司马光昏厥在西府，被抬回家十八天后，元祐元年（1086）九月初一日，卒。
一颗史学巨星陨落了，一面保守派的大纛倒下了。
他是病死的，更是累死的。他当政后，“欲以身徇社稷，躬亲庶务，不舍昼夜，宾客见其体羸，举诸葛亮食少事烦以为戒，光曰：‘死生，命也。’”[1]
最大的遗憾：看不到《通鉴》印行了
人之将死，该盘点遗产，考虑后事了。
司马光最大的遗产是《资治通鉴》。正如他在给神宗的《进书表》中所说，“臣之精力，尽于此书”。眼看人生路将断，黄泉路在前，他自然想起这部大书来。卧榻之上，他问儿子司马康：《通鉴》校订完了吗？
司马康含泪回答：儿与黄庭坚昼夜加班，恐怕还得一个多月才能完成。这让司马光非常失望，催促说：你们得抓紧，总得让我看到校订本吧！他多想再看一遍这部大书啊！哪怕是抚摸一下也好。还须一个多月，他也许等不到了。可这该责备谁呢？时间其实是被自己耽误了啊！
自奉召进京位列执政以来，他一门心思用在废新法、复旧法上，忙着写奏章，忙着除“四害”，忙着驱“三奸”，好长时间无暇顾及这部大书。直到入朝五个月后的元丰八年（1085）九月十七日，才突然想起自己的大作还未最后校订、镂版。去年十一月神宗因《通鉴》修成，颁布了给他的嘉奖诏令，给了他丰厚的物质奖励，指示中书应尽快付梓，至今十个月过去了，书稿还锁在中书省的柜子里。执政大臣多是变法派，不排除有故意拖拉的可能，但你司马光也没有请示由谁来负责校订，这么重要的著作，不校订怎敢付印？接着是神宗大行，哲宗登基，太后垂帘，政权交替时期，哪里顾得上一部书稿？要求尽快付梓是神宗的指示，按你司马光“母改子政”的施政纲领，这一条是否也该改？而你入朝以来，没有一次过问《通鉴》的事。怨谁？怨你自己。这天，他匆匆起草了一道劄子，请旨准范祖禹、司马康校订《通鉴》。奏疏呈上之后，他突然想起范祖禹已被差遣编神宗实录，根本没有时间顾及《通鉴》，于是又上《乞黄庭坚同校〈资治通鉴〉劄子》，希望“早得了当”，不至影响镂版。两个校订官，司马康因要照顾病重的父亲司马光，其实全靠黄庭坚一个人。
黄庭坚校订了一年，现在，《通鉴》即将校完，司马光却看不到校订本了，遗憾，天大的遗憾！唯一让他感到安慰的是，黄泉路上，他可以给献身于《通鉴》的刘恕一个交代了。刘恕是《通鉴》的“同编修”，逝世已经十年了（见第三十三章）。在神宗嘉奖《通鉴》编成时，因他已过世，便啥也没分。司马光一直觉得欠了他的，如果再不还债，恐怕就没有机会了。七月六日，他上《乞官刘恕一子劄子》[2]，得到朝廷批准，官其子刘羲仲为郊社斋郎（文官最低一级）。
在他死后一个半月，十月十四日，朝廷颁旨将《通鉴》送杭州镂版（当时活字印刷书已发明二三十年，但也许重要文献还靠雕版印刷）。作为学者，他是带着这个最大遗憾走的。但作为政治家，他就要以胜利者的姿态去见老冤家王安石了，最关心的是他清算新法是否彻底，是否还有遗漏。
他想起与王安石的第一次正面冲突是在阿云案上（第二十章）。王安石说什么首承、自首从轻，当政后写进法律，使许多杀人犯免于死罪。于是他废了王安石所定新法。对大辟（死刑）犯，他改变了一律上报朝廷复核的规定，如州县认为没有疑问就不再上报。他未曾料到，这个口子一开，元祐元年（1086）大辟就高达五千七百八十七人，比原来翻了两三番，而执行新法期间，每年大辟多者二千余，少者一千余（数字来源《长编》）。这个后果，他是看不到了，但史官记下来了。他躺在病床上，扳着指头盘点他的战果：青苗、水利、市易、免役、保甲、保马，这些新法，已下了废除的诏令（许多实际未废彻底甚至依旧），与西夏也讲和了，还有什么遗漏呢？王安石的科举新法就是一项，但他的改革意见却得不到大家的认可，烦！看来他是等不到废除的这一天了。
他想起了高太后。他是假借高太后的权力强行匆忙废除新法的，他快不行了，高太后也老了，是否会人亡政息？邢恕劝他的话又响在他耳边：“今日之改革，虽是太皇太后的主意，却是子改父之法令，皇上成年后会如何作想，相公不为日后虑邪？”邢恕是个脚踩两只船的奸臣，已被他逐出朝廷。当时他回答得义无反顾：“他日之事，吾岂不知？顾为赵氏虑，当如此耳！”邢恕说：“赵氏安矣，司马氏岂不危乎？”他说：“光之心本为赵氏，如其言不行，赵氏自未可知，司马氏何足道哉！”[3]“或谓光曰：‘熙（宁）、（元）丰旧臣，多憸巧小人，他日有以父子义（离）间（皇）上，则祸作矣。’光正色曰：‘天若祚宋，必无此事！’”[4]他自信废新法是按天意行事，而天意是不可违的。但你今天可打天意的旗号废新法，明天人家也可打天意的旗号复新法。关键不在天，在人！“必无此事”的预言靠得住吗？他心里也没底。而一个八品芝麻官给他的来信，让他不禁毛骨悚然。
此人名叫毕仲游，新上任的卫尉丞。卫尉丞是卫尉寺（掌管内库、军器库和仪鸾司事务）的副手。
最大的恐惧：小皇帝已经言利了
毕仲游的这个职位是因保守派推荐才得到的。他给司马光写信，带有感恩戴德的意味。他在信中说：
昔王安石以兴作之说动先帝，而患财不足也。故凡政之可得民财者无不举。盖散青苗，置市易，敛役钱，去盐法者，事也；而欲兴作，患不足者，情也。盖未能杜其兴作之情，而徒欲禁其散敛变置之法，是以百说而百不行。今遂废青苗，罢市易，蠲役钱，去盐法，凡号为利而伤民者，一扫而更之，则向来用事于新法者必不喜矣。不喜之人，必不但曰不可废罢蠲去，必操不足之情，言不足之事，以动（皇）上意，虽致石而使听之，犹将动也，如是则废罢蠲去者皆可复行矣。为今之策，当大举天下之计，深明出入之数，以诸路所积之钱粟，一归地官，使经费可支二十年之用，数年之间，又将十倍于今日，使天子晓然知天下之馀于财也，则不足之论不得陈于前，然后新法永可罢而无敢议复者矣。
（《续资治通鉴·卷七十九》）
这是毕仲游信中的第一层意思，简单点说，就是王安石的敛财之法所以能成，缘于皇上有“患不足”之情，现在废了王安石的新法而“患不足”之情未去，将来变法派一煽动，新法说恢复就恢复了。怎么办呢？建议将天下财富尽集于京师，可供二十年国用，数年后又增十倍，皇上见财有余，就不会产生“患不足”之情，就不可能恢复王安石的敛财之法了。
毕仲游“将天下财富尽集于京师”的建议荒诞不经，不值一驳，但他的分析很有道理，可以说击中了司马光的“软肋”。他一股劲地废除所谓敛财之法，青苗钱不贷了，免役钱不收了，市易贷款停了，食盐专卖取消了，却没有拿出解决国用不足的办法来。皇上的“患不足”之情，固然有欲壑深浅的问题，但宋朝自仁宗以来一直财政短缺，寅吃卯粮，不足之事实在前，“患不足”之情在后。从神宗来说，即位时国库之空虚，甚至让他无法体面地安葬父皇，墓室无钱封顶，不得不求助于转运使薛向，所以他明确提出财政最为急务。对神宗的“患不足”之情，司马光呈道德说教，王安石呈治国之术，所以他用王安石而远司马光。司马光始终坚信他的道德决定论，现在虽是高太后掌权，但迟早要还政于哲宗小皇帝，只要对小皇帝辅之以道，导之以德，就不会变成神宗第二。可惜，他听到的汇报却与他美好的愿望相反：十一岁的哲宗已经有了“患不足”之“情”！
司马光病倒后，谏官王岩叟和朱光庭被小皇帝召见，对话良久，《长编·卷三百八十五·元祐元年八月己亥》二十八条记载为：
（哲宗）又曰：“青苗已罢。”
岩叟曰：“此非陛下圣德高明，何以能行？天下幸甚。”
上曰：“又恐国用不足奈何？目下未觉，五七年后恐不足。”
岩叟对以：“此非陛下所忧，青苗是困民之法，今既罢之，数年之后，民将自足。民既足，国家何忧不足？”
又曰：“太皇太后一身则得，恐数年之后，教他官家（指自己）阙用不便。”
岩叟曰：“陛下但自今日养民，比至归政，已成太平丰富之世矣，却不须如此过忧。”
又曰：“今不可比祖宗时，缘添起宗室、百官不少，国家所入却只这个是。”
岩叟曰：“自古国家有历世数百年者，何尝逐旋增赋敛，自然亦足。”