作为一个军事要塞，玉门关的辉煌却不是在军事上，而是在与军事无关的丝绸之路上。从西汉丝绸之路的开通，到隋唐丝绸之路的扩展，玉门关几迁关址，但无论迁到何处，玉门关都是丝绸之路上的一个重要关口，被形象地称为我国古代的“海关”。
历史上的丝绸之路曾经被分为东中西三段，在中断，又被分为南北中三路，玉门关就是北路的关口。后来，南路的阳关被废弃，而玉门关又被新修，继续着它的“海关”之功能，直到被西夏占领。
（一）丝绸之路的形成
丝绸之路的形成，来源于对玉门关外交通的打通。作出这一贡献的，首推几次出使西域的张骞。
西汉时期，汉武帝为了准备联络被匈奴从河西赶到西域的大月氏人共同夹击匈奴，汉武帝招募使者出使西域。渴望为国建功立业的张骞毅然应招。
公元前138年，张骞带着百余名随从从长安出发，经过玉门关、阳关一带，开始了漫长的西域之行。历时十多年，经历了无数磨难，张骞终于返回了长安。
张骞回到长安后，向汉武帝报告了西域的见闻，以及他们想和汉朝往来的愿望。
公元前119年，汉武帝派张骞第二次出使西域。此次出使，张骞率领使团，带着上万头牛羊和大量丝绸，访问西域的许多国家。张骞归来时，西域各国也派使节回访长安，汉朝和西域的交往从此越趋频繁。
张骞的出使，使汉朝了解了西域诸邦的交通状况及通商心愿，这为丝绸之路的形成提供了有力条件。
还有一位为丝绸之路做出重要贡献的就是收复河西的汉将霍去病。元狩二年，霍去病发动收复河西之战。这一战，他带兵一举收复了包括玉门关、阳关一带的大片领土。收复河西后，西汉王朝正式建立了玉门关与阳关，并在玉门关一带，设立了敦煌等四郡，社会逐渐走向稳定。
有了河西大片地区的稳定，有了玉门关等关隘对来往客商的管理，中外客商相互贸易的丝绸之路便逐渐形成了。
（二）丝绸之路的路线
丝绸之路几经变迁，但大致可分为东、中、西三段，每一段又分为南北中三线。在这三段中，玉门关的作用非常重要。
丝绸之路的东段从当时的都城长安到玉门关、阳关。东段的三线均从长安或者洛阳出发，到武威、张掖汇合，再沿河西走廊至敦煌。
丝绸之路的中段从玉门关、阳关以西至葱岭。这一段主要是西域境内的诸线路，它们随绿洲、沙漠的变化而时有变迁。
丝绸之路的南线东起阳关，北线起于瓜州，而中线就是起于赫赫有名的玉门关。出了玉门关，沿塔克拉玛干沙漠北缘，经罗布泊、吐鲁番、焉耆、库车、阿克苏、喀什一直到费尔干纳盆地。
丝绸之路的西段自葱岭以西直到欧洲，它的北中南三线分别与中段的三线相接对应。
从丝绸之路的路线可以清晰地看出，玉门关和它附近的阳关、瓜州，是连接丝绸之路东段与西段的分界点，也是中原王朝与西域经商的海关，管理着进出关隘的每一位中外客商，其作用非常巨大。
（三）玉门关与丝路兴衰
玉门关与它附近的阳关一样，在失去了军事意义后，它的兴衰就与丝绸之路的兴衰紧密联系在了一起。
自从张骞出使西域，玉门关设立后，雄心勃勃的汉武帝便有了“广地万里，重九译，威德遍于四海”的强烈愿望。为了促进西域与长安的交流，汉武帝招募了大量身份低微的商人利用政府配给的货物，西出玉门关到西域各国经商。
这些具有冒险精神的商人，受到汉武帝的极大鼓励，勇敢地跨出玉门关，冒着各种危险，开始与西域经商。很快，那些西出玉门关的商人，大部分成为富商巨贾。这大大吸引了更多人勇敢地跨出玉门关，从事丝绸之路上的贸易活动。从此，丝绸之路开始兴起，作为丝绸之路的关口，玉门关也随之变得繁华起来。
丝绸之路的兴起，极大地推动了中原与西域之间的物质文化交流，同时汉朝在收取关税方面取得了巨大利润。出于对匈奴不断骚扰与丝路上强盗横行的状况考虑，为了加强对西域的控制，公元前60年，汉王朝设立了对西域的直接管辖机构——西域都护府。
西域都护府设立后，玉门关之外的丝绸之路变得更加安全，这进一步加快了丝绸之路的繁荣。以汉朝在西域设立官员为标志，丝绸之路这条东西方交流之路开始进入繁荣的时代。随着丝绸之路的繁荣，玉门关也进入了它最为辉煌的一页。
然而，当我国进入东汉时代以后，由于内患的不断增加，自汉哀帝以后的政府放弃了对西域的控制。此时，玉门关外的西域内部纷争不断，特别是到了后期，车师与匈奴年年不断的战争，更令出入塔克拉玛干的商路难以通行。当时朝廷为防止西域的动乱波及关内，经常关闭玉门关，这些因素导致丝绸之路东段天山北南路的交通陷入半通半停状态。
进入繁荣的唐代，西北丝绸之路再度引起了朝廷统治者的关注。为了重新打通这条商路，朝廷借击破突厥的时机，一举控制西域各国，并设立安西四镇作为唐朝控制西域的机构。同时，朝廷又新修了玉门关，并再度开放沿途各关隘。
玉门关修完后，接着又打通了天山北路的丝路分线，将西线打通至中亚。丝绸之路的东段再度开放，新的商路支线被不断开辟，加上这一时期东罗马帝国、波斯保持了相对的稳定，这些令这条商路再度迎来了繁荣时期。在隋唐丝绸之路再次走向辉煌的同时，新修的玉门关又一次焕发了它的魅力。
与汉朝时期的丝绸之路不同，唐控制了丝绸之路上的西域和中亚的一些地区，并建立了稳定而有效的统治秩序，西域小国林立的历史基本结束。这样一来，丝绸之路显得更为畅通。不仅是阿拉伯，连印度也开始成为丝绸之路上重要的一分子。
进出玉门关，往来于丝绸之路的人们不再仅仅是商人和士兵，为寻求信仰理念和文化交流的人们也逐渐出现在这。中国大量先进的技术通过各种方式传播到其他国家，并接纳相当数量的遣唐使及留学生中国文化。
经过玉门关下的丝绸之路，佛教、景教各自迎来了在中国广泛传播的机会，一时间唐朝人在文化方面得到了极大的满足。
有盛必有衰，经过安史之乱后的唐朝开始衰落，西藏吐蕃越过昆仑山北进，侵占了西域的大部。玉门关内外战火连年，加之我国的丝绸、瓷器的产量不断下降，商人也唯求自保而不愿远行。从此，这条几万里的丝绸之路开始走向衰落，而玉门关附近的繁华也随之而去。
不久，丝绸之路的更大厄运再次降临。唐朝以后，经济中心逐渐向相对稳定的南方转移，这带动了南方丝绸之路和海上丝绸之路的繁荣。
北宋南方高度发达的经济，为海上丝绸之路的繁荣起到了无可替代的作用。当然这在某种程度上也可说是不得已而为之，当时经济高度繁荣的大宋，并不具有很强大的军事实力。
宋仁宗时，势力强大的西夏控制了河西走廊，这给丝绸之路带来了重大的打击。而随着西夏控制了河西走廊，玉门关也被划到了西夏的版图内。
在以后的岁月里，曾经想振兴丝绸之路，但自然环境的恶化、关卡的重税、经济中心的南移和海上贸易的开通，这些都加速了丝绸之路走向消亡。
支撑玉门关繁荣的丝绸之路消亡了，玉门关也逐渐淡出了历史的视野。在以后的历史记录中，玉门关也不见了踪影，只留下一个四方盘城，成为丝绸之路曾经辉煌一时的见证。