1961年3月，殷墟被公布为第一批国家重点文物保护单位。2006年7月13日，殷墟因具有全球突出普遍价值和良好的管理与展示，在第三十届世界遗产委员会会议上被列入《世界遗产名录》。
殷墟博物院是中共中央宣传部公布的全国百个爱国主义教育示范基地之一和首批全国旅游景区全国青年文明号，属历史遗址类型的全国重点文物保护单位。
近年来，有关单位不仅颁布了大量的法规等一系列措施对殷墟文物进行重点保护。
（一）保护殷墟遗址
2005年3月16日上午，以收藏、保护、展示、研究殷墟出土可移动文物为目的的殷墟博物馆奠基开工仪式，在安阳西郊小屯村殷墟宫殿宗庙遗址区内的洹水岸边举行。
权威人士认为，建设殷墟博物馆对于全面提升殷墟的保护能力，促进殷墟成功申报世界文化遗产，具有重要意义。
殷墟博物馆由中国建筑设计研究院教授崔凯先生主持设计，建筑面积3535平方米，展厅面积2354平方米，附带文物库房、研究室、报告厅等设施。
殷墟博物馆是目前国内唯一一家较专业、系统展示商代文物的博物馆，该馆严格按照科学、环保、安全、符合遗址保护的标准进行规划设计，同时尽可能地与殷墟遗址景观相协调。
殷墟博物馆的兴建，是改革开放与学术界的研究成果相结合的产物，是安阳有关单位在国家文物、考古、历史等部门指导下，探索在新时期如何保护和利用大型古文化遗址，为建设社会主义物质文明和精神文明服务的重要举措。
殷墟博物馆对于向广大人民群众特别是青少年，进行爱国主义和历史唯物主义教育，以及促进中外文化、经济友好往来，都具有重要意义。
殷墟研究也早已超越中国国界，成为一门世界性的学科。尤其是20世纪80年代，有关著述不仅多而且涉及范围异常广泛，国内国际有关殷商文化的学术交流与研讨活动，以及来殷墟作学术考察的学者日益增多。
从平面上看，博物馆酷似甲骨文的“洹”字，这是取殷墟依附洹河之意，象征洹水在孕育商文明中的重要作用。所有的建筑基本上处于地表之下，地表将被植被覆盖，不会破坏殷墟遗址的原貌。
馆内展出的是中国社会科学院考古研究所自建国以来在殷墟发掘出土的一系列文物精品，包括陶器、青铜器、玉器及甲骨文等国宝级文物共500多件，展品具有较高的学术水平。
博物馆由安阳市政府承建，藏品由社科院考古所提供，双方共同管理博物馆的事务。这种中央单位与地方政府合作双赢的模式，有效解决了考古成果社会化、普及化的问题，取得了良好的经济和社会效益。
多年来，殷墟遗址在国家、河南和安阳各级政府的高度重视与积极措施下，坚持科学发展观，坚持“保护为主，抢救第一，合理利用，加强管理”的工作方针。
先后颁布实施了《安阳市殷墟保护管理办法》、《河南省安阳殷墟保护管理条例》、《安阳殷墟保护总体规划》，逐步完善了法律法规建设，把殷墟保护工作纳入了法制化轨道。
并相继成立了专业保护管理机构，负责遗址的文物保护、行政管理和游览服务，形成较为完备的保护和管理机制，有效保护了古代遗址的真实性和完整性。
同时，综合运用多种方法，探索遗址的展示方法，既保护了深埋地下的遗迹，又取得了良好的展示效果，提高了文物遗址的可观赏性。
通过这一系列的措施，把殷墟遗址打造成了具有较高质量、兼顾保护和展示的大遗址公园。
（二）发展旅游资源
殷墟的文物古迹极为丰富，不仅是考古圣地，也是吸引国内外学术界和众多的旅游者参观的重要内容，是安阳旅游事业发展的得天独厚的重要条件和宝贵资源。
这些资源，有的已经初步被利用，如殷墟宫殿区等，有的尚未开发。殷墟现已开发的旅游资源，仅是初步的，以后发展的潜力还很大。座落在殷墟宫殿区的殷墟博物院所展示的殷代人文景观，受到了中外专家学者和游客的高度评价。
1994年10月22日，中共中央政治局委员、国务委员李铁映视察了安阳市殷墟博物馆。李铁映再三强调，要搞一个整体的规划，在殷墟遗址上高一座殷商博物院，集中国内的甲骨等文物资料，变单位所有为国家所有，把这里建设成为殷商甲骨文研究中心和游乐中心，向世人向国际上充分展示我们中华文化的灿烂。
殷墟宫殿区可将铸铜和玉石器等作坊复原，以展示殷王室手工业生产场景。殷代手工业生产有王室、贵族和民间的手工业之分。应将宫殿区乙五基址处的铸铜作坊遗址和F10、F11两座殷代磨制玉石器的场所复原。让游人到作坊内进行模拟考古，寓教于文物，寓教于历史。
同时，殷墟“申遗”成功为安阳走向世界提供了广阔舞台，给安阳经济社会的可持续发展也带来了难得的历史机遇。
殷墟大遗址的真正出路在于保护性综合利用，正视并处理好保护与利用、学术研究与旅游开发的关系，把保护的必要性和发展的可行性结合起来，走出一条有效保护和合理利用的协调共生之路，进而实现既彻底保护、又加快经济社会发展的双赢目的。
按照保护性综合利用的基本思路，将保护区内的村庄迁出或改造后，在村庄原址上改扩建20多个文化旅游景点，大力发展文化旅游及相关产业。
这些旅游项目中，有很大一部分适合迁出的村民经营，例如家畜放养园、无土栽培生态园、绿色生态大食堂等。同时，文化旅游业的发展壮大和三产的快速发展，将为当地村民创造大量的就业机会。