天元帝下一个攻击目标，是德高望重的国丈杨坚，意在找借口将其治罪。无奈杨坚早有提防，平时在天元帝面前装聋卖傻，木头人一般。天元帝冥思苦想，终于悟出一招。
那日杨坚正在后庭闲坐，体验道家静功境界，忽接到圣旨，召入宫议事。杨坚不知吉凶，吓得魂不附体，竟无法起身。继之转念，若表现欠佳，岂不会招致更大猜忌？杨坚怀着破罐子破摔的心态，与独孤伽罗相拥诀别，然后洗去脸上浮土，从容不迫上路。
杨坚入得宫门，见长长甬道两旁禁军林立，杀气腾腾。他极力保持镇静，从容步入大殿，正欲下跪，天元帝却要他正面望着自己。杨坚便努力控制自己，脸上的微笑似乎僵化。如此相视片刻，天元帝才道：“听说你对杨皇太后挨打心怀怨恨？”
杨坚的心放下一半，忙伏地对曰：“贱女乃陛下婢奴，如何教训皆由陛下自便。况贱女能得到陛下耳提面授，实乃平生大幸。微臣唯存感恩之心，怎得生艾怨之理？”说毕，手足并肚皮紧贴地面。
一场对峙下来，惊心动魄。天元帝没看出杨坚任何破绽，这才挥手让杨坚出宫。杨坚贴身衣裤全都湿透，一出宫门便全身瘫软。
杨坚因有女儿在帝王之侧，对禁中之事察之甚明，于是昼夜盘算，如何煎熬度日。他几乎见不到半点希望，因宇文赟不仅拥有帝位，还占着年龄优势。至于建功立业，更不敢奢想。若宇文邕在世，他或许有望率部南渡，消灭陈主，为华夏一统贡献力量，即使不能跃居至尊，也可名垂青史。而今栽在宇文赟手下，杨坚想自己能苟且度日，保住脑袋，则是万幸。
杨坚如此一想，乃觉万念皆空，唯健康地活着才是一切。于是杨坚除了必定上朝的日子，尽量避免与周主照面，每日在自家后庭花园闲坐。那花园以竹篱合围，置木椅石桌，并玲珑山水，看去甚是惬意。再抬头昂望湛蓝的天空，感觉是在广阔宇宙间遨游。
杨坚想起道家导引之术，便开始习练。只无人指教，不得要领。他不想让孙思邈看出自己满腹忧愁，故未召其入府，以为能寻得自我平衡。
日子久了，杨坚身子愈觉不适，夜间多梦，且伴盗汗。常于夜半惊坐而起，仿佛有千万追兵紧逼。独孤伽罗见丈夫日显憔悴，不由心虑，乃建议他抓紧调理。杨坚这才想到孙思邈，即着人将他召来。
“你上哪儿去了？”杨坚不满地道。
“启禀随国公，鄙人去乡下走了几趟。”孙思邈忙答。
“往后不得轻易离开长安。”
孙思邈口里应着，不把杨坚所说当真，只对治病一如既往。针对杨坚病情，孙思邈仍先施针灸。担心杨坚还有顾虑，乃手持磨利的骨针，在自己穴位上扎刺，以体验那酥麻感觉。杨坚见了，主动躺下，皆以孙思邈为是。
孙思邈见杨坚信赖若此，更小心翼翼，持续数月，以汤药将杨坚脏腑整个儿调理一遍。杨坚平日公务既忙，又不重视医疗，现经调理，顿觉全身清爽，脚下生风，心情也畅达了许多。他别提有多高兴，自此对孙思邈由感激而至敬佩。
在治疗过程中，为使杨坚全身放松，孙思邈有时试着与之交谈，这在以往不可思议。此刻杨坚郁闷至极，非常乐意与孙思邈天南海北交谈，语涉儒、释、道、史诸项。结果杨坚发现，孙思邈知识广博，见解深邃，不由赞道：“你小子何止是治病高手，简直是治国良才。”
“启禀随国公，鄙人岂敢。”孙思邈连忙拜道。
“你小子等着，会有用得着你的时候。”
“多谢随国公，鄙人早已自足。”
杨坚情绪稳定好转，便开始琢磨对付周主的策略。他知女儿既然做了天元皇太后，便一命系于家族。他乃亲笔修书一封，托人交与女儿，将其狠一通训斥，责令务必对天元帝百依百顺，任何凌辱都只可欣然承受。
杨皇太后读过父亲手书，背着天元帝哭得肚肠翻转，当面则任由天元帝胡作非为，再不敢有半句规劝，以求天元帝不再找茬。
杨坚在动脑子了，决计与天元帝斗智斗勇，因觉得天元帝这残暴无道顽主，实非治国平天下之才。他表面一切顺着周主，尤其在游乐方面，不仅积极参与，而且主动怂恿。只要周主想得出花样来，杨坚皆无条件满足。
这样的日子久了，宇文赟乃视杨坚为第一可信赖之人，干脆将朝中大事悉数托付，乐得尽情嬉玩。这完全符合周天元帝个性，因他之所以要当太上皇，就为的既不管任何国事，又尽享皇帝尊严。
但国家总有些事情要朝廷出面，那六岁皇帝宇文阐做得了什么？于是杨坚不声不响地赢了第一招，即实际掌控朝廷。他表面是幼主宇文阐第一辅臣，实则朝廷诸事皆离不得他。此则史书所称隋文帝杨坚辅政之期。
但麻烦很快来了，他这相国哪比得当年宇文护威风？纯属天元帝掌中之物。周主为考验杨坚忠诚，常出些不可想象的难题，让杨坚大费脑筋。宇文赟事无巨细，皆要求杨坚随时禀告，他则故意拖延时间，让杨坚在殿外久等。杨坚有时为等周主回话，须得在殿外直挺挺站上三五个时辰。
这就把杨坚给害苦了。他因身心备受折磨，健康严重受损，不仅旧病复发，还患上不少新疾。尤其让他难受者，是连着彻夜失眠，头痛欲裂。杨坚因睡眠严重不足，导致食欲大减，吃什么吐什么。于是他日见瘦弱，才过半年，眼看要支撑不住。
这可把夫人独孤氏急坏了，关上房门，劝慰他道：“你且将相国辞了吧。否则熬不过他。”
“是啊。他本来就比我年轻二十岁。”杨坚唉声叹道，稍顿又云，“不过，纵欲过度的帝王，没几人能够长寿。”
“那你自己可得注意，务必保持健康快乐。”独孤伽罗说着，趁机又提及孙思邈，且建议将其长留府中。经独孤氏提醒，杨坚乃觉通晓诗书的孙思邈，不仅能保自己健康，没准还能就治国平天下之事贡献智慧呢。
杨坚想，医家古来为正经读书人所不齿，若以医者身份召孙思邈而来，没准他不高兴。倒不如给一官名，使之甘于此事。杨坚便决定赐孙思邈一个封号，为国子博士。他于是亲书一纸，盖上印鉴，命人照孙思邈所留地址送去。
孙思邈其时正在山林，日夜琢磨麻风病治疗方法，只偶尔回城里暂住地看看。
面对封赐，孙思邈颇费思量。因他知道，杨坚之所以要发出这个任命，是为了牢牢掌控自己，变成他的“府医”。而在孙思邈看来，为杨坚治病固然要紧，而为他人治病，尤其为贫苦百姓治病同样重要，或曰后者更为重要。因杨坚位高权重，家财无数，既不愁买不到好药，又不愁找不到良医。同比贫苦百姓，即完全是两回事。况且朝廷诡谲多变，朝云暮雨，亦非他所能应付。
孙思邈乃决定婉拒。
不过得找个像样的借口，否则会得罪杨坚。孙思邈想了又想，决定以近期密切接触麻风病患者为由，宣称有感染可能，杨坚听了没准害怕。孙思邈便给杨坚写一复函，先深忱致谢，再说明原因，表示完全不宜供职朝中。最后表示，待自己恢复健康，再全心效力相国。
孙思邈将复函交与官衙后，将几件衣服打进包袱里，穿一身青布长衫，权作道士打扮，一早便奔向城门。城门卫士见了，不曾怀疑，故不予阻拦。这样当杨坚派人寻访时，孙思邈身轻脚长，已走出长安百十余里。
关于此事，史书有载，云：“隋文帝辅政，征为国子博士，称疾不起（赴）”。[46]至于孙思邈何以如此，则说得不明不白。其时，孙思邈年且四十。
孙思邈这一举动，使杨坚觉得丢了面子。他正不知该如何惩罚，朝廷却发生大事。原是周天元帝因饮酒无度，游玩过头，突发重病，不日暴亡。一个大饼从天掉下，杨坚一下成了赢家，由过去看皇上脸色行事，转瞬间权倾朝野。杨坚既忙于朝中大计，对孙思邈自无暇顾及。孙思邈钻了这个空子，乃得再入江湖，为乡民效力。
《旧唐书·孙思邈传》载：孙思邈在拒绝接受杨坚所授爵位时，“尝谓所亲曰：‘过五十年，当有圣人出，吾方助之以济人’”。据考此言不确。孙思邈虽婉拒朝廷爵位，却并未隐居修行，而是一直活跃在临床。该传记作者为拔高李世民（“圣人”即暗指五十年后称帝的他），为其杀兄称帝寻找“天授”依据，故作神秘，乃有此语。