早在1954年8月，饶宗颐先生就参观了藤井有邻馆，对其所藏敦煌文书作了考察，发表了《京都藤井氏有邻馆藏敦煌残卷纪略》一文，对该馆的藏品、特点、敦煌遗书的来源等作了介绍。据饶先生说，当年有邻馆藏卷有一目录，其首题为“何彦昇秋辇中丞藏敦煌石室唐人秘笈六十六种”，由此可知，“藤井君所得者，即何氏旧物”。“何彦昇于宣统二年（1910年）官甘肃藩司，代理巡抚，当其任内，适学部咨陕甘总督调取敦煌经卷，着何氏收购到京。抵京后何氏先交其子鬯威。时官中册数，报有卷数而无名称及行款字数，故一卷得分为二三，以符报清册之数。何鬯威为李木斋盛铎之女婿，故菁英多归李氏及何氏”。
90年代初，大陆学者荣新江、陈国灿、施萍婷诸先生参观考察了有邻馆。陈国灿先生说，有邻馆的“不少文书上都有收藏家朱印，多者有三种，一为‘何彦异家藏唐人秘笈’印，二为‘合肥孔氏珍藏，印，三是李盛铎的’德化李氏凡将阁珍藏‘印。从三印看，似有部分文书原为合肥孔氏收藏，继尔转入何彦昇，后又归于李盛铎凡将阁。1935年李氏死，此后不久这批文书便转卖给了日本有邻馆，这在1938年8月4日之《读卖新闻》上曾报道了这一经过”。
陈国灿和施萍婷先生都编制了有邻馆所藏敦煌遗书目录，共60号。从其目录看，有邻馆所藏敦煌社会经济文书，以长行马文书最多。其中不乏珍品，如第60号“唐敦煌杂写一卷”内有“旌节文德元年十月十五日午时人沙州，押节大夫宋光庭，副使朔方押牙康元诚上下廿人。十月十九日中馆设后，廿日送”。文中的宋光庭即P·2913《张淮深墓志铭》中提到的“中使宋光廷”。荣新江先生已利用这一记载，探明了唐朝授予沙州归义军节度使张淮深旌节的年代，解决了归义军政治史上的一大疑难问题。另如第15号文书《唐金满县牒上孔目司为开元十六年税钱事》是存世极少的唐北庭都护府所属金满县的文书。原件共存5行，上有“金满县印”，内有“合当县管百姓行客兴胡总壹阡柒伯陆拾人”，它把百姓、行客、兴胡列举为当县所管人口的三个组成部分，对我们更进一步探讨唐西北地区的民族关系及地方行政管理，具有一定的启发。
5．三井文库
三井文库正式创立于1918年，其前身是“三井家编纂室”。第二次世界大战期间，因遭空袭而转移、关闭，1965年重设。1985年，三井文库接受三井家（包括北三井家、新町三井家、南三井家）捐赠的文物和大量邮票。为了保管、研究以及展览这些文物，在三井文库院内，新建了别馆。敦煌文书原为北三井家收藏，随着1985年的捐赠也归人了三井文库别馆。
三井文库所藏敦煌遗书，施萍婷先生1989年至1991年在日本时，与三井文库的同行逐件登记了这些写卷，回国后整理发表了《日本公私收藏敦煌遗书叙录（一）——三井文库所藏敦煌遗书》一文，共著录敦煌遗书112件，每件都注明其名称、首尾题、抄录题记，并说明其纸数、尺寸、印鉴、纸背文字等。
据施先生介绍，这112件敦煌遗书全部是原北三井家收藏的。另外，新町三井家也收藏有敦煌写经，这批宝物现在何处，尚不得而知。
6．唐招提寺
唐招提寺是唐代东渡日本的高僧鉴真和尚的住寺，也是现今日本律宗的本山，在中日佛教界都很有名。据现有资料所知，唐招提寺藏有敦煌遗书20多卷。王三庆先生在《日本所见敦煌写卷目录提要（一）》中编写了“唐招提寺藏敦煌写经”，共著录了27件写本，并作了提要。施萍婷先生在《日本公私收藏敦煌遗书叙录（二）》中也编写了“唐招提寺藏敦煌写经”，共著录了28件写本，比王三庆著录的多一件。其中1号—17号是她本人于1989年11月在唐招提寺所亲见。18号～28号是据东洋文库所藏照片编制的。有此二目，我们就可以略知唐招提寺所藏敦煌写本的大致情况了。
7．大谷大学
位于京都的大谷大学图书馆，也藏有部分敦煌写本，据目前情况所知，共38件。其中34件是东本愿寺前法主句佛上人捐赠的，3件是句佛上人之弟、后任大谷大学校长的大谷莹诚购自李盛铎的，1件是原大谷大学教授舟桥水哉三舟文库旧藏。1929年出版的《昭和法宝总目录》中，收有《大谷大学图书馆所藏敦煌遗书目录》，共著录34件，即句佛上人捐赠品。1962年出版的《敦煌遗书总目索引》中，在散录部分著录了34件藏卷，编号为散0705号—0738号。王三庆先生在《日本所见敦煌写卷目录提要（一）》中，根据其考察所得，编制了“大谷大学所藏敦煌写经”之提要，其中前34件依据《敦煌遗书总目索引》的顺序编写，由此可以了解大谷大学所藏敦煌遗书的简单情况。另外，1965年出版的野上俊静编《大谷大学所藏敦煌古写经》和1972年出版的该书《续编》，刊布了其所藏38件文书的图版。遗憾的是有些文书的图版不全，只收首尾两张照片。
8．宁乐美术馆
位于奈良的宁乐美术馆，也收藏有一些敦煌吐鲁番文书，其中以蒲昌府文书最为有名，它包在一个很大的锦缎书函内，函外书套上题“唐蒲昌府都督府官文残牒册”。函内有伯希和法文题跋二纸，并附有不知名者的汉译文。
这批文书原为上海收藏家顾鳌（字巨六）所有。1936年日本举办太平洋博览会，顾巨六便托人将这批文书带到日本，求售善价，当时恰好金祖同寓居日本，便将文书拍摄照片，于1939年在《说文月刊》1卷5期和6期上发表《唐开元二年西州屯戍烽燧残牒跋》，向国内介绍了这批文书。1939年，文书又转为张石园收藏。1940年，这批文书便成为刚刚开馆的宁乐美术馆的藏品了。
陈国灿、荣新江、施萍婷诸先生都考察过宁乐美术馆的藏品，陈国灿先生还为其编了简目，共95号，发表于《魏晋南北朝隋唐史资料》13辑上。随后，陈国灿先生又接受宁乐美术馆馆长中村准佑先生的委托，对其所藏吐鲁番文书作了全面整理，完成了《日本宁乐美术馆藏吐鲁番文书》，由文物出版社于1997年10月出版。该书将宁乐美术馆所藏156片吐鲁番文书作了全面探讨，将其中的110片缀合为82件录文，采用上图下文的形式刊布。余下的46片属细小残片，存字甚少，或读不成文，因此只将图版发表，未作录文。
该书是对宁乐美术馆藏吐鲁番文书首次最全面的整理、刊布，为推动敦煌吐鲁番学的发展提供了资料。从其刊布的文书可知，宁乐美术馆所藏吐鲁番文书以唐开元二年的蒲昌府文书为主体。除宁乐美术馆的藏品外，京都桥本关雪藏有蒲昌府文书3件，日比野丈夫在1973年《东方学报》第45册上也介绍了他新获见的21片蒲昌府文书。日本所藏的这批蒲昌府文书，可与我国辽宁省档案馆所藏的5件蒲昌府文书相拼接。
9．静嘉堂文库
静嘉堂是日本三菱财团第二代社长岩崎弥之助于1892年创建的，它以收购日本、中国的流散古籍和文物为目的。静嘉堂文库藏有许多珍贵的汉、日文古籍以及美术品，其收藏的吐鲁番资料，外界知者甚少，国内学者更是不得其详。1990年11月，荣新江先生走访了静嘉堂，详阅了其所藏的吐鲁番文书，随后在1992年北京房山国际敦煌学讨论会上提交了《静嘉堂文库藏吐鲁番资料简介》一文。由荣氏此文可知，静嘉堂的吐鲁番文书是1935年前后由岩崎小弥太在日本购自某个中国书商。写本较残，购入时已装裱成折本形式的8册，主要是佛典断片。
10．天理图书馆
日本天理大学附属的天理图书馆，建立于1930年，第二次世界大战后，由于经济问题，一些图书馆和收藏家相继出售所藏敦煌吐鲁番文书，而天理图书馆却着力收集。由于天理图书馆的敦煌吐鲁番文书主要是从旧书市场上收集的，因此其来历比较复杂，且多为散卷。其特点是张大千的旧藏品相对集中地入藏该馆。
由于台北的中国文化大学与日本天理大学缔结为姐妹学校，中国文化大学的王三庆先生作为交换教授于1986年至1987年赴日一年。其授课之余，以阅读汉文小说和敦煌文物为主，并重点考察了天理图书馆所藏敦煌文书。除发表一些专题论文外，王先生还对天理图书馆所藏敦煌文书进行了详细考察，完成了《日本天理大学图书馆典藏之敦煌写卷》。他按已装裱的册子和卷轴为单位，对每种文献的名称、起讫字句、题记、印章、今人跋语等都作了详细著录，并对这些文献的来源、分类、学术价值作了说明。
除以上介绍外，日本还有一些零星的收藏，如日本国立国会图书馆、九州大学文学部、法隆寺等都收藏有数量不等的敦煌吐鲁番文书。