咸丰三年（1853年）十月，奕 入军机处，倚仗其亲王的地位，逐渐成了军机处的“领班军机大臣”。恭亲王往往狂妄自大，对咸丰皇帝不够尊重，这又逐渐加深了兄弟之间的矛盾。到咸丰五年，奕生母病，就请咸丰皇帝加尊号为太后，咸丰皇帝回答：哦、哦。并未真正同意。奕即至军机处传旨令具册礼，迫使咸丰皇帝不得不依之而上尊号。自此，兄弟之间的矛盾公开化。所以，孝慈皇太后（孝静皇后）死后不久，咸丰就以“办理皇太后丧仪疏备”之罪，把奕赶出了军机处，一直不予重用。
1860年（咸丰十年），咸丰皇帝逃往热河避难，却把奕留在京师与外国侵略者进行周旋，封奕为钦差大臣，便宜行事。在谈判过程中，他对洋人有求必应，深受洋人的赏识，而远离北京的咸丰皇帝听到的却是有关恭亲王要凭借洋人势力谋反的流言，他对奕更加疑虑深重。因此，奕对肃顺等人的怨恨，甚至对咸丰皇帝的不满也就可以想见。
咸丰死前，任命辅政大臣时，不仅没有考虑奕，也不让他赴热河奔丧，防止他夺权。但奕 并不死心，他不是一个轻易认输的人，他一直在等待机会。
当时，奕掌握着清王朝与外国列强交涉的外交大权，同时，还得到了手握重兵的僧格林沁和胜保等人的支持。但他要想掌握军政大权，除掉辅政大臣，也必须依赖慈禧的地位和势力才行。所以，当慈禧派人来联络时，奕立即答应了。
咸丰十一年（1861年）八月一日，奕不顾八大臣的反对，以哭咸丰皇帝为名，突然来到热河避暑山庄祭奠。祭后，慈禧单独召见了奕，两人密谋了策划政变的步骤。奕说：“这里是肃顺一伙的天下，无法下手，非回北京不可。”
奕回到北京后，首先联络人员，组织力量。慈禧和奕不仅得到了内阁和总理各国事务衙门主要成员的支持，得到胜保、僧格林沁等重要军官的赞同，更重要的是，他们还得到了外国侵略者的支持。例如英国驻广州领事罗伯逊在给印度事务部官员阿思登的信中就写道：“皇帝的兄弟恭亲王现在北京，好像在领导对外关系，处事表现很开明的看法。假如他肯听卜鲁斯的话（他好像是听信的），一个月内他对中国真实情况及其利益的了解，可以比从任何其他途径所知的多得多。这样把他教育培养成一个人物，可以代替那个毫无精力的皇族代表。”外国侵略者不但这样设想，而且确实也是这样做的。他们在几个月之间，频繁地以私人交际的方式进行活动，“希望迟早会发生变动，使最高权力落到他们（指奕 等人）手里去。”
其次，他策动一批官员上书弹劾辅政大臣和制造皇太后垂帘听政的舆论。
其三，决定利用回鸾之机，发动宫廷政变。根据肃顺等辅政大臣的议定，咸丰皇帝灵柩于九月二十三日回京。慈禧和小皇帝先期回北京准备，灵柩由肃顺等人护送。慈禧认为这是发动政变的最好机会，可以在辅政大臣毫无准备的情况下夺取政治权力。
九月二十九日，慈禧和小皇帝回到北京，立即与恭亲王密商政变事宜。北京城内外已布置重兵，一切准备就绪。随即，恭亲王命令早已布置好的侍卫将先期抵京的载垣、端华逮捕，囚禁于宗人府；同时，在前往热河的途中拿问肃顺，将他押送北京宗人府。几天后，慈禧以小皇帝名义，降旨宣布八大臣罪状。赐令载垣、端华自杀，将肃顺处死，余者被革职。八大臣与慈禧共掌大权的局面遂告结束。对于这次政变，外国人称为“北京政变”，史称“祺祥政变”，又因为这一年是辛酉年，故又称为“辛酉政变”。
慈禧干掉八大臣之后，便宣布由她和慈安垂帘听政，批阅文件奏章，召见王公大臣，裁决朝廷政务，确定官员任免；将“祺祥”年号改为“同治”，即“两宫太后临朝而治也”。为在礼制上有所区别，“母后皇太后”被改尊为“慈安皇太后”，“圣母皇太后”被改尊为“慈禧皇太后”，十一月一日，正式举行垂帘听政庆祝典礼。
Δ一波三折
慈禧在搞掉辅政大臣、登上垂帘听政宝座的过程中，恭亲王卖了不少力气，现在政变告成，慈禧没有独享其乐，封奕为议政王，让他出任军机揆首，兼总理各国事务衙门以及宗人府宗令，总管内务府大臣、领导神机营、稽查弘德殿一切事务等要职，集军、政、外交、皇室事务大权于一身，声名显赫。这时，清廷出现了两个当权者，一个是慈禧，一个是恭亲王。但两人各怀鬼胎，慈禧意在独揽大权，不让他人染指；奕 则欲挟天子以令诸侯。政变成功就意味着同盟破裂，一笼不容二虎。慈禧欲剪除而后快，只是没有好的时机，“小不忍则乱大谋”，慈禧耐心等待着。
同治四年（1865年）三月四日，初任日讲官的蔡寿祺上疏，指斥当朝第一号权贵恭亲王奕犯有“食墨”、“骄狂”、“揽权”、“徇私”四大罪状，主张干脆罢掉奕官职。慈禧一见时机来临，忙下懿旨：“着恭亲王仍在军机大臣上行走，毋庸复有议政名目。”通过这次较量，慈禧虽然没有把奕彻底搞垮，毕竟给了他一个沉重打击，使他失去了议政王的头衔，在言行上不得不有所收敛。就慈禧而言，虽未尽符初衷，但已为树立其寡头尊荣的专权地位，显示了力量，奠定了基础。此后，尚有波澜起伏的第二回合、第三回合的斗争，以至十余年后奕最终被打翻在地。
同治十三年（1875年）十二月五日，同治皇帝病死，这给慈禧的打击不小，这个26岁就丧夫、40岁又失去惟一儿子的妇人有些承受不起。不过，权欲熏心的她虽然痛苦了几天，马上收起了眼泪。儿子死后，慈禧的统治地位出现了危机，慈禧正是倚仗其儿子的皇位才垂帘听政、掌握实权的，现在，儿子一死，垂帘听政的统治地位便没有了基础。
慈禧很懂得如何才能保住自己继续垂帘听政地位的奥秘，于是，便在皇位上做起了文章。同治皇帝只活了19岁，身后无嗣。按清朝祖制，皇帝死去无子，即从皇族近支里选一晚辈立嗣继承帝位。同治之下属溥字辈，依惯例，继同治帝位者，当属溥字辈。但如此一来，慈禧将因孙辈为帝而被晋尊为太皇太后，而太皇太后“虽尊而疏”，就不能继续垂帘听政，干预朝政。慈禧不甘心如此，她拿定主意，决定由载湉继位。载湉姓爱新觉罗，同治十年（1871年）六月二十八日，出生于北京宣武门内太平湖的醇郡王府。他的生父是清王朝皇族的嫡系、道光皇帝的第七子奕譞。此人在1861年政变中坚决站在慈禧一边，立下了大功。载湉的生母是慈禧的亲妹妹。
慈禧为使自己的计划得以实施，便通过其心腹爪牙做了周密部署。为防万一，慈禧还调其亲信荣禄派重兵把住宫廷各重要地点。一切准备就绪后，慈禧便在同治死去的当天，在戒备森严的气氛中，亲自出面召集王公大臣在养心殿举行御前会议。她厉声宣称：“溥字辈无当立者，奕譞长子（即载湉）今四岁矣，且至亲，予欲使之继统”，“若承嗣年长者，实不愿，须幼者乃可教育。现在一语即定，永无更移！”同时，公布了同治帝已死的消息，使群臣惊惑不已。有的“失声大哭”，有的呆若木鸡。在这一片混乱之中，“诸王不敢抗后（慈禧）旨，议遂定。”就这样，皇位继承者被确立下来。
为防不测，慈禧又采取了以下措施：
一是立即以两宫太后名义颁发懿旨，宣布：“不得已以醇亲王奕譞之子载湉承继文宗显皇帝（咸丰皇帝）为子，入承大统为嗣皇帝。俟嗣皇帝生有皇子，即承继大行皇帝（同治帝）为嗣。”
二是造成既成事实。慈禧知道“夜长梦多”，为避免另生事端，她急不可待地在同治帝死去的当天就把刚满4岁的载湉接入宫中，正式宣告由载湉继帝位，改明年为光绪元年，故称光绪皇帝。就这样，年幼无知的光绪皇帝在这种特定的历史条件下，作为他人的一个政治工具而被推上了皇帝的宝座。
载湉入坐清宫太和殿，显然是清廷统治集团内部矛盾纷争的结果，而且从载湉入清宫的那一天起，他又被深深地卷入了这场纠纷的漩涡之中。同时，充满着矛盾的时代和日益腐朽的王朝又都摆在了这个小皇帝的面前，这种特定的环境和急剧动荡的现实，又必然对他产生深刻的影响。特别是对于这个小皇帝来说，这样的安排无疑又给他今后的政治历程展示了阴暗的预兆。
小皇帝既已入宫，慈禧下一步也就进入最实质性的问题——垂帘听政。慈禧不是直接宣布垂帘听政，而是藏在幕后授意亲信劝进。就在小皇帝入宫的第二天，慈禧的亲信依照她的意图，带头上了一道请求皇太后垂帘听政的奏折。于是，慈禧便以光绪皇帝的名义发布上谕，声称不得不听诸王公大臣的“奏请”，继续由两太后“垂帘听政”。
如何使新皇帝一直在前台当傀儡，自己在后台控制实权？慈禧又开始了她的战略行动。首先从驯化入手。为了将光绪皇帝培育成她的“永久性”的惟命是从的政治工具，她对光绪皇帝的驯化真可谓煞费苦心。当载湉被接入宫中之后，慈禧不顾骨肉亲情，强行切断小载湉与其生母的日常联系，连小皇帝左右近侍都是为驯化他而精心安排的。通过这种潜移默化的方式，使光绪皇帝幼小的心灵中逐渐树立起对慈禧之间的所谓“母子”关系，然后，再以封建“孝道”伦理，从思想上来拉拢光绪皇帝。当光绪皇帝懂事的时候，慈禧又按所谓“家规”，规定光绪皇帝必须每日向她请安。通过这种精神“钳制”，使光绪皇帝头脑中逐渐形成惟慈禧独尊的绝对权威的形象，从而俯首听从于慈禧。
慈禧还十分注重对光绪皇帝的政治教育和思想培训，她把直接经管光绪皇帝学习的全权交给其亲信，又任命具有较深封建文化思想修养的翁同和夏同善作为光绪皇帝的汉学师傅，以便把光绪皇帝培养成为称心如意的傀儡式的国君。可想而知，在这种教育下培养出来的小皇帝，哪里还有什么独立自主的个性可言。结果，光绪皇帝性格懦弱，大事小事都要请示。
此外，慈禧玩弄花招，改“听政”为“训政”。光绪十二年（1886年），光绪皇帝16岁。这时的光绪皇帝对封建时代的经史都已学到了一定的程度，而且在“披阅章奏，论断古今，剖决是非”的分析判断能力方面，同样得到了日新月异的提高。与此相应的是，他对朝政的兴趣也日益浓厚。尤其是通过令人胆寒的中法战争，又促使光绪皇帝的政治思想得到长足的进展。这一切均表明，中法战争后，光绪皇帝已逐渐地成长起来了。从此以后，光绪皇帝作为一个国君的身影，便在清王朝中越发明显地突现出来。慈禧不得不考虑以前的许诺，当然，这难不倒练就了一套玩弄权术的超级本领的慈禧，从六月上旬起，便开始了由慈禧导演并与其亲信一唱一合的“归政”双簧剧。接着，经慈禧“面谕”，由其亲信大臣们再次出面，于当年十月二十六日（1886年11月21日）公布了一套经其降旨“依议”推行的《训政细则》。它把慈禧永无限期地控制清廷局面的行为制度化了。光绪皇帝在清廷的一切活动都必须受《细则》的约束，否则，便被视为“越轨”行为。名曰皇帝“亲政”，实则太后“训政”。
光绪十三年（1887年）正月十五，慈禧故作姿态地在清宫给光绪皇帝举行了一个所谓“亲政”仪式。事实上，谁都明白，这个仪式名为光绪皇帝“亲政仪式”，实为慈禧“训政”开场。由“听政”到“训政”，不过是招牌不同而已，其货色依然如故。光绪皇帝通过这样的“亲政”，却使他在清王朝中的傀儡地位更固定化了。
最后，培植亲信，结成党羽。不论慈禧怎样按照自己的意志塑造光绪皇帝，但光绪皇帝毕竟是处在一国之君的高位上，这不能不对慈禧在清王朝中的权力构成潜在威胁。慈禧惟恐光绪皇帝有朝一日挤掉她在清廷中的权位，便在光绪皇帝身上大下功夫的同时，又极力进行排除异己和结党营私活动，逐渐形成后党势力。慈禧选择后党成员的惟一标准是忠于自己。慈禧派自己的亲信把持军机处。其后，皇宫内廷由太监总管李莲英把持。李莲英秉承慈禧旨意，与后党官僚里应外合，密切“监察”光绪皇帝的言行，充当慈禧的鹰犬。此外，以慈禧为首的后党还与以洋务派首领李鸿章为代表的地方官员形成强大的后党势力，它严重地牵制着光绪皇帝的一切施政方针的实施。
Δ戊戌政变
慈禧太后把光绪皇帝视为她在“家内”最大的潜在威胁而多方筑围设“防”，但从光绪皇帝本身来说，经慈禧太后多年的特殊“抚育”，他已陷入了她布下的罗网之中，慈禧太后的“不可侵犯”的“威严”，已在他心灵中扎下了根。但到19世纪90年代初，鉴于在慈禧太后的拨弄下朝局越发昏暗，光绪皇帝进而又产生了对朝政现状的不满情绪，“反作用力”也在日趋增长。与此同时，那些“愤太后之干政”的“朝士之守正者”出于愤懑和不平，把光绪皇帝作为自己的寄托，逐渐在思想倾向上“依附”光绪皇帝。这样，在清廷统治集团里逐渐聚结起另一支政治势力（即帝党）。这些“附之”者，起初除珍妃之外，就是他的汉文师傅翁同和对慈禧太后不满的工部侍郎汪鸣銮等文职官员。其中，翁同既逐渐成了光绪皇帝在政务活动方面的一个最靠得住的有力支持者，而且也逐渐成为帝党的一个较为稳定的支柱。
1895年，中日甲午战争的惨败像一颗重型炸弹，引起朝野震惊，堂堂大清帝国竟惨败于偏于一隅的日本岛国！清政府在亚洲的霸主地位自此丧失。于是，救亡图存的呼声动地而起，就连清廷统治阶级内部也有人发出了强烈的图存要求。维新派领袖们接连冒死上书光绪皇帝，要求变法救亡。光绪皇帝也不愿做傀儡皇帝，更不愿做亡国之君，决意变法。