《伤寒论》原名《伤寒杂病论》，为东汉末期著名医学家张机所作。
张机，字仲景，生卒约于公元150—219年。据史记载，他学医于同郡张伯祖，尽得其全，且青出蓝于而胜于蓝。仲景当时所处的年代，正值东汉末年，由于封建诸侯割据和封建统治阶级的残酷剥削和压迫，致使社会矛盾激化，连年战争，兵灾匪患，民不聊生，从而导致疾疫肆虐，伤寒流行。张仲景目睹当时的社会现状和家人民众受到疾疫侵袭的悲惨遭遇，“感往昔之沦丧，伤横夭之莫救”，遂“勤求古训，博采众方”，著成了我国第一部系统论述临床诊疗体系的医学名著——《伤寒杂病论》。
书成之后，由于当时还不具备印刷条件，仅凭辗转手抄，因而只在小范围内流传，临床治舶施之于人，方证若对，其效若神”。更有视为至宝，奇物可居，秘其方不外传者。至晋代，太医令王叔和在残编乱简中发现该书，遂收集整理撰次，使该书得以保存下来。到了宋代治平年间，奉朝廷之命，高保衡、孙奇、林亿等人校定医书，认为“百病之急，无急于伤寒”，遂先校定前半部伤寒部分10卷为《伤寒论》颁行于世，其后又校定了后半部杂病部分为《金匮要略方论》，又称《金匮要略》。
目前《伤寒论》通行本主要有两种：一为宋朝校定本，一为金朝成无已《注解伤寒论》本。宋校本的原刻本已不可得，现仅存的为明朝赵开美的复刻本，因为其基本上保持了宋本的原貌，故被后世医界认可作为善本采用。成注本因参入己见太多，加上辗转翻刻，已与仲景原文出入较大，较之宋本为次。但是成本的最大特色就是开创了注解《伤寒论》的肇端。
仲景书能够如此系统、基本完整地保存下来，历尽沧桑，而为古今医家推崇，奉为圭臬，并兴盛于现时，首先应归功于晋代王叔和。可以说，没有王叔和，也就有可能见不到今天的《伤寒论》。
晋唐时，一些对后世影响较大的医籍如《肘后备急方》、《千金要方》、《千金翼方》、《外台秘要》中也广泛收集了不少当时散落在民间的《伤寒杂病论》内容。至宋朝廷校正分编，金成无已以《内经》、《难经》等典籍理论注解《伤寒论》开始，历代注释、发挥者不乏其人。
金、元时期是我国医学发展史的重要时期，其时倡学术争鸣之风，医学流派纷呈，也造就了一些研究伤寒的医学名家，如成无已、许叔微、庞安时等，对伤寒学说的发展做出了贡献。还有在伤寒学的基础上，标立新说，创新学派。其有代表性的如刘完素主张疾病多因火热而起，倡“六气皆从火化”之说，治病多用寒凉清火；张子和认为治病应着重在祛邪，“邪去则正安”，因而治病善用汗、吐、下三法以祛邪；李东垣认为“内伤脾胃，百病由生”，治病善于温补脾胃以扶正；朱丹溪认为人体“阳常有余，阴常不足”，治病多用滋阴降火以养阴。这些治疗方法无不师法《伤寒论》中白虎汤、大柴胡汤的清法，麻黄汤、桂枝汤的汗法，瓜蒂方的吐法，承气汤方的下法，理中汤、小建中汤的补脾土法及芍药甘草汤、黄连阿胶汤的滋阴降火法并在此基础上发展而成。至明、清时，随着温病学派的逐渐兴起和形成，张仲景的伤寒论学说作为温病学说的发展滥觞，倍受医学家们重视。这个时期，朝野上下，推崇经学，因受当时国家的典章制度、科举文风影响，注释研究医学经典的医家更是层出不穷。作为最有代表性的经典名著，《伤寒论》的研究自然形成了波澜壮阔的局面。当时最为有影响的有尤在泾，喻嘉言，柯韵伯，张隐庵。诸家仁智互见，各有特色，从不同角度探赜阐发，使历代以来《伤寒论》的研究达到了空前鼎盛时期。这个时期对伤寒学贡献最大的要数著名医家陈修园。
陈修园（1753—约1823），名念祖，号慎修，福建长乐人。陈氏秉性好学，多才多艺，不惑之年考中举人，在直隶（今河北）省先后出任知县、知州、知府等官职，但仍矢志于从医救人的夙愿，他效法医圣张仲景，在公务之余，坚持为人治病，行医济民。暇时勤奋撰著，撰有《灵枢集注节要》、《伤寒论浅注》、《金匮要略浅注》、《伤寒医诀串解》、《医学三字经》、《女科要旨》、《时方妙用》等医书多种。他对张仲景无限敬仰，因而于学术上极力推崇张仲景学说，认为仲景之书“垂方法、立津梁”，他以自己丰富的学识，学术上不囿前人之见，而有自己独到的见解。如对“逐日传经”之说，陈氏认为：
“日传一日是气传而非病传。太阳病不解，或入于阳，或入于阴，不分时日，无分次第，如传于阳明，则见阳明证；传于少阳，则见少阳证；传于三阴，则见三阴证……而不必拘于日数。不然，岂有一日太阳，则见头痛发热等证，至六日厥阴不已，七日复于太阳，复见头痛发热之证乎？此必无之理！”
陈氏敢于否定宋、元后沿袭数百年的“传经俱为热证，寒邪直中而无传经”的既定结论。
认为寒热都可有直中。至于寒热二气传经与否，或从病体而分，或从临床药误而变。病体方面，每随人体脏气的偏盛偏衰，或寒化、或热化。药误方面，如汗、下失宜，或虚其阳，或伤其阴；虚其阳则邪传少阴，以太阳、少阴相表里；伤其阴则邪传阳明，以太阳、阳明递相传也。陈氏这些论点，也确有革新之见。
值得一提的是《伤寒论浅注》，陈氏结合仲景书自序中“撰用素问九卷、阴阳大论”之说，认为《伤寒论》是以《内经》为体，以伤寒为用，谓“读《灵枢》、《素问》于此处求其实用”。在书中注重以《内经》、《难经》之旨，五运六气、阴阳会通之理，结合自己的心得体会，于《伤寒论》原条文中衬以小字注释发挥。如对太阳篇的“病有发热恶寒者，发于阳也；无热恶寒者发于阴也”，注为“太阳底面即是少阴，治太阳之病，即宜预顾少阴二经，经本寒热不同，医者必先了然于心，然后丝丝入扣。内经云：太阳之上，寒气主之，以寒为本，以热为标也；又云：少阴之上，君火主之，以热为本，以寒为标也。病有发热恶寒者，发于太阳之标阳也；无热恶寒者发于少阴之标阴也”。对于桂枝加附子汤治漏汗条，注释更为精彩明快，“……此因大汗以亡阳，因阳亡以脱液……方取附子以固少阴之阳，固阳即所以止汗，止汗即所以救液……”。
于此可见陈氏虽自谦其书为《伤寒论浅注》，而究其实际，其见解精深不浅。至于陈氏的尊经崇古、维护旧论的观点，以致有时措辞过激的言论，并非为盲目崇经、泥古不化，而是受当时所处时代及封建社会传统文化的影响。如果我们能透过受时代文风桎梏这些客观原因来看，陈氏仍不失为瑕不掩瑜的明、清仲景学说大家。
此外，陈修园认为《伤寒论》与《金匮要略》前后呼应，表里相关。学者应先学《伤寒论》，再读《金匮要略》，用《伤寒论》这把钥匙，去开《金匮要略》的锁，方能容易理会经文。这实为有得之谈。