（3）委曲求全，以称父意
然而刑部主事王之寀看出了案子的疑点，并请求送十三司会审，终于查清这是一桩谋害案。犯人张差有5个同伙：同乡马三道、李守才，他的姐夫孔道，还有郑贵妃的内侍庞保、刘成。马三道、李守才以及庞保、刘成他们，供养张差已有三年之久，并给了他金壶银壶各一个，让他打上宫门，谋害皇太子。还许愿说“打死了皇太子，就吃穿不用愁了。”
刑部见案子事关重大，立即秉报皇上，并行文到蓟州、内廷，捉拿有关嫌疑犯听审和对质。由于案子牵扯到郑贵妃的两个内侍，所以举朝上下，议论纷纷，都指责郑贵妃一家是此案的主谋，要求查办。
这意外的结果，又令常洛吃一惊。他知道郑贵妃为“立储”的事对他十分嫉恨，却没料到这嫉恨竟到了要置他于死地的程度。不过他清楚，也只能止于忿然而已。郑贵妃朋党成群，不能不令人有所顾忌。他想如果现在要他出来请求追查法办郑贵妃的话，他是不会干的。
常洛对在以自己为漩涡中心的这桩案子里所应取的态度和做法，想了很多，却惟独没有想到郑贵妃会来求他。那时情势的发展，对郑贵妃十分不利，不仅群臣们纷纷弹劾，而且庞保、刘成也都随时可能彻底出卖她。
她接二连三跑去向神宗哭诉，但此案事出有因，干系太大，神宗也没办法，只好对她说：“到了这个地步，朕也不便硬保你，你可速去找皇太子，让他为你解脱吧！”
郑贵妃无奈，只好来到慈庆宫。一见常洛，跪倒便拜，慌得常洛手足无措，自己也忙跪了下来。
贵妃拜罢，便哭诉冤枉，求太子救她。常洛生性怯弱，见平日不可一世的郑贵妃这副样子，十分惊恐，极想此案能早点有个了结。于是便命伴其读书的内侍王安代他起草令旨，要诸臣别再纠缠不休；同时启奏父皇，请令法司尽速结案，不要再株连。
他的这种做法，令神宗顾虑全消，于是亲自出面了断此案。在辍朝25年之后，神宗破例御临慈宁宫，召首辅方从哲、阁臣吴道南以及文武大臣见面，同时，特意把皇太子和三个皇孙也都召来。
他命常洛站在御座右边，三个皇孙在左边阶下站成一排，待群臣叩拜后，便拉着常洛的手，像对人介绍一个儿童那样，缓缓地对众人说：“这个孩子很孝顺，朕也很喜爱他。但是现在外面有些议论，怀疑朕别有他意，果真如此，不早就更换太子了吗？有些人不知用心何在，动辄离间我们父子。你们都看到了，太子在朕身边，而福王相距千里，朕不召，他也不会回来，这还有什么可怀疑的吗？”
接着，他让人将三个皇孙引到石阶下，又说：“朕的三个孙子都已长大，太子是有功的，朕决不会有别的想法！”
听着这番话，常洛彻底明白了父皇的用意，也知道自己该怎么做。于是，当神宗让他把心里话对诸臣们说说时，他便慌忙接过话头，说梃击一案，不过是张差因疯癫所致，何必小题大做，查个不休，依律将张差斩了就是。接着又责备群臣，说：“你们都看到了，我们父子之间是多么亲爱，而有的人却造谣滋事。这样下去，你们都要成为无君之臣，我也成了不孝之子了。”
这些话，正合神宗心意，他再三对诸臣说：“皇太子的话，你们都听明白了吗？”
诸臣自然是听明白了。于是，“梃击案”迅速处置完毕。五月二十九日，张差被处死；10多天后，庞保、刘成也被秘密杖打而死；其余有关人犯被发配边地。神宗和郑贵妃也了却了一桩心事，常洛也松了一口气。
梃击案后，常洛作为太子的地位，算是彻底稳固了。由于他关键时候帮了大忙，神宗开始对他另眼相待，一应生活用度也着实大为增加。
而郑贵妃，眼看废立不成，常洛继承帝位大局已定，心中十分恐惧。她深和自己对常洛多有得罪，为了将来不遭报复，便一反常态，对其加倍逢迎。她借口感激常洛的解救，不仅好话说尽，而且经常赠以钱财、珠宝，还从她的宫女中挑选了8个最美的送给常洛。
这时的常洛，境况已大为改观，再也不受压抑、冷遇，所到之处，满目喜风，不觉踌躇满志起来，他将一往的屈辱全抛在脑后，恣意放纵，耽于享乐，酒色财气，无所不沾。那境况如饥似渴，真有久旱甘霖、一下子补足30多年亏空之势。不久，他便染上病症。到他登极即位时，那病已渐入膏肓了。
（4）带病登基，苟延残喘
万历四十八年（1620年）七月，明神宗朱翊钧病情突然加重，半个月几乎饮食不进。廷臣们情知不妙，在首辅方从哲的带领下，陆续人宫探望病危的皇上。常洛也得到了消息，但多年来形成的“非宣召不得人见”的规矩约束着他，尽日在宫外徘徊也不敢入内。
给事杨涟、御史左光斗见状，便对其伴读王安说：“皇上的病很厉害，不召见太子不是皇上的本意，你务必要劝请太子去侍奉皇上，端饭喂药，夜晚也不要轻易离开。”
常洛明白这是为他能最后得到神宗认可而顺利即位着想，内心十分感激，第二天就赶到神宗御榻前。
十九日，神宗病情急剧恶化，召英国公张惟贤，首辅方从哲，尚书李嘉谟、李汝华、张问达等大臣到弘德殿，当面托孤。他嘱咐诸臣要克勤职守，辅佐常洛为帝，二十一日，神宗病逝。
泰昌元年（万历四十八年，1620年）八月初一，皇宫内燥热、喧腾，在缭绕的香烟与杂乱的鞭鸣中，朱常洛兖冕加身，然而却是脸色苍白、浑身微颤，强撑着出现在即位大典上。
他勉强地坚持到仪式结束，完全没有了初临丹墀的兴奋，只感到一种从未有过的困顿与沉重。这一天下来，常洛已经预感到自己的时间不会太多了，于是，他将自己的年号定为“泰昌”，并打算以第二年为泰昌元年，意在取个吉利。同时，他又立即动手，加紧办理神宗遗嘱诸事。
常洛以天子之身办的第一件事，是罢矿税。他以传谕神宗遗诏的方式，下令罢免全国境内的矿监、税使和中使衙门里的中官，停止任何形式的采榷活动。
第二件事，饷边防。他下令由大内银库调拨200万两银子，发给辽东经略熊廷弼和九边抚按官，让他们犒赏军士。并拨给运费5000两白银，沿途支用。
第三件事，补官缺。常洛即位之初，内阁仅有方从哲一人，其余官职也缺很多。他先后命史部右侍郎史继偕等人为礼部尚书兼内阁大学士。
只有一件事，他虽然尽了力，却没有替父皇神宗办好，那就是封郑贵妃为后。郑贵妃图谋封后由来已久，然而万历四十八年三月以前，王皇后在世，她没有机会；此后是神宗病，仍然没能办成。那时，她就以侍神宗病为由，住进乾清宫，神宗去世也不搬出。
八月初一，常洛已即位为帝，却依旧住在慈庆宫里，朝野为之愕然，廷臣们纷纷上疏弹劾，要她即刻迁出，以正“礼法”。她却讨价还价说，答应封她皇太后，封与她相投合而为常洛所宠爱的李选侍为皇后，她才肯迁出。
八月初十，常洛退朝后，李选侍等依郑贵妃的意思，与他嬉戏。常洛于是命升座内宴会，闹至很晚，又乘兴连幸数女，当夜就病情加重。
这时，郑贵妃却早晚都来探望，连软带硬地逼着常洛尽速册封。常洛被逼无奈，只好于八月十二日，强拖病体临朝视事，专门商量封后问题。
他复述了神宗遗命后，提出要尽快为郑贵妃行封后礼，并吩咐方从哲具体办理。方从哲于是通知了礼部。事情传开后，非议骤起。礼部侍郎孙如游最为激烈，他力陈了以妃封太后的不合礼法，并分析说神宗遣命是其弥留时思虑不周的结果，强硬地表示：符合道义的，以遵命为孝。不符合的，以遵从礼法为孝。因此臣等断不敢从命！
常洛见众臣极力反对，只好收回成命。两天以后，吏部尚书周嘉谟等找来郑贵妃的侄子郑养性晓以利害，要他告诉郑贵妃赶紧移宫，否则后果自负。郑贵妃见惹起众怒，十分惊惧，立即移居慈宁宫，并要求收还由妃封后的成命。
八月十二日是常洛最后一次临朝，此后，便一病不起。
（5）御医投药，“红丸案”发
八月十四日，召内侍御医崔文升诊治。崔文升草草地看过之后，用了一剂泄药。服下不久，常洛便觉不适，一昼夜支离床笫，竟腹泻了三、四十次，顿时觉得委瘁不堪。
此时宫内一片混乱，人人惊慌失措，都觉得皇上病重至此，定与崔文升下药有关。而这崔文升又是郑贵妃的心腹。于是，许多人指斥郑贵妃要谋害皇上。
常洛的王、郭二姓宫外亲戚，也赶到宫中，遍访朝臣，哭诉宫廷的危急，并说：“郑贵妃和李选侍相互勾结，包藏祸心。”给事中杨涟、御史左光斗等，也觉得问题十分严重，提出要追查此事。这时常洛自觉“头目眩晕，身体软弱，不能动履”。十六日，便将这些症状以谕旨的方式，晓谕群臣。
杨涟等人宫问安时见到此旨，大为惊骇。在了解了详情后，杨涟上疏弹劾崔文升，大意为：“贼臣崔文升若不懂医，就不应以皇上龙体令其试验；若懂医，则明知皇上衰弱反用泄药，就是别有祸心。现在外间谣言很多，说皇上私生活无节无度，所以才造成如此重病。这是毫无道理的，这是崔文升用以逃脱罪责的伎俩。像崔文升这样过去用药从未出错，如今皇上有病却偏出此大乱子，不是十分可疑吗？望皇上明察。若其有意，则碎尸万段；若其无意，则速速贬谪！”
此时，刑部主事孙朝肃等人，也上书方从哲，说给皇上看病和立储的事，都不可大意。方从哲于是请常洛“用药宜慎”。
那时，许多人都以为常洛一定会重处崔文升，然而六、七天过去了，却一点动静也没有，廷臣们于是十分诧异。其实，常洛这时并不十分相信崔文升用什么毒计，况且，他那时已感到自己朝不保夕，急于安排一些事情。
二十三日，常洛在乾清官东暖阁，召英国公张惟贤、大学士方从哲、吏部尚书周嘉谟等13人入见，并特意派锦衣卫宣杨涟。杨涟素来耿介，经常直言上谏，于是众臣以为一定是要办杨涟的罪。谁知斜倚在御榻上的常洛，只是久久地注视着杨涟，目光中流露出嘉许。
过了一会儿，常洛说：“朕在东宫感了风寒，未痊愈，又遇父皇母后大丧，悲伤劳苦，所致此。朕不服药已有10多天了，卿等大臣不要听小人传言。”接着，常洛谈起了册立太子的事，这时，皇长子朱由校在一边侍立，李选侍也在一旁。常洛说：“皇长子已成人，可以考虑册立了。”此后，常洛又提出“册封李选侍为皇贵妃”。李选侍一定要“封后”，因常洛不同意而作罢。
这是常洛的最后一次从容召见；八月二十九日，他还召见过一次群臣，但却已是“托孤”。他对张惟贤、方从哲等交待了两件事：一是册立李选侍为皇贵妃；二是辅佐朱由校为帝。
随后，他便突然问陵地安排得怎么样了。方从哲起初以为是问神宗的陵地，却不料常洛竟指着自己说：“朕是问朕的陵地准备得如何？”众臣感到十分震惊，他们料到皇上已来日不多了。
召见临结束时，常洛又提起了一个人。只因为这句话，才导致了明末“三案”的第二案——“红丸案”。
常洛当时问道：“鸿胪寺有个官员不是要来进药吗，他在哪儿？”
方从哲赶忙道：“鸿胪寺丞李可灼说他有仙方，但臣等不敢轻信。”
这李可灼进“仙方”，曾被方从哲等人拒绝过，但他与中使们很熟，就超过内阁直报常洛。常洛起初将信将疑，这时见方从哲也证实确有此事，疑窦遂消。于是，令中使宣其进殿临榻诊视，并让他赶紧进药。李可灼也马上用人乳调药，给常洛服了一枚红色药丸，就是所谓“红丸”。
服药之初，常洛感觉很舒服，夸李是“忠臣”并传谕众臣：“朕用药后，自觉身心舒畅，也想吃饭了，卿等放心。”被召见而未离朝的诸臣这才欢跃而退，只留下李可灼与几个御医。
入夜，常洛担心药力不足，令再进一枚红丸，这次却感觉十分不好。五更时分，内侍急召诸臣人见最后一面。九月初一，东方泛白的时候，这位年仅39岁、登极只有30天的皇帝，就带着一腔遗憾与满怀心思，撒手归西了。
由于朱常洛是服用“红丸”后，才病情急剧恶化，进而故去的，所以廷臣们觉得差不多是李可灼断送了皇上的性命。那桩直至明朝灭后也纠缠不清的“红丸案”，于是演绎起来。
人们首先觉得这“红丸”是个疑点，它是个什么药呢？那时，有说是春药的，有说是金丹药的，也有说是补药的，但有一点可以肯定，这药性大燥，对于虚衰已久的常洛，是断不该用的。常洛先是有崔文升下泄药一损在前，这“红丸”又燥益在后，一损一益，都是迫魂断命的劫剂。
有人说崔、李都是弑逆，主张处以极刑，同时，查明谁是幕后人。言语之意，直指郑贵妃及其朋党。立储事件后差不多已有衰竭之象的党争，因此又热热闹闹地兴了起来。
此时，首辅方从哲火上浇油，使红丸案愈演愈烈。
常洛刚逝，宫廷内外正纷纷议论为李可灼“红丸”所害之际，方从哲却匆忙拟旨，代皇长子朱由校下令，赏赐李可灼银两及二表里彩缎。令旨一出，廷臣立时议论蜂起。
御史王安舜最先抗疏，他力陈了李可灼用药不当，然后说，“至轻也应治庸医杀人之罪，而皇长子殿下却反而赏赐，这不是想以此来压制外廷的议论吗？”
王安舜的疏文，说出了许多人的想法，上疏的越来越多。御史郑宗周并将“红丸案”与“梃击案”联系起来。认为是“梃击案”处理不严、不透，才使崔文升敢起而效尤，“请寸斩文升以谢九庙”。