化肥具有两种不同的反应，即化学反应和生理反应。化学反应指肥料溶于水中以后的反应，如过磷酸钙的溶液是酸性，碳酸氢铵溶液是碱性，尿素、氯化钾溶液是中性等。生理反应是指肥料经过植物选择吸收后产生的反应，例如，硫酸铵，植物吸收铵离子比硫酸根离子多，从根胶体上代换出较多氢离子，增加土壤酸性，称之为生理酸性肥料；又如硝酸钠，植物吸收硝酸根离子比钠离子多，从根胶体上代换的碳酸根离子与钠离子结合成碳酸钠水解后产生氢氧根离子，增加了土壤碱性，所以硝酸钠为生理碱性肥料。另外，有一类生理中性肥料，如硝酸铵，它们施入土壤后，土壤反应不起变化。
掌握肥料的酸碱性，对合理施肥会有很大帮助。大家知道，土壤的酸碱度既能直接影响土壤中养分的溶解和沉淀，又能影响微生物的活动，间接影响土壤养分有效性。因此，氨水、碳酸氢铵、钙镁磷肥等碱性肥料宜施用在酸性土壤上，这样，就不会导致土壤酸化，降低磷肥有效性，造成钾、钙、镁等养分的淋失，还可以改善硫、钼养分的活性。在石灰性土壤上宜施用过磷酸钙、硫酸铵、氯化铵等酸性和生理酸性肥料，提高土壤酸性，使磷不易与钙结合生成难溶的磷酸钙盐类而降低磷的有效性，也可提高硼、锰、铜、铁的有效性。酸性或生理酸性肥料施用在酸性土壤上应注意配合石灰施用，在碱性土壤上施用硫酸铵、氯化铵等还应注意盖土，防止氨的挥发。