当然，分析一下这些反对者，也不全是出于公心。有不少是出于妒忌，见人家张居正的改革出现成效了，受到老百姓的爱戴了，皇上也越来越信任了，心里就不舒服，就想捣蛋，搞破坏；还有的糊里糊涂，没有大局观，只知道改革中有些地方不尽人意，有失误纰漏，却不知改革的大方向是对的，在那里抓着一些小毛病不放，还将矛头对准到张居正头上，实在讨厌。比如，人家张居正在江陵城东建造张太师府第，历时三年，耗资二十多万两，而张居正自己拿出来的钱不到十分之一。这其中肯定有问题，谁都不否认。但皇上万历不但亲自为张居正的府第题了词，还掏皇宫的腰包为张居正报销了一部分基建款－－皇上都这样了，你其他人还有意见干吗？再说，人家堂堂的张元辅，住得宽敞一点、舒服一点、气派一点有什么？难道还要求人家跟你一般草民住得一样不成？
首先出来反对张居正的是南京户科给事中余懋学。
余懋学这人在学识方面没有自己的系统，只知道跟前人一样，在文章里含沙射影，说张居正是“佞臣”，又没有什么铁的证据，只是说考成法不好，不利于官员们积极主动地工作，增加了他们的负担。这使张居正很恼火，说：“一个小小的给事中，居然敢对我的考成法有意见！什么叫增加了负担？跟以前一样，吃大锅饭、不干实事、夸夸其谈，这倒没有负担，可你对得起百姓，对得起皇上吗？这样的人也当上了给事中，真是可笑！”于是上书皇上，说余懋学攻击考成法，思想保守，不思进取，不适合在给事中的职务上工作，请皇上考虑另行安排工作。
晚上，万历看了张居正的报告，沉思了半天，提起笔，在报告上写道：“已阅，同意张元辅的意见。余懋学不思朝廷励精图治之意，反而跟朝廷作对，要求退到以前的老路上去，在这个瞬息万变的时代，在这个信息社会，实在不合时宜，也不能担当起朕交付的重任，现革职为民，永不录用。”
写完批示，万历披了件龙袍，叫小宫女把火拨得旺些，坐在火边有沉思了片刻，若有所思地对老猫说：“猫啊猫，张先生要处罚余懋学是为公还是为私？”不等老猫说什么，又自己回答说：“哼，我看，一半为公一半为私，倒是私心还重些。”
可开除余懋学并没有把所有人都震住，很多对张居正的新政不满的人依然前仆后继地跟张居正作对。
万历三年，河南道御史傅应祯跳了出来，给万历写了封奏疏。这家伙胆子太大，不但连张居正给骂了进去，连万历皇帝也骂了。他在奏疏里主要有“三不足”的说法，即：天变不足畏、祖宗不足法、人言不足恤，说皇上受到张居正的蒙蔽了，不知道什么是真理了，忘记祖宗的教训了，要求给余懋学平反。万历看了奏章大怒，说：“我被蒙蔽了？我是皇上还会被蒙蔽？就算蒙蔽了，也轮不到你来说！我有没有被蒙蔽，要由历史来说话，要由实践来说话！”将傅应祯的奏章扔在地上，说：“锦衣卫把这鸟人给抓起来好好审问，我看这事不那么简单，让他说还有那些对我和张先生不满的人，我要一个个收拾。”
于是锦衣卫将傅应祯抓进去狠狠收拾了一顿，打得他终身残废。万历怒气未消，又把他发配到了浙江充军才算解恨。
但傅应祯刚刚充军一个月，又一个不怕死的人跳了出来。他就是傅应祯的老乡，巡按辽东御史刘台。刘台写了长达五千字的奏疏，直截了当地弹劾张居正，使反对新政的潮流达到顶点。除了把傅应祯的三不足又详细、全面地论述了一番后，刘台着重讲了张居正“擅作威福”，得意忘形，不把皇上放在眼里。刘台说张居正：
一，为了讨好皇上，献什么白燕、白莲，使天下老百姓嘲笑；
二，不管国家的土地政策，以权谋私，为自己选了好多良田豪宅；
三，到处开后门，搞裙带关系，提拔自己的老乡和门生，使人民群众很有意见；
四，进内阁没几年，就有了超乎想象的财富，听说还想参加什么全球富豪榜的评选，请问，这些钱都是从哪里来的？
五，他的子弟有什么功劳，凭什么可以当上高级干部？
等等。
刘台这奏疏一上去，有拍手叫好的，有暗中窃笑的，有怒火中烧的，有大发雷霆的，热闹得很。张居正刚刚听到这个消息时，气得半天说不出话来。好半晌，才说了一句：“好，好，算你刘台狠！”说完，又开始喘气。
喘了半天的气，张居正站了起来，要出去。他夫人忙拉住他，说：“你歇歇，等气平一些再走。这样出去，当心路上心脏病发作。”
张居正说：“我再不去皇上那儿说清楚，心脏病才要犯呢！”
夫人说：“那你带两颗药走，以防万一。”还没说完，张居正早不见了。
来到万历那儿，万历正在处理这件事。
张居正说：“皇上，我……”话未说完，眼泪先掉了下来。
万历忙说：“先生何至于此？”
张居正一边擦眼泪，一边说：“我张居正一心为国，想不到受到这样不公正的待遇！他们这样说我，我还有什么脸待下去？”
万历说：“先生不要急，我早有主意了。”
张居正马上止住眼泪，看着万历。万历微微一笑，说：“先生不用气愤，我已叫锦衣卫的把这刘台给抓起来了。我岂容他肆意攻击新政、诬陷先生？”
张居正这才放下心来。但还是做了做样子，说：“皇上，不管怎样，我是不干这个元辅了，工作辛苦不说，还得罪人，吃力不讨好。”
万历忙说：“先生怎么可以出这样的话？朝廷怎么离得开你呢？”
张居正这才没说什么。
过了会，张居正见没什么事了，便将话岔开，夸万历的老猫说：“一段时间没见到陛下的猫，现在越发精神了。”
万历便摸着老猫，笑着说：“它倒是对我很衷心，就是有时候不大讲卫生，在宫里随意大小便，害得宫女们一天要打扫好几次。”
张居正说：“人无完人，猫无完猫，只要衷心就好，有些小毛病倒不要紧的。”
万历说：“张先生说得是。”
又说了一会闲话，张居正告辞回去了。
可第二天，由于朝中有人说了些怪话，讽刺张居正是又要当****又要立牌坊。张居正又受了刺激，很不高兴，又向万历提出了辞职申请。
张居正辞职时在朝中当众大哭，眼泪鼻涕的，一点风度都没有。这使很多本来崇拜他的宫女很失望，没想到自己心目中的偶像会是这样的。有宫女看到后，回到后宫就将私下保存的张居正的画像给撕了，对闺中密友说：“以后我再也不相信这些公众人物了。”
张居正哭得很厉害，浑身发颤，匍匐不起。搞得大家都很尴尬。万历劝了半天没有效果，只好走下龙椅，亲自将张居正扶起，安慰说：“张先生你大人不计小人过，我为你好好惩罚这些胡说八道的家伙就是了。”
张居正抽泣着说：“算了，皇上，哀莫大于心死，我算想通了，人生本不过就是在苦难与痛苦之间反复折磨，遭受俗人的污辱，没有什么意思的，我还是辞职的好。”
万历摆手说：“不要，先生千万不要这么悲观。”
张居正摇头，说：“皇上，你让我还是走吧。”说完又大哭，搞得万历也没有办法。
等退了朝，万历把张居正劝走，一个在的时候，坐在水池前又开始发呆。发了半天呆，站了起来，说：“聪明，真聪明，以退为进，好主意！”
搞得老猫莫名其妙，不知他在说什么。
过了几天，张居正还是不肯上班，万历没有办法了，对老猫说：“麻烦了，张居正这家伙还当真了！”在后宫里走来走去，想了半天，说：“请他，还是不请他？这是个问题。”想了半天，还是决定派司礼监的太监去慰问。
司礼监的太监拿着万历的亲笔信，到了张居正的住宅，见到张居正，就尖着嗓子说：“啊呀，张大人，好久不见，近来可好？”
张居正忙和他握了手，让进里屋，说：“好什么呀，心情郁闷得很。”
司礼监太监就说：“不要郁闷，跟那些不懂事的小臣们有什么好动气的？瞧，皇上见你好几天没有去上班，今天特地让我来看看你。张大人啊，皇上对你可真是没说的。”
张居正就笑，说：“臣何德何能，敢劳皇上万金之体惦记？对了，冯公公近来可好？”
司礼监太监说：“冯公公安好。”
张居正说：“代我向他问好。”又说：“公公今天来了，就不要走了，在这里吃顿便饭，前不久有同事从云南带了些野生狸肉，味道不错。”
司礼监太监笑着说：“那就打搅张大人了。”
张居正一拍他的肩，说：“公公还说这些客气话！”
吃着狸肉，司礼监太监就说：“皇上给了我一份圣旨，大人你自己看看吧。”
张居正忙接过圣旨，上面写：
“先帝以朕幼小，付托与先生，先生尽赤忠以辅佐朕，不辞劳，不避怨，不居功，皇天后土祖宗必共鉴知。独此畜物为党丧心，狂发悖言，动摇社稷，自有祖宗法度，先生不必如此介意，只思先帝顾命，朕所依任，保安社稷为重，即出辅理。特赐烧割一分，手盒二副，长春酒十瓶，用示眷怀。先生其佩乘之，慎勿再辞。”
张居正看完，像小孩子一样，“哇”地一声哭起来，边哭，边说：“公公，皇上对臣实在太好了！臣实在无以报，只有鞠躬尽瘁，粉身碎骨来报答皇上的恩情。”
司礼监太监忙抚着张居正的肩头，附在张居正耳边，轻言细语地安慰说：“张大人不要这样，你知道皇上对你的心意就好。”样子极其温柔。
知道的是在安慰张居正，不知道的还以为两人在搞同性恋。
回去后，司礼监太监将张居正的反应汇报给了皇上。
万历笑了笑，说：“这人也跟小孩子一样，需要哄的。”又叹口气，说：“我这皇帝也不是那么好当，又要搞平衡，又要使新政推进，还要当保姆一样哄人开心，苦啊！”
第二天，张居正开始上班。万历见了他，又安慰几句，然后跟他讨论起最近的事情来。
至于刘台，锦衣卫将他抓进去以后，狠命拷打，想从他的口中问出点什么来。可这刘台倒也硬气，坚决不承认自己有什么阴谋，只说自己对皇上一片衷心。锦衣卫在拷打他的时候，他也不哇哇乱叫，而是说：“皇上万岁！皇上万岁！”他一叫皇上万岁，锦衣卫们也不得不跟着叫一句，搞得锦衣卫们很不开心，下手更重，说：“皇上万岁也是你这样的人喊得的？”
本来万历在处理刘台时，准备将他当众打屁股后流放外地的，可张居正倒不同意了，说：“皇上应该显得大方些，不要处罚他了，好让天下人也知道皇上的仁慈大量。”
万历说：“可不惩罚他，怎么对得起先生你？”
张居正摆摆手，不在意地说：“算了，皇上，以天下为重。”
万历说：“那就按先生说的，不惩罚他了，只将他开除出干部队伍，由他自生自灭吧。”
所有人都不明白张居正为什么要这样做。回到家，夫人说：“大人，你为什么不好好惩治一下刘台这厮？这可是个好机会啊。”
张居正说：“你们懂什么？你们以为我不想整他？只是这里面复杂得很。我要是做得太过火，人家会有闲话。凡事都要适时而可。我这次给他留条生路，人家都会觉得我张居正气量大，能容人，我以后也好在别人面前说话了。”
夫人用敬佩的眼光看着他，说：“大人，我越来越崇拜你了。没想到这里会有这么多的学问。”
张居正说：“当然，你以为政治是每个人都能玩的啊？”