经过实战，戚继光深深地认识到：要消灭敌人，就必须有一支训练有素的勇敢军队。嘉靖三十五年（1556）十一月，戚继光向浙江军政当局建议创设兵营、训练士兵。第二年的二月，戚继光又一次建议练兵。胡宗宪等虽然勉强接受，但却并不怎么重视，他根本不相信能练成如戚继光所设想的那样的军队。直到嘉靖三十六年（1557）底，才将兵备佥事曹天佑所部3000军队拨归戚继光。戚继光带领这3000士兵，一边训练，一边作战。
嘉靖三十六年九月，汉奸王直先遣养子王滶随蒋洲来到杭州，随后自率死党3000多人占据舟山岛的岑港。胡宗宪继续使用招抚手段，劝说王直投降，王直竟然接受了招抚。在这之后，明朝官员内部在如何对待王直这件事上，产生了分歧，王直不久被捕并于次年被处死。王直被杀之后，其余党哗然，声言要为王直报仇，这伙死党在王滶的率领下，固守岑港进行顽抗。嘉靖三十七年（1558）春天，胡宗宪督众进攻岑港，戚继光也参加了攻击岑港的战斗。由于岑港位于舟山岛的两端，地形极其复杂，易守难攻，明朝官军久攻不下。
就在岑港之战正在进行之时，当年的四月，又有大批倭寇自北方窜来，在浙江台州登陆。胡宗宪急忙调戚继光率部增援台州。四月二十三日，戚继光督率所部兵马，从舟山渡海，准备前往台州。但探马来报说，倭寇已移攻温州，戚继光便又率众昼夜兼程，直奔温州。在前进途中，得悉倭寇正在盘石卫的乌牛一带大肆烧杀抢掠。二十九日，戚继光兵分三路，自率中路，猛扑乌牛山。倭寇遥见明军来势甚锐，便奔过馆头，隔山拒守。戚继光挥师冲锋，倭寇阵脚受到冲击，顿时大乱，明军大队人马趁势拥上，涉水击敌。这次战斗从早晨直打到午后，明军五战五胜，倭寇大败逃窜。
到了五月初，又有4000余倭寇，乘数艘战舰，屯泊乌牛、馆头，四处剽掠。戚继光率师在十里桥、白塔迎战，两创敌兵。倭寇溜回舟中，深藏不敢出。五月十日，又有倭船40余艘从龙湾方向来，屯泊大崎、黄华一带。连日来龟缩在乌牛、馆头之倭，联舟百余艘，驶往海上剽劫。戚继光命把总梅奎、邢镇率领征集的渔舟由水路，与自己率领的陆路军队两路追击倭寇。倭寇欺负明军渔舟矮小，用大福苍船迎战。明军渔舟两路夹攻，直追至小崎山下，终因船体过小，奈何不了倭寇的大福苍船。戚继光亲临前敌，审视战况。他弯弓射箭，射倒了倭船的舵工；其部下把总刘意又射死倭船橹手。舵橹皆歇，倭寇的大船只能在海上打转，使得倭寇一时间手忙脚乱。明军小船四面环攻，一边杀敌，一边纵火，熊熊烈火把倭寇的大福苍船烧毁，烧溺而死的倭寇无数。其余倭寇吓得急忙开船逃走。这一年的秋天，戚继光又被调回岑港战场。岑港虽已被围攻半年多，但一时还难以攻克。朝廷便以岑港久攻不克为由，将俞大猷、戚继光等革职，令其戴罪杀敌，并命其在一月之内必须攻取岑港。戚继光等率众拼命冲杀，拒守岑港的倭寇在明军的强有力进攻之下，终于抵挡不住，不得不放火烧寨，移往柯梅。明军本可乘胜一举攻灭这支败寇，但总督胡宗宪却不肯力剿，只希望倭寇赶快离开浙江，以使自己的驻守之地得以安宁。这支败寇便由柯梅开往福建，大肆焚掠，福建舆论大哗。御史李瑚疏劾胡宗宪嫁祸邻省，因为李瑚和俞大猷同为福建人，胡宗宪便怀疑李瑚所劾，是俞大猷提供的情况。胡宗宪为了开脱自己的罪责，竟诬陷俞大猷等“纵寇南奔，播害闽广”。由于严嵩的庇护，结果胡宗宪升官，俞大猷被逮捕下狱，戚继光也被加上“通番”的罪名。恰好攻克岑港的捷奏至京，戚继光才得以官复原职，仍旧镇守宁波、绍兴、台州三府。
嘉靖三十八年（1559）春夏间，倭寇又大举进犯浙江沿海。数千倭寇自温州、台州登陆，两府警报频传。温州倭寇多在平阳、乐清两县间抄掠，台州倭寇势头更甚。一府六县，沿海数百里，倭寇巢穴无数，其中危害最大的三大巢穴是栅浦、桃渚、海游。四月，戚继光接到往台州剿倭的命令，便召集部将召开会议。这时，倭寇已经包围了桃渚干户所。四月五日，戚继光率军从宁波出发，多次击败所遇倭寇。当明朝官军赶到桃渚时，桃渚所已经被困月余，危在旦夕。四月十六日，戚继光趁雨悄悄引军逼近敌营，设伏兵四支，待命杀敌。又令数十名鸟铳手潜入城中，广张旗帜，以为疑兵。第二天，倭寇便来攻城，城上鸟铳齐发，大批倭寇被击毙。倭寇抬头，见城上旌旗蔽日，以为明军大队人马到了，急忙撤围退走。倭寇退走之时，又被戚继光的伏兵一阵截杀，余寇逃往章安，与栅浦之倭合兵一处，返身迎战，其势十分猖狂。戚继光率军追击，列阵椒江岸边，亲自擂鼓督战。明军精神大振，奋勇向前，与倭寇短兵相接。白刃战从早晨战至午间，明军越战越勇；倭寇也不甘示弱，猖狂反扑。处州义士胡元伦虽已身被数处创伤，仍血战不已，冲锋在前，众兵紧紧跟随，举刀劈敌。倭寇大败溃散，夺船奔命，来不及上船的，大批被淹死。败寇分两股，一半乘舟逃往南岸，另一半窜往椒江北岸的山区。戚继光率部紧追不舍，在黄蕉山包围了敌人。趁夜色朦胧之际，四面仰攻，一战而胜。
在戚继光率军追敌之时，又有大批倭寇继续向桃渚进攻，各处探报不断传来。戚继光乘战斗间隙命部众稍休息，调理伤员。自己则根据探报，研究敌情。通过分析，戚继光弄明了在台州、温州的倭寇。以进攻桃渚之寇势力最盛；栅浦、贾子一路稍次；在温州之倭最弱。于是，戚继光建议上司，以分巡佥事曹天佑督指挥祁云龙等部屯兵黄岩，阻击温州之倭寇北窜；以知县张师善率所部乡兵牵制栅浦之倭；以海道副使谭纶、都司戴冲霄督诸部客兵屯海门卫，占据要冲，切断桃渚、栅浦二寇之间的联系。戚继光自请率处州义兵再解桃渚之围。总督胡宗宪采纳了戚继光的建议，并进行了相应的军事安排。
四月二十四日黎明，戚继光进军桃渚，离敌还有30里时，倭寇探知明军势锐，便立即解围而走，移营葛埠，据山港为险顽抗。戚继光亲临前敌，审视地形，指挥明军发动猛攻。戚继光命部将楼楠、丁邦彦率部浮水先登，复授计卢锜领兵往敌巢纵火。火起，敌营大乱，队长杨贵直入倭巢，奋勇杀敌。倭寇惊溃，慌不择路，大批被烧死淹死。残余冒着倾盆大雨，连夜开船，往栅浦方向逃去。桃渚之围终于解除了，被俘的1000多百姓得释。
消灭桃渚之倭以后，当年的五月初一，戚继光率师来到海门卫，正拟与谭纶商议扫平栅浦倭寇，探马突然来报，有3000倭寇从贾子、栅浦方向而来，要袭击海门卫。戚继光以军士极需休息，便令卫军暂为守城。这帮军官平时懈怠惯了，尽管接受了命令，却疏于防守。海门紧靠大海，卫城离海才一里来路。到了半夜时分，数百倭寇乘天色晦黑，悄悄潜来袭城，等到30多个倭寇已经爬上城头，守军才发觉，慌忙呼救。戚继光闻讯，见情势危急，也来不及整顿队伍，飞身上马，手舞双剑，往城门急驰而去。这时风雨交加，夜色漆黑，伸手不见五指。卫士匆忙大声疾呼：“主帅亲自冲上去了！”部众惊醒，将校兵卒齐往城头冲去。谭纶也率卫士奔出督战。众人杀倒登城之倭，袭城的倭寇匆匆奔回水上敌营。海门卫所保住了，戚继光为了严肃军纪，把负责守城的人斩首，城中的形势才逐渐安静下来。
倭寇知道海门有备，不敢再行进攻，便准备向南过新河，出南涧逃走。戚继光熟悉地形，料知倭寇必经此路，便事先命士卒钉桩连船，塞敌去路。倭寇只得停泊牛桥，爬上新河所前山，筑垒拒守。戚继光和谭纶早已率众等在新河，见倭寇退来，从容布置，出奇击敌。先以少量兵力出西城，引敌出动。倭寇见明军人少，都往西城涌来。戚继光立在城头嘹望敌人动向，见倭船都在城南牛桥。倭寇扑向西城，打不着仗之后，必奔牛桥而去，到时势必从南门经过。于是，戚继光命令全部精锐兵马，都伏兵城南待敌。果不出所料，倭寇又往南城急急奔来，早已等在这里的明军，一下子冲上去，三路合击。气喘吁吁的倭寇不敢再硬拼了，纷纷登船，隔水拒明军。明军发巨铳炸碎倭船两艘，倭寇又慌忙登岸迎战，复遭痛击，又不得已而退回舟中，逃往南岸。明军鸟铳齐发，枪弹横飞，纵火攻敌船。在这一次战斗中，焚毁倭寇双桅巨船32艘，烧死淹死倭寇有1000多人。
从南岸登陆的倭寇，往乐清逃去，打算同温州之倭会合。戚继光对谭纶说：“倭贼已经魂飞胆落了，应当急追！”五月十二日，明军在南湾追上了败寇。倭寇分五路占据海岸高山，凭险固守，又劫渔舟数十艘，随时准备出海逃走。戚继光先命卢锜等率军千人，从山背抄敌后路，正面分兵五路攻敌，故意只留海路一条，而在海口处预伏精兵，放敌自投罗网。战斗开始后，倭寇居高临下，箭石齐发，明军攻不上去。戚继光见山上有两个倭寇首领在摇旗指挥，遂同弟弟戚继美冲上前去，兄弟俩各射一箭，两个倭寇首领应声倒地，余寇吓得慌忙躲进树荫中避箭。各路明军乘机并力奋攻，霎那间，倭寇阵地背后一片杀声，原来卢锜等已率众从山后袭登山顶。于是，明军上下交攻，左右夹击，倭寇支撑不住，果然从戚继光留下的那条海路逃跑，正中明军埋伏。明军奋勇环击，倭寇蹈水而死者，不计其数。来不及逃跑的，跪地求饶，倭寇首领也俯首投降。残余倭寇往温州窜去，戚继光一直追到温州的盘石、馆头，终于将倭寇全歼，温州的倭寇也被戚继光分兵赶下海去。
五月十八日，戚继光奉命挥师北上，会合其他各路明军，剿灭盘踞台州府宁海的倭寇。盘踞宁海的倭寇听说各路明军齐集，心怯气馁，乘船往海上逃去。戚继光督率舟师，乘风奋击，把总任锦率所部水师追敌，在猫头洋击沉倭船六艘；把总邱泓又率所部水师，在清门洋击沉倭船五艘，焚毁四艘，救出被俘百姓5090多人。倭寇在海上势穷，转而登陆聚集，抢占民舍，据楼死守，被都司牛天锡所率明军全歼。至此，嘉靖三十八年入侵温州、台州二府的倭寇，被全部荡平，戚继光在这场平倭战争中纵横驰骋，已成为一位远近闻名的勇将了。
2.军纪严明，精心练兵
戚继光通过一系列的抗倭斗争，深切地体会到：要战胜敌人，就必须有一支精兵；如果无兵而议论打仗，就如同一个无臂膀之人同手执利剑的人格斗一样，自然很难取胜。当时明朝政府在抗倭战场上的士兵，主要有两种：一是外省来的客兵，另一是浙兵。客兵中有两广的狼士兵，山东的箭手，湖广的漕卒，河南的毛兵以及川兵。这些客兵离浙江甚远，等奉命开到前线，倭寇早已饱掠一阵，开洋而去；待他们返回本省，倭寇又乘机而来。至于那些留下来的客兵，享受着优厚的待遇，但却骄横异常，不受节制，甚至相互火并，有的还伙同倭寇一起残害百姓，甚至比倭寇更坏。以致老百姓非常气愤地说：“宁遇倭贼，毋遇客兵；遇倭犹可逃，遇兵不得生。”而当地的浙兵由于受到军官的盘剥，生活极端贫困，缺吃少穿，打起仗来，更是“身无甲胄之蔽”。平时由于毫不训练，“手无素习之艺”。“战无号令”，“望贼奔溃，闻风胆破”。这种情况使戚继光不无忧虑，要靠这样的兵战胜倭寇，极为困难。
早在嘉靖三十五年冬，戚继光就上书建议训练士卒。然而当时只重创建兵营，突出训练，选兵还主要从现存浙江卫所兵以及民快义勇中挑选精壮。后来，胡宗宪将曹天佑部的3000兵拨归戚继光训练。经过一年半时间，这支队伍看起来军容也还整齐。由于戚继光打仗时身先士卒，指挥有方，加上军令严肃，也打了许多胜仗。但是，虽然经过戚继光的严格教育，这支军队的军纪仍然不尽人意。戚继光率领这支军队在取得乌牛大捷之后，收兵记功时，一个士兵提着一颗血淋淋的人头前来报功。戚继光见被杀者双目怒睁，心中正在纳闷之时，另一个士兵看见那颗血淋淋的人头，忽然放声痛哭道：“这是我的弟弟呀！刚才负伤并未死去，为什么要杀他啊！”还有一个士兵，竟然拿一个十五六岁的无辜少年的头颅，也来报功。戚继光极为愤怒，把两个冒功者统统杀了，但这类事件仍时有发生。至于因强奸妇女、抢劫百姓而受处罚的士兵，那就更多了。
戚继光率领的军队，虽然也常打胜仗，但违抗军令之事也时有发生。在海门击退倭寇之后，戚继光命令军队乘胜追击，但士兵们因胜而骄，军纪松弛，不肯向前，连同自己很信任的一个亲兵也跟着退缩。戚继光只得把违反军规的士兵连同那个亲兵一同杀掉，才使得军队继续向前追去。