日本收藏敦煌吐鲁番文书数量最多者，当推京都的龙谷大学。由于这批文献来自大谷探险队而习惯上称之为“大谷文书”。随着大谷光瑞辞去法主职务，虽然一部分敦煌吐鲁番文书流散出来，但大部分还是收藏在西本愿寺的书库中。1948年10月大谷光瑞去世后，在西本愿寺整理其遗物时，从仓库中发现了两个大木箱，上有“大连关东别院光寿会”字样，其中装有大谷探险队所获敦煌吐鲁番文书、木简、绢画等。1949年春，按照大谷光照门主“希望对古文书进行综合性调查研究”的嘱咐，将这批材料移交给西本愿寺办的龙谷大学图书馆保存。为此，龙谷大学图书馆于1966年建成了专门收藏珍贵图书的书库——“龙谷藏”。“龙谷藏”室内有三大柜，每柜从上到下有若干小抽屉，按顺序每个屉内放有文书，它们都是按一件或数件装入玻璃纸袋后，再装入牛皮纸袋的，藏室安全干燥。现在“龙谷藏”中的大谷文书，已全部附上了整理号码，即从1001号～8147号，这中间还有若干空号。全部文书分为五组：第一组是汉文及回鹘文资料，编号为1001号—5840号；第二组是藏文书写的残片，编号为6001号—6070号（5841号～6000号为空号）；第三组文书全是西域古代文字断片，其中大部分也是回鹘文资料，编号为6101号—6434号（6071号～6100号为空号）；第四组是胡、汉两种文字的文献，这些文书都是在纸的正面用汉文书写（几乎全是佛经），纸的背面用回鹘文、梵文、怯卢文、突厥文、粟特文书写，编号为7001号～7550号（6435号—7000号为空号）；第五组是《西域考古图谱》所发表文书的一部分，编号为8001号—8147号（7551号～8000号为空号）。值得特别提出的是这组文书中的8001号—8039号的39件文书，皆为李柏尺牍稿残片。
“龙谷藏”除以上主体部分外，还收藏有：（1）“橘文书”，橘瑞超本人曾把部分存放在旅顺的收集品带在自己身边，后来也交给龙谷大学图书馆收藏，这些文书被统称为“橘文书”。其内容由佛经23件、汉文文书13件、西域文字文书19件共55件组成。（2）吉川小一郎曾将一些佛经残片共167片贴成一本取名为“流沙残阙”，后来也送给了“龙谷藏”。（3）大谷残片，是大谷探险队所获文书中残剩下的一些极小的碎片，约有667片。
当龙谷大学得到大谷文书后，便于1953年1月组成了龙谷大学西域文化研究会，并接受了文部省拨发的研究经费。研究会由龙谷大学校内外20几名研究人员组成，分为佛教、历史、胡语、美术四个部门，从而推动了各个领域的研究。1958年至1963年间，陆续出版了《西域文化研究》6卷7册，即1958年出版的第1卷《敦煌佛教资料》；1959年出版的第2卷《敦煌吐鲁番社会经济资料》（上）；1960年出版的第3卷《敦煌吐鲁番社会经济资料》（下）；1961年出版的第4卷《中央亚细亚古代语文献》；1962年出版的第5卷《中央亚细亚佛教美术》；1963年出版的第6卷《历史与美术诸问题》。这套书收集了数十位日本有关专家、学者的研究论文，是对大谷光瑞探险队三次考察活动在佛学、历史、考古、地理、文化、美术等方面最早进行全面研究的成果汇编，被学术界誉为包括敦煌学在内的日本中亚研究的金字塔。其中有关社会经济方面的论文，由中国敦煌吐鲁番学会组织翻译为汉文，编为《敦煌学译文集》，作为敦煌吐鲁番学译丛之一，由甘肃人民出版社于1985年出版。
综上所述，《西域文化研究》大量刊布了敦煌吐鲁番文书，同时还对一些相关连、内容相近的文书经专家之手作了许多拼接整理。然而，这些成果仅仅是对易于归类成组的文书作的专题研究，并非是对大谷文书全面的整理研究。70年代，龙谷大学佛教文化研究所决定编纂出版“龙谷大学善本丛书”，由小田义久教授承担大谷文书中汉文文书的整理与研究。他全面吸收了此前学术界对大谷文书研究的成果，按编号逐一对文书作了认真细致的整理录文，并给以标题，同时系统刊布了文书的图版，1984年出版了《大谷文书集成》第1卷，收集了1001号—3000号文书；1990年出版了《大谷文书集成》第2卷，收集了3001号—4500号文书。正在编辑中的第3卷，将收入4501号—8147号中的汉文文书。
1996年，日本京都法藏馆出版了小田义久的《大谷文书研究》一书，它是一部力图全面介绍大谷文书及其研究现状的学术著作。其内容以吐鲁番出土的汉文文书为主要对象，兼及库车所出的汉文文书。全书除序言外，共分五章，即第一章《大谷文书的研究与现状》，第二章《大谷探险队与大谷文书》，第三章《大谷文书概观》，第四章《高昌国时代诸文书研究》，第五章《西州时代诸文书研究》。由于小田义久教授多年来一直主持大谷文书的整理，特别注意文书出土的情况和背景，以及各编号之间的内在联系，从中发现了一些新问题，并将这些问题的研究引向深入。
除正文之外，本书前面还有图版16页，刊列了32件文书照片；后面附有49页的《大谷文书研究文献目录》，在《尾语》之后，还编有本书的《事项、人名索引》，极便于学者利用。
2．东京和京都国立博物馆
大谷考察团第一次西域探险所劫获的文物，当时被寄存在京都的恩赐博物馆（现京都国立博物馆）。第二次世界大战末的1944年，大谷家要求归还这批文物，但当时只还了纸本文书，其它文物则归东京人木村贞造氏所有。1964年，日本文化财保护委员会收购了这批文物，并于1967年移交给东京国立博物馆收藏。1971年该馆编辑出版的藏品目录《东京国立博物馆图版目录·大谷探险队将来品篇》，详细介绍了这批文物的来源，并刊出了文物的图版。其中敦煌写本《刘子》残卷和出自吐鲁番的《树下人物图》最为引人注目，已被日本政府定为重要文化财。
京都国立博物馆也收藏有少量的敦煌吐鲁番文书。其中主要是守屋孝藏（1876年至1953年）所捐赠的72件敦煌写经。另外，松本文三郎（1869年至1944年）所保存的5件大谷收集品也收藏在京都国立博物馆。
3．书道博物馆
位于东京的书道博物馆，是由中村不折于1936年以自宅创建的，它是日本私家收藏敦煌吐鲁番文献最多的地方。中村不折（1868年至1943年）是日本书画家。1895年中日战争中任从军画家，获得一册《淳化法帖》，从此以后他便开始收集中国书画文物，作为古代书法珍品的敦煌吐鲁番文书，自然就成了中村大力收集的对象。通过各种渠道，他陆续获得了晚清任职新疆、甘肃的地方官员王树柟、梁玉书、何孝聪、孙宪廷等人所藏敦煌吐鲁番文书，同时他还获得了日本收藏者的旧藏品。
书道博物馆的藏品属私人收藏，只有极少数人看过该馆所藏敦煌吐鲁番文献。1940年，金祖同将其寓居东京时，中村不折赠予的一批文书图片，考释成册，编为《流沙遗珍》出版。该书共收文书25件，前为图片影印，后为排印本及考释跋语，在中国公布了该馆所藏的一部分社会文书图版。1962年商务印书馆编印的《敦煌遗书总目索引》散录中，《日本人中村不折所藏敦煌遗书目录》是根据1929年日本大藏出版社出版的《昭和法宝总目录》转录的。现在，陈国灿先生以该馆目录为基础，重新进行了拟题编号，共188号。
4．藤井有邻馆
位于京都的藤井有邻馆是京都的私人收藏博物馆，它是为了公开展览在关西财界享有盛名的藤井善助收集品而于1926年设立的。馆名“有邻”，乃取之于《论语》“德不孤，必有邻”，其寓意是日本与中国有深远的“善邻”关系，再加上其收藏多是中国古文物，以其来自友邦善邻中国的缘故。