御史郭如楚、光禄少卿高攀龙等，也先后疏谧崔文升和李可灼。方从哲迫于压力，将崔文升下狱。但他始料不及的是，人们这时已将他方从哲划入弑逆者之列了，这使他尴尬万分。
方从哲是万历四十一年（1613年）晋升礼部尚书兼，内阁大学士的，第二年任首辅，为人柔懦而贪婪，很早就依附郑贵妃，因此，如今的“划线”就显得很有深意。方从哲不敢大意，立即上疏辩解，并请求削职为民。
然而人们却不放过他，给事中惠世扬说他有三件事办得不妥当斩：一是郑贵妃要封后，方从哲从中没起好作用；二是接受贿赂，夜半密约让李选侍占居乾清宫；三是包庇崔文升、李可灼。这样一来，对“红丸案”的追查，简直就变成对方从哲的声讨了。
就这样，“红丸案”从追查常洛死因到弹劾幕后元凶，慢慢地竟成了党争的一个绝好的题目。在这场纷争中，守正的廷臣们占了优势，一些年高勋重、威望至极的大臣，如邹元标、孙慎行等，都愤而指斥方从哲“不伸讨贼之义，反行赏奸之典”的行为，说他“纵无弑之心，却有弑之罪，欲辞弑之名，难免弑之实”。而另有刑部尚书黄克缵、御史王志道、给事中汪庆百等一些人，却极力为方从哲辩护，并指斥守正廷臣们诬陷先帝死于非命，试图使“红丸案”不了了之。
此后的一段时间里，由于明末“三案”中最后一案——“移宫案”已发，吸引了人们的注意力，“红丸案”竟果真不了了之，草草地了断了。案子的当事人很快受到重新处理，李可灼流放边地，崔文升发往南京安置，纷争的双方因此也都仿佛获胜似的舒了一口气，暂时偃旗息鼓了。
可怜朱常洛当太子时身陷“梃击案”，得承大统30天，又死于“红丸案”。两案扑朔迷离，成了千古悬案，虽有处理，但元凶仍隐藏在历史大幕的后边，让人费尽猜测。倒是朱常洛悲剧一生的线索清晰可见，他活了39岁，只当了30天皇帝，其余全部时间都生活在争储、立储、保储的斗争漩涡中，与其说他是个短命皇帝，不如说是个“长命太子”——他将39年的时间（那正是人生最为美好的时光）几乎全消耗在（主动地或被动地）争宠谋权上了——而所谋得的又是什么呢？由30天的龙椅而进入永恒的黑暗……
4.励精图治，皇太极得承汗位
爱新觉罗·皇太极生于明万历二十年（1592年）十月二十五日，系努尔哈赤第八子。大命十一年（1626年）八月，努尔哈赤在宁远战败，身患毒疽辞世后，皇太极果即后金汗位，其母为叶赫纳喇氏，甚得努尔哈赤宠爱。婚后四年，皇太极呱呱坠地，努尔哈赤格外高兴，取名“皇太极”，恰与“皇太子”谐音。谁料此后终成现实。
（1）智勇双全，战功赫赫
史籍记载：皇太极自幼“颖悟过人”，爱文喜武，不仅有高超娴熟的骑射功夫，而且能“熟记典籍”，为其兄长所不及，因此受到父母的钟爱。7岁以后，“委以一切家政，不烦指示，即能赞理，钷细悉当”，表现出非凡的才能。12岁时，母亲叶赫纳喇氏由于失宠，心情忧郁，患病去世，这使少年时的皇太极在精神上受到沉重的打击。生父继母不可能给他多少温暖抚爱，在家庭及兄弟之间地位也不断下降，因而逐渐在尖锐复杂的现实生活中养成了少言寡欢、坚韧刚毅、通达世情、工于心计的性格。这对他的一生都产生非常深刻的影响。
皇太极生活在一个风云变幻、刀光剑影的大动荡时代，其父努尔哈赤顺应女真社会发展的历史潮流，开创统一建州女真诸部和反抗明王朝的民族压迫政策的大业。在斗争中，年轻的皇太极经受了锻炼，随父兄驰骋疆场，迅速成长起来，成为努尔哈赤的得力助手。
万历四十年（1612年）九月，刚刚年满20岁的皇太极随父亲努尔哈赤率领三万人马往征乌拉部。乌拉是海西扈伦四部之一，位于乌拉河沿岸（吉林省永吉县乌拉街一带），人多地广，享有貂参之利。势力比较强大。努尔哈赤为了统一海西女真，采取分化瓦解、各个击破的策略，利用联姻结盟的方式，积极拉拢乌拉部首领布占泰，把自己的爱女俄恩哲格格嫁给他为妻，企图以此加强和巩固联盟。可是，布占泰却阳奉阴违，多次背盟，勾结叶赫等部，竭力阻挠破坏努尔哈赤统一女真的事业。布占泰还百般虐待俄恩哲格格，射以骨包头箭，努尔哈赤闻知极为愤恨，决定对乌拉用兵。皇太极等领兵抵达乌拉河，沿西岸而行。此时，布占泰带领乌拉兵在东岸隔河观望，不敢渡河迎战。努尔哈赤下马而坐，命皇太极等率军接连攻占沿岸的六座城堡，然后引兵在乌拉城西门相对二里以外的金州城扎下大营。布占泰凭河相抗，双方相持四五天，皇太极等人按捺不住，向努尔哈赤请战，要求率兵渡河，攻打乌拉城。努尔哈赤指出这是“浮面取水”之言，认为“欲伐粗大的树木，岂能即刻折断？必须斧砍刀削，渐至微细，然后才可折断。相等的大国，欲一次攻灭，怎么可以办到？”因此，他不同意皇太极等人的请求，而是派兵四出焚掠，拆毁被占领的六处城堡，焚烧许多房屋和粮草，并在伊玛哈达筑城，派兵驻守，以监视乌拉的行动。第二年（1613年）正月，努尔哈赤乘乌拉统治不稳，亲自率领大军征讨乌拉，一举攻占乌拉城，布占泰逃往叶赫，乌拉灭亡。
皇太极在征讨乌拉布占泰中，受到其父努尔哈赤的“智巧谋略为贵”的军事思想的教育，认识到同强敌作战，只凭勇敢是不够的，还要讲究谋略，以后在对明朝的战争中，仍铭记不忘。
万历四十三年（1615年）十一月，努尔哈赤建立八旗制度。皇太极被命为正白旗的主旗贝勒，成为建州最高将领之一。万历四十四年（1616年）正月，努尔哈赤称汗登位，封皇太极为和硕贝勒，与代善、阿敏、莽古尔泰合称四大贝勒，“共理机务”。四人按月轮值，“国中一切机务，俱令值月贝勒掌理”。从此皇太极被努尔哈赤视为左膀右臂，满洲贵族的核心人物之一。
后金建立后，天命三年（1618年）四月十三日，努尔哈赤宣布“七大恨”，起兵反明，一举攻占抚顺、清河、东州、碱场、一堵墙、马根单、抚安堡、花豹冲、三岔儿等城堡。明王朝决定发动一次大规模镇压后金的战争，任命杨镐为辽东经略，调集十多万人马（其中有朝鲜兵一万三千人），经过充分准备，分四路合击，直取赫图阿拉城，企图消灭后金。这就是关系明清兴亡的萨尔浒之战。努尔哈赤针对明军作战计划，采取集中优势兵力，各个击破的方略。皇太极奉命随大贝勒代善率领八旗大军为先锋，奔赴西线迎敌，在这一战役中献智献勇，功勋卓著。
萨尔浒之战是努尔哈赤与明朝进行的第一次大规模战争。开始时，天命四年（1619年）三月初一，总兵杜松率领明军三万，渡过浑河来攻，留二万人驻扎在萨尔浒，自将一万人攻打界凡。大贝勒代善命皇太极率领右翼正白、镶黄、镶白、镶红四旗去攻打吉林崖的杜松，自领左翼正黄、正红、正蓝、镶蓝四旗去监视和阻击萨尔浒的明军。此时努尔哈赤来到前线，察看明军的阵势，改变了代善的作战部署。他亲自率领正黄、镶黄、正红、正蓝、镶蓝五旗先去攻打萨尔浒的明军，命皇太极等带领正白、镶白、镶红三旗去监视和阻击吉林崖的杜松。当努尔哈赤消灭萨尔浒的明军后，回军与皇太极部会合，向吉林崖的明军发动猛烈进攻。皇太极身先士卒，冲杀在前，明军丢盔弃甲，溃不成军，主将杜松战死，参将龚念遂带领部分残兵败将逃往斡珲鄂模，后金兵首战告捷。
皇太极随其父努尔哈赤乘胜北上，迎击总兵马林统率的由北路进犯的明军。三月初一晚间，马林率军到达尚间崖扎营，命监军潘宗颜领一军驻守斐芬山，并联合败退到斡珲鄂模的龚念遂部，互为犄角，彼此声援。初二清晨，皇太极率领一千人马攻打斡珲鄂模的龚念遂部。他先率骑兵突人，然后用步兵摧毁战车，明兵大败，龚念遂等皆殁于阵中。这时尚间崖战斗已经打响，双方展开激烈拼杀，皇太极率部投入战斗，明军抵挡不住八旗兵的凌厉攻势，纷纷溃败，马林仅以身免，逃回开原（辽宁省开原县开原老城）。接着，驻守在斐芬山的潘宗颜部孤立无援，在后金兵的猛烈攻击下，全军被歼。至此后金又粉碎了北路来犯的明军，取得了尚间崖、斐芬山大捷。
当日下午，皇太极随努尔哈赤在古尔本立营，得到探报，总兵刘綎领东路明军抵达阿布达里岗，总兵李如柏率领南路明军进抵虎栏，赫图阿拉城内人心浮动，形势十分紧张。初三清晨，他们回军途中到达界凡，大贝勒代善向努尔哈赤请求“吾领从者二十人，扮作小卒前探消息”；努尔哈赤同意后遂行。皇太极每战不甘落后，闻知后立刻前去向努尔哈赤说：“大兄果前去，吾欲与同之”。努尔哈赤说“汝兄扮作哨探，前听消息，汝可随我同行”。皇太极说：“大兄既已独往，吾等何故留后？”于是亦起行，夜近初更回到都城，安抚人心。
是日深夜，努尔哈赤回到赫图可拉，初四黎明，召诸贝勒大臣共商出击刘綎军之策，命代善、皇太极等率领八旗大军去东线迎敌，自己留四千人马守赫图阿拉，防止李如柏的南路明军来犯。中午，代善、皇太极率兵出挖里胯什，发现明军在阿布达里岗布阵。代善想亲自领兵攻占阿布达里岗东面的山头，再由山上向下冲击，皇太极上前阻止说：“阿哥你率领大兵在后面守护，随后再来吧，我领兵前去山上往下冲击”。代善同意后，皇太极率领右翼四旗，迅速占领了东面山头，便选派精骑三十名，由山上冲入敌阵，拚命射砍，未能取胜。随后，代善率领四旗兵亲自冲向明营，经过一场激烈混战，明兵溃散，皇太极率军掩杀。这时刘綎率二营明军来战，皇太极乘其布阵之时抢先杀人，刘綎死于阵中，全军被歼。
此时代善、皇太极得到探报，明监军康应乾领刘綎余部逃往富察，与姜弘立带领的朝鲜兵会合。他们又挥兵南下，皇太极见康应乾的明军皆执竹竿长枪，披藤皮甲，朝鲜兵皆披纸甲，戴柳条盔，枪炮层层布列，便率军冲入敌阵，明军大败，康应乾仅以身免。皇太极等又将朝鲜兵团团围住，不断“驰突，势如风雨”，“瞬息间两营皆没”，姜弘立看到“欲走则归路断绝，欲战则士心崩溃”，便率全军投降。
五日，坐镇沈阳的辽东经略杨镐惊悉明军三路丧师，急令南路李如柏撤兵，退守清河。萨尔浒大战最后以后金的胜利、明朝的失败而告终。这一战役对后金的巩固和进一步发展有决定性的意义。
皇太极跟随父兄跃马弯弓，南征北战，在战火中锻炼成长，不仅冲锋陷阵无比英勇，面且出谋划策颇为高明，已经是一位智勇双全的青年将领，受到努尔哈赤的重视，为将来继承汗位创造了条件。
（2）稳扎稳打，得承大统
天命十一年（1626年）一月，努尔哈赤在宁远城下遭明军重创。八月，病死。由谁来继承汗位呢？早在天命七年（1622年）三月，努尔哈赤已经作了安排，决定后金汗由诸贝勒推举产生，实行八和硕贝勒共治国政。当时在诸贝勒中以代善、阿敏、莽古尔泰、皇太极四大贝勒的权势最大。大贝勒代善与大妃纳喇氏（阿巴亥）有暧昧关系，这种欺君蔑父的行为，使他在诸王中威信大降，而且父汗生前已废除了他的继承权。二贝勒阿敏是努尔哈赤的侄子，并非嫡子，且曾参与其父舒尔哈齐的分裂叛逃活动，更非人选。三贝勒莽古尔泰，生母继妃富察氏由于“窃藏金帛”得罪而死，加上他本人性情粗野，无人拥护，自然不能被拥立为汗。只有四贝勒皇太极实力最强，无论是政治眼光、军事才能和个人威望都在众贝勒之上，所以他是后金汗比较合适的人选。
因此，努尔哈赤死的当天，代善的长子贝勒岳托和三子贝勒萨哈廉向代善提出：“国不可一日无君，宜早定大计。四贝勒（即皇太极）才德冠世，深契先帝圣心，众皆悦服，应速继大位”。代善说：“此吾夙心也。汝等之言，天人允协，其谁不从！”第二天诸贝勒大臣聚于朝，商讨立汗一事，代善首先发言，对皇太极说：“汝智勇胜于我，汝须代立”。他又对诸贝勒大臣说明拥戴皇太极的原因。由于身为长兄的代善鼎力支持，—众贝勒皆表示同意。议遂定，乃合词请皇太极即位。皇太极被拥举为后金汗。后来，满族日益通晓汉族与蒙古族典籍，知道汉人称储君为皇太子，蒙古称继位者为王台吉，或黄台吉，正好与皇太极的名字谐音，于是就附会说皇太极继位是“天意已预定矣”。
九月初一，皇太极在大政殿继汗位，焚香告天，宣布明年为天聪元年。初二，皇太极率领诸贝勒大臣祝告天地，他对天立誓曰：“谨告于皇天后土，今我诸兄弟子侄以国家为重，推我为君。敬绍皇考之业，钦承皇考之心。我若不敬兄长，不爱子弟，不行正道，明知非义之事而故为之；兄弟子侄微有过愆，遂削夺皇考所予户口，或贬或诛，天地鉴谴，夺其寿算”。特别是对代善、阿敏、莽古尔泰三大贝勒，皇太极为感谢他们的推戴，不愿立即以臣礼待之，率诸贝勒向他们的三位兄长行了三拜礼。这些无疑表明，他称汗后，将遵奉和执行先父制定的八和硕贝勒共治国政的制度，要敬兄长、爱子弟，不任意损害他们的利益，汗与诸贝勒是平等的关系，以此来安抚众人。因此，众贝勒也对天铭誓，表示忠于新汗。