但是，枢密院对白令的探险经过丝毫不感兴趣，那些彼得大帝从西欧招募来的老学究，关心的只是堪察加半岛外面那块臆想出来的“耶索之地”和“茹安·达·伽马之地”，因而只是一味地责问白令为什么没有找到。海军部对白令的报告也不满意：“为什么不从东南角继续向西北航行，去寻找那可能存在的陆桥？”白令只得一再解释道：“我是根据这一事实做出结论的，即北边再没有陆地了，也没有任何陆地同楚科奇或东北角连接在一起，所以我才回来了。假如我再朝前走而遇见逆风的话，那年夏天恐怕就回不来了。要在那地方过冬简直不可思议，当地的土著人野蛮慓悍，又不属俄国管辖。”可那些官员仍喋喋不休地指责他的失误，1000卢布奖金两年后才发给他。满腹郁闷的白令在圣彼得堡度日如年。他可以慨然面对自然的一切险风恶浪而无所畏惧，却无法忍受人间的世态炎凉，污浊不堪的官场更使他倍感窒息。何时能冲出这樊笼，奔向自由的海阔天空？白令期待着能再次扬帆出海，来证明自己并不是一个仅有丰富想象力的船长。
在一些朋友的劝说和帮助下，白令终于决定再度出山。他倾尽毕生学识，拟出一项庞大的探险考察计划。它包括从堪察加出发去探寻美洲的海岸；探索和寻找通往日本的航线；查明俄国北部的海岸线和海域情况以及探察西伯利亚的广阔腹地。这项计划不仅反映了白令个人的壮志雄才，更与安娜女皇的殖民扩张野心不谋而合。因为当时俄国势力已向东扩张到了太平洋沿岸，但中间这片绵延数千英里的疆土并未得到认真的考察和开发，甚至在当时的地图上，西伯利亚北部的海岸线还是一条直线。所以，当计划送到上级部门审批时便被层层加码，进一步扩充，包括在沿途建立炼铁厂、造船厂，创办海洋学校，推广畜牧业等等，从而使白令的计划带上了地理发现、殖民扩张、科学考察等多重意义。
1732年12月，枢密院正式批准了这个“为了女皇陛下的利益和大俄帝国的荣誉”所进行的规模空前的探险计划。白令被授予海军中校衔，统领这次探险，并给他派了两名助手斯潘贝格和契里科夫，组成了一支有800余人，5支小分队的庞大探险队，称为“白令—契里科夫堪察加第二探险队”。他们吸取了第一次远征的教训，除一些重要仪器由圣彼得堡运出，其余一般性物资和辎重均由沿途当地政府供给。
1732年2月，第一支探险队离开了圣彼得堡。由于这是五支队伍的联合行动，作为总指挥的白令必须协调地推进各队的行进速度。所以，直到第二年10月，白令才率领他的分队来到雅库茨克。他本以为一切都在他的指挥下按原计划顺利进行，没曾想到呈现在他眼前的雅库茨克却是一片狼藉，考察队员三三两两懒散地躺在地上晒太阳，未完工的营房、仓库如战后废墟般兀然矗立，负责的官员不但疏于职守，而且对白令本人颇不以为然。结果两人的关系闹得很僵，告发、申诉的状纸雪片般地飞向圣彼得堡。1735年秋，科学院分队的到来，更是雪上加霜。他们不仅带来大批人员，更把一些不必要的辎重全部携来，望远镜、绘图桌、图书倒不必说，居然还有许多美酒和奢侈品。白令对此大为恼火，这使他轻装前进的计划成为了泡影。悲剧似乎正在重演，他们将不得不重蹈上次探险的覆辙。白令对此也无可奈何，他可以是一个无所畏惧的船长，却不能成为一个八面玲珑的调解员，更无法使令行禁止。由于海军部中有人对上次探险的成败评价存在争议，在这次探险中，白令的权力受到很大的限制。他不仅要把重大决策付诸表决，而且一切重要行动都要得到契里科夫的批准。白令对随行的科学家们无权管辖，只能配合他们的行动，保证他们的需要。许多科学家也瞧不起白令，甚至公开和他作对。白令感觉自己就像一只孤独无助的飞虫，陷于一张张错综交织的人际关系网中，虽苦苦挣扎却不能自拔。
他只能等待，结果一等就是4年。4年中，这支4000多人的探险队仅仅是将所有物资运到雅库茨克，其余时间都在官员们的互相推诿攻诘中白白浪费掉了。圣彼得堡当局对这种蜗牛式的探险行动也忍无可忍，最后，下令扣除了白令一半的薪水，并派了两名督察来专门负责向地方当局征调探险队所需的援助和资源。一切终于开始踏上正轨。白令长长地舒了口气，这部庞大的机器总算运转起来了。
阿瓦恰湾是堪察加半岛上一个天然的深水良港。1739年，白令派人勘测了这个港湾，绘制了详细的海图，修建了几幢营房、教堂，并给这个新生的港口命名为彼得罗巴甫洛夫斯克。1740年10月，白令率领两艘长达80英尺的多桅帆船——圣保罗号和圣彼得号，来到阿瓦恰湾过冬。
他打算第二年5月春暖花开之时从堪察加出发，发现美洲以后就在那里过冬，第二年再返回堪察加。
但就在他们动身之前，挫折接踵而来。白令为这次航行所准备的一艘食品船不幸在鄂霍茨克河口的沙洲上搁浅了，船的食品，包括新鲜蔬菜、饼干、硬面包等全部被海水浸坏。一波未平，一波又起，他们雇了大批当地土著人充当劳工，将生活必需品从陆路运到阿瓦恰港，但这些慓悍的楚科奇人中途哗变，企图鲸吞所有物资。虽说后来叛乱被镇压下去，但货物的运输工作已经迟了。时间紧迫，只能仓促准备一番就起航了。一场灾难的隐患就此埋下，恶魔的阴影正悄悄来临。
1741年6月4日，海面上刮起了期待已久的西风，圣保罗号和圣彼得号扬帆出港，沿东南航线行驶，试图再次寻找那帮科学家们臆造的“达·伽马之地”。白令坐镇圣彼得号，协调指挥两船行动。两艘船前后相随，以旗语和鸣炮保持联络，相距很近时则用喇叭筒互相喊话。一个星期过去了，他们一无所获，白令隐隐有一种不详的预感，他仿佛又体会到上次探险时那种无功而返的焦虑和沮丧。“这才刚刚开始，千万不能丧失信心！”白令心里暗暗告诫自己。他决定不再浪费时间。航线折向东北，去寻找美洲大陆，这才是这次探险的主要目的，也是白令一直梦寐以求的理想。想到这儿，他的情绪又逐渐高涨起来。
同白令的心情正好相反，天气却越来越糟。起先是南风肆虐，接着东风更加嚣张，狂暴的飓风挟着巨浪，城墙般向两艘船涌来，一浪更比一浪高。船就像木片一样在浪峰翻滚，在浪谷盘旋。白令顽强而熟练地指挥他的船员投入了战斗。狂风恶浪，对他来说并不算什么。正如将军不能没有战场一样，40多年的航海生涯，他已习惯了这种场面，并且把这桀骜不驯的大海当作了他生命中不可缺少的一部分。此时此刻的白令，已不再是一个白发依稀、已近暮年的老人，而俨然如一位横刀跃马、驰骋疆场的骁将。
几天后，风暴终于过去了。可风平浪静的海面上，白令怎么也找不到圣保罗号的影子。两艘船走散了（后来圣保罗号成功地到达美洲，并顺利返回）。
圣彼得号继续他孤独的旅程。7月，一些陆地的迹象开始出现：波涛的微妙变化，海水中不同寻常的海草和海藻，飘浮的木头以及陆岸才有的野鸭。白令据此判断，北美大陆已近在眼前。他设置了瞭望哨，不断用铅锤探测水深。船在深水间也只张小帆，随风飘流，缓速前行。