在关于自然界的组成问题上，自然哲学家历经了一个不断创新的过程。大多数自然哲学家都把物质或质科之类的东西当做万物的本原。泰勒斯认为“水”是万物的本原，万物最初由水生成。他之所以做出这一论断，是因为他看到万物都要靠水来滋润，动植物都要靠水来生长，万物的种子的本性都是潮湿的，于是水就成为潮湿东西的自然本原。阿那克西美尼认为“气”是万物的本原，气蒸发就生成火，凝结时就变成风，然后形成云，再凝结就化为水，继之是土，最后变成石头，其他的一切事物如太阳、月亮、星辰都在此基础上生成，众神和神圣的东西也不例外。赫拉克利特则认为“火”是万物的本原，气生于火之死，水生于气之死，土生于水之死，土之死又变为气。到埃利亚学派之后，自然哲学家进一步提出了自然界组成的多元论观点，将前人的观点作了粗浅的综合。恩培多克勒认为，宇宙的本原是多元的，它们是以太、火、土、气和水，最初这些元素混合在一起，后来才逐渐分离出来；开始分离出来的是以太，其次是火，然后是土；由于土被旋转的力所紧紧压缩，就从中挤出了水，水又蒸发为气；天来自以太，太阳源于火，地上的万物则由其他元素压缩而成。原子论者留基伯和德谟克里特则认为，自然界从总体上来说是无限的，它部分是充实的，由原子复合而成，另一部分是虚空，由此产生出无数的世界。这些世界毁灭后又复归于它们。亚里士多德首先将自然界按月亮天层的轨道为分界，把整个自然界分为“月上区”和“月下区”，月上区即月亮天层及其之外的各个天层的区域，月下区即地球与月亮天层之间包括地球在内的区域。在他看来，月下区是一个世俗地区，每一种实际物质均由土、水、气、火这四种元素之一部或全部组成。
亚里士多德将土、水、气、火这四种元素作为地球上万物的本原，这对“神创造万物”的说法是一种釜底抽薪，从而架空了神的作用。亚里士多德提出了一个新问题：事物的起源是什么？或者说，能以各种形式产生出我们感知到的多样物质的简单的基本实在是什么？
这就是在探究自然界多样性背后的统一性及其变化背后的秩序。
关于自然界运动变化的原因，泰勒斯认为，是神与自然因素相互作用的结果。他说：“神就是宇宙的心灵或理智，万物都是有生命的并且充满了各种精灵，正是通过这种无所不在的潮气，一种神圣的力量贯穿了宇宙并使它运动。”赫拉克利特认为，万物都按照对立的斗争和必然性而生成，一出于万物，万物出于一，冷变热，热变冷，湿变干，干变湿。恩培多克勒认为，自然界万物的运动变化的真正本原乃是“友爱”和“斗争”，元素不断进行交替变化，一时由友爱而聚合，一时又由斗争而分离。阿那克萨哥拉认为，自主的理智是运动的原因，它主宰着一切有灵魂的东西，也主宰着整个旋涡运动，使之旋转开始，它知晓一切被混合的东西、被分开的和被区别的东西；一切将要存在的东西，一切过去存在但现在已不复存在的东西，以及一切现在存在而且将来也要存在的东西，都为理智所安排。柏拉图发展了阿那克萨哥拉的思想，认为自然界运动变化的原因寓于造物主摹仿理念创造自然界的过程之中，这是关于宇宙和变化事物的起源的最高原则。他说：“神希望一切事情尽可能是善良的，没有邪恶。当他发现整个可见领域不是处于静止，而是处于不规则的、无秩序的运动状态时，他把无秩序变成有秩序，因为他认为有秩序的状态比较好一些。对他来说，除了最美的以外，最善良者过去不能、现在也不可能随心所欲。神在静观了自然可见的事物之后，觉得从整体上看，没有任何非理智的东西要比理智的东西完美。而理智在缺少灵魂的地方是不可能出现的。鉴于这个原因，当他构造这个宇宙时，他把理智放入灵魂，将灵魂放入肉体。这样，他的作品从本性上说就是最完美的、最好的。用或然性的语言，我们可以说，由于神提供了灵魂和理智，世界是作为一个有生物而生成的。”基于四元素说，亚里士多德解释了自然界万物变化、运动的原因。他认为，这四种元素能按任何比例结合而生成荷蒙米利亚，它们是组成血、石头、肉的微粒。
这些微粒再结合起来，形成安荷蒙米利亚，如脸、手等等。元素及其微粒结合的方式有三类：合成、化合和掺合。他用这种结合去解释他所知道的一切化学现象。为了说明四元素的存在状态和它们之间的相互转化，他提出了元素可以和一组“质”并存的设想。基本的质有四种，即热、冷、干和温。它们可以组合成四对，即热和干、湿和热、冷和干以及冷和湿。这四对质分别隶属于四元素：火是热和干的，气是热和湿的，水是冷和湿的，而土则是冷和干的。他认为，由于这些质在程度上可以任意变化，于是一种元素完全可以变成另一种元素。例如，由于气和水都含有湿，所以只要以冷克热，即可变气为水。他还认为，四种元素都具有达到它们原来各自静止的“天然位置”的趋势或意向：土元素在最底层，即地球的中心是它的天然位置，土的天然位置之上依次是水、气和火的天然位置，后者已接近月亮天层。元素的这种趋向天然位置的意向是月下区物体作天然运动的原因。对月上区，亚里士多德则认为它是一个完美的地区，它们中的一切如月亮、水星等天体，均由另一种元素以太组成。以太是完美的，由它构成的天体都是球体并作圆周运动，因为球和圆都是完美的。他还认为，自然界的一切活动是有秩序的，这种秩序呈现出一种目的性。形式就是构成这种目的性的本原。自然界的一切事物都是生成（gignesthai）的，是由质料和形式而生成的。
亚里士多德用土、水、气、火这四种元素替代神的作用，来说明地球上物体运动的原因，和物体性质发生变化的原因。虽然按今天的观点我们对其结论并不给予认同，但从文化上来看，这种跨越确实是一种进步。
关于人与自然的关系，普罗塔哥拉提出“人是万物的尺度”的观点。这种观点虽然唯心，但其积极意义在于孕育着人本主义的萌芽，提高了人在认识自然界活动中的地位。苏格拉底进一步认为，人应将认识自然作为崇高的事情，应对研究自然的那种智慧怀有极大的兴趣，应力图知道每一个事物的原因，了解它们怎样生成、存在和灭亡。在这个过程中，人应使用理智，借用推理去寻找存在物的真理，去指出事物秩序的真正原因。第欧根尼还认为，人只有顺应自然的规律才能生活得幸福，“在生活中，一切事情只有通过努力实践才有希望成功；实践能克服一切困难。人们应当选择与自然本性相符的工作而不做无用之功。这样，他们可以生活得很幸福。”亚里士多德认为，人是要依赖他所处的自然环境的，如果不能不断地适应自然环境，人就不可能生存下去。人的一切活动的目的在于求善，人在其行为中应体现出美德，而这也是出于适应自然环境之需要。因为善和至善也存在于自然界中，自然界的万物是依某种秩序安排的，“我们是由于自然界而适于接纳美德，又由于习惯而达到完善。”于这种见解后来在斯多葛派那里得到进一步发挥。他们认为，按美德生活就是按照自然界万物所体现出来的秩序而生活，善就是以一种顺从自然而生活的方式，这也就是顺从人自己的本性和顺从万物普遍的本性而生活的方式。这种观念为人的生存立下了这样一条原则，即生活本身是变动不定的，但生活的真正价值则应当从自然界中不容变动的永恒秩序中去寻找。这种秩序只有靠人自己的认识能力才能把握它。在亚里士多德看来，求知是人类的本性，人是具有理性的存在，人可以通过求知而获得关于自然界秩序的完满知识。
在亚里士多德看来，处理好人与自然的关系，人只需要依托自己的理性去求知和求善，而不需要祈求与神的合作。这也是对神话传统批判性的超越。
确实像您所说的，如果将古希腊自然哲学与前面所述的神话和原始宗教的自然观念进行比较，人们不难发现它们在本质上是迥然不同的。
古希腊自然哲学的特征首先在于，它主张对存在自然界作本原性（即第一性）的探索。探索自然界的起源，这并不是哲学的特征，这在神话和原始宗教自然观中也有，只不过后者是把自然界的起源归结为神创罢了。哲学不是一般性地讨论这个问题，而是更进一步探索其“本原性”问题。从泰勒斯开始，便郑重地提出了一个哲学问题，即自然界万物的“本原”是什么。所谓本原，即是指存在着这样一种东西，自然界中的万物由它而存在，最初由它而生成，毁灭后又复归于它。万物虽然性质多变，但实体却始终如一，这种东西就是万物的元素和本原。用近代哲学的话来说，本原就是“第一性”，它涉及万物中什么是第一性的，什么是派生的或第二性的问题。这是一个道地的哲学问题。在神话自然观中，虽然它臆造出一个诸神的“谱系”，但人们仍可追问：最早的远祖神又是从何而来？这样的问题是无限的，因而不可能有真正的第一性问题。“第一性”问题是在哲学里首先提出来的。在哲学史上，尽管不同的流派对其有不同的答案，如有人认为是土、水、火、气中一种或全部，有人认为是原子和虚空，有人甚至还认为是理念（精神），但他们在认定自然界有其本原问题上却是一致的。这正是自然哲学高于神话和原始宗教自然观的地方。
其次，古希腊自然哲学的特征，还在于它强调自然界变化的形式动因。亚里士多德认为，自然界除具有物质性外，还具有形式性。“由于自然而存在的事物都有自己的原因和本原，并且每一自然物从一开始就不是由于偶然而是由于本性自身而存在和生成的，那么，万事万物就都是由于载体（质料）和形式而生成的。”“所以，按照这一解释，自然就应当是在自身中具有运动本原的事物之形状和形式。”于自然界的这种形式，实际上就是哲学家们所说的“自然界内在的普遍性、统一性、规律性或目的性”。亚里士多德常常把形式、目的和动力归为一类。从形式来研究自然界，这是哲学家首创的考察自然界的一种重要方式。尽管在哲学史上不同的哲学流派对自然界形式动因的具体答案可能不同，如毕达哥拉斯认为是“数的原则”，赫拉克利特认为是“逻各斯（Logos）”和对立面的斗争，柏拉图认为是理念，亚里士多德则认为是“目的”，但他们在认定自然界的变化或相对稳定中具有一种内在的形式动因这一点上，则是一致的。这正是自然哲学固有的特征。
再次，古希腊自然哲学的特征还在于，它主张通过求知来适应人所处的自然环境。这可以从前面亚里士多德的自然观念中看出。实际上，历史上的各种哲学理论，总是预设自然界具有某种统一性、规律性；人一旦认识和遵从这种规律性，便能适应其所处的自然界；而且人是具有这种求知的本能的，从亚里士多德到马克思无不如此。哲学发端于好奇和爱智，其自然哲学具有这种特征是必然的。
古希腊自然哲学成果的属性
西方萌芽状态的自然科学包含在古希腊自然哲学中，可以说，它是近代科学的童年时代，而后者则是其成年时代。那么自然哲学与近代或现代科学的差异何在？
从现代科学哲学的观点来看，自然哲学中一些理论可以被看做是科学理论，如亚里士多德的物理学；但是有些理论只能被看做是哲学观念，或“原始科学”，或“前科学”，如亚里士多德的“灵气说”。下面，我先来谈亚里士多德的物理学。下面我先请大家看其《物理学》中几段关于地球上物体运动的原文：
一切运动要么是强制的，要么是合乎自然的；而且，如果有强制的运动，就必然有自然的运动（因为强制的运动就是反乎自然的运动，而反乎自然的运动是后于合乎自然的运动的），所以，如若每一自然物体没有合乎自然的运动，也就不会有任何一种其他运动。
再次，我们的说法还可以从下面的论证得到证明。
我们看到，相同重量或物体之所以被移动的快慢有所不同，是由于两个原因：或者因为移动所通过的东西不同（例如通过水、土或气）；或者因为被移动物所具有的重或轻的程度不同，假如其他条件都相同的话。
移动所通过的东西之所以引起速度的不同，是由于它阻碍了被移动物；朝相反方向移动时，阻碍最大，静止时的阻碍次之；如果移动所通过的是不易被分开的，即稠密的东西，阻碍也较大。例如A物体在时间C中被移动着通过B，并在E时间中被移动着通过更为稀薄的D，如果B与D的长度是相等的，那么，移动速度的不同就在于阻滞物体不同浓度的比例。因为，假定B是水，D是气，那么，气比水更稀薄、更无形体性的程度与A物体被移动着通过D比通过B更快速的程度是相等的。假定速度对于速度的比例与气对于水的比例是相同的，那么，如果气比水稀薄2倍，A物体就会需通过D的2倍的时间才能通过B，也就是说，时间C是时间E的2倍。而且，这些方面似乎应该总是相等的：被移动物体所通过的东西更无形体性，其阻滞就会更少，就更容易被分开，移动速度也就更快。