刘福通的起义，如一声春雷震撼了中华大地，各地白莲教徒及农民纷纷响应。至正十一年夏，继刘福通五月起义月余，白莲教南方首领彭莹玉又在江淮地区起义。八月，彭莹玉之徒、麻城铁匠普胜和罗田布贩徐寿辉在新州（今湖北新春）起义，攻占新州、新水（今湖北稀水）和黄州（今湖北黄冈南），十月在新水建立政权，国号初亦为宋，后改为天完。差不多于徐寿辉起兵的同时，邳州（今江苏邓县）人李二（又称芝麻李）与赵均用、彭大等八人伪装河工，夜袭徐州，夺下城池后募兵十余万众，攻克宿州（今安徽宿县）、五河、虹县、丰（今江苏丰县）、沛（今江苏沛县）、灵璧、安丰（今安徽寿县）、濠、泗。十二月，邓州（今河南邓县）人王权联合张椿起兵于邓州、南阳，进而占据唐、嵩、汝诸州和河南府（以上均在河南地），被称为“北琐红军”。至正十二年正月，孟海马起义，攻占襄阳，进军荆门、房、归、峡等州（以上均今湖北地），被称为“南琐红军”。这几支队伍都是白莲教徒领导的起义军，也头裹红巾，因此齐被称为红巾军。其中李二、王权、孟海马三支起义军源出韩山童，与刘福通属同一支派，因而虽起事于江淮，也与刘军一起合称为北方红巾军。而徐寿辉源出彭莹玉，与彭莹玉起义军合并后，统称为南方红巾军。
除了红巾军之外，还有一些并非白莲教徒领导，也不以红巾为记的起义军，包括至正八年曾起兵反元，后又受元朝招安的浙东私盐贩子方国珍，也趁此时机重新打起了反元旗号。
顿时间，大江南北处处燃起反元的烽火，大半个中国“齿木为把，削竹为枪”，奋起反抗元朝的统治。
看准潮流，毅然投入起义军
早在流浪豫皖一带时，朱元璋就曾风闻韩山童与彭莹玉宣传白莲教义，宣扬反元言论，因而也直接间接地受到了白莲教的影响。回到皇觉寺重归佛门后，朱元璋受到师父高彬长老及众位师兄的欢迎，虽然正式开始跟师父师兄修习佛法，但他之所以出家，只不过是为了混碗饭吃，求个安身立命之地，并非什么生有夙慧。正限于此，当各地的白莲教徒纷纷揭竿而起，半个中国为之沸腾时，朱元璋的内心也开始生起波澜，听韩山童讨元檄文上说：“贫极江南，富夸塞北”，他心有所悟，联想起自身的惨侧遭遇和游历各地时的所见所闻，意识到非要把蒙古鞑子打回漠北，否则天下难以安乐太平。于是，自幼不甘寂寞的朱元璋此时哪里还能安心礼佛，但他是个处事细致的人，不肯莽撞从事，还要观望，做出形势判断，以确定自己日后的方向。
恰在此时，一支红巾军的部队进入濠州。首领郭子兴本是定远土豪，原籍曹州（今山东曹县）。其父以卖卜为生，壮年未娶，定远有个财主将盲女儿嫁与其为妻，生三男一女，次子即郭子兴。他自幼极有胆识，见当时朝政腐败，社会动荡，料天下必将有变，便加入白莲教，散尽家财，广聚豪杰。至正十二年二月，“郭子兴、孙德崖及俞某、鲁某、潘某起兵，自称元帅，攻下濠州，据其城守之”。定远、钟离一带农民，闻讯而“弃农业，执刃器”，纷纷投奔，由于时机正好，一支队伍很容易就拉起来了。
郭子兴的起义军信奉韩山童一派的白莲教，因而属于北方红巾军的一支。此时，元政府派一名叫彻里不花的蒙古将领，率兵三千驻于深州城南三十里，声称攻城，却又畏缩不前。此时的元军，早已不再是成吉思汗威震世界的蒙古精骑，不敢和红巾军交锋，但迫于军令，又不得不做样子，见了老百姓便一拥拿下，往头上缠条红布，冒充“乱民”，以向长官邀功请赏。朱元璋虽是个僧侣，却也怕受到波及，被人出卖当作红巾乱民，与其终日在庙里提心吊胆，不如下定决心投奔郭子兴。
至正十二年，闰三月初一日，朱元璋依旧僧人打扮，身穿破烂袈裟，来到濠州城外。
此时天下大乱，群雄并起，容不下一个和尚安度岁月诵经念佛。朱元璋应时而动，顺应历史潮流，自此登上前台，开始了他的军事和政治生涯。
才干出众，得到主帅欣赏
朱元璋投身起义，并非以天下为己任，除了对元朝政治感到愤慨外，更主要的原因是想借起义洪流出人头地，改变一下命运。虽然他参加起义并非像刘邦、韩信一样从开始就有大志，不过要做番事业、混个人样的想法还是有的。此时他已是个人高树直的青年人，以他的见识当然明白，仅仅满足于当个小卒是无法混出个人样的。
朱元璋少年时就喜欢做孩子们的首领，有相当强的权力欲，而浪迹江湖时遇到的一件事，更使他自信不凡。至正四年初夏，他路过庐州府六安州时，曾在路上遇见一位老人，背着箱子，年迈不支，朱元璋心生怜悯，便帮助老者背了一段。老者看了他的面相，深感惊奇，以为龙风之姿，将来必贵不可言，又细细地问过朱元璋的生辰八字，掐指一算，肃然道：“老夫阅人多矣，然命相堪与君相比者，未曾见过，望好自珍重。”朱元璋此时漂泊流落，心中正自苦恼，当下谢过老者吉言，只是一阵苦笑自嘲。然而日后安身佛寺，心无旁骛，每当想起老者这番话来，虽觉虚无飘渺，却也颇为自信而自负。
朱元璋离开皇觉寺，在濠州城门投军时出了点不大不小的岔子。由于目光深邃，面目非凡，义军守兵疑他为奸细，将他绳捆索绑，欲押赴城外砍了。朱元璋与守卒争辩不已，引来大群人众围观，便有人将此事报与郭子兴。郭子兴来至城门，细看这个和尚，觉得相貌不同常人，似有过人之处，待问明究竟后，便收留做了他的亲兵。
有道是时势造英雄，但反过来，英雄也不能单单等着时势来造就，只有主动出击，才能更快更准地把握命运的契机。朱元璋懂得这一点，抓住机遇，因而在郭子兴帐下极力表现，不但在实际作战中，也在处事为人方面处处显示出高人一筹，因此不久便在士兵中脱颖而出。
参加郭子兴的军队后，朱元璋脱下僧衣，换上红袄，每天在队长的带领下操练武艺。他在江湖游历时，曾于巢湖随渔民操舟撒网，和渔民们交上了朋友，巢湖渔民大多会些拳脚，因此他也颇练了些拳脚，具有一定的武术根基，在校场上不出半月，武艺已超出侪辈。
朱元璋身材魁伟，体质壮健，孔武有力，加上刻意表现，力争上游，勤修苦练，自然容易练成本事。武术中有一种洪拳，共三十二路，即朱元璋所创，本名太祖长拳，又因朱元璋年号为洪武，人称洪武朱皇帝，所以这套拳术又被称为洪拳。这套拳路气势威猛，进攻积极，后人曾以洪拳为基础，衍出大洪拳、小洪拳。由此可见，朱元璋也可以算上半个武术家，更有利于他在战阵争杀中突出个人的才华。
郭子兴见朱元璋技艺精湛，又勤学苦练，为人勇敢，非常器重，每次出征，都将他带在身边。朱元璋“从旁翼卫，跳荡无前，斩首捕生过当”，使郭子兴十分满意，不久便提拔他为九夫长。所谓“夫长”，乃成吉思汗创下的元朝兵制，十人为一小队，以十夫长为首。所谓的九夫长，大致就相当于一个小队长的职务，属于基层军官。不过由于是郭子兴元帅府亲兵，经常伴随在郭子兴身边，所以他这个小队长的身份又自不同。
郭子兴在相处中感觉到他有胆有识，有勇有谋，于是时常有事找他商量，就这样，朱元璋不久就成了郭子兴的亲信心腹。朱元璋为人处世圆滑，外表稳重可信，遇事善于讨人欢心，这种个性是浪迹江湖时形成。那时他孤身无助，为了得到他人援手，靠着善于取得别人信任的本事，交下了很多江湖朋友，也染上了一些为朋友两肋插刀的江湖习气。凭着这一点，在需要和崇尚江湖义气的环境中，他想讨好一个人是很容易的，因此短短的时日内，不仅讨得了郭子兴的欢心和信任，也得到了其他元帅的赏识。
而此时的郭子兴，表面上虽和其他几位元帅互相敬重，事实上背地里却遭到了别人的嫉妒。郭子兴为人“素刚直，不屈人下”，争强好胜。
当初为了共谋大事，他和孙德崖、俞某、鲁某、潘某联合举兵，同称元帅。孙德崖等人是农民出身，缺少见识，只凭意气用事，整天只想着如何掠夺财物，如何压过郭子兴，但真正遇事，却面面相觑，拿不出什么主意。郭子兴甚轻他们的为人，但为了顾大局，免得造成不合，还是让出了头把交椅，孙、俞、鲁、潘依次而列，他则屈居第五，而在处理军务时还是全凭郭子兴。
由于心中不满四人，不平于屈居四人之下，所以郭子兴在处理完军务之后往往冷嘲热讽、含沙射影地奚落四人，那四人因此结成联盟对付郭子兴。营垒内部既已互生芥蒂，长期下去绝非好事，郭子兴对此也颇为忧虑，却又并无办法，碰上朱元璋后，他就想有个可靠且有胆识才智的人好作商量，更想将他笼络住，使之成为臂助，以防其他四人一朝反目。因此，他见孙德崖对朱元璋也有些赞赏，便决定将他彻底笼络住，使他成为自己的得力干臣。
郭子兴的第二夫人张氏，人称小张夫人，收养了一个义女。这位义女本是郭子兴老友马三的女儿，马三是宿州问子乡新丰里富室，性格豪侠，喜结交朋友，“善施而贫”。至顺三年（1332年）女儿出生不久，马三因杀人避祸，带着女儿逃至定远投奔郭子兴，不久身亡。郭子兴将老友之女收为义女，交给小张夫人抚养，此时为笼络朱元璋，便与小张夫人商议，将义女马氏嫁给了朱元璋——她就是明史上以贤德著称的马皇后。马氏相貌一般，面微有白麻，然而为人端庄聪明，朱元璋与马氏成婚，就等于得到了郭子兴这座靠山，有了这层裙带关系，无异于一条进身捷径，当然求之不得。因此在郭子兴提议之后，他一口应承。
朱元璋本名重八，加入郭子兴军队以后，取名兴宗。此时，郭子兴又为他更名为元璋，字国瑞。但郭子兴的手下将领们既敬朱元璋是他的女婿，又敬朱元璋胆略过人，此后不敢直呼其名，而尊称之为“朱公子”。将朱元璋招为女婿后，郭子兴对他更加器重信任，不久便让他带领一支队伍，外出攻城略地，朱元璋也得以初次表现了他的军事指挥才干，先后攻五河，取定远，克南宿、大店、大镇等地。在这些行动中，朱元璋每每带兵出征，总是身先士卒，冲杀在前，得到战利品后，分毫不取，悉数分给部下，因此深得部下的敬重和拥戴。他所率的这支队伍人人奋勇，个个争先，上下一心，所向披靡。
朱元璋本是贫家孤儿，对兵书战策毫无了解，可以说投军以前完全是个百姓，可初次带兵，就表现出了一个军事家的素质，这是因为在冷兵器时代，军人和百姓并无万里之隔。由于朱元璋将早年流浪生活的经验和治军结合了起来，得出“军事即人事”的结论，治军除了严法外，还要宠络军心，使将士用命，才能所向无敌，由此自然可打胜仗。此时的朱元璋，因为身份地位所限，还不能自定一套军中法规来严格要求部下，只能从找感觉、鼓士气、笼络军心方面入手。他之所以身先士卒，与部下同甘苦；取得的财帛平分部下，自己一毫不取，正是为此。
由于朱元璋屡战屡胜，郭子兴的兵威因此更盛，威震淮北，也对他更为器重。招他为婿后，朱元璋有了靠山，做起事来手脚也得以放开，更显得才智过人。
农民起义军的将士们，十之八九都是贫民出身，目不识丁。朱元璋文化虽不甚高，但矮子里拔大个儿，在军中也算得上是个识文断句的人才，加上他计谋百出、作战勇敢、待人亲切、喜助人、善交友，因此短短的时间内，便在军中树立起了好口碑，威望地位直线上升，最终脱颖而出，跻身于一方区域里红巾军将领的行列。
利用矛盾，大树个人威信
至正十三年（1352年）九月，北方红巾军另外一支部队的首领彭大和赵均用作战失利，从徐州撤退下来，率残部投奔濠州起义军。彭、赵二人进入濠州后，虽然已是残兵败将，但兵力仍较濠州义军为强，而且由于二人起义较早，威名卓著，因此反客为主，控制了局面，濠州五帅只得将指挥权拱手相让。
彭大为人颇有智谋，当初起义首领芝麻李与赵均用密谋起义时，即素闻其名，而与他相比，赵均用则事无主见，唯唯诺诺。正缘于此，郭子兴就又犯了看不起人老毛病，彭、赵二人率部来到濠州后，他加意拉拢彭大，而瞧不起赵均用，使赵均用因此闷闷不乐。也许物以类聚，人以群分之故，孙德崖等四人则和赵均用交从甚密，乘机在他面前离间道：“子兴知有彭将军耳，不知有将军也。”赵均用本对郭子兴的轻视怀恨在心，顿时勃然大怒，派人将他捉住，关在孙德崖家，准备暗中杀掉。
此时朱元璋正在攻打怀远和安丰，闻濠州有变，慌忙赶回。有朋友劝道：“既然郭公被逮，跟着必然就要拿你，你如今回去，岂非自投罗网？”朱元璋道：“郭公于我恩厚，有难不投，非义也，何丈夫之为？”他回到濠州，赶往郭家，郭子兴几位夫人正无计，乱做一团。朱元璋便问郭子兴的儿子郭天叙、郭天爵何在，道：“我公素厚彭而薄赵，祸起赵发，此非彭不可解。”遂与众夫人商议，第二日一早便陪小张夫人及郭天叙、郭天爵至彭大处求救。彭大听罢几人诉状，怒道：“我在这里谁敢放肆。”立即呼唤左右亲随，将孙德崖家围住。朱元璋顶盔贯甲，手执利刃，与众人一起爬上屋顶，揭掉屋瓦下到屋里。众人杀死孙德崖的祖父母，在一个暗窖里找到了被幽禁的郭子兴，将他背回家去。