孙思邈于是开出一个处方，列出以下药材：
虎骨 干地黄 地骨皮 干姜 芎 猪椒根 白术 五加皮 枳实李世民晚期存了一桩心事，即相信人间有长生不老之药，其药即太上老君仙丹。这一观念，由天竺国方士耆婆灌输所致。李世民知孙思邈不信这个，故对他很少提及，以免败兴。现两人谈得融洽，李世民乃再求此方。
孙思邈亦知李世民心思，只不予道破。现听皇上问起，乃避免正面回应，只委婉地道：“老朽对此的确知之不多，故不敢妄加评议。”
“能否于此下些功夫？”
“启禀皇上，恕老朽别无所长，只能粗通医药，上以疗君亲之疾，下以救贫贱之厄。”
李世民我行我素，继续服食耆婆方士提供的仙丹。此为贞观二十年（646）上下，李世民只剩了几年光景。
郁结最后爆发，那是李世民远征高句丽之后。他因服仙丹过多，内热飙升，大便燥结。再者房事不节，肾气大亏，终致身体大损，几乎不起。李世民这回服了，赶紧宣孙思邈入宫侍候。
为使李世民体内燥火消损，孙思邈先后以金石凌、七水凌、紫雪、玄霜等方重治。这些方子，用药均猛，价格昂贵，非庸医敢施，亦非常人能服。如那金石凌方构成：上朴硝一斤，上芒硝一斤，石膏四两，凝水石二两。再如紫雪方成分：金一斤，寒水石、石膏、磁石各三斤。
玄霜方用药更重：金五十两，寒水石六斤，研如粉，磁石三斤，碎，石膏五斤，碎。此方主治诸热风热气热瘴，疮毒内入攻心，毒气热入腑脏等，可知李世民病情何等严重。
经孙思邈一番治疗，李世民病情渐稳，内火下降，体内渐趋平衡。他却不能自持，不久房事又频，于是病情复发，病势迅速转危。原来李世民此时与晚年杨坚一样，也有一错误念头，想自己年岁渐增，眼前美姬成群，若不纵情玩乐，岂不枉为帝王？他却不明白，把身体摧垮，损根伤本，欲事不能，实更不值。
那日孙思邈被引进李世民寝殿，几名尚药局同僚都在，立于李世民御榻相当距离处，既不敢靠拢，又不敢离开，见孙思邈急急而至，不由长舒粗气。看得出他们办法已经使尽，实在回天无术。几位重臣垂手立于龙榻之侧，见孙思邈到了，一个个如逢大赦，都对他拱手致意。
孙思邈虽是一百零几岁老人，体重不过百斤，脸上消瘦依旧，步履却仍稳健。他将拐杖交与旁人，经得允许，快步走近御榻，撩起刺绣盘龙帷幄，以便与李世民靠得更近。
孙思邈乍见李世民症状，不由大大吃惊。半月不见，李世民已衰老不堪，眼窝深陷，颚骨高耸，眼袋又大又黑，脸上老年斑如镶了多枚锈斑铜钱，嘴唇松弛，嘴角流着涎水。宠妃徐惠跪于一旁，不停地替他擦拭。
孙思邈一望乃知，此由房事过度所致。
对久病新瘥的患者，孙思邈特别强调：务必于房事有忌，至少保持一段时期。此类患者，孙思邈亲历甚多。就在入宫奉侍前几日，孙思邈接诊过一名旧病复发者，最后治而不愈，酿成悲剧。请看孙思邈亲笔所记：“近者有一士大夫，小得伤寒，瘥已十余日，能乘马行来，自谓平复。以房室即小腹急痛，手足拘拳而死。”[121-1]所谓“近者”，即孙思邈写作《千金要方》期间，亦即李世民病危之时。
由此，孙思邈引出一般复劳规律：“凡热病新瘥，及大病之后，食猪肉及羊血、肥鱼、油腻等，必当大下利，医所不能治也，必至于死。若食饼饵、粢黍、饴脯、脍炙、枣栗诸果物脯脩，及坚实难消之物，胃气尚虚弱，不能消化，必更结热。适以药下之，则胃气虚冷，大利难禁，不下之必死，下之复危，皆难救也。热病及大病之后，多坐此死，不可不慎也。”
“病新瘥后，但得食糜粥，宁少食令饥，慎勿饱，不得他有所食，虽思之，勿与之也。引日转久，可渐食羊肉白糜，若羹汁、雉兔、鹿肉，不可食猪狗肉也。”
孙思邈接着举出两个病新瘥不久、因房室而亡的病例，直言：“病新瘥未满百日，气力未平复，而以房室者，略无不死。”[121-2]
现在，又一个重病新瘥复发的患者在他面前。虽然贵为帝王，却同样不敌病毒。
这就是那个当年力挽强弓、令敌胆寒的李世民？这就是为夺帝位、忍心射杀兄弟的李世民？孙思邈直面这位濒死的帝王，心中如有雷霆滚动。孙思邈知李世民是被他本人害了，康复已不可能。如不采取紧急措施，三日内必死。若措施得当，或许可延缓三五十日性命。
李世民昏睡良久，好容易被徐妃唤醒。他嘴唇嚅动，似有话说，苦于一个音节也发不出来，急得眼睛翻白。孙思邈却听懂了，俯身忙道：“请陛下放心，老朽自有办法。”且再以自己作比，“老朽不过俗人凡胎，已活了一百余岁，陛下却是天子，必寿高二百岁以上。”
徐惠在一旁立即接话：“陛下才刚五十，正当年少。”
这话说到李世民痛处，只见他眼珠动了一动，便紧紧闭上，泪水溢出眼角，最后连成两行。孙思邈感觉到李世民手指颤动，似乎看出一线希望。
孙思邈虽不能将皇上彻底治愈，但对延缓李世民生命确有信心。病入脏腑，本可温补中气。而李世民胃肠皆被仙丹所坏，服药不可能被立即吸收。孙思邈乃决定施以艾灸，促其血脉流通，再开处补中益气方，对皇上进行全面调理。
奇迹果然出现，被负罪感重压二十余年的李世民，到底让孙思邈从死亡线上拉了回来，继续享受清新空气、温暖阳光。李世民至此方悟天竺方士骗术，所谓“仙丹”全是鬼话，乃怒而降旨，命将耆婆方士驱逐出境。关于此事，古籍有载。
半年之后，一日上朝，李世民忽觉身子不豫，栽倒在地。李治抱住父亲，试图抢救。李世民以手指心，哑而无语，终于撒手，告别了令他万般眷恋、却又数怀愁绪的美丽人间。
此贞观二十三年（649）。李世民年且五十，恰与杨广死年相同。而孙思邈届年已是一百○八岁。
李世民一生追求长寿，享年却既不及其父（李渊寿高七十一岁），又不及其子（李治寿高五十六岁）。关于李世民之死，史书多归咎于服食丹丸过量。在孙思邈看来，长期负罪为病之本源，劳而复发为直接诱因。长孙氏去后，李世民与徐惠等美姬行房不已，虽铁打壮汉亦不能强恃。但他不敢明言，只以曲笔暗喻。
孙思邈亲历李世民、杨广两朝，知二位帝王各有功业得失，享年却不相上下。以二位帝王年轻时的体魄，均可得享高寿。结果一个因骄奢放纵而死，一个因心力憔悴而亡。孙思邈对李世民尤多感慨。渴求长寿的李世民，年轻时健壮如牛，享年竟既不及其父。孙思邈因之深感天与人寿，无视贵贱，养生之需，不分上下。面对李世民遗像，想皇上一贯善待自己，孙思邈不禁老泪纵横。为警示后人，乃曲笔论曰：
若夫人之所以多病，当由不能养性……将知四百四病，身手自造，本非由天。及一朝病发，和缓不救。方更诽谤医药无效，神仙无灵。故有智之人，爱惜性命者，当自思念，深生耻愧。戒勒身心，常修善事也。[122]
书毕，意犹未尽，又道：“吾常思一日一夜有十二时，十日十夜百二十时，百日百夜一千二百时，千日千夜一万二千时，万日万夜一十二万时，此为三十年。若长寿者九十年，只得三十六万时。百年之内，斯须之间，数时之活，朝菌蟪蛄，不足为喻焉。可不自摄养而驰骋六情，孜孜汲汲，追名逐利，千诈万巧，以求虚誉，没齿而无厌。故养性者，知其如此，于名于利，若存若亡；于非名非利，亦若存若亡。所以没身不殆也。余慨时俗之多僻，皆放逸以殒亡。”[123-1]
孙思邈特别强调，性善者方得寿长。故曰：“夫养性者，欲所习以成性，性自为善，不习无不利也。性既自善，内外百病皆悉不生，祸乱灾害亦无由作，此养性之大经也。”[123-2]
用通俗语言，即“仁者寿”也。
孙思邈再引仲长统之语，有意规避皇室，只指豪门望族：“王侯之宫，美女兼千；卿士之家，侍妾数百。昼则以醇酒淋其骨髓，夜则房室输其血气。耳听淫声，目乐邪色，宴内不出，游外不返。”再兼以“国无良医，医无审术，奸佐其间，过谬常有，会有一疾，莫能自免。当今少百岁人者，岂非所习不纯正也。”[123-3]
孙思邈同时告诫普通人等：“若还同俗类，名利是务，财色为心者，幸勿苦事医药，徒劳为疗耳，宜于此善以意推之。”[124]
孙思邈之言，出自肺腑。一字一句，皆凝聚着这位百岁高人自我养性要妙。此话说来容易，实行却难，尤需长此以往，耻于一曝十寒。