“9·11事件”之后，穆勒调动2000名负责犯罪案件的特工支持反恐任务。之后，在反恐任务上的特工人数达到4000名，最终，将所有查缺补漏的一块算进来，总共大约11000名特工。穆勒同时也增加了总部反恐任务的管理人员，从原来的30名增加至850名。结果导致涉及白领犯罪或是政治腐败的犯罪案件无人问津。
“我参加了很多次跟美国检察官一起召开的会议，在这些会议中，他们一直强烈要求我们增加诈骗案件的人手。”负责国际任务的前任助理局长托马斯·福恩特兹说道。
在那些抱怨穆勒的领导能力的特工当中，有一些不喜欢当初的工作调整。但是，经济危机曝光了那些摇摇欲坠的银行和那些一直在削减开支的其他金融集团，穆勒也开始增加了委派到犯罪工作上的特工人手。他能这样做的另一个原因是，联邦调查局的特工人数每年都在增长。
负责联邦调查局犯罪、网络、应答以及服务分支高级助理局长托马斯·哈林顿，主要领导这方面的调查。哈林顿最初萌生要做一名特工的想法，还得从他在马萨诸塞州菲奇堡市一家幼儿园上学时候说起，他的父亲当时是一名联邦特工，在一次幼儿园的展示-介绍课上，父亲随他一起出席，当时就引起了不小的轰动，班里的其他同学激动不已。
通过培训，哈林顿成为了一名会计师。之后在联邦调查局的梯队里不断上升，主管反恐活动和金融诈骗案子，同时还涉及联邦调查局管理层和电脑系统的改进。在丹佛，哈林顿成功合并完成了一起联邦调查局的秘密任务—帮助两家由联邦调查局控制的公司成功上市，并秘密调查低价股票市场的腐败案件。哈林顿还领导一队调查员针对关塔那摩监狱虐囚事件进行了调查，并代表联邦调查局，上书五角大楼，针对一些严酷的审讯办法发表反对意见。
作为主管犯罪案件的联邦调查局官员，哈罗林注意到经济危机对于金融犯罪的减缓作用。
“很可惜，经济形势正在与我们的期望背道而驰，”哈罗林说道，“前面这些年可谓是‘庞氏骗局年’，那些重大的投资诈骗案件一个接一个。我认为沃伦·巴菲特有一句话说得最为确切：‘只有在退潮的时候，你才知道谁一直在光着身子游泳！’对于那些发生了的事情，这是最好的写照。”
伯纳德·麦道夫被两个儿子告发。在位于曼哈顿的公寓里，麦道夫向两名联邦探员承认他的投资方法不过就是一个“巨大的庞氏骗局”，而其实在很早之前，他就已经一无所有。他的公司总共吸收了225亿美元的资金，却向投资者宣称他们的账户价值已经高达600亿美元。麦道夫的毁灭之路起始于股票市场的暴跌，投资者们要求赎回自己的本金，这些要求直接导致麦道夫的资金链断裂。这是有史以来最大的一次庞氏骗局，数以千计的投资者将毕生积蓄投入其中，但是，最终却被一扫而光。许多投资者不仅失去了百万富翁的生活，甚至还要靠着社会保险救济才能得以生存。
“这些人都相信他，因为他是社区里的一分子。”负责调查这个案件的主管特工派特瑞克·卡罗尔说道，“受害人不仅失去了巨大的财富，还丢失了很多尊严—在这之前，他们从来没有想到要去考虑麦道夫的人品问题。他们都很信任麦道夫。”
哈林顿认为，涉及金融诈骗的调查通常都是最耗费时间的案件，“从我们一开始立项调查到最终成稿起诉书，涉及诈骗的银行破产案件平均至少需要两年的时间。”
卷入案件的公司的规模也变得越来越大。
“‘9·11’期间，10万美元以下的案件的数量大概占到我们工作量的70%，”哈林顿说道，“但是现在情况完全不一样了。事实上，现在我几乎很难遇到10万美元以下的金融机构诈骗案。68%的房地产贷款诈骗案涉及的资金都高达上百万。”
针对案件数量的不断增加，联邦调查局决定在立案调查时开发一种针对性更强的办法。
“我们现在的操作会更有战略，没必要再去罗列不同的个体细节，而是更为专注于某一特定领域存在的威胁。”哈林顿说道，“你跟特工总管坐下来聊一聊，他们就会很清楚地告诉你在他们的领域里存在哪些威胁。以前，他们可能还会试图告诉你他们的案子细节。现在，如果你询问他们有关黑社会的情况，他们就会告诉你他们管辖的范围，在这个范围中有多少黑社会团体、有多少黑社会成员、城市的哪些部分被黑社会控制。然后他们还会提到他们如何通过案件渗透到这些黑社会的组织中，最终瓦解并解散这些组织。”
这些会议通常穆勒也在场，“如果他听到什么情节跟他的想法有所出入，他就会把问题直接说出来，询问他们。”哈林顿特别强调道。
“我现在仍然能听到特工们说：‘当我加入联邦调查局的时候，我的愿望就是能将坏人们都关起来。’他们认为他们浪费了太多时间做一些其他的事情，”哈林顿说道，“通常，我的典型回应就是：‘好吧，你们正在进行的工作中，威胁是什么？如果是暴力犯罪，今天的情况有比昨天好些吗？’绝大部分人给出的答案都是情况更为糟糕了。所以，我的想法就是：‘如果情况是这样的话，你们的战略就应该调整，我们必须要更为专注。’你不是仅仅把犯罪的人给抓起来就完事儿。我们的目标是去追踪坏人以及坏人之外的坏人，尽我们最大的努力改善我们生活的家园。”
现如今，联邦调查局手头上有6万多个犯罪案件正在同时进行，包括了从绑架到黑手党的一切犯罪。银行抢劫案大部分都是让当地警察局直接接管。网络犯罪反而已经成为重中之重的一项调查，因为这样的案件已经不仅牵涉到犯罪层面，还涉及国家安全层面。
“其中一个最近的案件就是谷歌的问题—媒体上对这个事情已经进行了公开报道，认为此案涉及中国的相关部门窃取了谷歌的源代码。”哈林顿说道，“国家安全预防确实存在挑战。每天，政府的电脑都会受到来自外国势力或是犯罪网络的攻击，试图获取尽可能多的数据，为他们所用。”
那些通过僵尸网络（Botnet）控制上万台家庭电脑和办公室电脑的罪犯已经越来越成为互联网安全的最大威胁。僵尸网络—是“机器人网络”（Robot network）的简称—原理在于罪犯通过互联网将恶意程序植入目标电脑，而一旦被植入“僵尸”程序，罪犯就可以对所有这些电脑发号施令。这里提到的恶意程序包括间谍软件、病毒、蠕虫、特洛伊木马等程序。
僵尸主机通过发送一个信号，可以命令僵尸网络中的每台电脑同时连接至一个特定的电脑网络，由于端口被全部占用，该网络最终瘫痪。受到如此攻击的企业可能会为此损失掉上百万的业务。如果目标是警察局或是医院，电脑系统瘫痪可能会直接危害到公共安全和公共健康。
另外，在僵尸网络里，主机可以利用从属电脑去危害其他的电脑，或是从事网络诈骗，引诱受害人回复假冒的银行邮件，给出他们的个人信息。
哈林顿举了一个苏格兰皇家银行的例子，罪犯通过窃取用户的提款卡卡号和密码，盗取了950万美元。而正是银行电脑安保系统的一个漏洞导致了这个灾难。
“我们认为从银行获取卡号的信息先被转移到一个东欧的有组织犯罪据点，然后，他们才开始制造的提款卡。”哈林顿叙述道，“在12个小时至24个小时之内，他们从数十个国家上百个取款机上提走上百万的美元。然后，他们把提到的现金在某个地方重新聚拢起来，并给他们的同伙支付了相应的报酬。”
还有另外一起网络犯罪案件，在这起案件中，一家公司的电脑系统被黑客加密锁了起来，黑客向这家公司勒索现金，如果现金不到就不交出解码。
“我们最近遇到一些类似的勒索案件，黑客非法进入企业网络，然后将整个系统锁定起来，设定密码保护。”哈林顿说道，“以至于这些企业完全无法进入自己的数据库。紧接着，这些企业就收到黑客勒索的条件，需要用钱才能换回开锁密码。”
有一些企业还真的付过钱。而其他的一些企业，在联邦调查局网络部门的帮助下，解码成功，重新开启了整个系统。
2009年，网络部门的犯罪调查分支开展的调查涉及2600起电脑非法入侵和7300起电脑犯罪，最终有1900起被法庭定罪。
同时，联邦调查局也注意到公共腐败案件上升的趋势。哈林顿说起了前任伊利诺维斯州州长罗德·布拉戈耶维奇和前任美国众议院代表路易斯安那州民主党人威廉·杰斐逊的案子。在后者的冰箱中，联邦探员搜出9万美元的现金。
在提到这些案子的时候，哈林顿说：“令人遗憾的是，在很多案件中，这些公仆们都把自己的灵魂卖给了那些价码最高的‘竞标者’。现如今，联邦调查局委派到公共腐败案件上的特工人数已经是局里最高的历史记录了。”后来，哈林顿被提名为联邦调查局副助理局长，“我们有34000个调查还未了结，目前有超过700名特工正在处理公共腐败的案件。以我的观点来说，这种做法有利有弊。一方面，我们能够有这么些人出去执行任务是件好事；但是，不幸的是，我们的目标太过于‘丰富’。”
联邦调查局的行动除了对现有案子大爆发之外，穆勒局长还决定继续推进从特工辛西娅·德托尔开始着手的针对“三K党”成员的起诉案。“三K党”杀害黑人的案件可以追溯至20世纪60年代。所以，联邦调查局重新立案调查1963年9月15日发生在阿拉巴马州伯明翰第16街浸信会教堂的爆炸案。
爆炸案发生当天，11岁的丹尼斯·麦克奈尔以及14岁的卡罗尔·罗伯森、辛西娅·韦斯利、艾迪·美·科林斯身着白色礼服，脚穿漆皮皮鞋，在教堂参加一个青年服务项目。藏匿在楼梯井的19捆炸药在离她们几英寸的地方爆炸，前面提到的4个女孩当场死亡，另外一个女孩莎拉·科林斯的一只眼睛永久性失明。爆炸案震惊了整个美国，也推动了1964年民权法案的实施。
当时，却没有人因此而受到惩罚。在联邦调查局前些年的努力下，前任“三K党”成员托马斯·布兰顿二世和鲍比·弗兰克·奇瑞分别在2001年和2002年俯首认罪。在联邦特工威廉·弗莱明的坚持和努力下，这个案子最终得以告破。弗莱明从伯明翰特工主管罗伯特·“罗伯”·朗福特手中接下这个案子，当即决定对这个爆炸案重新立案调查。
2007年至今，负责联邦调查局公民权利部门的戴特尔与她手下的特工们调查了122起几十年前的案子。大约有20%的案子要不就是没有指控凶手，要不就是没有涉及种族问题。在很多其他的案子中，由于当时的州法律或是联邦法律没有适用的条款可以引用，以至于很多嫌疑人最终被白人陪审团宣告无罪，或是证据缺乏不足以定罪。即使是一桩新兴的谋杀案件，查找足够的线索也并不容易。但是，戴特尔还是设法把6个案子提交到了联邦国家机关进行下一步的起诉处理，她希望最后还能再送6个案子出去。
“当时，许多嫌疑犯接受的审判都是白人陪审团进行的，最终宣判他们无罪的也是白人陪审团。由于同一罪行拥有不受两次审判的权利，所以他们不能再次被审判。”戴特尔说道，“即使没有起诉的可能性，我们仍然会告知家属我们的最新发现。”
针对我们这样的操作，人们的反应各不相同—有感恩戴德的，自然也有公开表示敌意的。有人质疑联邦调查局调查的彻底性和全面性；而另一些人则无法接受自杀或车祸并非“三K党”所为。
“一些案子到终了的时候也没有进行新的起诉，受害者的家人不仅没有让我们解释，而且还对我们说：‘我们非常感谢你们的工作，谢谢’—听到这样的话语，我们足矣。”戴特尔说道。