷告诫之意，采取措施，躬行实践，自1866年调任陕甘总督后，即着力于兴复传统的教育事业，使兰州的书院教育一度出现复兴局面。
左宗棠自将官邸移住兰州后，一面极力筹措公款，一面劝令官绅捐廉助学，修兰山书院的房舍，捐养廉银为膏火费，并亲自检查生员作业。责令院长整顿内务，使兰山书院校貌学风为之一新。同时还通令各府州县兴复书院，恢复义学、私塾。于是在全省范围内大规模修葺和新建了五六十所书院，左宗棠还遵照当时书院的章程，亲往兰山等书院，定期主持“官课”，评阅试卷，检查甄别制度，帮助延聘讲习，规定凡甄别合格者，按其品学优次和正课、副课数额，分别发给膏火银及官课、小课奖金，以资鼓励。
左宗棠复兴书院教育的举措，显然属于恢复旧学的范畴。与此同时，他也十分注重农垦蚕桑，倡导实业教育，不断引进和学习西学西艺。这些举措，是洋务派“中体西用”思想体系在教育领域的体现，存在着无法克服的矛盾和缺陷，从而导致了书院制度在当时的历史条件下最终无法得到继续存在和发展。复兴书院在当时特定的历史条件下虽有一定的积极意义，但也无法挽救书院衰落的命运。甲午战争后，变法图强、振兴中华的呼声响彻全国，在维新派的推动下，清廷颁布“明定国是”诏令，尤其“首以兴学为言”，并接连颁发了废除八股、改试策论、开办各级新学堂、派员出国留学、翻译外国书籍等各种法令，同时通令各省州府县，“即将现有之大小书院，一律改为兼习中学西学之学校。”于是原有书院制度便成为众矢之的，兴办近代新式学堂成为众望所归的合法行动。即使曾经反对维新运动的一些守旧官绅也始知“改革为不可缓”的当务之急。在上述形势下，兰州的书院在改建、改设和新学堂创办的过程中逐步被废弃。到了清末，著名的兰山书院和求古书院等或被改设为师范学堂，或被其他实业机构所占用，书院之名从此消失。
在中国古代教育发展史上，作为最基础教育形式的社学、义学以及私学，一般不纳入封建官学制度之内，被视作是地方官学的补充。社学和义学和私学大多设于乡镇村落，是城市儒学、书院教育的补充形式。社学多设在乡村，是由当地绅民捐资创办的地方学校。明、清时，府州县皆立社学。明正德年间，兰州卫指挥同知周璜创设社学；明万历间，庄浪卫城（今永登）及各营堡均有社学，分文社学和武社学两种，设有教读、乡约、老人等教职人员，教读文、武学童。清康熙七年（1668年），甘肃巡抚华善在兰州创建东社学和西社学；乾隆年间，皋兰县龙泉里乡民梁建中、石玉枢等筹建龙泉里塾。社学一般有自己的学田，学生人数也不太多，教学也因时而定，办学方式灵活。例如，乾隆十一年（1746年），皋兰知县阎介年（1671年），按学生的程度，把该县五所社学分为三种类型：蒙馆，收初学的儿童，讲授《四书》、《小学》；经馆，从蒙馆中选拔聪颖学童升入，专治经义文章；文馆，从经馆中选拔可造之才讲授文艺，以便为将来更高一层的深造创造条件。
义学多设在乡镇，是由私人集资或用地方公益资金创办的免费学校。康熙七年（1668年），甘肃巡抚华善在省城兰州的道升巷和贡院巷（今贡元巷）设明伦义学和序贤义学。康熙九年（1670年），金县知县王之鲸捐资创设金县社学。其后其他地区的社学和义学陆续设立。清代在兰州地区创建的义学和社学近40所，其中以道光、光绪年间创建者为多。
义学的教学一般分为两级。第一级以识字、习字为主，是启蒙阶段的教学，教材有《三字经》、《百家姓》、《千字文》、《千家诗》等。第二级是传授儒家经典的初级阶段，教材有《论语》、《孟子》、《孝经》等。学生的流动性很大，大多只求粗识文字，以为谋生之用。少数则升入高一级教育机构，有的则当作科举应试童生进行预备性教育。义学教材从形式上看，多运用故事、名物掌故、谚语、格言、对子、诗歌等体裁，多以简赅的文字，严格的组句，整齐的押韵来表述。在内容上，除了宣传封建伦理道德规范外，还包括历史、自然、生产以及日常生活等方面的知识。
同治末光绪初，陕甘总督左宗棠奏准陕甘两省分闱取士，扩大录取举人名额。倡办义学，刊印书籍，做了许多工作。义学大多以当地庙宇为校舍，其教学程序可大体分为两个阶段：第一阶段为启蒙阶段，主要是让学童认字、写字，教材多为《百家姓》、《三字经》、《千字文》、《幼学琼林》、《龙文鞭影》等启蒙书籍，兼学有关天文、地理、水利农田、算术方面的歌诀。咸丰时，皋兰县苑川义学回族塾师马步青（字云九）将《诗经》中的有关植物名称、典章制度、人物称谓编为骈俪韵语《蛱蝶集》，对学童传授声律、对偶知识。光绪十二年（1886年）刊刻出版，被许多学校选用为教材。第二阶段是教授儒家经典。主要有《论语》、《孟子》、《大学》、《中庸》、《左传》及《御制大诰》等，并学习律令和及冠、婚丧、祭祀等礼节。
私学是民间自发兴起的启蒙教育组织。东汉顺帝时，赵宽在金城郡浩亹县设立私学，教授学生100多名。明清以来一般称私塾。按其设立情况大致可分为五种情形：一是官僚、富绅在家设馆，延聘教师，专教自家弟子甥侄，称“坐馆”、“教馆”。例如，清同治年间，兰州回族举人马世焘被陕甘总督穆图善聘为坐馆塾师，教授其子。二是乡里耆儒在自家住所，或在寺庙、会馆中招收附近学童就读，称“私塾”，亦称“门馆”、“设帐”。清末，刘尔炘在兰州西城巷、山子石斗母宫设帐授徒。三是由巨族大姓筹资设馆以教授本族子弟，称“族塾”。雍正年间，兰州颜家沟颜审源等捐银创立颜氏家塾，教授本族子弟，并置房产、水磨，取租充作家塾经费。四是士人在家自教子弟，称“家塾”。明永乐年间，锦衣卫力士段鸣鹤在兰县段家台寓所设家塾教读子孙。五是乡里村民集资设馆，择师执教，专教本乡村里子弟，称“里塾”。乾隆年间，兰州五泉山梁建中等捐资建龙泉里塾，招收本里子弟五六十人就读，聘塾师1人，由皋兰书院每年支束修银24两。一般私塾的常年费用和塾师的酬金由学童负担，或筹有学田者，以学租辅助之。逢年过节，学童还要给塾师馈赠礼物。
私塾的教学内容，以识字、习字为主。学童的启蒙通用教材主要有《三字经》、《百家姓》、《千字文》、《幼学琼林》等，程度高一些便读四书五经，准备科举考试的再读四书五经的注解，兼习八股文、试帖诗；准备谋取职业的则读杂字书、学习珠算。教学方法一般是由塾师领读，成诵后再由学童反复诵读达到能背诵，教师很少讲解。作文先由属对入手，由字成句，由句成篇，学作八股文。
明清以来，兰州城乡遍布私塾。民国元年（1912年），甘肃省教育司司长马邻翼在兰州创办塾师讲习所，推行改良私塾，至民国七年（1918年），兰州城已建立改良私塾10所，设国文、算术、手工、图画等课。甘肃省巡按使署教育科长邓宗检查督导这些改良私塾，并逐一写出书面评语。但因兰州城乡私塾林立，各私塾大多牢守旧习，改良工作收效甚微。民国十四年（1925年），甘肃省制定《改良私塾法》，对各地塾师进行资格考核。不久，榆中、皋兰、永登三县教育局遵令将当地塾师召集一起，办讲习会，授以教授管理的方法，以期灌输新知识。同年，甘肃实行平民教育详细办法规定，私塾未改良前一律采用千字文为课本之一。其教授有成绩者给予平民良师证书，违者取缔。政府虽多次明令改良、取缔私塾，但城乡仍有设立。民国二十五年（1936年），省府令各地将私塾依照短期小学或普通小学办理，改称改良私塾。其较优秀者改为短期小学或普通小学，此后，多数私塾得到改良，有些私塾转为公办。