明清之际由于王学盛极而衰，一批倡导由虚返实，注重自然科学、博物等实证知识的思想家脱颖而出。他们同时研究哲学，但屏去心性及道德问题，专意于宇宙根本原理和事物的存在及运动法则的研究。但因身感明亡的苦痛，他们大多有存续、总结中国思想学术的壮心和强烈的统合儒释道三教的意图。但他们的哲学中又往往有一种捉摸不定、不知身家何处的悲凉感。方以智就是这些思想家中最突出的一个。
方以智（1611—1671）字密之，号曼公，明亡后变姓名为吴石公，出家后名无可，号五老、药地、墨历、极丸等，安徽桐城人。青年时游学江浙，结交当时名士，为复社领袖之一，参加了驱逐阉党阮大铖的活动。三十岁中进士，授翰林院检讨。李自成军入北京，欲留用，他以死相拒，相机逃出，投奔南明弘光朝。为阮大铖所不容，于是南奔广州，卖药市中。后投奔肇庆桂王永历政权，擢为左中允，东阁大学士。为王坤所劾，挂冠隐居梧州，在仙回为清兵所捉，胁迫为官，威逼利诱皆不能屈，于是听凭他去悟州云盖寺出家。三年后在南京高座寺正式受戒，并在此闭关三年。回故乡服父丧，服阕后云游江西，入青原山净居寺。后为清兵所获，在押解赴岭南途中，病死于舟中。方以智有深厚的家学渊源，曾祖、祖父、父亲及三个儿子都是著名学者。他幼年聪慧，“年十五，群经史子略能背诵”。喜博物之学，“凡天人、礼乐、律数、声音、文字、书画、医药，下逮琴剑、技勇，无不究其旨趣，著书数十万言”。有《通雅》、《物理小识》等著作。晚年潜心哲学，著有《东西均》、《药地炮庄》、《易余》、《性故》、《一贯问答》、《愚者禅师语录》等，学识为黄宗羲、王夫之所敬畏。
一学术渊源
方以智是个有着强烈的实证倾向的哲学家，他与以心性为学说中心的理学家很不同，与继承传统气本论、有鲜明的实学色彩的王廷相也不同。他的思想可以分为二个阶段，甲申（1644）国变前以研究各种具体知识特别是自然知识为主，在具体知识中概括出、抽引出哲学道理。下学上达兼致，质测通几并举。国变后经过颠沛流离的生活，特别是晚年出家之后，则倾全力于哲学研究。
方以智早年的学术旨趣很大程度上得于家学。他的曾祖父方学渐曾师事耿定向之弟耿定理，为学崇实，其著作《庸言》即以“崇实”为篇名，其中说：“凡有始者，必有所为始始也者，故虚之不能不实，造化之不能不实而虚也。”注重考究事物的实际根据。这一点与方以智后来特别注重对事物之所以然的研究很有关系。方以智晚年的重要著作《东西均》就以“所以”为篇名。祖父方大镇著有《易意》，象数义理兼取，而归结于道德义理的阐发。父亲方孔炤于易学尤精，著有《周易时论》，特别注重象数，注重掘发《周易》中包含的一般哲学理论。方孔炤以太极为《周易》的最高范畴，同时以太极为宇宙本原。太极表现为有极与无极，有极即有形的万物，无极即未始有形而只有抽象之理时。太极贯有极无极，它自身不落有无。方孔炤的思想充满思辨色彩，不为具体物理所限。方以智晚年对《周易时论》原稿加以编排整理，在各章节中加了按语和解说，名《周易时论合编》并为全书作跋。
方以智在哲学方面主要受家传易学的影响，他的博物学则受惠于王宣。王宣（号虚舟）是方孔炤为方以智选定的老师，亦擅长易学，常与方氏诸人研讨易理，亦精物理，著有《物理所》。方以智曾说：“智年十七八即闻先生绪论，旷观千世，间引人闻道，深者征之象数，其所杂著多言物理。是时先生七十，益深于河洛，扬（雄）京（房）关（朗）邵（雍）无能出其宗者。”（《虚舟先生传》，《浮山集·文集后编》）方以智自言他的《物理小识》即因《物理所》而增广之。方以智的实证思维方法多得自王宣。
方以智对明代后期耶稣会士传入的西学也甚为喜好，他读过数十种传教士写的或译的西学书，内容涉及数学、天文、地理、医学、机械、水利等方面。他不喜好关于天主教义的书籍。这使他喜好博物、喜好研究物理的倾向得到充分发展，但也使他同中国典籍相比，得出“泰西学入，详于质测而拙于言通几”的看法。
方以智的外祖父吴应宾（字观我，号宗一）对他也有较大影响。吴应宾精于佛学，以佛理解儒道经典，主张三教合一。著有《宗一圣论》，主“中理旁通，宗一三圆”。认为儒释道三教为同一精神的不同表现，故自号宗一。吴应宾的“三教合一”和“宗一三圆”对方以智有较大影响。
综合起来，方以智的思想最主要的是三个方面，一是思辨哲学，受家传易学的影响；一是博物之学，受其师王宣影响；一是三教会通，受吴应宾影响。这三个方面在方以智青年时即植根。他早年为一贵公子，怒马轻裘，诗酒自娱，雅好博物。明清鼎革后，踉跄乱离中，对人生世事感悟渐深，这时以纯哲学的兴趣为多，但仍不忘情博物之学。出家之后广读佛书，以佛学统贯早年所得，烹炮于一鼎，三教义理，熔铸为一。从方以智身上可以清楚地看出时代影响和学术基础怎样互相作用，结出特定时代的思想果实。
在中国典籍中，对方以智影响最大的是《周易》和《庄子》。理学宗主朱熹的思辨倾向和实证精神二者的结合，宋易中象数学宗主邵雍的太极演化为万有、万有既有象的表现又有数的规定的思想，对方以智也有一定影响。在佛家典籍中，天台宗的一心三观、三谛圆融，华严宗的一多相融最后归于一心诸说，对方以智也有相当大的影响。方以智不喜性理之学，《论语》、《孟子》这些对理学家影响极大的书，在方以智这里不占特别重要的位置。当然他的行为规范和道德准则不可能不受当时笼罩一切的理学道德信条的影响，但就构成他思想的主要因素说，易学、庄子、佛教最为重要。代表他晚年思想归趣和思辨水平的最重要的著作《东西均》，其思想架构的广大浑全，其行文的恢诡谲怪及随说随扫不执一法，都显示出所受庄子和佛学的影响。他一生都在实践着他早年就确定了的“坐集千古之智而折衷于其间”，将各种知识烹炮于一炉的志愿。
二质测与通几
方以智对博物之学和哲学都有浓厚的兴趣。他不同于当时的理学家。理学家虽不排斥对具体事物的研习，但理学家研习具体事物是为了知体现在物理上的天理。知物理与知天理是手段和目的、媒介和归宿的关系，这种关系服从于理学家修身的需要。而方以智则要在具体物理上概括出哲学根本道理，这个道理不单单是对于宇宙法则的一种伦理体认，而是直认宇宙法则本身。方以智一开始就对杂多的具体事物之理、社会政治方面的治教之理和事物中体现的一般哲学道理作了区分，他说：
考测天地之家，象数、律历、声音、医药之说，皆质之通者也。皆物理也。专言治教，则宰理也。专言通几，则所以为物之至理也。（《通雅·文章薪火》）
考测天地之家，即从事具体事物研究的学者，他们所从事的工作是质测。质测的对象是物理。宰理指治教之理，即治理国家的原理、法则。通几即掌握“所以为物之至理”，即通晓物中的哲学道理。“质测”之质即事物的形质，是物理的承担者、归着者。测即考察、测量等用数量关系把握事物之理的活动。质测是一种实证的知识活动，他说：
物有其故，实考究之。大而元会，小而草木螽蠕，类其性情，征其好恶，推其常变，是曰质测。（《物理小识·自序》）
物之故，即物之理。对于物理的考索，大而至于宇宙的演变，小而至于草木昆虫的生活，总而言之，天地间的一切物都要考究它们的性质、活动方式、常规表现和偶然变化。方以智早年喜博物之学，他这里所列的象数、律历、声音、医药等，皆尝研习。方以智曾谈到自己的治学道路：“丱角鼓箧，即好旷览而湛思之。长，博学，治文辞；已，好考究；已，好物理；已，乃读《易》。”（《易余·三子记》）对具体物理的喜好，使他广泛涉足多种领域，在象数、律历、音韵、医药方面他都有著作，旁及经书释诂、器物款识、养生、地理等。这种对实证知识的喜好一直延续到晚年。可以说，他对质测之学是终身以之的。他同时也好诗文歌赋，他曾自悔作诗文歌赋占去了他考释训诂经书的时间。但贵公子诗酒自娱的风习使他难以割爱于诗文歌赋的写作，为此他常常处在矛盾的心境中。肆意酣畅的诗文写作和冷静深沉的器物考释在他身上奇妙地结合起来。这在他的诗文风格上发生了双向的作用：一方面，他的博物积古及精通文字音韵使他的诗文中充满了冷僻的字和典故，反过来，这些冷僻的字和典故又使他的诗文有某种跌宕诡谲之美。质测之学是在他思想中突出地发生着作用的养分。关于通几，方以智解释说：
通观天地，天地一物也。推而至于不可知，转以可知者摄之。以费知隐，重玄一实，是物物种种之深几也。寂感之蕴，深究其所自来，是曰通几。（《物理小识·自序》）
“几”出自《易传》，指事物变化的微小征兆；通几即把握事物的深微的方面，这里指把握蕴藏在事物中支配事物的性质和运动方式的所以然。通几的方法是“以费知隐”，即以事物的可以用感官把握的方面推究其中不可见的深微的道理。这里方以智的前提是，事物的理与表现此理的现象是体用关系，由用知体，以可见者推知不可见者。所谓“重玄一实”，是说老子“玄之又玄”的道，就表现在实际存在的、有形质的具体事物中，道是使事物得以成为事物，使事物的运动变化神妙不测的隐微的根据。它本身是寂，但表现它的具体事物是感。考究、把握这个一般道理，就是“通几”。通几是从个别推知一般，从可见的物理推知不可见的道的哲学活动。
关于质测和通几的关系，方以智提出了两个深刻的观点：“质测即藏通几”，“通几护质测之穷”。前者说通几的来源，后者说通几对于质测的作用。方以智认为，所谓通几，不能离开质测，探求深微的道理不能离开对于事物的实证考察，离开了考察具体事物是不能得到哲理的。他说：“质测即藏通几者也。有竟扫质测而冒举通几，以显其宥密之神者，其流遗物。”（《物理小识·自序》）在方以智看来，哲理即在具体事物中，探求物理的实证活动就是把握哲理的活动。方以智的哲理是对物理的概括和提炼，不是理学式的体验、觉解和投射、类比、借喻、象征等类似审美的精神活动，而是在物理中提炼出哲理的理智性活动。哲学不是对某种神秘的东西的体验，也不是哲学命题之间的推导转换，哲学是指向具体存在的，这是方以智哲学的特点。在他这里，笼统的就是神秘的。他反对离开具体的物理而别有抽象的笼统的道理。他说：“征其端几，不离象数。彼扫器言道，离费穷隐者，偏权也。”（《物理小识·象数理气征几论》）这里所谓象数，指象和数，即事物的外貌和决定事物各部分之间的结构和空间关系的某种数量规定。把握事物的道理，离不开对它的外貌和结构、关系的探讨。离开具体的、可见的征象去寻究深微的道理，就是偏颇。
反过来，探究事物深微的道理又可以克服实证知识的局限，对耳目感官无法把握的东西，用道理本身的逻辑结构给予弥补。这就是“通几护质测之穷”的含义。方以智这个思想是非常卓越的，表明他见到了事物的本体和逻辑的一致性，见到了归纳和演绎的相互关系。在他这里，逻辑不是抽象的、笼统的，而是各细部之间的必然关系。本体也不是混沌的、孤立的，而是包含着展开为各具体环节的内在逻辑。本体和逻辑是一致的。所以，可以利用逻辑的必然性补上具体事物未知的环节。这是通几护质测的一个方面。另一个方面，通几所得的道理为一般，而质测则受耳目感官的局限，通几可以使质测跳出它的局限，从更广阔的视角加以审视。质测是以物观物，而通几则是以道观物。质测之理只有在通几的引导和扩充下，才能获得更深刻的认识。所以方以智反对两种偏弊，一种是离开具体事物而言道，这一派的弊病在“扫物尊心”。其所言之道不能和耳目所见之物、和实证之理相符合，往往陷于虚构和附会；另一种弊病则是为耳目感官经验到的知识所限，不能上升到抽象原理的高度，他说：
本末源流，知则善于统御。舍物，则理亦无所矣，又何格哉！病于言物者，好奇之士，好言耳目之所不及，附会其说，甚则构虚骇人；其拘谨者，斤斤耳目之前，外此则断然不信。其蔽均也。（《物理小识·总论》）
一者对亲身见闻之外的东西疑而不信，另一者认识不到一般理论对具体见闻的依赖关系。这二者一可谓凿实，一可谓逃虚，对全面透彻地把握具体事物及其道理都有弊害。
根据以上认识，方以智对当时耶稣会士传入的自然科学知识有所批评。他说：“万历年间，远西学入，详于质测而拙于通几；然智士推之，彼之质测犹未备也。”（《物理小识·自序》）当时传教士一般来说掌握了西方较为先进的科技成果，他们所译述的，除了极少数（如天文学上的日心说）外，是能代表当时西方科技水平的。传教士译介的西方学术著作方以智读过的有数十种。他大概没有读多少传教士介绍天主教义的著作。即使读过，在才高志远的方以智看来，传教士宣传天主教义的那些充满神学独断的著作，比起当时中国哲学达到的水平，是显得幼稚的。对方以智这样的哲学大家来说，那些浅近的、为大众说法的宗教小册子中包含的哲学内容是贫乏的。所以方以智说西方人详于质测而拙于通几。此外，方以智是个在博物学上有很高造诣的人，就他对于实证知识的谨严态度和科学精神，就他对当时中国科学技术如天文历法、乐律、医学和机械方面的成就的了解，得出西方“质测犹未备也”的结论也是有理由的。