阿斯顿在觐见国王之后，会见了中国领事，并将国王安全的消息告诉了他。陈树棠后来从穆麟德那里证实了这个消息。然而，这个令人欣慰的消息引起了一个微妙的问题。中国人有合法的权利保护国王，而国王如今落在了谋反者和日本人手中。如果要避免战争，就必须巧妙地处理这种局面。因此，在12月6日，中国提督派人给国王送去一封信函。金玉均不许信使进宫，明确表示他和他的同僚希望在宫中会见提督和袁世凯。信使把信函留下了，朴泳孝之弟立刻起草并送出了一封复函，重述了金玉均的声明。由于这件事，这封信函的不幸的作者，后来被袁世凯杀掉了。袁世凯接受了这个挑战，率领六百名士兵去见国王。但他也被挡在了门外。
谋反者打算将国王押往江华岛的消息终于泄露出来了，中国与朝鲜的保守派们必须采取行动阻止这件事。袁世凯打算发起全面的进攻，他设法劝说上司们赞同他的意见。下午两点半钟，攻击开始了。在当时，以及在接下来的谈判中，争论的主要焦点在于：是谁开了第一枪？金玉均记载道：
两点半钟，有人交给竹添一封信。他还没有来得及拆开，我们就听到了混乱的枪声。有人报告中国军队正在从东南方冲进来，整个王宫随即乱成一团。[金玉均日记，第465页。]
他对这个问题避而不谈，但日本人在竹添给朝鲜政府的文件中，以及伊藤伯爵[即伊藤博文（1841—1909年），日本近代政治家，日本首任内阁首相，一贯奉行对外扩张政策，甲午战争的积极鼓动者。]发表于天津谈判时的声明中，明确指出是中国人先对日本守备部队开火。另一方面，中国人与朝鲜国王则坚持说，先开火的是日本人。袁世凯的传记《容庵弟子记》中写道：
公先遣随员陈长庆持名简导引于队前，如日兵询问，请会见竹添询商办法。既入宫，行数武，内开枪迎击。公令将士猛进，还攻至王居之景祐宫前门，门早闭，排闼入。[《中日战争》第二卷，第252页。]
孚特对此问题一无所言，而阿斯顿认为先开火的是宫墙内的朝鲜官兵。一位独立观察家，即年轻的艾伦，赞同他的说法。
真正的真相永远没人知晓。由于宫外的中国人和朝鲜人人数众多，几达四千五百人，而宫墙内的日本守备队只有两个连，这似乎意味着中国提督有足够的自信发起攻击；但事实上，他是个摇摆不定的人，害怕承担责任。战斗一旦开始，就有蔓延到该国其他部分的危险，最终会升级为中国和日本之间的国际争端。他还是一个懦夫。他没有胆量率领主力参加这次猛攻。他将任务交给袁世凯，而他和副手指挥左右两翼。当被围的日本人发起反击时，这位提督被恐惧击倒了，只得由两名士兵抬下火线。转而考察一下日本人所面临的局面，他们也有开火的理由；他们被一支大部队包围，这足以使他们铤而走险，不惜任何代价，杀开一条出路，尤其是因为他们的计划是要将国王押往仁川。然而，双方的意见都不一致。袁世凯是最好战的，他急于结束这件事情。而在亲日派中，有些人不顾眼前的局势，仍然赞成将国王押往仁川，但日本公使不肯继续执行这个计划，他已经意识到局势的无奈了。他急于缩回去，在还有机会减少损失的时候。
袁世凯继续围攻，从两点半打到日落，但进展很小。提督亲自指挥的那一翼溃败了，因为他带了一个不好的头，而其副手指挥的另一翼躲在宫墙之下，没有射出一颗子弹。宫内一片惊慌与混乱。亲日派领袖们只顾得上自保，于是王妃与太子抓住机会逃到了中国军营。国王想跟着逃往中国军营，好几次表明了他的意思，但金玉均及其同僚自然不会让他这么做。终于，在夜幕降临后，战斗暂时平息了。
12月7日黎明，竹添决定冲出王宫，坚持要谋反者们将国王护送至中国军营，其理由是：他和他的守备队是来保护国王的，而不是来将国王置于危险境地的。他说：“我要撤了，为将来打算。”金玉均问道：“没有我们，你如何为将来打算？”日本公使听了此话，答道：“我会带上你和你的同僚。”[金玉均日记，第466页。]
诡计多端的邮政总办洪英植将国王护送到小王宫北面的一所寺庙，中国士兵在那里遇见了他们。洪英植立刻被处死了。与此同时，日本人和金玉均等亲日派领袖一路奔杀，到了仁川，在那里登上一艘日本班轮，乘轮船前往日本。三日危机就这样结束了。
接下来，国王召见大臣们，重组中央政府，恢复外交关系。他向东京派了一个代表团商讨问题，也向北京派了一个代表团，为后者帮助自己排除了日本的干涉而致谢。去北京的代表团带了十万两白银，为王妃采买奢侈品，而袁世凯不得不向中国老板借钱，来支助在政变中牺牲的大臣和军队指挥官的家人。袁世凯对这种铺张浪费说了一句气话：“是无心肝，不亡何待！”[《容庵弟子记》，载《中日战争》第二卷，第254页。]
在为期几天的危机中，袁世凯昼夜不分地连续工作。他虽然还只有二十五岁，但其传记中说：“发为半白。”[《容庵弟子记》，同上，第254页。]张謇此时已回到中国，在给袁世凯一位亲戚的信函中针对袁世凯对局势的处理做了如下评论：
慰廷任事非不勇，治事非不勤；而时时杂以世故、客气之习，故举动辄不胜有识之求，而其材固公家谢幼度也；方戌乱国，幸属慎之。[《张季子九录》，载《中日战争》第二卷，第315页。]
汉城的百姓却没有这么挑剔，树了一块石碑，记载他的功绩。
这次政变由两份条约的签署而告结束，即《朝日汉城条约》和《中日天津条约》。谈判从1885年1月7日开始，于两天后结束，主要在三个方面达成协议：
（1）朝鲜政府要向日本正式道歉。
（2）朝鲜政府同意向日本支付赔款，赔偿在朝日侨和日本公使馆建筑物蒙受的损失。
（3）公使馆守备队要增加到一千人。
这个条约只涉及这次危机的直接后果。其更广泛的牵涉必须由中、日两国来商定。伊藤
伯爵和西乡从道[日本明治时期的将领，近代日本海军的首位元帅，中日甲午战争期间任海军大臣。其兄为明治维新三杰之一的西乡隆盛。]到了天津，伊藤与李鸿章开始了一系列谈判，会谈从4月3日延续到4月15日。大部分时间为一些相关问题的争论所占用，如国王给竹添信函的真实性，以及究竟是谁先开火。最终，双方于4月18日签署了一份包含三个条款的条约，中国与日本同意在四个月内撤走双方驻扎在朝鲜的所有军队和守备队；敦促朝鲜国王改革其国防力量；双方在认为有必要向朝鲜派兵时要互相知会。最后一条自然是最重要的，因为它将朝鲜置于中国和日本的“共同宗主权”之下。正是伊藤取得的这一完全胜利，导致李鸿章在条约签署之后立刻向中国皇帝奏报：
此日使[伊藤]乃强干之政客，曾旅欧美，注重其竞争实力。此时其无意于开启衅端，仅决意推行商业扩张之策，以图富国强民。十年之内，日本必将成为强国，现虽不甚堪虞，但必将为我国之大患。[《李文忠公全书》，“寄译署”，卷十七，第8页下栏，1885年4月19日。（此段文字未见于李鸿章当日的奏疏和电稿，不知引文所自何出。——译注）]
《中日天津条约》的谈判和签署，正值中国战败于法国之时，其国际威望降至新的最低点。毫不奇怪，朝鲜会从其他方面寻求帮助，以维持国内权力的平衡与一时的安定。亲中的闵妃党现在通过穆麟德与沙皇俄国暗通款曲，指望得到俄国对朝鲜的保护。李鸿章听到这个消息，觉得应该立即重新考虑自己的对朝政策。于是袁世凯被召到天津议事。根据袁世凯的提议，冯·穆麟德被解聘了，在他的职位上安排了两个美国人：墨贤理（H.F.Merrill）负责关税，德尼（O.N.Denny）充当国王的政治顾问。李鸿章和袁世凯还一致同意释放大院君，那个被囚禁在天津附近的老王子，因为李鸿章与中国朝廷现在都相信了大院君的忠诚，以及针对闵妃党培植反对派的必要性。李鸿章终于明白了，他必须派一个能人前往朝鲜，去执行已经重新定向的政策，去挽回中国由于按照《中日天津条约》撤兵而失去的影响力。袁世凯是唯一的选择，因为他具有所需的知识、门路和才干。李鸿章征得了袁世凯对这个任命的同意，于1885年9月6日向满人皇帝上奏：
中国驻朝通商委员即系坐探国政大员……袁世凯两次带兵救护朝王，屡立战功，该君王士民深为敬佩；才识开展，明敏忠亮……与其执政金允植、金炳始等均莫逆之交。……陈树棠充通商委员，各使均鄙为不得与领事同品，平日宴会、应接，卑亢俱难，似宜援照俗例，改设总领事，亦不至有损国体。[《中日战争》第二卷，第48—49页。]
皇帝很快就批准了这个提议，袁世凯又一次启程前往朝鲜，但只有一个三品通商委员的空头衔，其品级相当于道员。他于1885年10月5日和两名同行者一起抵达汉城，其一是大院君，另一个则是唐绍仪——此人先前为冯·穆麟德的助理，现在成了袁世凯的助理。唐绍仪曾在美国接受教育，他的英语知识和勇气曾在政变期间表现出来，这就是袁世凯举荐他担任这一职务的原因。
没有皇室成员来迎接在位国王之父的回国。汉城的氛围充满了对他的忧惧与敌意。他刚在仁川登陆，其最信任的一名助手就被毒害了，其余两名助手被王妃下令处死。这次返回汉城标志着袁世凯和其战友闵泳翊之间出现了第一道裂痕，后者现在是朝鲜王宫卫队的总司令，是闵妃党的领袖人物。
在汉城接待袁世凯的人们当中，没有人比新任美国公使福久（G. C. Foulk）更为吃惊。他事先已经得知这项“重要的”任命，知道袁世凯是一个“朝气蓬勃的年轻人”。[佛尔克致国务卿，1885年10月15日。]但是，当唐绍仪去拜访他，递上袁世凯的拜帖时，他大为震惊。因为拜帖上写着“H.I.C.M. Resident， Seoul”（大清国常驻汉城商务委员）。
袁世凯的同时代人似乎已经广义地理解了“resident”（这个单词有“常驻代表”、“总督”、“行政官”之意）这一翻译的头衔。朗佛德（J. H. Longford）在其《朝鲜故事》中说明了这一点：
袁世凯，李鸿章的副手，其才干与机敏比其上司差不了多少，甚至毫不逊色，如今待在京城里，不再是一名委员，而是行政官，一个半总督式的官职，他是事实上的朝鲜国王。没有跟他商量，什么也做不了；没有他的批准，什么也做不成。[第327，斜体字系作者所为。]
著名的帕特南·威尔（Putnam Weale）于1918年在《在中国为共和而战》（Fight for the Republic in China）中记载道：
袁世凯已去天津当面向李鸿章报告，于1885年10月以帝国总督的身份耀武扬威地重返汉城。[第19，斜体字系作者所为。]
但是福久不喜欢这个头衔，于是通过外交渠道向李鸿章要求澄清。李鸿章答复道：
至其国政，凡与大局有关系者，则中国不得不派员往驻，就近咨商，以期妥协而防流弊。是以钦奉谕旨，派员驻扎朝鲜办理事务，原与出使各与国名目均有不同。现派驻朝鲜之升用道员袁世凯即系奉旨饬派者，其职任虽不便显分二等、三等公使等职，而其应有之权利，实与驻朝各国公使大臣权位相等。[中日战争》第二卷，第86页。]
中国要为这个职位选择一个恰当的称号，明显遇到了困难。作为宗主国，她不能任命一位公使，也不能贸然派一名行政官，因为中国已反复宣称了采取不干涉朝鲜国内事务的政策。从前派驻总领事的做法是明显的失败。于是将袁世凯派驻汉城，表面上是商务专员，实际上是一名政治代表，正如朗佛德和帕特南·威尔的观察所表明的那样。这一点，也被后来的事件证实了。
袁世凯到来之前，已经有流言说，那场政变的领导人金玉均正率领一支日本远征军返回朝鲜。人们认为这个故事是闵妃党编出来的，因为该党知道，大院君和金玉均都憎恨他们，他们担心这两派对头联起手来。这个流言一直持续到年底，以致中国、英国和美国将炮船派到仁川，但什么都没有发生。袁世凯的到达与俄国代办韦贝（K.I.Waeber）的到来不谋而合，并与俄、朝两国签署一份秘密协议的消息撞在了一起。于是袁世凯没过多久便向国王提交了一篇文牍，题为《论背叛》。这篇文章之所以称为“文牍”，而非“照会”或“奏疏”，本身就是很有趣的事情。在这篇“文牍”中，袁世凯详细地解释了中国对朝鲜宽宏大量的政策。作为朝鲜的近邻，中国在任何情况下都不会逃避保卫朝鲜的责任，而与此同时，她也不想侵犯朝鲜的自主权。一旦朝鲜处于俄国或日本的保护之下，国王就不再享有如此宽泛的主权了。于是他进一步提议结束与俄国结盟的任何企图，并通过暗杀悄悄地将叛国者金玉均清除掉。国王谦恭有礼地接受了这份“文牍”。
朝鲜宫廷与官场的腐败与阴谋仍在继续。李鸿章和袁世凯打算阻止朝鲜摆脱中国控制的倾向，其手段是在大院君的帮助下，肃清朝鲜政府中的不良分子。但是，自从回国之后，这位王子的羽翼被削，不得不过着半退休的生活。袁世凯也设法将其亲信金允植安插为外部大臣。这件事办成了，但是不久之后，在1886年6月，金允植突然被革去职务。针对闵妃党培植反对派的策略毫无成果，这不禁令人联想到日本过去的做法，多少觉得有些滑稽。
另一方面，闵妃党继续与俄国“调情”。韦贝身在汉城，冯·穆麟德被解聘后仍然长期留任，闵妃党成员频繁访问圣彼得堡，打算继续与俄国对送秋波，这些事情很快就暴露出来了。1886年8月13日，袁世凯用电报给李鸿章发去一份秘密文件：
敝邦偏在一隅，虽独立自主，而终未免受辖他国，我大君主深为耻闷。今欲力加振兴，悉改前制，永不受他国辖制，唯不免所有忧忌。敝邦与贵国睦谊尤笃，有唇齿之势，与他自别。深望贵大臣禀告贵政府，协力默允，竭力保护，永远勿违。我大君主与天下各国一律平行，或他国有所未叶，望贵国派兵舰相助，期以妥当。[袁道来电，1886年8月13日（光绪十二年七月十四日——译注），《李文忠公全书》，海军函稿，卷二，第72页。]
大朝鲜开国四百九十五年丙戌七月十日
奉敕内务总理大臣致大俄国钦命大臣阁下
（大朝鲜王国印）