这些红卫兵中的大多数人，充满热情，认为自己所做的都是正当的"革命行动"。但他们政治上很幼稚，处于狂热状态，政策和法律观念十分淡薄，无政府主义思潮在他们中间迅速泛滥起来，做出许多荒唐的举动。有些人更在"革命造反"的旗号下为所欲为，造成骇人恶果。从8月20日起，在"破四旧"的旗号下，北京、上海、天津等大中城市里都相当普遍地发生强迫抄家和侮辱人格、打人等践踏法制的野蛮行为。更令人痛心的是，一些被任意指责为"黑五类"的人员被打致死，更多的被强行遣送回乡。
8月下旬起，红卫兵运动已形成全国性"大串联"的浪潮。北京学生分赴各地，向全国播撒"文化大革命"的火种。各地红卫兵也纷纷拥入北京"取经"。
到8月28日，外地来京学生已达14万人。
9月5日，中共中央、国务院发出《关于组织外地高等学校革命学生、中等学校革命学生代表和革命教职工代表来北京参观文化大革命运动的通知》。由于参加"大串联"的学生一律免费乘坐火车，他们的伙食和住宿由当地政府安排，费用由国家财政开支，"大串联"更加如火如荼地发展起来。
红卫兵的"全国大串联"产生巨大的辐射作用，从北京开始的那种对党政机关的猛烈冲击迅速扩展到全国。中央到地方的各级党政领导机关纷纷被围攻，被"炮打"。相当多数的党政负责人因遭到红卫兵的责难和攻击被迫一再检讨，而始终无法"过关"，有的被野蛮揪斗以致失去人身自由，实际上已无法正常工作。许多党政机关陷入瘫痪或半瘫痪状态。
对于红卫兵冲击各地党、政、军机关和揪斗主要领导人的行为，周恩来、陈毅、陶铸等许多中央领导人都不同意，毛泽东也不赞成。在第三次接见全国各地来京师生的大会上，周恩来说："大专学校的红卫兵和革命学生，现在不要到工厂、企业单位和县以下的机关、农村人民公社去进行革命串联。那里的革命，要按照原来的'四清'部署，有计划有步骤地进行，工厂、农村不能像学校那样放假，停止生产来搞革命。"这个讲话是经过毛泽东审阅的。
随着"大串联"的兴起，全国各地又统一开辟了"串联接待站"。红卫兵，包括一部分青年工人，后来还有一些"红外围"甚至"黑五类"学生都先后加入了"大串联"的行列。红卫兵最初是抱着把毛泽东思想传遍四方的冲动和决心进京和北上、南下、西征、东进的。哪里传出了"黑帮"压制革命红卫兵的消息，哪里就会出现前去串联、声援造反的红卫兵。这是红卫兵"大串联"的第一个重要流向。其次，出于对革命战争年代中共光荣历史的钦佩，著名的"革命圣地"如延安、井冈山、韶山等都成为红卫兵的第二个流向。第三，红卫兵出于对某些先进单位的兴趣，常常参观诸如大庆、大寨等地，这是红卫兵"大串联"的第三个流向。年轻好动的红卫兵在"斗黑帮"的过程中，还常常到著名的风景区一睹为快，这是红卫兵的第四个流向。
这么多的流向，这么庞大的人数，立刻给中国铁路、公路、水运交通部门带来了难以承受的沉重负担。
9月中旬，铁道部北京铁路局发出了紧急通告，调整买票、上下车和火车到开时刻等有关事项，以"积极支持广大革命师生参加无产阶级文化大革命运动，保证从全国到北京、从北京到全国各地进行革命串联活动往返乘坐火车的需要"。然而，有限的交通工具无法满足无限的人员流动的需求，中国出现了交通运输史上罕见的客运量最高峰。长途汽车、内河船只、海运轮船和火车的超载都达到了极限。每节原定装载100多人的火车车厢，现在装载200至300之多。二排座之间的3平方米的空间，有时就要坐上20至30个人。茶几上、行李架上、坐椅下面、椅背上、过道里都是人。有时车厢厕所内同时挤进去6至7个人。
最早外出串联的红卫兵大部分是"破四旧"时的勇士，他们自认为是最革命的。所以，每到一处，看到所谓"封、资、修"的东西，就是一阵痛砸。每到一地，就参与那里的揪斗"黑帮"活动，把他们揪斗的经验、打人的特技传授出去。
1966年冬天，参观革命圣地和先进单位的红卫兵们已是遍布全国各地。由于革命纪念地一般地处偏僻，地势险要，常常发生死亡事故。在大寨，同时有10万余名红卫兵参观。大寨无法接待如此众多的参观者，只得电求中央军委用直升机空投食物和大衣以解燃眉之急。在井冈山也有10万人蜂拥而上。9月份就有东北工学院等15个单位的红卫兵参观井冈山。10月份有"红卫兵共计40批，5743人"参观井冈山。到11月份，井冈山革命斗争博物馆由于人太多，每天闭馆的时间推迟到23点30分。井冈山红卫兵接待办公室下辖的17个接待站，仅炊事员就有近千名。在"大串联"中，井冈山先后接待红卫兵达100余万人次，耗资250万元人民币。
为了早一点能够进京串连的大连海运学院的红卫兵，在上不了火车的情况下，15名红卫兵决定徒步而行。8月25日，他们打着"大连北京长征红卫兵"的旗帜出发，历经近一个月的艰辛，行程2000多里，终于抵达北京。这一举动正巧给了为"大串联"造成交通运输严重困难而苦恼的中共中央一个启示。10月22日，《人民日报》社论高度赞扬"大串联，是群众在无产阶级文化大革命中的伟大创造"。"不坐火车汽车，徒步行军进行大串联，这又是一个很有意义的创举"。社论希望"各地的革命师生，在自愿和可能的条件下，也这样做"。
在中央文革的鼓动下，全国各地都出现了积极响应步行串联的红卫兵。一支支命名为"长征队"的红卫兵串联队伍开始在中国大地上移动。
然而多数学生依然乘车串联，毕竟乘车比徒步快捷、舒服，少数学生徒步并没有从根本上缓解交通拥挤的状况。大量的生活物资和生产资料的难以调运，工业用品和粮食的调拨极为困难，已开始危及许多城市市民的生活和工业生产。此外，外出串联使各地的学校变得空空荡荡、冷冷清清，这就使各校的斗"黑帮"、批"走资派"活动流于形式，无法真正搞起来。大批学生利用"串联"之机，到处游山玩水，四处游荡，乐不思归，大大分散了青年学生政治热情和注意力。所有以上因素，都将大大影响"文化大革命"的继续发展。因此，动员红卫兵和学生停止串联，回到原地区继续参加运动，已成为恢复各地区"文化大革命"轰轰烈烈形势的必然之举。
1966年10月29日，中共中央、国务院联合发出《关于北京大中学校革命师生暂缓外出串联的紧急通知》。11月16日、12月1日，又连续发出通知：一律暂停乘火车、轮船、汽车来北京和到各地进行串连。11月20日，首都红卫兵一、三司令部、大连海运学院"长征红卫兵"和蚌埠铁路中学"毛泽东思想宣传队"联合在北京工人体育馆召开"全国在京革命师生步行串联四个单位誓师大会"。周恩来参加大会并说："我支持你们开这个大会。"会议通过了《全国在京革命师生步行串联四个单位倡议书》，向在外串连红卫兵发出了号召，步行串联回本单位参加"文化大革命"运动。
尽管中共中央结束串联的《通知》贴满了全国大、中、小城市的车站、码头，催促在外串联的红卫兵尽快返回原单位，但还没有过足免费旅游瘾的红卫兵一时无法转回头去，他们想方设法，用互换车票的办法继续按照原计划游动。
随后，全国各地的接待站逐渐撤销，从而限制了串联的学生们，散布全国的学生开始陆续回原学校。到年底，由于进入冬季，除部分继续完成其宏大步行串连计划的学生组织外，大部分学生都返回了原学校。但在北京、韶山、井冈山、瑞金、遵义、泸定桥、延安等"革命圣地"依然人满为患。为此，中共中央、国务院发出通知：长途步行串联，在全国都停止。各地也开始坚决拒绝接待参加串联的红卫兵。
1967年2月27日，陈伯达在接见首都红卫兵"三司"驻外地联络站代表时说：红卫兵在运动初期搞串联起了煸风点火的作用，有功绩，但后来各地造反派起来了，继续留在那儿可能起不好的作用，所以驻外地联络站一律都要撤回来。1967年2月3日和3月19日，中共中央又连续发出停止全国大串联的通知，取消了原定当年春天再进行大串联的计划。希望各级领导向学生和群众妥为解释，并作为通知在全国张贴宣传。"串联"活动至此才逐渐减少，范围越来越小，人数越来越少。
红卫兵组织在历史舞台消失
1966年11月，上海发生了"安亭事件"，王洪文率一部分造反的工人卧轨拦车，造成全国主要铁路中断。毛泽东明确表示支持这一事件。1967年1月，上海工人造反组织又夺了中共上海市委的权，毛泽东又支持了上海工人夺权。这就是震动全国的"一月夺权事件"。此后，毛泽东主要注目的是工人。他在此后的一系列批示，都是支持工人造反夺权的，很少再有批示支持红卫兵夺权了。十分明显，毛泽东已经决心依靠工人阶级搞"文化大革命"了。
对于青年学生及其组织红卫兵，毛泽东是不再信任了。不仅不信任，他还认为，这些青年学生是需要接受再教育的。基于这一考虑，毛泽东采取了三个措施：一是派工宣队进驻各学校，由工人维持学校的秩序，甚至在党委已经倒台的情况下，由工人代表来当学校的负责人；二是派军宣队进驻各学校，由军代表主持学校的工作；三是在后来成立的"三结合"领导班子中，让军队干部、工人代表、老干部代表担任主要领导人，青年学生代表虽然也结合进领导班子，但是位置排后，不担任主要领导工作。
再到后来，毛泽东看到，学校的秩序仍未稳定下来，而且全国的大学、中学都停课闹革命。加上全国各地都处于混乱之中，学生到了毕业期，却难以分配工作。怎么办？毛泽东想出的办法，就是让大学毕业的学生到工厂、部队去，接受工人阶级和解放军战士的再教育，让中学毕业的学生到农村去，接受贫下中农的再教育。于是，大学生们逐步分配出去了，一个知识青年上山下乡的运动开展起来了。学校也相对安静了下来。
此后，红卫兵组织大多自然消失，红卫兵运动沉寂了。
1978年8月19日，中共中央转发共青团十大筹备委员会《关于红卫兵问题的请示报告》指出：作为"文化大革命"中产生的红卫兵组织，已经完成了它的历史使命。现在，学校共青团组织早已恢复。红卫兵组织可不再继续存在了。文件下达后，学校中的"红卫兵"组织即行撤销。